本研究では、キネシン-3ファミリーのメンバーであるKIF1A(1-393LZ)をSf9-バキュロウイルス発現系を用いて精製する。これらの精製モーターの in vitro 単一分子およびマルチモーターグライディング分析は、哺乳類細胞ライセートからのモーターに匹敵する堅牢な運動特性を示しました。したがって、Sf9-バキュロウイルス系は、目的のモータータンパク質を発現および精製するのに適している。
複雑な細胞環境は、単一分子の運動性解析に課題をもたらします。しかし、イメージング技術の進歩により、単一分子の研究が改善され、蛍光タグ付き分子の動的挙動の検出と理解において絶大な人気を得ています。ここでは、全反射蛍光(TIRF)顕微鏡を用いたキネシン-3ファミリーモーターのin vitro 単一分子研究の詳細な方法について説明します。キネシン-3は、細胞内貨物輸送から細胞分裂、発生に至るまで、細胞および生理学的機能において重要な役割を果たす大きなファミリーです。我々はこれまで、構成的に活性な二量体キネシン-3モーターが、哺乳類細胞でモーターを発現させて調製した細胞ライセートを用いて、1分子レベルで高い微小管親和性を有する高速かつ超加工的な運動性を示すことを示した。私たちの研究室では、キネシン3モーターとその制御機構を細胞学的、生化学的、生物物理学的アプローチを用いて研究しており、そのような研究では大規模な精製タンパク質が必要です。哺乳類細胞を用いたこれらのモーターの発現および精製は高価で時間がかかるが、原核生物発現系での発現は有意に凝集し、不活性なタンパク質をもたらした。細菌精製システムと哺乳類細胞ライセートによってもたらされる制限を克服するために、これらのモーターを発現および精製するための堅牢なSf9バキュロウイルス発現システムを確立しました。キネシン-3モーターは、シグナルを増強し、光退色を減少させる3タンデム蛍光タンパク質(3xmシチリンまたは3xmCit)でC末端にタグ付けされています。Sf9精製タンパク質の in vitro 単一分子およびマルチモーター滑走分析は、キネシン-3モーターが哺乳類細胞溶解物を用いた以前の研究と同様に高速で超加工的であることを示しています。これらのアッセイを使用する他のアプリケーションには、モーターのオリゴマー条件、生化学的研究と並行している特異的結合パートナー、およびそれらの速度論的状態に関する詳細な知識が含まれます。
非常に混雑した細胞環境は、運命のタンパク質や分子を選別する際に多くの課題をもたらします。細胞質内の分子の組織化と時空間分布のこの激しい作業負荷は、分子モーターと細胞骨格トラックによって促進されます。分子モーターは、ATPなどのエネルギー通貨を加水分解し、運動や力の生成中にそのエネルギーを利用する酵素です1。アミノ酸配列の類似性に基づいて、キネシンは14のファミリーにグループ化され、この類似性にもかかわらず、各モーターは細胞の機能に一意に貢献します。キネシン3ファミリーモーターは、5つのサブファミリー(KIF1、KIF13、KIF14、KIF16、KIF28)2からなる最大のモーターの1つであり、小胞輸送、シグナル伝達、有糸分裂、核移動、発生など、多様な細胞および生理学的機能に関連しています3,4,5。キネシン-3輸送機能の障害は、多くの神経変性疾患、発達障害、および癌疾患に関与しています6,7,8,9。
最近の研究では、キネシン-3モーターはモノマーであるが、貨物誘起二量体化を受け、従来のキネシン10,11,12,13と比較して高速で超加工的な運動性をもたらすことが実証されている。それらの生化学的および生物物理学的特性評価には、大量の精製された活性タンパク質が必要です。しかし、原核生物発現系におけるそれらの産生は、おそらく不適合なタンパク質合成、折り畳みおよび修飾機構のために、不活性または凝集したモーターをもたらした14,15,16,17,18。このような制限を回避し、収量を増やすために、ここでは、これらのモーターを発現および精製するための堅牢なSf9バキュロウイルス発現システムを確立しました。
バキュロウイルス発現システムは、ハイスループット真核生物組換えタンパク質発現のための宿主系としてSf9昆虫細胞株を使用する19,20。バキュロウイルスは、異種遺伝子発現と可溶性組換えタンパク質の産生を補助する強力なポリヘドリンプロモーターを持っています17。その費用対効果、取り扱いが安全で、かつ大量の活性タンパク質発現のために、それは強力なツール21となっている。目的のタンパク質を発現させるための重要なステップは、組換えバクミドを生成することです。市販のバクミド生成キットは高価であり、より多くのサンプルを扱うため、キネシン-3モーターをバクミドに大小両方のインサートするための社内プロトコルを開発しました。Sf9精製されたキネシン-3モーターを使用して、全反射蛍光(TIRF)顕微鏡を使用してin vitroの単一分子およびマルチモーター微小管滑走特性を特徴付けました。モーターは、3タンデム蛍光分子(3xmCit)でC末端にタグ付けされており、シグナルを強化し、光退色を低減します。TIRFイメージングは、シグナル対ノイズ比の増加、光毒性の低減、カバーガラスに近い非常に小さな領域の選択的イメージングにより、in vivoおよびin vitroで単一分子レベルでタンパク質動態を視覚化するために広く使用されています。
本研究では、Sf9バキュロウイルス発現系を用いたキネシン3モーターの精製と、TIRF顕微鏡を用いたモーターの in vitro 単一分子イメージングおよびマルチモーター滑空解析について説明します。全体として、この研究は、Sf9精製モーターの運動特性が哺乳類細胞溶解物から調製されたモーターの運動特性と同一であることを示しています。したがって、Sf9-バキュロウイルスシステムは、目的のモータータンパク質を発現および精製するように適応できると考えています。
