פרוטוקול זה משמש להקמה ותחזוקה של מקקים אמריקאים גנוטוביוטיים(Periplaneta americana)על ידי חיטוי פני השטח של ארגזי הביצים (oothecae) לפני הבקיעה. חרקים גנוטוביוטיים אלה מכילים את האנדוסימביונים של בלטבקטריום המועברים אנכית, אך יש להם מעיים גרזניים.
בעלי חיים Gnotobiotic הם כלי רב עוצמה לחקר פקדים על מבנה מיקרוביום ותפקוד. מוצג כאן פרוטוקול להקמה ותחזוקה של מקקים אמריקאים גנוטוביוטיים(Periplaneta americana). גישה זו כוללת בדיקות סטריליות מובנות לבקרת איכות שוטפת. חרקים Gnotobiotic מוגדרים כאן כמו מקקים שעדיין מכילים אנדוסימביונט המועבר אנכית שלהם (Blattabacterium) אבל חסרים חיידקים אחרים המתגוררים בדרך כלל על פני השטח שלהם במערכת העיכול שלהם. עבור פרוטוקול זה, מקרי ביצים (oothecae) מוסרים ממושבת מלאי (לא סטרילית) ומשטח מעוקר. לאחר שנאסף ועוקר, oothecae הם דגירה ב 30 °C (60 °F) במשך כ 4-6 שבועות על עירוי המוח הלב (BHI) אגר עד שהם בוקעים או מוסרים עקב זיהום. נימפות שבקעו מועברות לבקבוק ארלמאייר המכיל רצפת BHI, מים סטריליים ומזון עכברושים סטרילי. כדי להבטיח שהנימפות אינן חיידקים דיור שאינם מסוגלים לגדול על BHI בתנאים נתון, אמצעי בקרת איכות נוסף משתמש פולימורפיזם באורך שבר הגבלה (RFLP) כדי לבדוק חיידקים לאndosymbiotic. נימפות Gnotobiotic שנוצר באמצעות גישה זו ניתן לחסן עם קהילות מיקרוביאליות פשוטות או מורכבות ומשמש ככלי במחקרים מיקרוביום במעיים.
בעלי חיים Gnotobiotic הוכיחו להיות כלים לא יסולא בפז עבור מחקרים מיקרוביום1,2,3. בעלי חיים נטולי נבטים ומוגדרים אפשרו הבהרת אינטראקציות בין מארח למיקרואורגניזמים, כולל תגובות אימונולוגיות מארחות, התבגרות אפיתל במעיים ומטבוליזם מארח1,4,5,6,7. בעלי חיים Gnotobiotic מחוסנים עם קהילה פשוטה סייעו גם בהבנה מלאה יותר של אינטראקציות microbe-microbe בקהילה במעיים, במיוחד בפענוח האכלה צולבת ויחסים עוינים8,9,10,11. מערכת המודלים המועדפת הנוכחית למחקרים במיקרוביום המעיים של היונקים היא מודל המורין. בעוד שמערכת זו הייתה חיונית בתגליות שתוארו לעיל, חסרון מרכזי הוא העלות הכרוכה בכך. ציוד מיוחד וטכנאים מיומנים נחוצים כדי להקים ולתחזק מתקן gnotobiotic. זה, בשילוב עם טיפול נוסף שיש לתת לכל היבט של תחזוקת בעלי חיים gnotobiotic, גורם החיה gnotobiotic לעלות פי עשרה עד עשרים יותר להתרבות מאשר מודל חיה סטנדרטי12. בשל עלויות גבוהות, חוקרים רבים עשויים להיות מסוגלים להרשות לעצמם מודל מורין gnotobiotic. בנוסף, בעוד מודלים מורין עשוי להיות הבחירה המקובלת ביותר עבור מחקרים המעוניינים לתרגם לבריאות האדם, ישנם עדיין הבדלים פיזיולוגיים ומורפולוגיים רבים בין המעיים האנושי והעכבר13. ברור שאין מודל יחיד מספיק כדי לענות על מספר הולך וגדל של שאלות לגבי ההיבטים הרבים של מיקרוביום המעיים.
