현재 프로토콜은 유전자 카세트 knock-in 및 floxed 마우스를 효율적으로 생산하기 위한 CRISPR-Cas9 및 기증자 DNA의 접합체 미세주입을 설명합니다.
CRISPR-Cas 기술은 유전자 변형 마우스를 빠르고 쉽게 생성할 수 있게 해주었습니다. 특히, 마우스와 점 돌연변이 마우스는 접합체에 CRISPR 인자(및 단일 가닥 올리고 DNA 공여체)를 전기천공하여 쉽게 생산됩니다. 대조적으로, 유전자 카세트(>1kb) knock-in 및 floxed 마우스는 주로 접합체에 CRISPR 인자 및 이중 가닥 DNA 기증자를 미세 주입하여 생성됩니다. 게놈 편집 기술은 또한 유전자 변형 마우스 생산의 유연성을 증가시켰습니다. 이제 다수의 유익한 근친교배 마우스 균주에서 표적 게놈 영역에 의도된 돌연변이를 도입하는 것이 가능하다. 우리 팀은 일본을 포함한 여러 국가의 요청에 따라 CRISPR-Cas9의 접합체 미세주입을 통해 200개 이상의 유전자 카세트 knock-in 마우스 라인과 110개 이상의 플록스 마우스 라인을 생산했습니다. 이러한 게놈 편집 중 일부는 BALB/c, C3H/HeJ 및 C57BL/6N 근친교배 균주를 사용했지만 대부분은 C57BL/6J를 사용했습니다. 전기천공 방법과는 달리, 다양한 근친교배 생쥐 균주에서 접합체 미세주입에 의한 게놈 편집은 그리 쉬운 일이 아닙니다. 그러나 단일 근친 교배 유전적 배경에 있는 유전자 카세트 녹인 및 플록스 마우스는 유전적 인간화, 형광 리포터 및 조건부 녹아웃 마우스 모델만큼 중요합니다. 따라서 이 기사에서는 유전자 카세트 knock-in 및 floxed 마우스를 생성하기 위해 C57BL/6J 마우스에서 CRISPR 인자 및 이중 가닥 DNA 기증자의 접합체 미세주입에 대한 프로토콜을 제시합니다. 이 기사는 세포질 주입보다는 핵 주입에만 초점을 맞춥니다. 접합체 미세주입 외에도 생산 공정에 대한 타임라인과 과배란 유도 및 배아 이식과 같은 주변 기술에 대해 설명합니다.
의도된 외인성 유전자가 표적 유전자좌에 도입된 녹-인 마우스는 유전자 인간화 마우스, 형광 리포터 마우스 및 Cre 드라이버 마우스 1,2와 같이 많은 생체 내 연구에서 널리 사용됩니다. 마우스 접합체에서 게놈 편집에 의해 knock-in 돌연변이가 유도되는 경우, 단일 가닥 DNA(single-stranded oligo DNA donors, ssODN) 또는 이중 가닥 DNA(dsDNA)가 공여체 DNA 2,3으로 사용됩니다. ssODN은 주로 200bp4 이하의 비교적 짧은 유전자 단편을 knock-in하는데 사용된다. 긴 ssODN(lsODN)5,6을 사용하여 1kb DNA보다 긴 단편을 knock-in하는 것이 가능하지만 준비 시간이 많이 걸립니다. dsDNA 공여체가 사용될 때, 힘들게 하는 공여체 DNA 제조 없이 유전자 카세트(>1 kb) knock-in 마우스를 생성할 수 있다7.
ssODNs 사용의 주요한 이점은 전기천공(electroporation)8이 knock-in 마우스를 생성할 수 있다는 것이다. 그러나 dsDNA 기증자는 접합체 미세주입에 의해 핵에 직접 도입되어야 합니다. 플록스된 마우스를 만들기 위해서는 두 부위에서 동시 knock-in이 필요하며, 여기서 각 loxP 서열은 표적 유전자의 상류 및 하류에서 knock-in됩니다. 마우스 접합체에서 게놈 편집에 의해 플록스 마우스를 생성하는 두 가지 방법이 있습니다 – 각각 단일 loxP 부위를 운반하는 두 개의 독립적인 ssODN을 사용하거나 플록스된 서열을 가진 단일 dsDNA(또는 lsDNA)를 사용합니다. 전자는 매우 비효율적입니다 9,10,11. dsDNA 기증자를 사용한 게놈 편집은 환경이 접합체 미세주입에 도움이 되는 경우 유전자 카세트 knock-in 및 floxed 마우스를 생산하는 가장 간단한 접근 방식입니다.
초기에는 Cas9 mRNA와 sgRNA의 혼합물 또는 sgRNA와 Cas9를 암호화하는 DNA 벡터를 마우스 접합체의 게놈 편집에 사용한다12,13. 고품질의 안정적인 Cas9 단백질을 저렴한 비용으로 이용할 수 있게 되었기 때문에, crRNA-tracrRNA-Cas9 리보핵단백질(RNP)을 마우스 접합체14에 도입하는 것이 대중화되었다. 최근, knock-in 마우스는 knock-in이 발생할 가능성이 가장 높은 세포 주기 단계에서 crRNA-tracrRNA-Cas9 RNP와 donor DNA를 마우스 접합체의 두 전핵에 도입하여 높은 효율로 생성되었다15. 그러므로, 본 프로토콜은 이러한 방법에 의해 다양한 유형의 녹인 마우스를 제조하기 위한 기술을 기술한다.
