Summary

Een alternatieve cultuur methode om Genomic Hypomethylation van muis embryonale stamcellen met MEK-remmer PD0325901 en vitamine C

Published: June 01, 2018
doi:

Summary

Wij beschreven twee chemische-gebaseerde protocollen voor het kweken van muis embryonale stamcellen in detail. Deze nieuwe methode maakt gebruik van synergetische mechanismen ter bevordering van Tet-gemedieerde oxidatie (door vitamine C) en onderdrukken van DOVO synthese van 5-methylcytosine (door PD0325901) om DNA hypomethylation en pluripotent van muis embryonale stamcellen te onderhouden.

Abstract

Embryonale stamcellen (ES) hebben het potentieel om te onderscheiden in een van de drie lagen van de kiem (endoderm, mesoderm of ectoderm), en vele geslachten voor regeneratieve geneeskunde kunnen genereren. ES cel cultuur in vitro lang het onderwerp geweest van wijdverbreide bezorgdheid. Klassiek, muis ES-cellen worden bijgehouden in serum en leukemie remmende factor (LIF)-met medium. Echter onder voorwaarden van de serum/LIF, cellen heterogeniteit in de morfologie en het profiel van de expressie van genen pluripotent-gerelateerde weergeven, en zijn meestal in een metastabiele staat. Bovendien, gekweekte ES-cellen vertonen wereldwijde hypermethylation, maar naïef ES-cellen van de binnenste cel massa (ICM) en primordial kiemcellen (PGCs) zijn in een staat van wereldwijde hypomethylation. De toestand van de hypomethylated van ICM en PGCs is nauw verbonden met hun pluripotent. Ter verbetering van muis ES cel cultuur methoden, hebben we onlangs een nieuwe methode gebaseerd op het selectief gecombineerd gebruik van twee kleine-molecuul verbindingen de DNA-hypomethylated en pluripotente toestand te handhaven ontwikkeld. Hier presenteren we dat de gezamenlijke behandeling van vitamine C (Vc) en PD0325901 kunt ongeveer 90% van de 5-methylcytosine (5mC) 5 dagen op muis ES cellen wissen. De inhoud van de gegenereerde 5mC is vergelijkbaar met die in PGCs. Het mechanistisch onderzoek blijkt dat PD0325901 up-regelt Prdm14 expressie om te onderdrukken Dnmt3b (DOVO DNA methyltransferase) en Dnmt3l (de cofactor van Dnmt3b), door vermindering van DOVO 5mC synthese. VC vergemakkelijkt de omzetting van 5mC 5-hydroxymethylcytosine (5hmC) gekatalyseerde voornamelijk door Tet1 en Tet2, met vermelding van de betrokkenheid van zowel de actieve als de passieve DNA-demethylations. Bovendien Toon muis ES cellen onder Vc/PD0325901 voorwaarden, homogene morfologie en pluripotente staat. Gezamenlijk stellen wij een roman en chemische-synergy cultuur methode voor het bereiken van DNA-hypomethylation en het onderhoud van pluripotent in muis ES-cellen. De kleine-molecuul chemische-afhankelijke methode overwint de grote tekortkomingen van serum cultuur en houdt belofte voor het genereren van homogene ES-cellen voor verdere klinische toepassingen en onderzoeken.

Introduction

ES-cellen zijn afkomstig uit de ICM een blastocyst-1. De cellen kunnen in een Braziliaanse pluripotent zijn en alle somatische lineages en germline cellen2. Oprichting van ES-cellen biedt de mogelijkheid te onderzoeken van de ontwikkeling processen in vitro en cellen voor medische relevantie voor regeneratieve geneeskunde op basis van hun pluripotent3kan genereren.