Sf9-バキュロウイルス発現システムは、ハイスループットタンパク質生産のための最も用途が広く成功した方法の1つです19、36、37。Sf9細胞の翻訳後修飾能は、哺乳動物系15と非常に同等である。このシステムを使用することのかなりの欠点は、それが遅く、汚染に敏感であることです。最も重要なステッ?…
The authors have nothing to disclose.
V.S.とP.S.は、Kristen J. Verhey教授(ミシガン大学、米国ミシガン州アナーバー)とRoop Mallik教授(インド工科大学ボンベイ校(IITB)、ムンバイ、インド)の研究を通して無条件の支援に感謝します。P.S. シヴァプリヤ・キルバカラン博士のプロジェクト全体を通しての支援に感謝します。V.S.は、DBT(助成金番号:BT/PR15214/BRB/10/1449/2015およびBT/RLF/再入国/45/2015)およびDST-SERB(助成金番号:ECR/2016/000913)を通じた資金提供を認めています。P.K.Nは、ICMRの資金提供を認めています(助成金番号5/13/13/2019/NCD-III)。P.S. は DST からの資金提供を認めます (助成金番号: SR/WOS-A/LS-73/2017)。D.J.SはIITガンディナガルからのフェローシップを認めています。
Sf9 culture and transfection materials | |||
anti-FLAG M2 affinity | Biolegend | 651502 | For motility purification |
Aprotinin | Sigma | A6279 | For motility assay and purification |
Cellfectin | Invitrogen | 10362100 | For Sf9 transfection |
DTT | Sigma | D5545 | For motility assay mixture |
FLAG peptide | Sigma | F3290 | For motility purification |
Glycerol | Sigma | G5516 | For motility purification |
HEPES | Sigma | H3375 | Preparing lysing Sf9 cells |
IGEPAL CA 630 | Sigma | I8896 | Preparing lysing buffer for Sf9 cells |
KCl | Sigma | P9541 | For motility purification |
Leupeptin | Sigma | L2884 | For motility assay and purification |
MgCl2 | Sigma | M2670 | For preparing lysis buffer |
NaCl | Sigma | S7653 | For preparing lysis buffer |
PMSF | Sigma | P7626 | For motility purification |
Sf9 cells | Kind gift from Dr. Thomas Pucadyil (Indian Institute of Science Education and Research, Pune, India). | For baculovirs expression and purification | |
Sf9 culture bottles | Thermo Scientific | 4115-0125 | For suspension culture |
Sf-900/SFM medium (1X) | Thermo Scientific | 10902-096 -500ml | For culturing Sf9 cells |
Sucrose | Sigma | S1888 | Preparing lysing buffer for Sf9 cells |
Unsupplemented Grace’s media | Thermo Scientific | 11595030 -500ml | For Sf9 transfection |
Mirotubule Polymerization and Single molecule assay materails | |||
ATP | Sigma | A2647 | For motility and gliding assay |
BSA | Sigma | A2153 | For blocking motility chamber |
Catalase | Sigma | C9322 | For motility and gliding assay |
DMSO | Sigma | D5879 | For dissolving Rhodamine |
EGTA | Sigma | 3777 | For preparing buffers |
Glucose | Sigma | G7021 | For motility and gliding assay |
Glucose oxidase | Sigma | G2133 | For motility and gliding assay |
GTP | Sigma | G8877 | For microtubule polymerization |
