Этот протокол используется при установлении и поддержании гнотобиотических американских тараканов(Periplaneta americana)путем поверхностной стерилизации яиц (oothecae) до вылупления. Эти гнотобиотические насекомые содержат вертикально передаваемые Blattabacterium endosymbionts, но имеют аксеновые кишки.
Гнотобиотические животные являются мощным инструментом для изучения контроля над структурой и функцией микробиома. Здесь представлен протокол по установлению и содержанию гнотобиотических американских тараканов(Periplaneta americana). Этот подход включает в себя встроенные проверки стерильности для постоянного контроля качества. Гнотобиотические насекомые определяются здесь как тараканы, которые все еще содержат вертикально передаваемый эндосимбионт(Blattabacterium),но не имеют других микробов, которые обычно находятся на их поверхности и в их пищеварительном тракте. Для этого протокола яйцеклетки (oothecae) удаляются из (нестерильной) колонии и стерилизуются на поверхности. После сбора и стерилизации оотеки инкубируют при 30 °C в течение примерно 4-6 недель на агаре инфузии мозга и сердца (BHI) до тех пор, пока они не вылупятся или не будут удалены из-за загрязнения. Вылупившиеся нимфы переносятся в колбу Эрленмейера, содержащую пол BHI, стерильную воду и стерильную крысиную пищу. Чтобы гарантировать, что нимфы не являются обустройством микробов, которые не могут расти на BHI в данных условиях, дополнительная мера контроля качества использует полиморфизм ограничения длины фрагмента (RFLP) для тестирования на неэндосимбиотические микробы. Гнотобиотические нимфы, полученные с использованием этого подхода, могут быть инокулированы простыми или сложными микробными сообществами и использованы в качестве инструмента в исследованиях кишечного микробиома.
Гнотобиотические животные оказались бесценными инструментами для исследований микробиома1,2,3. Животные без микробов и с определенной флорой позволили прояснить взаимодействия хозяина и микроба, включая иммунологические реакции хозяина, созревание эпителия кишечника и метаболизм хозяина1,4,5,6,7. Гнотобиотические животные, привитые упрощенным сообществом, также помогли в более полном понимании взаимодействий микроб-микроб в кишечном сообществе, в частности, в разгадке перекрестных кормлений и антагонистических отношений8,9,10,11. В настоящее время предпочтительной модельной системой для исследований в микробиоме кишечника млекопитающих является мышиная модель. Хотя эта система была жизненно важна для открытий, описанных выше, ключевым недостатком является связанная с этим стоимость. Для создания и обслуживания гнотобиотического объекта необходимо специализированное оборудование и высококвалифицированные технические специалисты. Это, в сочетании с дополнительной осторожностью, которая должна быть уделена каждому аспекту содержания гнотобиотических животных, приводит к тому, что гнотобиотическое животное стоит в десять-двадцать раз дороже, чем стандартное животное модели12. Из-за высоких затрат многие исследователи могут быть не в состоянии позволить себе гнотобиотическую модель мыши. Кроме того, в то время как мышиные модели могут быть наиболее широко принятым выбором для исследований, направленных на перевод на здоровье человека, все еще существует много физиологических и морфологических различий между кишечником человека и мыши13. Очевидно, что ни одна единичная модель не является достаточной, чтобы ответить на постоянно растущее число вопросов, касающихся многих аспектов кишечного микробиома.
Модели насекомых являются более дешевой альтернативой из-за их более низкой стоимости обслуживания по сравнению с видами млекопитающих. Обширные исследования без микробов и гнотобиотиков на различных видах насекомых привели к разработке нескольких широко используемых моделей. Комары и дрозофилы являются общими моделями работы без микробов из-за их актуальности для глобальных заболеваний и генетической трактовки14,15. Другой новой модельной системой является система медоноснойпчелы (Apis mellifera),учитывая ее важность в исследованиях опыления и социальности16. Однако многим из этих широко используемых насекомых не хватает таксономической сложности, наблюдаемой в сообществах кишечника млекопитающих17,что ограничивает их способность моделировать взаимодействия более высокого порядка. Мало того, что общее разнообразие микробов, обнаруженных в кишечнике американских тараканов, больше похоже на млекопитающих, но многие из микробов, присутствующих в кишечнике таракана, принадлежат к семействам и типам, которые обычно встречаются в кишечной микробиоте млекопитающих и людей18. Задворка таракана также функционально аналогична толстой кишке млекопитающих, так как представляет собой ферментационную камеру, плотно заполненную бактериями для помощи в извлечении питательных веществ19,20. Наконец, всеядный характер тараканов допускает разнообразие режимов питания, которые были бы невозможны с диетологами.
