Validating Whole Genome Nanopore Sequencing, using Usutu Virus as an Example

Bas  B. Oude Munnink; David  F. Nieuwenhuijse; Reina  S. Sikkema; Marion Koopmans

doi:10.3791/60906

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Convalida del sequenziamento dei nanopore dell'intero genoma, usando Usutu Virus come esempio

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Validating Whole Genome Nanopore Sequencing, using Usutu Virus as an Example

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Convalida del sequenziamento dei nanopore dell'intero genoma, usando Usutu Virus come esempio

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05:45 min

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March 11, 2020

DOI:

10.3791/60906-v

DOI:

10.3791/60906-v

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05:45 min

March 11, 2020

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Bas B. Oude Munnink¹, David F. Nieuwenhuijse¹, Reina S. Sikkema¹, Marion Koopmans¹

¹ErasmusMC, Department of Viroscience, WHO Collaborating Centre for Arbovirus and Viral Hemorrhagic Fever Reference and Research,Erasmus University Medical Center

Summary

In precedenza abbiamo convalidato un protocollo per il sequenziamento del virus USsutu intero genoma basato sull'amplicon (USUV) su una piattaforma di sequenziamento nanoporo. Qui, descriviamo i metodi utilizzati in modo più dettagliato e determiniamo il tasso di errore della cella di flusso nanopora R10.

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