KOH | Sigma | P1767 | Preparing PIPES buffer pH 6.9 |
PIPES | Sigma | P6757 | For motility and gliding assay |
Microtubule gliding assay materials | |||
26G needle | Dispovan | For shearing microtubules | |
Casein | Sigma | C3400 | For microtubule glidning assay |
GFP nanobodies | Gift from Dr. Sivaraj Sivaramakrishnan (University of Minnesota, USA) | For attaching motors to the coverslip | |
Rhodamine | Thermo Scientific | 46406 | For preparing labelling tubulin |
Microscope and other instruments | |||
0.5ml, 1.5 and 2-ml microcentrifuge tubes | Eppendorf | For Sf9 culture and purification | |
10ml disposable sterile pipettes | Eppendorf | For Sf9 culture and purification | |
10ul, 200ul, 1ml micropipette tips | Eppendorf | For Sf9 culture and purification | |
15ml concal tubes | Eppendorf | For Sf9 culture and purification | |
35mm cell culture dish | Cole Palmer | 15179-39 | For Sf9 culture |
Balance | Sartorious | 0.01g-300g | |
Benchtop orbial shaking incubator | REMI | For Sf9 suspenculture at 28oC | |
Camera | EMCCD Andor iXon Ultra 897 | For TIRF imaging and acquesition | |
Double sided tape | Scotch | For making motility chamber | |
Glass coverslip | Fisherfinest | 12-548-5A | size; 22X30 |
Glass slide | Blue Star | For making motility chamber | |
Heating block | Neuation | Dissolving paraffin wax | |
Inverted microscope | Nikon Eclipse Ti- U | To check protein expression | |
Lasers | 488nm (100mW) | For TIRF imaging | |
Liquid nitrogen | For sample freezing and storage | ||
Microcapillary loading tip | Eppendorf | EP022491920 | For shearing microtubules |
Microscope | Nikon Eclipse Ti2-E with DIC set up | For TIRF imaging | |
Mini spin | Genetix, BiotechAsia Pvt.Ltd | For quick spin | |
Objective | 100X TIRF objective with 1.49NA oil immersion | For TIRF imaging | |
Optima UltraCentrifuge XE | Beckman Coulter | For protein purification | |
Parafilm | Eppendorf | ||
pH-meter | Corning | Coring 430 | To adjust pH |
Pipette-boy | VWR | For Sf9 culture and purification | |
Sorvall Legend Micro 21 | Thermo Scientific | For protein purification | |
Sorvall ST8R centrifuge | Thermo Scientific | Protein purification | |
ThermoMixer | Eppendorf | For microtubule polymerization | |
Ultracentrifuge rotor | Beckman coulter | SW60Ti rotor | |
Ultracentrifuge tubes | Beckman | 5 mL, Open-Top Thinwall Ultra-Clear Tube, 13 x 51mm | |
Vortex mixer | Neuation | Sample mixing | |
Wax | Sigma | V001228 | To seal motility chamber |