Американские тараканы могут быть полезной модельной системой для понимания микробных сообществ кишечника в высших организмах, но статус таракана как вредителя также делает эту систему актуальной для борьбы с вредителями21. Использование фундаментальных знаний о влиянии кишечного сообщества на здоровье и физиологию тараканов помогает в разработке новых методов борьбы с вредителями.
Целью этого метода является подробное описание становления и содержания гнотобиотических американских тараканов(Periplaneta americana),но этот протокол может быть использован для генерации нимф любого яйцекладущего таракана. Он включает в себя метод эффективного, неинвазивного сбора зрелых оотеков и неразрушающий метод мониторинга гнотобиотического статуса насекомых22,23,24. В то время как предыдущие методы достижения и поддержания гнотобиотических тараканов описывают коллекцию ootheca23,24,25,26,27,зрелость оотеки либо интерпретируется в терминах видоспецифических сигналов (в Blattella germanica22,24,25),либо явно не описана27,28,что затрудняет реализацию для тех, кто не знаком с системой. Поскольку описанный здесь способ использует естественно упавшие оотеки, погрешность преждевременного удаления яйцеклеток отсутствует. Этот протокол содержит как зависящие от культуры, так и зависящие от культуры методы контроля качества, а зависящий от культуры метод не требует жертвоприношения насекомых. Наконец, этот метод объединяет информацию из нескольких исследований гнотобиотических тараканов для создания единого всеобъемлющего протокола со всей необходимой информацией для достижения и поддержания гнотобиотических тараканов.
Другие методы, описывающие генерацию гнотобиотических тараканов, либо не описывали коллекцию оотеков, либо использовали критерии, специфичные для других видов тараканов, чтобы указать, когда оотеки могут быть удалены из матери23,25,26. Первоначально оотеки собирались из подстилки из древесной щепа в резервуарах для запасов, что приводило к очень низкой скорости вылупления (~ 10%) по сравнению с нестерилизованными оотеками (47%)29. Вероятно, это связано с тем, что невыхлопнутые оотеки накапливаются с течением времени в клетке для стая, и нет никакого способа проверить возраст или жизнеспособность оотеки. Реализация подхода «родильного отделения» позволяет осуществлять сбор свежедепонированных яйцеклеток известного возраста. Это еще больше облегчает экспериментальное планирование, поскольку исследователь может предвидеть вероятное время вылупления для отдельных оотеков. Другая модификация из первоначальных и опубликованных протоколов включает инкубацию оотеков и нимф в полузапечатанные камеры, также содержащие перенасыщенный раствор хлорида натрия. Наличие раствора поддерживает относительную влажность воздуха примерно 75%30. Oothecae обычно инкубируют при 30 °C, что, как было показано, сводит к минимуму количество дней, необходимых для инкубации, а также максимизирует жизнеспособность эмбрионов и количество нимф, полученных на ootheca31. После вылупления гнотобиотические нимфы обычно культивируются на столешнице при температуре в лаборатории и условиях окружающей среды, хотя камеры с контролируемой влажностью снова используются для критических экспериментов. После установления этих изменений в сборе и инкубации оотеки частота вылупления увеличилась примерно до 41% (n = 51), не включая оотеки, удаленные из-за загрязнения. Потенциальный путь к дальнейшей оптимизации скорости вывода может включать в себя продление времени между сбором оотеки и стерилизацией. Кутикула яйцеклетки не может быть полностью загорелой при первоначальном высвобождении32и, следовательно, может быть проницаемой для растворов, используемых во время стерилизации, в течение 24 ч после сброса.
Протокол стерилизации с использованием 0,1% перуксусной кислоты был адаптирован из Doll et al.25. В других исследованиях были задокументированы альтернативные методы стерилизации oothecae23,26. Степень загрязнения основана на неразрушаемом методе инкубации оотека на уклоне BHI. Такой подход очень выгоден, так как позволяет быстро выявлять и удалять загрязненные оотеки. Большинство предыдущих протоколов проверяют культивируемые организмы путем покрытия фекалий или гомогенатов нимф на бактериологических средах и проверки роста22,23,25,27,28,33. По крайней мере, в одном случае метод тестирования гнотобиотического статуса не был полностью описан26. За исключением Клейтона, который добавил небольшую плиту теста стерильности среды к выращиванию бутылок24,предыдущие методы22,23 размещали гнотобиотических насекомых на бактериологических средах только в течение коротких периодов времени для первоначальной оценки протокола стерилизации.