דגמי חרקים הם חלופה זולה יותר בשל עלות התחזוקה הנמוכה שלהם בהשוואה למינים של יונקים. מחקר נרחב ללא חיידקים וגנוטוביוטיקה במגוון מיני חרקים הוביל להתפתחותם של מודלים נפוצים רבים. יתושים ו Drosophila הם מודלים נפוצים לעבודה ללא חיידקים בשל הרלוונטיות שלהם למחלות גלובליות ומתיחהגנטית 14,15. מערכת מודלים מתפתחת נוספת היא זו של דבורת הדבש (Apis mellifera), בהתחשב בחשיבותה במחקר האבקה וחברתיות16. עם זאת, רבים של חרקים נפוצים אלה חסרים את המורכבות הטקסונומית לראות בקהילות מעי יונקים17, הגבלת יכולתם מודל אינטראקציות סדר גבוה יותר. לא רק שהמגוון הכולל של המיקרואורגניזמים המצויים במעיים של ג’וקים אמריקאים דומה יותר ליונקים, אלא שרבים מהמיקרואורגניזמים הנמצאים במעי הג’וק שייכים למשפחות ופילה המצויים בדרך כלל במיקרוביוטה של יונקים ובני אדם18. ההיסחפות של הג’וק מקבילה גם מבחינה תפקודית למעי הגס של היונקים, שכן הוא תא תסיסה עמוס בחיידקים כדי לסייע בהפקת חומרים מזינים19,20. לבסוף, האופי הכל-יכול של המקקים מאפשר מגוון של משטרי דיאטה שלא יתאפשרו עם מומחים תזונתיים.
ג’וקים אמריקאים יכולים להיות מערכת מודל שימושית להבנת קהילות מיקרוביאליות במעיים באורגניזמים גבוהים יותר, אך מעמדו של המקק כמזיק גם הופך את המערכת לרלוונטית לבקרת מזיקים21. מינוף הידע הבסיסי בהשפעת קהילת המעיים על בריאות הג’וקים והפיזיולוגיה מסייע בפיתוח טכניקות חדשות לניהול מזיקים.
מטרת שיטה זו היא להתוות תיאור מקיף של הקמה ותחזוקה של מקקים אמריקאים גנוטוביוטיים (Periplaneta americana), אך פרוטוקול זה יכול לשמש ליצירת נימפות של כל ג’וק אוביפר. הוא כולל שיטה לאוסף יעיל ולא פולשני של ביציות בוגרות, וטכניקה לא הרסנית לניטור מצב הגנטוביוטיקה של החרקים22,23,24. בעוד ששיטות קודמות להשגת ותחזוקה של גנוטוביוטיות מתארות את אוסף אותקה23,24,25,26,27, בגרות אוותקה מתפרשת במונחים של רמזים ספציפיים למינים (בבלטלה גרמניקה22,24,25), או לא מתואר במפורש27,28, מה שהופך את היישום קשה עבור אלה שאינםמכירים את המערכת. מאז השיטה המתוארת כאן משתמשת באופן טבעי ירד oothecae, השגיאה של הסרת ביצים בטרם עת נעדר. פרוטוקול זה מכיל הן שיטות תלויות תרבות והן שיטות בלתי תלויות בתרבות של בקרת איכות, והשיטה התלויה בתרבות אינה דורשת הקרבת חרקים. לבסוף, שיטה זו מביאה יחד מידע ממחקרי ג’וקים gnotobiotic מרובים כדי ליצור אחד, פרוטוקול מקיף עם כל המידע הדרוש להשגת ושמירה על גנוטוביוטיקה מקקים.
שיטות אחרות המתארות דור של גנוביוטיות ג’וקים או לא תיארו אוסף oothecae או השתמשו אמות מידה ספציפיות למינים אחרים של ג’וקים כדי לציין מתי oothecae ניתן להסיר מן האם23,25,26. במקור, oothecae נאספו ממצעים woodchip במיכלי המלאי, וכתוצאה מכך שיעורי הצוהר נמוך מאוד (~ 10%) בהשוואה לאותקיה לא מעוקרת (47%) זה כנראה בשל העובדה כי oothecae unhatched לצבור לאורך זמן בכלוב המניות, ואין דרך לאמת את גיל ootheca או הכדאיות. יישום גישת “מחלקת היולדות” מאפשר איסוף של oothecae שהופקדו זה עתה בגיל ידוע. זה גם מקל על תכנון ניסיוני, כמו החוקר יכול לצפות זמני הבקיעה סביר עבור oothecae בודדים. שינוי נוסף מהפרוטוקולים הראשוניים והמפורסמות כולל דגירה של ביציות ונימפות בתאים אטומים למחצה המכילים גם פתרון נתרן כלורי רווי. נוכחות הפתרון שומרת על לחות יחסית של כ 75%30. Oothecae הם דגירה שגרתית ב 30 °C (60 °F), אשר הוכח למזער את מספר הימים הדרושים דגירה תוך מקסום הכדאיות של העוברים ומספר נימפות המיוצר לכל ootheca31. לאחר הבקיעה, נימפות gnotobiotic מתורבתים באופן שגרתי על הספסל בטמפרטורת חדר המעבדה ותנאי הסביבה, אם כי תאים מבוקרי לחות מנוצלים שוב לניסויים קריטיים. לאחר הקמת שינויים אלה לאוסף ootheca ודגרת, שיעורי הצוהר עלו לכ 41% (n = 51), לא כולל oothecae הוסר עקב זיהום. מסלול פוטנציאלי לאופטימיזציה נוספת של קצבי הפתח עשוי לכלול הארכת הזמן בין איסוף ootheca ועיקור. הקוטיקל של מקרה הביצה לא יכול להיות שזוף לחלוטין על שחרור ראשוני32, ולכן עשוי להיות חדיר לפתרונות המשמשים במהלך עיקור בתוך 24 שעות של ירידה.