Twee groepen seminally de muis ES-cellijnen opgericht in 1981 en wanneer cellen afgeleid van het vroege embryo muis werden gekweekt in de foetale runderserum (FBS)-met medium met muis embryonale fibroblasten (MEFs) als de feeder laag1,4 . MEFs mitotically waren geïnactiveerd en vooraf waren gegroeid in gerechten vóór het kweken van ES-cellen. MEFs ondersteuning voor muis ES cel bijlage en produceren van groeifactoren te bevorderen van voortplanting en onderdrukken de differentiatie5, terwijl FBS essentiële trofische factoren en hormonen voor celproliferatie biedt. Latere studies aangegeven dat LIF geproduceerd door feeder cellen de belangrijkste cytokine voor zelf-vernieuwing en onderhoud van pluripotent in muis ES-cellen was, en de toevoeging van LIF in het medium voor feeder cellen6 vervangen kon. Het uithoudingsvermogen van muis ES cellen in FBS/LIF medium op feeders is momenteel nog steeds de standaard methode die door veel onderzoekers aangenomen. Echter, sommige problemen met deze benadering van de klassieke cultuur. Ten eerste, feeder cellen afscheiden van overtollige en ongecontroleerde factoren en pathogene besmetting7kunnen veroorzaken. Om te voorkomen dat deze inmenging, coating het oppervlak van gerechten met gelatine en de toevoeging van LIF in serum-bevattende medium zijn alternatieve methoden voor het behoud van de muis ES cellen zonder feeder-laag cellen. Bovendien vertonen de muis ES cellen geteeld onder omstandigheden van de serum/LIF morfologische heterogeniteit in cel populaties, en zelfs in de mate van expressie van pluripotent-gerelateerde factoren8. Recente studies suggereren dat onder omstandigheden van de serum/LIF, de kern pluripotent-gerelateerde transcriptiefactoren (met inbegrip van SOX2, Nanog en OCT4) de pluripotent door middel van LIF en WNT signalering ondersteunen kunnen; echter, met name, zij ook activeren een fibroblast groeifactor (FGF) signaal om differentiatie8trigger. Als gevolg van de ambivalente dubbele actie van de kern transcriptiefactoren, muis ES cellen gekweekt in het serum aanwezig heterogeniteit, bestaande uit twee verwisselbare populaties, een soortgelijk aan ICM en een ander lijkt de op de voorbehandelde epiblast staat8. Bovendien, muis ES cellen in serum vertonen vaak global hypermethylation9, overwegende dat ICM en PGCs zijn in een staat van de wereldwijde hypomethylated, die nauw is met hun pluripotent9,10 verbonden.

Er is een aanzienlijke vraag naar het ontwikkelen van nieuwe methoden voor het kweken van muis ES-cellen. Diverse verbeterde protocollen zijn vastgesteld sinds 200311 maar er nog steeds enkele beperkingen en tekortkomingen7. Sinds 2008, het gecombineerde gebruik van twee kleine-molecuul kinase-remmers, PD0325901 (de Inhibitor van de omwenteling van de mitogeen-geactiveerd proteïne kinase (MAPK) / extracellulaire-signaal-gereglementeerde kinase (ERK) (MEK)) en CHIR99021 (de Inhibitor van de omwenteling van glycogeen synthase kinase 3 (GSK3)), in N2B27 medium met LIF en zonder serum voor kweken muis ES12 cellennieuwe perspectieven heeft geopend. Deze nieuwe beschreven medium wordt gekenmerkt door het gebruik van twee remmers (2i). Muis ES-cellen gekweekt in 2i/LIF medium zijn meer homogeen in cel populaties en de uitdrukking van pluripotent factoren. Daarnaast vertonen 2i/LIF-gekweekte muis ES-cellen DNA hypomethylation wereldwijd, die dichter bij ICM-achtige cellen9,13is. Zelfs zo, heeft 2i cultuur zijn nadelen. PD0325901 en CHIR99021 zijn onoplosbaar in water en in het algemeen worden opgelost in dimethylsulfoxide (DMSO)-op basis van de stamoplossing te voegen in een kweekvloeistof. Studies hebben aangetoond dat langdurig en lage dosis blootstelling van cellen aan DMSO kan leiden tot cytotoxiciteit14.