Продолжение размещения полученных нимф на среде BHI в качестве встроенной меры контроля качества позволяет контролировать их гнотобиотический статус в полуреайт-тайме — метод, не замеченный в большинстве предыдущих методов22,23. Это особенно полезно для долгосрочных экспериментов, которые требуют доступа к гнотобиотическим нимфам. Если пол BHI под нимфами кажется загрязненным бактериальным или грибковым ростом, колбу следует выбросить. Этот тип загрязнения обычно возникает при раскрытии колб водным нимфам, но он также может возникнуть из фекалий в случае недостаточно стерилизованных оотеков или пищи. Использование ламинарной проточной вытяжки при поливе улучшает скорость загрязнения, вызванного вскрытием колбы.
Поскольку не все загрязняющие организмы могут аэробно расти на среде BHI, требуется дополнительный независимый от культуры метод тестирования стерильности. Одним из потенциальных подходов является микроскопия27,но этот подход может быть трудоемким. Другие протоколы используют методы, основанные на последовательностях, для обнаружения организмов, которые могут покинуть культуру14,23,27,28. Однако такие подходы часто являются дорогостоящими и трудными для интерпретации, поскольку на результаты высокопроизводительных подходов к секвенированию может легко повлиять низкоуровневое загрязнение реагентов34 и штрих-кодов35. Вместо этого был разработан новый подход, который использует ПЦР-амплификацию гена 16S рРНК в сочетании с полиморфизмом длины рестрикционного фрагмента для визуализации как эндосимбионта, так и любых загрязняющих симбионтов кишечника. Этот метод включает в себя внутренний контроль ПЦР, поскольку ген Blattabacterium16S был секвенирован, и его полосатый паттерн должен присутствовать как у гнотобиотических, так и у нестерильных насекомых. Поскольку паттерн рестрикции эндозимбионта может быть предсказан по последовательности36его генома, нет необходимости секвенировать ампликоны или фрагменты рестрикции, если только не требуется идентификация какого-либо загрязняющего вещества. Текущая версия этого протокола призывает к принесению нимфы в жертву для ПЦР / RFLP, но этот метод также может быть использован на фекалиях в качестве неразрушающей меры. Однако он не будет включать в себя встроенный контроль, так как кал не должен содержать много Blattabacterium.
Дополнительным легко модифицируемым, но критическим компонентом выращивания гнотобиотических животных является диета. Хотя агар BHI может служить временным источником пищи для насекомых, было обнаружено, что он приводит к значительному дефициту роста среди нимф при использовании в качестве единственного источника пищи в течение длительных периодов времени. В то время как различные диеты были опробованы, автоклавируемый крысиный чау рекомендуется в качестве обычной диеты для поддержания гнотобиотических насекомых. Диеты, специально не разработанные для стерилизации, часто было трудно сделать полностью стерильными, и было обнаружено, что многие стерильные или автоклавируемые диеты лабораторных животных демонстрируют быстрый рост грибков в нестерильных условиях. Эта тенденция к деградации в нестерильных условиях сделала их непригодными для использования в экспериментах, непосредственно сравнивающих гнотобиотических и нонгнотобиотических насекомых. Рекомендуемая диета позволяет использовать последовательную диету между гнотобиотическими и стандартными нимфами, облегчая сравнение характеристик, таких как темпы роста, между двумя группами.
Как другие наблюдали27,гнотобиотические нимфы растут медленнее, чем их нестерильные собратья. Сравнение длины тела гнотобиотических (n = 105) и нестерильных нимф (n = 50), которых кормили одной и той же автоклавной диетой грызунов и держали при комнатной температуре, показывает, что нестерильные нимфы вырастают в среднем 0,059 мм / день, в то время как гнотобиотические нимфы растут 0,028 мм / день (p < 0,0001)(рисунок 5). Было показано, что присутствие кишечной микробиоты у P. americana изменяет скорость метаболизма насекомых37,и считается, что кишечные сообщества в целом влияют на поглощение питательных веществ38,39. Эти причины подтверждают наблюдаемые различия в скорости роста гнотобиотических и нестерильных нимф.
Возможным ограничением этого метода является то, что гнотобиотические нимфы могут не достигать половой зрелости, так как самые старые стерильные когорты старше 10 месяцев и достигли только седьмой звезды (из 10; 11 – взрослая жизнь), как приближено к длине тела40. Эти самые старые когорты не находятся на диете автоклавных крыс, а вместо этого едят облученный крысиный чау, диету, которая содержит слишком много влаги, чтобы кормить нестерильные когорты без чрезмерного роста плесени. Было обнаружено, что нестерильные нимфы на нестерилизованного кормовом рационе для собак достигают совершеннолетия через 9−10 месяцев в лабораторных условиях (комнатная температура и влажность). Когортам гнотобиотических и нестерильных нимф на общих автоклавных крысиных чау в настоящее время менее 7 месяцев, нестерильные насекомые оцениваются как седьмые в звезде (в среднем: 16,7 мм), в то время как стерильные насекомые оцениваются как пятые в звезде (в среднем: 11,2 мм). В результате мы пока не можем проверить, могут ли наши гнотобиотические тараканы успешно размножаться. Однако, учитывая легкость, с которой новые гнотобиотические когорты могут быть созданы с использованием этого подхода, этот метод показывает большие перспективы даже при отсутствии доказанного размножения гнотобиотических насекомых.