פרוטוקול עיקור באמצעות 0.1% חומצה peracetic הותאם מ Doll et al.25. מחקרים אחרים תיעדו טכניקות חלופיות לעקר oothecae23,26. שיעורי הזיהום מבוססים על השיטה הלא הרסנית של דגירה של oothecae על שיפוע BHI. גישה זו היא יתרון מאוד כפי שהוא מאפשר זיהוי מהיר והסרה של oothecae מזוהמים. רוב הפרוטוקולים הקודמים בודקים אורגניזמים culturable על ידי ציפוי צואה או נימפה הומוגנית על מדיה בקטריולוגית ובדיקה לצמיחה22,23,25,27,28,33. במקרה אחד לפחות, השיטה לבדיקת מצב gnotobiotic לא תוארה במלואה26. מלבד קלייטון שהוסיף לוח קטן של סטריליות בדיקות בינוניות לגידול בקבוקים24, שיטותקודמות 22,23 שוכנו חרקים gnotobiotic על מדיה בקטריולוגית רק לפרקי זמן קצרים כדי להעריך בתחילה את פרוטוקול עיקור.
המשך הדיור של הנימפות המתקבלות במדיום BHI כאמצעי בקרת איכות מובנה מאפשר ניטור של מצבם הגנוביוטי בזמן אמת למחצה – טכניקה שלא נראתה ברוב השיטותהקודמות 22,23. זה שימושי במיוחד עבור ניסויים ארוכי טווח הדורשים נימפות gnotobiotic כדי לגשת. אם רצפת BHI תחת נימפות מופיע מזוהם עם צמיחה חיידקית או פטרייתית, הבקבוק צריך להיות מושלך. סוג זה של זיהום מתרחש בדרך כלל כאשר חושפים את הבקבוקים לנימפות מים, אבל זה עשוי גם לנבוע הצואה במקרה של oothecae מעוקר מספיק או מזון. השימוש במכסה המנוע של זרימה למינארית בעת השקיה משפר את קצב הזיהום הנגרם על ידי חשיפת בקבוקונים.
מכיוון שלא כל האורגניזמים המזהמים עשויים לגדול באופן אווירובידי במדיום BHI, נדרשת שיטה נוספת שאינה תלויה בתרבות של בדיקות סטריליות. גישה אפשרית אחת היא מיקרוסקופיה27, אבל גישה זו יכולה להיות עתירת עבודה. פרוטוקולים אחרים משתמשים בטכניקות מבוססות רצף כדי לזהות אורגניזמים שעלולים לברוח מתרבות14,23,27,28. עם זאת, גישות כאלה הן לעתים קרובות יקר וקשה לפרש, כמו התוצאות של גישות רצף תפוקה גבוהה יכול בקלות להיות מושפע זיהום ברמה נמוכה של ריאגנטים34 וברקוד מקפץ35. במקום זאת, פותחה גישה חדשה המשתמשת בהגברת PCR של גן 16S rRNA בשילוב עם פולימורפיזם באורך שבר הגבלה כדי לדמיין הן את האנדוסימביונט והן את כל סימביונטים המעיים המזהמים. טכניקה זו כוללת בקרת PCR פנימית, שכן הגן 16S של בלטבקטריוםכבר רצף, ואת דפוס הפסים שלה צריך להיות נוכח חרקים gnotobiotic ולא סטרילי. כמו דפוס ההגבלה של אנדוסימביונט ניתן לחזות מרצף הגנום שלה36, אין צורך לרצף את האמפליקונים או שברי ההגבלה, אלא אם כן זיהוי של כל מזהם רצוי. הגרסה הנוכחית של פרוטוקול זה קוראת להקרבת נימפה עבור PCR/RFLP, אך טכניקה זו יכולה לשמש גם על צואה כאמצעי לא הרסני. עם זאת, זה לא יכלול שליטה מובנית, כמו הצואה לא צריך להכיל הרבה Blattabacterium.