Hier, we twee kleine-molecuul verbindingen gebruikt en ontwikkelde een nieuwe methode van de cultuur van muis ES-cellen. De nieuwe cultuur methode combineert Vc en MEK-remmer PD0325901 ter bevordering van DNA hypomethylation snel en doeltreffend tot een vergelijkbaar niveau van PGC, genoemd als het protocol voor het kweken van Vc/PD0325901. Muis ES cellen in serum-bevattende medium Vc/PD0325901-toegevoegde vertonen homogeniteit in de morfologie en zijn opgelopen in een grondtoestand. Vergeleken met 2i cultuur, muis ES cellen gekweekt onder Vc/PD0325901 voorwaarden vertonen sneller kinetiek van DNA-demethylatie en het hypomethylation niveau vergelijkbaar met die van PGC kunnen bereiken. Bovendien, het gebruik van een enkele inhibitor (PD0325901) vermindert de input DMSO tot medium in vergelijking met die gebruikt in 2i (PD0325901/CHIR99021) en vermindert de schade aan cellen.

Protocol

1. voorbereiding Bereiden van een oplossing van 1,0 mM PD0325901 (MEK-remmer) en 3.0 mM CHIR99021 (GSK3-remmer). Weeg 2 mg PD0325901 en voeg 4.15 mL van DMSO in een flesje amberkleurig glas. Weeg 2 mg CHIR99021 en voeg 1.43 mL van DMSO in een flesje amberkleurig glas. Volgende reconstitutie, (50 µL/buis in 200 µL PCR buizen) aliquots bij-20 ° C worden opgeslagen en beschermd tegen licht. Verwijder een buis met de bevroren voorraad van een vriezer en ontdooien…

Representative Results

VC/PD0325901 geïnduceerde synergetisch global wissing van muis ES-cellen. Muis ES cellen in serum vertonen DNA hypermethylation, terwijl pluripotente ICM cellen en PGCs Toon globale verwijdering van methylation van DNA en de hypomethylated staat nauw verbonden met hun pluripotent9,10 is. Eerder, wij en anderen gevonden dat Vc Tet-gemedieerde 5mC demethylatie<sup class="…

Discussion

In het werk, wij een nieuwe methode van het combineren van Vc en PD0325901 te houden muis ES-cellen om een ongedifferentieerde en hypomethylated state, die werd bereikt door een synergetische actie ter bevordering van DNA demethylatie door Vc en onderdrukken van DOVO DNA aangetoond Methylation door PD0325901. Bovendien toonde muis ES cellen grote morfologie onder het systeem van Vc/PD0325901 cultuur.

Om beter de provincie muis ES-cellen in het Vc/PD0325901 cultuur-systeem, zijn er enk…

Divulgazioni

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Dit werk werd gesteund door de nationale Natural Science Foundation van China (21435008 en 21327006 naar H.W.), en de strategische prioriteit Research Program van de Chinese Academie van Wetenschappen (XDB14030200 naar H.W.).

