מחקר זה מפרט טיהור של KIF1A(1-393LZ), חבר במשפחת קינזין-3, באמצעות מערכת ביטוי Sf9-baculovirus. ניתוח החלקה חד-מולקולתית ורב-מנועית במבחנה של מנועים מטוהרים אלה הפגין תכונות תנועתיות חזקות הדומות למנועים של ליזאט תאי יונקים. לפיכך, מערכת Sf9-baculovirus היא מקובלת להביע ולטהר חלבון מוטורי של עניין.
סביבה תאית מורכבת מציבה אתגרים לניתוח תנועתיות של מולקולה בודדת. עם זאת, ההתקדמות בטכניקות ההדמיה שיפרה את המחקרים על מולקולות בודדות וצברה פופולריות עצומה באיתור והבנה של ההתנהגות הדינמית של מולקולות המתויגות על-ידי פלואורסצנט. במאמר זה נתאר שיטה מפורטת למחקרי מולקולה בודדת במבחנה של מנועים ממשפחת קינסין-3 באמצעות מיקרוסקופיה פלואורסצנטית של השתקפות פנימית כוללת (TIRF). Kinesin-3 היא משפחה גדולה הממלאת תפקידים קריטיים בתפקודים תאיים ופיזיולוגיים, החל מהובלת מטענים תוך-תאיים, דרך חלוקת תאים ועד להתפתחות. הראינו בעבר שמנועי קינזין-3 דימריים פעילים באופן מכונן מפגינים תנועתיות מהירה וסופר-מעבדית עם זיקה מיקרוטובולית גבוהה ברמת המולקולה הבודדת באמצעות ליזטים תאיים שהוכנו על ידי ביטוי מוטורי בתאי יונקים. המעבדה שלנו חוקרת מנועי קינסין-3 ומנגנוני הוויסות שלהם תוך שימוש בגישות תאיות, ביוכימיות וביופיזיקליות, ומחקרים כאלה דורשים חלבונים מטוהרים בקנה מידה גדול. ביטוי וטיהור של מנועים אלה באמצעות תאי יונקים יהיה יקר וגוזל זמן, בעוד שביטוי במערכת ביטוי פרוקריוטית הביא לחלבון מצטבר ולא פעיל באופן משמעותי. כדי להתגבר על המגבלות שמציבות מערכות טיהור חיידקים וליזה של תאי יונקים, הקמנו מערכת ביטוי חזקה של Sf9-baculovirus כדי לבטא ולטהר את המנועים האלה. מנועי הקינזין-3 מתויגים באופן סופי ב-C עם חלבונים פלואורסצנטיים בעלי 3 טנדם (3xmCitirine או 3xmCit) המספקים אותות משופרים והפחתת הלבנה. ניתוח החלקה חד-מולקולתית ורב-מנועית במבחנה של חלבונים מטוהרים מדגם Sf9 מראה כי מנועי קינזין-3 הם מהירים וסופר-מעבדים בדומה למחקרים קודמים שלנו שהשתמשו בליסאטות של תאי יונקים. יישומים אחרים המשתמשים במבחנים אלה כוללים ידע מפורט על תנאי אוליגומרים של מנועים, שותפים מחייבים ספציפיים המקבילים למחקרים ביוכימיים, ומצבם הקיני.
סביבת תאים צפופה מאוד מציבה אתגרים רבים במיון חלבונים ומולקולות מיועדים. עומס עבודה אינטנסיבי זה של ארגון והפצה מרחבית-טמפורלית של מולקולות בתוך הציטופלסמה מתאפשר על ידי מנועים מולקולריים ומסלולים ציטוסקטליים. מנועים מולקולריים הם האנזימים שמבצעים הידרוליזה של מטבעות האנרגיה כגון ATP ומנצלים אנרגיה זו במהלך תנועה ויצירת כוח1. בהתבסס על הדמיון ברצף חומצות האמינו, קינסינים מקובצים ל-14 משפחות ולמרות הדמיון הזה, כל מנוע תורם באופן ייחודי לתפקוד התא. מנועי משפחת קינסין-3 מהווים את אחד הגדולים ביותר, הכולל חמש תת-משפחות (KIF1, KIF13, KIF14, KIF16 ו- KIF28)2, הקשורות למגוון תפקודים תאיים ופיזיולוגיים, כולל הובלת שלפוחית, איתות, מיטוזה, הגירה גרעינית ופיתוח 3,4,5. פגיעה בתפקוד ההובלה של קינזין-3 כרוכה בהפרעות נוירודגנרטיביות רבות, פגמים התפתחותיים ומחלות סרטן 6,7,8,9.