מרכיב נוסף שניתן לשינוי בקלות אך קריטי בגידול בעלי חיים גנוטוביוטיים הוא דיאטה. בעוד שאגר BHI יכול לשמש כמקור מזון זמני לחרקים, נמצא כי הוא גורם לגירעונות צמיחה משמעותיים בקרב נימפות כאשר הוא משמש כמקור המזון היחיד לתקופות ממושכות. בעוד דיאטות מגוונות כבר ניסו, אוכל עכברוש autoclavable מומלץ כת דיאטה שגרתית לשמירה על חרקים gnotobiotic. דיאטות שלא נוסחו במיוחד לעיקור היו לעתים קרובות קשות לעיבוד סטרילי לחלוטין, ות דיאטות רבות של בעלי חיים במעבדה סטרילית או אוטו-שירות נמצאו להפגין צמיחה פטרייתית מהירה בתנאים לא סטריליים. נטייה זו להשפיל בתנאים לא סטריליים הפך אותם לא מתאימים לשימוש בניסויים ישירות השוואת חרקים gnotobiotic ו nongnotobiotic. הדיאטה המומלצת מאפשרת שימוש בתזונה עקבית בין נימפות גנוטוביות לסטנדרטיות, ומאפשרת השוואה של מאפיינים – כגון שיעורי צמיחה – בין שתי הקבוצות.
כפי שאחרים הבחינו27, נימפות gnotobiotic לגדול לאט יותר מאשר עמיתיהם שאינם סטריליים. השוואה בין אורכי הגוף של gnotobiotic (n = 105) ונימפות לא סטריליות (n = 50) האכילו אותו, דיאטת מכרסמים autoclaved ונשמר בטמפרטורת החדר מגלה כי נימפות לא סטריליות לגדול בממוצע 0.059 מ”מ ליום, בעוד נימפות gnotobiotic לגדול 0.028 מ”מ ליום (p < 0.0001) (איור 5). נוכחות של microbiota במעיים P. americana הוכח לשנות את קצב חילוף החומרים של החרקים37, וקהילות המעיים בכלל נחשבים להשפיע על ספיגת התזונה38,39. סיבות אלה תומכות בהבדלים שנצפו בקצב הצמיחה של נימפות גנוטוביות ולא סטריליות.
מגבלה אפשרית לטכניקה זו היא כי נימפות gnotobiotic לא יכול להגיע לבגרות מינית, כמו קבוצות סטריליות העתיקה ביותר הם יותר מ 10 חודשים והגיעו רק כוכב השביעי (מתוך 10; 11 להיות בגרות) כפי משוער על ידי אורך הגוף40. אלה קבוצות הוותיקים אינם על דיאטה חולדה autoclaved אבל במקום לאכול אוכל עכברוש מוקרן, דיאטה המכילה יותר מדי לחות להאכיל קבוצות לא סטריליות ללא צמיחת עובש מוגזמת. נימפות לא סטריליות על דיאטה מזון לכלבים לא מעוקרים נמצאו להגיע לבגרות לאחר 9-10 חודשים בתנאי מעבדה (טמפרטורת החדר ולחות). קבוצות של נימפות gnotobiotic ולא סטרילי על משותף, autoclaved צ’או חולדה הם כיום פחות מ 7 חודשים, חרקים לא סטריליים מוערך להיות כוכב שביעי (ממוצע: 16.7 מ”מ) בעוד חרקים סטריליים מוערך להיות כוכב חמישי (ממוצע: 11.2 מ”מ). כתוצאה מכך, איננו יכולים, נכון לעכשיו, לאמת אם המקקים הגנטוביוטיים שלנו יכולים להתרבות בהצלחה. עם זאת, בהתחשב בקלות שבה ניתן להקים קבוצות gnotobiotic חדשות באמצעות גישה זו, שיטה זו מראה הבטחה גדולה גם בהיעדר רבייה מוכחת של חרקים gnotobiotic.