Materials

fetal bovine serum Australia source Corning 35-076-CV Component of mouse ES cell medium
DMEM/high glucose Hyclone SH30022 Component of mouse ES cell medium
LIF Millipore ESG1107 Component of mouse ES cell medium
non-essential amino acids (NEAA) Gibco 11140050 Component of mouse ES cell medium
sodium pyruvate Gibco 11360070 Component of mouse ES cell medium
L-glutamine Gibco 25030081 Component of mouse ES cell medium
penicillin streptomycin solution Gibco 15140122 Component of mouse ES cell medium
PBS Sigma P5493 Cells rinse
trypsin Hyclone SH30042 Cell dissociation
gelatin Sigma 48722 Dishes coating
PD0325901 Stemolecule 04-0006-10 small-molecule chemical for cell culture
CHIR99021 Stemolecule 04-0004 small-molecule chemical for cell culture
vitamin C Sinopharm Chemical Reagent Co.,Ltd  XW00508171 small-molecule chemical for cell culture
Ultra Bioscience water purification systemr Purelab Ultra Ultra water
DMSO Sigma D8418 Cell freezing medium
centrifuger Eppendorf 5427R DNA and protein extraction
protease inhibitor cocktail Sigma P8340 Component of RIPA buffer
PMSF Protease Inhibitor ThermoFisher Scientific 36978 Component of RIPA buffer
DTT Sigma 43815 Component of RIPA buffer
EGTA Sigma E3889 Component of RIPA buffer
Genomic DNA Purification Kit  Promega A1125 Genomic DNA extraction
NanoDrop 2000 ThermoFisher Scientific NanoDrop 2000 Determination of DNA concentration
calf intestinal phosphatase New England Biolabs M0290 DNA digestion
DNase I New England Biolabs M0303 DNA digestion
snake venom phosphodiesterase I Sigma P4506 DNA digestion
Nanosep 3K Omega Pall OD003C35 filtration of digested DNA
1290 UHPLC system Agilent  1290 UHPLC separation
G6410B triple quadrupole mass spectrometer Agilent  G6410B MS/MS analysis
Zorbax Eclipse Plus C18 column Agilent  Zorbax Eclipse Plus colume for UHPLC separation
5-methylcytosine Solarbio Life Sciences SM8900  standard 5mC
5-hydroxymethylcytosine (standard) Toronto Research Chemicals M295900 standard 5hmC
Prdm14 antibody bioworld BS7634 Western blot analysis-primary antibody
Dnmt3a antibody bioworld BS6587 Western blot analysis-primary antibody
Dnmt3b antibody abcam ab13604 Western blot analysis-primary antibody
Dnmt3l antibody abcam ab3493 Western blot analysis-primary antibody
Dnmt1 antibody abcam ab13537 Western blot analysis-primary antibody
β-tubulin antibody bioworld BS1482MH Western blot analysis-primary antibody
goat anti-rabbit IgG abcam ab6721 Western blot analysis-secondary antibody
goat anti-mouse IgG abcam ab6789 Western blot analysis-secondary antibody
Trizol Invitrogen 15596-026 RNA extraction
reverse transcription system Promega A3500 RNA reverse transcription
GoTaq qPCR Master Mix Promega A6001 RT-PCR
StemTAG alkaline phosphatase staining and activity assay kit Cells Biolabs, Inc. CBA-302  alkaline phosphatase staining analysis
mouse ES cells: WT, 129 SvEv Provided by Professor Guoliang Xu (Shanghai Institutes for Biological Sciences, Chinese Academy of Sciences, Shanghai, China) cell strain of mouse ES cells
microscope Zeiss LSM510 cells observation
GraphPad Prism 5.0 GraphPad Prism Software Inc. 5.0 statistical analysis

