Validating Whole Genome Nanopore Sequencing, using Usutu Virus as an Example

Bas  B. Oude Munnink; David  F. Nieuwenhuijse; Reina  S. Sikkema; Marion Koopmans

doi:10.3791/60906

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Validierung der Nanoporensequenzierung des gesamten Genoms anhand des Usutu-Virus als Beispiel

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Validating Whole Genome Nanopore Sequencing, using Usutu Virus as an Example

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Validierung der Nanoporensequenzierung des gesamten Genoms anhand des Usutu-Virus als Beispiel

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05:45 min

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March 11, 2020

DOI:

10.3791/60906-v

DOI:

10.3791/60906-v

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05:45 min

March 11, 2020

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Bas B. Oude Munnink¹, David F. Nieuwenhuijse¹, Reina S. Sikkema¹, Marion Koopmans¹

¹ErasmusMC, Department of Viroscience, WHO Collaborating Centre for Arbovirus and Viral Hemorrhagic Fever Reference and Research,Erasmus University Medical Center

Summary

Zuvor haben wir ein Protokoll für die Sequenzierung des Amplikon-basierten Ganzgenoms Usutu Virus (USUV) auf einer Nanoporensequenzierungsplattform validiert. Hier beschreiben wir die verwendeten Methoden genauer und bestimmen die Fehlerrate der Nanoporen-R10-Durchflusszelle.

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