В заключение, этот протокол предоставляет универсальный инструмент, который позволяет исследователям микробиома управлять своим собственным, недорогим гнотобиотическим «объектом», используя общие лабораторные материалы. Этот подход может быть использован для генерации гнотобиотических тараканов для экспериментов, изучающих роль микробиоты в формировании поведения хозяина, иммунитета, развития и стрессовыхреакций 21,26,27. Эти гнотобиотические насекомые также могут быть инокулированы синтетическими или ксенобиотическими сообществами и впоследствии использованы в качестве субъектов для исследований кишечного микробиома23,28. Кроме того, элементы этого подхода, включая использование бактериологических инкубационных камер с подкладкой из сред в качестве встроенной проверки стерильности, могут быть обобщены на другие модельные системы и могут облегчить рутинное содержание гнотобиотических животных в учреждениях меньшего масштаба.
The authors have nothing to disclose.
Эта публикация была поддержана Национальным институтом общих медицинских наук Национальных институтов здравоохранения под номером R35GM133789. Содержание является исключительной ответственностью авторов и не обязательно представляет официальную точку зрения Национальных институтов здравоохранения. Авторы хотели бы поблагодарить Джози Дайера за отслеживание скорости стерилизации, скорости вылупления и темпов роста гнотобиотических тараканов.
2X master mix | New England BioLabs | M0482 | OneTaq MasterMix |
Autoclavable rat chow | Zeigler | NIH-31 Modified Auto | |
Bacterial DNA extraction kit | Omega Bio-Tek | D-3350 | E.Z.N.A. Bacterial DNA kit; includes lysozyme, glass beads, proteinase K, buffers (proteinase K, binding, wash, elution), DNA columns, 2-mL collection tube |
binding buffer | Omega Bio-Tek | PD099 | included in Omega Biotek's bacterial DNA extraction kit ("HBC" buffer) |
brain-heart infusion (BHI) broth | Research Products International | B11000 | |
Delicate task wipes | KimWipe | JS-KCC-34155-PK | KimWipes |
DNA purification kit | Omega Bio-Tek | D6492 | E.Z.N.A. Cycle Pure kit; D6493 may also be used; includes buffers (purifying ,wash, elution) |
elution buffer | Omega Bio-Tek | PDR048 | included in Omega Biotek's bacterial DNA extraction kit |
glass beads | Omega Bio-Tek | n/a | included in Omega Biotek's bacterial DNA extraction kit |
Hybridization oven | UVP | 95-0330-01 | we use a hybridization oven for preheating elution buffer, but a water bath could probably also be used |
Laminar flow biological safety cabinet | NuAire, Inc. | NU-425-400 | Protocol refers to this as "laminar flow hood" for brevity |
lysozyme | Omega Bio-Tek | n/a | included in Omega Biotek's bacterial DNA extraction kit |
peracetic acid stock solution (32%) | Sigma-Aldrich | 269336 | |
Petroleum jelly | Vaseline | n/a | |
proteinase K buffer | Omega Bio-Tek | PD061 | included in Omega Biotek's bacterial DNA extraction kit ("TL buffer") |
purifying buffer | Omega Bio-Tek | PDR042 | included in Omega Biotek's CyclePure kit ("CP" buffer) |
RsaI | New England BioLabs | R0167 | Includes CutSmart (digestion) buffer |
Secondary container | n/a | n/a | a plastic container with a lid (such as a Kritter Keeper) works well for this (25cm long x 15cm wide x 22cm high); it should be large enough to fit BHI slants and test tubes |
spectrophotometer | ThermoFisher | ND-2000 | Catalog info is for NanoDrop2000 |
thermal shaker | Eppendorf | EP5386000028 | Thermomixer R |
Tris-EDTA | Fisher | BP1338-1 | 10 nm Tris, 1 mM EDTA, pH 8 |
wash buffer | Omega Bio-Tek | PDR044 | included in Omega Biotek's bacterial DNA extraction kit ("DNA wash" buffer) |
Woodchip bedding | P.J. Murphy Forest Products | Sani-Chips |