실험용 마우스의 유용한 근친교배 균주가 많이 있다16. 근친 교배 배경 내의 유전자 변형은 표현형에 대한 유전적 배경의 영향을 무시할 수 있습니다. 이 기사에서는 가장 일반적으로 사용되는 근친 교배 마우스 계통인 C57BL/6J17의 접합체에서 유전자 카세트 knock-in 및 floxed 돌연변이를 유도하는 방법을 설명합니다. 또한, 유전자 변형 마우스의 생성에 대한 타임라인과 사용된 말초 기술도 논의되며, 여기에는 과배란 유도 및 배아 이식이 포함됩니다.
본 연구에서는 자연 교배에서 얻은 신선한(냉동-해동되지 않은) C57BL/6J 마우스 접합체를 게놈 편집 마우스 생산에 사용했습니다. knock-in이 발생할 가능성이 가장 높은 세포 주기 단계에서 crRNA-tracrRNA-Cas9 및 donor DNA(RNPD)를 이러한 접합체의 두 전핵에 주입함으로써 높은 출생률과 충분한 게놈 편집 효율로 유전자 카세트 knock-in 및 floxed 마우스를 생성했습니다. 현재 연구는 SPRINT-CRISPR 방법15의 확장성을 강화하여 C57BL/6J 유전적 배경에서도 충분한 knock-in 효율을 보장하고 플록스 마우스 생산에 적용할 수 있습니다.
전기천공법(Electroporation)은 게놈 편집 마우스를 생산하는 매우 일반화된 방법인데, 그 이유는 실험 장치의 비용이 저렴하고 기술을 쉽게 배울 수 있기 때문이다8. 또한, 난관에 존재하는 착상 전 배아로 게놈 편집이 이루어지는 i-GONAD 방법(19)은 수용자 마우스를 필요로 하지 않는다. 이러한 방법들과 비교하여, 여기에 제시된 본 방법은 하드웨어 및 소프트웨어 양쪽 측면에서 실험 환경을 준비하고 유지할 때 비용과 시간이 많이 소요된다. 그러나 일단 실험 설비가 갖추어지면 시중에서 판매되는 CRISPR 요소(crRNA, tracrRNA, Cas9 단백질)와 간단하고 소량의 원형 플라스미드 벡터만으로 복잡한 유전자 카세트 knock-in 및 floxed 마우스를 생산할 수 있습니다. 이는, 많은 복잡한 게놈-편집된 마우스 라인이 준비하기 위해 시간이 많이 걸리는(또는 상대적으로 비싼) lsODN 5,6 또는 아데노-관련 바이러스 벡터(20)를 제조할 필요 없이 생산될 수 있다는 것을 의미한다.
원래의 SPRINT-CRISPR 방법15와 달리 신선한(냉동-해동) 접합체가 사용되었습니다. 자연 교배에 의해 신선한 접합체를 얻을 때, 체외 수정 또는 동결 및 해동 중에 발생할 수있는 기술적 오류를 무시할 수 있습니다. 또한 배아 조작 과정은 현재 접근 방식에 따라 약 반나절 만에 완료 될 수 있습니다 (그림 1). 한편, 본 방법의 일부 한계는 많은 수컷 마우스의 요구 사항, 수정 시기의 느슨한 제어, 미세 주입을 위한 접합체의 수를 완전히 예측하는 제한된 능력을 포함합니다. 원래의 SPRINT-CRISPR 방법과 비교하여 이 방법은 출생률이 더 높을 수 있습니다(표 1). 그럼에도 불구하고 실험 도체, 표적 유전자, 유전적 배경, 배아 확인 시기의 차이 때문에 본 방법이 출생률 측면에서 더 낫다고 단정할 수 없다.
표 1에 나타낸 바와 같이, 대부분의 유전자 카세트 knock-in 프로젝트에서 많은 수의 마우스는 무작위 통합 대립유전자를 가졌다. 무작위 통합은 내인성 유전자의 의도하지 않은 파괴 및 이식 유전자의 이소성 발현을 초래할 수 있기 때문에 제거되어야 합니다. 미래의 과제는 충분한 knock-in 효율을 유지하면서 무작위 적분 이벤트의 수를 줄이는 실험 조건을 찾는 것입니다.