עבודות אחרונות הראו כי מנועי קינזין-3 הם מונומרים אך עוברים דימריזציה הנגרמת על ידי מטען וגורמים לתנועתיות מהירה וסופר-תהליכית בהשוואה לקינסיןקונבנציונלי 10,11,12,13. האפיון הביוכימי והביופיזי שלהם זקוק לכמות גדולה של חלבונים מטוהרים ופעילים. עם זאת, הייצור שלהם במערכת הביטוי הפרוקריוטית הביא למנועים לא פעילים או מצטברים, ככל הנראה בשל סינתזת חלבונים, קיפול ושינוי מכונות 14,15,16,17,18 שאינן תואמות. כדי לעקוף מגבלות כאלה ולהגדיל את התשואה, כאן הקמנו מערכת ביטוי חזקה Sf9-baculovirus כדי לבטא ולטהר את המנועים האלה.
מערכת הביטוי של baculovirus משתמשת בקווי תאי חרקים Sf9 כמערכת מארחת לביטוי חלבון רקומביננטי אאוקריוטי בעל תפוקה גבוהה19,20. ל-Baculovirus יש מקדם פוליהדרין חזק המסייע בביטוי גנים הטרולוגיים ובייצור חלבונים רקומביננטיים מסיסים17. בשל עלותו החסכונית, בטיחותו לטיפול וכמות גבוהה של ביטוי חלבון פעיל, הוא הפך לכלי רב עוצמה21. כדי לבטא חלבון בעל עניין, צעד מפתח הוא ליצור בסיס רקומביננטי. מכיוון שערכות ייצור הבקמיד הזמינות מסחרית הן יקרות ואנחנו נעבוד עם דגימות נוספות, פיתחנו פרוטוקול פנימי לתוספות גדולות וקטנות של מנועי קינזין-3 לתוך bacmids. מנועי קינזין-3 מטוהרים Sf9 שימשו לאפיון תכונות גלישה של מיקרוטובול מיקרו-מבחנה חד-מבנית ורב-מנועית באמצעות מיקרוסקופיית השתקפות פלואורסצנטית פנימית כוללת (TIRF). מנועים מתויגים באופן סופי C עם מולקולות פלואורסצנטיות 3-טנדם (3xmCit) כדי לספק אות משופר והפחתת הלבנת פוטו. בשל יחס אות לרעש מוגבר, פחות פוטוטוקסיות והדמיה סלקטיבית של אזור קטן מאוד קרוב לכיסוי, נעשה שימוש נרחב בהדמיית TIRF כדי לדמיין דינמיקה של חלבונים ברמת המולקולה הבודדת in vivo ו– in vitro.
מחקר זה דן בטיהור מנועי קינסין-3 על ידי שימוש במערכת ביטוי Sf9-baculovirus והדמיית מולקולה בודדת במבחנה וניתוח גלישה רב-מוטורית של מנועים באמצעות מיקרוסקופיית TIRF. בסך הכל, מחקר זה מראה כי תכונות התנועתיות של מנועים מטוהרים Sf9 זהות לאלה של מנועים שהוכנו מליסאטות של תאי יונקים. לפיכך, אנו מאמינים כי ניתן להתאים את מערכת Sf9-baculovirus כדי לבטא ולטהר כל חלבון מוטורי בעל עניין.
מערכת הביטוי Sf9-baculovirus היא אחת השיטות הרב-תכליתיות והמוצלחות ביותר לייצור חלבונים בתפוקה גבוהה 19,36,37. יכולת השינוי לאחר ההעברה של תאי Sf9 דומה מאוד למערכת היונקים15. חסרון ניכר בשימוש במערכת זו הוא שהיא איטית ורגישה לזיהום. אחד ה…
The authors have nothing to disclose.
V.S. ו- P.S. מודים לפרופ’ קריסטן ג’יי ורהי (אוניברסיטת מישיגן, אן ארבור, מישיגן, ארה”ב) ולפרופ’ רופ מאליק (המכון ההודי לטכנולוגיה בומביי (IITB), מומבאי, הודו) על תמיכתם ללא תנאי לאורך כל המחקר. נ.ב. מודה לד”ר סיבפריה קירובקאראן על תמיכתה לאורך כל הפרויקט. V.S. מאשרת מימון באמצעות DBT (מענק מס’: BT/PR15214/BRB/10/1449/2015 ו-BT/RLF/Re-entry/45/2015) ו-DST-SERB (מענק מס’: ECR/2016/000913). P.K.N מאשרת את ICMR למימון (מענק מס’ 5/13/2019/NCD-III). נ.ב. מאשרת מימון משעון הקיץ (מענק מס’: SR/WOS-A/LS-73/2017). D.J.S מכיר במלגה מ- IIT Gandhinagar.