Riferimenti

  1. Evans, M. J., Kaufman, M. H. Establishment in culture of pluripotential cells from mouse embryos. Nature. 292 (5819), 154-156 (1981).
  2. Smith, A. G. Embryo-derived stem cells: of mice and men. Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 17, 435-462 (2001).
  3. Murry, C. E., Keller, G. Differentiation of embryonic stem cells to clinically relevant populations: lessons from embryonic development. Cell. 132 (4), 661-680 (2008).
  4. Martin, G. R. Isolation of a pluripotent cell line from early mouse embryos cultured in medium conditioned by teratocarcinoma stem cells. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 78 (12), 7634-7638 (1981).
  5. Eiselleova, L., et al. Comparative study of mouse and human feeder cells for human embryonic stem cells. Int. J. Dev.Biol. 52 (4), 353-363 (2008).
  6. Williams, R. L., et al. Myeloid leukaemia inhibitory factor maintains the developmental potential of embryonic stem cells. Nature. 336 (6200), 684-687 (1988).
  7. Tamm, C., Galitó, S. P., Annerén, C. A comparative study of protocols for mouse embryonic stem cell culturing. Plos One. 8 (12), e81156 (2013).
  8. Yamaji, M. PRDM14 ensures naive pluripotency through dual regulation of signaling and epigenetic pathways in mouse embryonic stem cells. Cell Stem Cell. 12 (3), 368-382 (2013).
  9. Ficz, G., et al. FGF signaling inhibition in ESCs drives rapid genome-wide demethylation to the epigenetic ground state of pluripotency. Cell Stem Cell. 13 (3), 351-359 (2013).
  10. Smith, Z. D., et al. A unique regulatory phase of DNA methylation in the early mammalian embryo. Nature. 484 (7394), 339-344 (2012).
  11. Ying, Q. L., Nichols, J., Chambers, I., Smith, A. BMP induction of Id proteins suppresses differentiation and sustains embryonic stem cell self-renewal in collaboration with STAT3. Cell. 115 (3), 281-292 (2003).
  12. Ying, Q. L., et al. The ground state of embryonic stem cell self-renewal. Nature. 453 (7194), 519-523 (2008).
  13. Leitch, H. G., et al. Naive pluripotency is associated with global DNA hypomethylation. Nat. Struct. Mol. Biol. 20 (3), 311-316 (2013).
  14. Galvao, J., Davis, B., Tilley, M., Normando, E., Duchen, M. R., Cordeiro, M. F. Unexpected low-dose toxicity of the universal solvent DMSO. FASEB J. 28 (3), 1317-1330 (2014).
  15. Yin, R., et al. Ascorbic acid enhances Tet-mediated 5-methylcytosine oxidation and promotes DNA demethylation in mammals. J. Am. Chem. Soc. 135 (28), 10396-10403 (2013).
  16. Guerra, A. D., Rose, W. E., Hematti, P., Kao, W. J. Minocycline modulates NFκB phosphorylation and enhances antimicrobial activity against Staphylococcus aureus in mesenchymal stromal/stem cells. Stem Cell Res. Ther. 8 (1), 171 (2017).
  17. Blaschke, K., et al. Vitamin C induces Tet-dependent DNA demethylation and a blastocyst-like state in ES cells. Nature. 500 (7461), 222-226 (2013).
  18. Tahiliani, M., et al. Conversion of 5-methylcytosine to 5-hydroxymethylcytosine in mammalian DNA by MLL partner TET1. Science. 324 (5929), 930-935 (2009).
  19. Wu, H., Zhang, Y. Mechanisms and functions of Tet protein-mediated 5-methylcytosine oxidation. Genes Dev. 25 (23), 2436-2452 (2011).
  20. Inoue, A., Zhang, Y. Replication-dependent loss of 5-hydroxymethylcytosine in mouse preimplantation embryos. Science. 334 (6053), 194 (2011).
  21. He, Y. F., et al. Tet-mediated formation of 5-carboxylcytosine and its excision by TDG in mammalian DNA. Science. 333 (6047), 1303-1307 (2011).
  22. Maiti, A., Drohat, A. C. Thymine DNA glycosylase can rapidly excise 5-formylcytosine and 5-carboxylcytosine: Potential implications for active demethylation of CpG sites. J. Biol. Chem. 286 (41), 35334-35338 (2011).
  23. Habibi, E., et al. Whole-genome bisulfite sequencing of two distinct interconvertible DNA methylomes of mouse embryonic stem cells. Cell Stem Cell. 13 (3), 360-369 (2013).
  24. von Meyenn, F., et al. Impairment of DNA methylation maintenance is the main cause of global demethylation in naive embryonic stem cells. Mol. Cell. 62, 848-861 (2016).
  25. Li, C., Liu, B., Zhong, S., Wang, H. MEK inhibitor PD0325901 and vitamin C synergistically induce hypomethylation of mouse embryonic stem cells. Oncotarget. 7 (26), 39730-39739 (2016).
  26. Hackett, J. A., et al. Synergistic mechanisms of DNA demethylation during transition to ground-state pluripotency. Stem Cell Reports. 1 (6), 518-531 (2013).
  27. Nakaki, F., Saitou, M. PRDM14: a unique regulator for pluripotency and epigenetic reprogramming. Trends Biochem. Sci. 39 (6), 289-298 (2014).
  28. Nichols, J., Smith, A. Pluripotency in the embryo and in culture. Cold Spring Harb. Perspect. Biol. 4 (8), (2012).

Play Video

Citazione di questo articolo
Li, C., Lai, W., Wang, H. An Alternative Culture Method to Maintain Genomic Hypomethylation of Mouse Embryonic Stem Cells Using MEK Inhibitor PD0325901 and Vitamin C. J. Vis. Exp. (136), e56391, doi:10.3791/56391 (2018).

View Video