DNA 이중 가닥 절단을 초래하는 게놈 편집 이펙터를 사용한 거의 모든 마우스 접합체 게놈 편집은 표적 부위에서 의도하지 않은 돌연변이를 유도할 가능성이 있습니다 9,21. 이러한 의도하지 않은 표적 돌연변이의 결과는 명확한 증거를 제시하기 위해 차세대 마우스를 관리할 수 있는 상황에 있지 않기 때문에 여기에 설명되지 않습니다. 의도하지 않은 표적 돌연변이 유발으로 인한 혼란의 우려를 배제하는 가장 좋은 방법은 창시자를 교차하는 것이 아니라 야생형 마우스와 교배하여 차세대 마우스를 얻는 것입니다. 원칙적으로, 이 교차로 인한 N1 마우스는 대립유전자의 한쪽에 야생형(WT)이므로 의도된 녹인(KI) 대립유전자가 검출되면 WT/KI 이형접합체입니다. 따라서, 표적 돌연변이 유발은 비교적 빠른 수명주기를 가지며 다산 동물 인 실험용 마우스에서 중요한 문제가 아닙니다. 그러나이 기술이 상대적으로 큰 포유류에 적용될 때 더 많은 개선이 필요할 것입니다.
이 기술은 C57BL/6J 이외의 근친교배 균주에서 유전자 카세트 knock-in 마우스를 생산할 수 있음이 확인되었지만 충분한 수의 프로젝트가 확보되지 않았고 데이터가 매우 가변적입니다. 이러한 이유로 이 정보는 본 연구에 포함되지 않습니다. 이 주제에 대한 추가 연구는 마우스 유전학 및 질병 모델 연구를 발전시키는 데 필요할 것으로 믿어집니다.
The authors have nothing to disclose.
이 작업은 문부과학성의 과학 연구(B)(19H03142: SM으로), 과학 연구(A)(20H00444: FS로), 과학 연구(A)(21H04838: SM으로) 및 혁신 분야에 대한 과학 연구 “첨단 동물 모델 지원 플랫폼”(16H06276: ST)의 지원을 받았습니다. 자금 제공자는 연구 설계, 데이터 수집 및 분석, 출판 결정 또는 원고 준비에 아무런 역할도 하지 않았습니다. 게놈 편집 설계에 대한 유용한 토론을 해주신 Ryoichi Mori에게 감사드립니다.
Atipamezole Hydrochloride | ZENOAQ | – | |
Autoclip Wound Clip | BD | 427631 | |
Autoclip Wound Clip Applier | BD | 427630 | |
Butorphanol | Meiji Seika Pharma | – | |
C57BL/6J mice | Jackson Laboratory Japan | – | older than 10 weeks old |
Calibrated Pipet, 100ul | Drummond Scientific Company | 2-000-100 | for collecting zygote and embryo transfer |
Cas9 | Thermo Fisher Scientific | A36499 | |
Cas9 Nuclease Reaction Buffer | NEB | B7203 | |
CellTram 4r oil | Eppendorf | 5196000030 | |
CRISPOR | http://crispor.tefor.net/ | web tool for genome editing experiments with the CRISPR-Cas9 system | |
crRNA | IDT | – | |
Gel/PCR Extraction Kit | FastGene | FG-91302 | |
hCG | ASKA Animal Health | – | |
Hyaluronidase | Merck Sigma-Aldrich | H3884 | |
ICR mice | Jackson Laboratory Japan | – | older than 10 weeks old, weight 28 G or more |
Inverted microscope | Leica | ||
KOnezumi | https://www.md.tsukuba.ac.jp/LabAnimalResCNT/KOanimals/konezumi.html | a web application for automating gene disruption strategies to generate knockout mice | |
M16 medium | Merck Sigma-Aldrich | M7292 | |
M2 medium | Merck Sigma-Aldrich | M7167 | |
Medetomidine | ZENOAQ | – | |
Micro shears | Natsume Seisakusho | MB-54-1 | |
Microforge | Narishige | MF-900 | for fire polishing of holding pipette and bending the microinjection needle |
Micromanipulator units | Narishige | ||
Micropipette puller | Sutter Instrument | P-1000 | programmable pipette puller |
Midazolam | Maruishi Pharmaceutical | – | |
MILLEX-GV 0.22 µm filter | Merck Millipore | SLGV033R | |
Mineral oil | Nacalai | 26114-75 | for zygote culture and injection chamber |
Petri dish (35mm, untreated) | Iwaki | 1000-035 | for zygote culture |
PIEZO micromanipulator | PRIME TECH | PMM-150 | |
Plasmid Mini Kit | FastGene | FG-90502 | mini prep spin column kit |
PMM Operation Liquid | PRIME TECH | KIT-A | operation liquid for microinjection |
PMSG | ASKA Animal Health | – | |
Polyvinylpyrrolidone | Merck Sigma-Aldrich | P5288 | |
RNase | QIAGEN | 19101 | |
RNase Free Water | IDT | – | tracrRNA Accessory Reagents |
Serrefine clamp | Natsume Seisakusho | C-18 | |
Sodium dodecyl sulfate | SIGMA | 151-21-3 | |
Suture needle with thread | Natsume Seisakusho | C11-60B2 | |
Thin wall borosilicate glass without filament |
Sutter Instrument | B100-75-10 | for microinjection needle and holding pipette |
tracrRNA | IDT | – |