Sf9 culture and transfection materials | |||
anti-FLAG M2 affinity | Biolegend | 651502 | For motility purification |
Aprotinin | Sigma | A6279 | For motility assay and purification |
Cellfectin | Invitrogen | 10362100 | For Sf9 transfection |
DTT | Sigma | D5545 | For motility assay mixture |
FLAG peptide | Sigma | F3290 | For motility purification |
Glycerol | Sigma | G5516 | For motility purification |
HEPES | Sigma | H3375 | Preparing lysing Sf9 cells |
IGEPAL CA 630 | Sigma | I8896 | Preparing lysing buffer for Sf9 cells |
KCl | Sigma | P9541 | For motility purification |
Leupeptin | Sigma | L2884 | For motility assay and purification |
MgCl2 | Sigma | M2670 | For preparing lysis buffer |
NaCl | Sigma | S7653 | For preparing lysis buffer |
PMSF | Sigma | P7626 | For motility purification |
Sf9 cells | Kind gift from Dr. Thomas Pucadyil (Indian Institute of Science Education and Research, Pune, India). | For baculovirs expression and purification | |
Sf9 culture bottles | Thermo Scientific | 4115-0125 | For suspension culture |
Sf-900/SFM medium (1X) | Thermo Scientific | 10902-096 -500ml | For culturing Sf9 cells |
Sucrose | Sigma | S1888 | Preparing lysing buffer for Sf9 cells |
Unsupplemented Grace’s media | Thermo Scientific | 11595030 -500ml | For Sf9 transfection |
Mirotubule Polymerization and Single molecule assay materails | |||
ATP | Sigma | A2647 | For motility and gliding assay |
BSA | Sigma | A2153 | For blocking motility chamber |
Catalase | Sigma | C9322 | For motility and gliding assay |
DMSO | Sigma | D5879 | For dissolving Rhodamine |
EGTA | Sigma | 3777 | For preparing buffers |
Glucose | Sigma | G7021 | For motility and gliding assay |
Glucose oxidase | Sigma | G2133 | For motility and gliding assay |
GTP | Sigma | G8877 | For microtubule polymerization |
KOH | Sigma | P1767 | Preparing PIPES buffer pH 6.9 |
PIPES | Sigma | P6757 | For motility and gliding assay |
Microtubule gliding assay materials | |||
26G needle | Dispovan | For shearing microtubules | |
Casein | Sigma | C3400 | For microtubule glidning assay |
GFP nanobodies | Gift from Dr. Sivaraj Sivaramakrishnan (University of Minnesota, USA) | For attaching motors to the coverslip | |
Rhodamine | Thermo Scientific | 46406 | For preparing labelling tubulin |
Microscope and other instruments | |||
0.5ml, 1.5 and 2-ml microcentrifuge tubes | Eppendorf | For Sf9 culture and purification | |
10ml disposable sterile pipettes | Eppendorf | For Sf9 culture and purification | |
10ul, 200ul, 1ml micropipette tips | Eppendorf | For Sf9 culture and purification | |
15ml concal tubes | Eppendorf | For Sf9 culture and purification | |
35mm cell culture dish | Cole Palmer | 15179-39 | For Sf9 culture |
Balance | Sartorious | 0.01g-300g | |
Benchtop orbial shaking incubator | REMI | For Sf9 suspenculture at 28oC | |
Camera | EMCCD Andor iXon Ultra 897 | For TIRF imaging and acquesition | |
Double sided tape | Scotch | For making motility chamber | |
Glass coverslip | Fisherfinest | 12-548-5A | size; 22X30 |
Glass slide | Blue Star | For making motility chamber | |
Heating block | Neuation | Dissolving paraffin wax | |
Inverted microscope | Nikon Eclipse Ti- U | To check protein expression | |
Lasers | 488nm (100mW) | For TIRF imaging | |
Liquid nitrogen | For sample freezing and storage | ||
Microcapillary loading tip | Eppendorf | EP022491920 | For shearing microtubules |
Microscope | Nikon Eclipse Ti2-E with DIC set up | For TIRF imaging | |
Mini spin | Genetix, BiotechAsia Pvt.Ltd | For quick spin | |
Objective | 100X TIRF objective with 1.49NA oil immersion | For TIRF imaging | |
Optima UltraCentrifuge XE | Beckman Coulter | For protein purification | |
Parafilm | Eppendorf | ||
pH-meter | Corning | Coring 430 | To adjust pH |
Pipette-boy | VWR | For Sf9 culture and purification | |
Sorvall Legend Micro 21 | Thermo Scientific | For protein purification | |
Sorvall ST8R centrifuge | Thermo Scientific | Protein purification | |
ThermoMixer | Eppendorf | For microtubule polymerization | |
Ultracentrifuge rotor | Beckman coulter | SW60Ti rotor | |
Ultracentrifuge tubes | Beckman | 5 mL, Open-Top Thinwall Ultra-Clear Tube, 13 x 51mm | |
Vortex mixer | Neuation | Sample mixing | |
Wax | Sigma | V001228 | To seal motility chamber |