לסיכום, פרוטוקול זה מספק כלי רב-תכליתי המאפשר לחוקרי מיקרוביום להפעיל “מתקן” גנוטוביוטי משלהם בעלות נמוכה באמצעות חומרי מעבדה נפוצים. גישה זו עשויה לשמש ליצירת מקקים gnotobiotic לניסויים בוחנים את התפקיד של microbiota בעיצוב התנהגות המארח, חסינות, פיתוח, ותגובות מתח21,26,27. חרקים gnotobiotic אלה עשויים גם להיות מחוסנים עם קהילות סינתטיות או xenobiotic ולאחר מכן משמש כנושאים למחקרים מיקרוביום במעיים23,28. יתר על כן, אלמנטים של גישה זו, כולל שימוש בתאי דגירה מרופדים במדיה בקטריולוגית כבדיקת סטריליות מובנית, ניתנים להכללה למערכות מודל אחרות ויכולים להקל על תחזוקה שגרתית של בעלי חיים גנוטיוטיים במתקנים בקנה מידה קטן יותר.
The authors have nothing to disclose.
פרסום זה נתמך על ידי המכון הלאומי למדעי הרפואה הכללית של המכונים הלאומיים לבריאות תחת מספר הפרס R35GM133789. התוכן הוא באחריות המחברים בלבד ואינו מייצג בהכרח את התפיסה הרשמית של המכונים הלאומיים לבריאות. המחברים רוצים להכיר ג’וסי דייר למעקב אחר שיעורי עיקור, קצבי הצוהר, ושיעורי הצמיחה של מקקים gnotobiotic.
2X master mix | New England BioLabs | M0482 | OneTaq MasterMix |
Autoclavable rat chow | Zeigler | NIH-31 Modified Auto | |
Bacterial DNA extraction kit | Omega Bio-Tek | D-3350 | E.Z.N.A. Bacterial DNA kit; includes lysozyme, glass beads, proteinase K, buffers (proteinase K, binding, wash, elution), DNA columns, 2-mL collection tube |
binding buffer | Omega Bio-Tek | PD099 | included in Omega Biotek's bacterial DNA extraction kit ("HBC" buffer) |
brain-heart infusion (BHI) broth | Research Products International | B11000 | |
Delicate task wipes | KimWipe | JS-KCC-34155-PK | KimWipes |
DNA purification kit | Omega Bio-Tek | D6492 | E.Z.N.A. Cycle Pure kit; D6493 may also be used; includes buffers (purifying ,wash, elution) |
elution buffer | Omega Bio-Tek | PDR048 | included in Omega Biotek's bacterial DNA extraction kit |
glass beads | Omega Bio-Tek | n/a | included in Omega Biotek's bacterial DNA extraction kit |
Hybridization oven | UVP | 95-0330-01 | we use a hybridization oven for preheating elution buffer, but a water bath could probably also be used |
Laminar flow biological safety cabinet | NuAire, Inc. | NU-425-400 | Protocol refers to this as "laminar flow hood" for brevity |
lysozyme | Omega Bio-Tek | n/a | included in Omega Biotek's bacterial DNA extraction kit |
peracetic acid stock solution (32%) | Sigma-Aldrich | 269336 | |
Petroleum jelly | Vaseline | n/a | |
proteinase K buffer | Omega Bio-Tek | PD061 | included in Omega Biotek's bacterial DNA extraction kit ("TL buffer") |
purifying buffer | Omega Bio-Tek | PDR042 | included in Omega Biotek's CyclePure kit ("CP" buffer) |
RsaI | New England BioLabs | R0167 | Includes CutSmart (digestion) buffer |
Secondary container | n/a | n/a | a plastic container with a lid (such as a Kritter Keeper) works well for this (25cm long x 15cm wide x 22cm high); it should be large enough to fit BHI slants and test tubes |
spectrophotometer | ThermoFisher | ND-2000 | Catalog info is for NanoDrop2000 |
thermal shaker | Eppendorf | EP5386000028 | Thermomixer R |
Tris-EDTA | Fisher | BP1338-1 | 10 nm Tris, 1 mM EDTA, pH 8 |
wash buffer | Omega Bio-Tek | PDR044 | included in Omega Biotek's bacterial DNA extraction kit ("DNA wash" buffer) |
Woodchip bedding | P.J. Murphy Forest Products | Sani-Chips |