Ce protocole est utilisé dans l’établissement et le maintien des blattes américaines gnotobiotiques (Periplaneta americana) en stérilisant en surface les caisses d’œufs (oothèques) avant l’éclosion. Ces insectes gotobiotiques contiennent leurs endosymbiontes de Blattabacterium transmis verticalement mais ont des intestins axeniques.
Les animaux gnotobiotiques sont un outil puissant pour l’étude des contrôles sur la structure et la fonction du microbiome. Présenté ici est un protocole pour l’établissement et le maintien des cafards américains ginotopotiques (Periplaneta americana). Cette approche comprend des contrôles de stérilité intégrés pour un contrôle continu de la qualité. Les insectes gnotobiotiques sont définis ici comme des cafards qui contiennent encore leur endosymbiote transmis verticalement (Blattabacterium) mais manquent d’autres microbes qui résident normalement à leur surface et dans leur tube digestif. Pour ce protocole, les caisses d’œufs (oothèques) sont retirées d’une colonie (non stérile) et stérilisées en surface. Une fois recueillis et stérilisés, les oothèques sont incubées à 30 °C pendant environ 4 à 6 semaines sur gélose à perfusion de cœur cérébral (IHB) jusqu’à ce qu’elles éclosent ou soient éliminées en raison de la contamination. Les nymphes écloses sont transférées dans une fiole d’Erlenmeyer contenant un plancher BHI, de l’eau stérile et de la nourriture stérile pour rats. Pour s’assurer que les nymphes ne logent pas de microbes qui sont incapables de se développer sur BHI dans les conditions données, une mesure de contrôle de la qualité supplémentaire utilise le polymorphisme de longueur de fragment de restriction (RFLP) pour tester les microbes nonendosymbiotiques. Les nymphes gnotobiotiques générées à l’aide de cette approche peuvent être inoculées avec des communautés microbiennes simples ou complexes et utilisées comme outil dans les études du microbiome intestinal.
Les animaux gnotobiotiques se sont révélés être des outils précieux pour les études du microbiome1,2,3. Les animaux à flore définie et sans germes ont permis d’élucider les interactions hôte-microbe, y compris les réponses immunologiques de l’hôte, la maturation épithéliale intestinale et le métabolisme de l’hôte1,4,5,6,7. Les animaux gnotobiotiques inoculés avec une communauté simplifiée ont également aidé à une compréhension plus complète des interactions microbe-microbe dans une communauté intestinale, en particulier dans le démêlage des relations d’alimentation croisée et antagonistes8,9,10,11. Le système modèle actuellement préféré pour les études dans le microbiome intestinal des mammifères est le modèle murin. Bien que ce système ait été vital dans les découvertes décrites ci-dessus, une lacune clé est le coût impliqué. De l’équipement spécialisé et des techniciens hautement qualifiés sont nécessaires pour établir et entretenir une installation génotobiotique. Ceci, combiné à un soin supplémentaire qui doit être accordé à tous les aspects de l’entretien des animaux génotopotiques, fait qu’un animal gnotobiotique coûte dix à vingt fois plus cher à se reproduire qu’un modèle animal standard12. En raison des coûts élevés, de nombreux chercheurs peuvent être incapables de se permettre un modèle murin gotobiotique. En outre, bien que les modèles murins puissent être le choix le plus largement accepté pour les études qui cherchent à se traduire par la santé humaine, il existe encore de nombreuses différences physiologiques et morphologiques entre les intestins humains et murins13. Il est clair qu’aucun modèle unique n’est suffisant pour répondre au nombre sans cesse croissant de questions concernant les nombreux aspects du microbiome intestinal.
Les modèles d’insectes sont une alternative moins chère en raison de leur coût d’entretien inférieur à celui des espèces de mammifères. Des recherches approfondies sur l’utilisation de plantes exemptes de germes et de génotobiotiques sur diverses espèces d’insectes ont mené à l’élaboration de multiples modèles couramment utilisés. Les moustiques et les drosophiles sont des modèles courants de travail sans germes en raison de leur pertinence pour les maladies mondiales et de la tractabilité génétique14,15. Un autre système modèle émergent est celui de l’abeille mellifère (Apis mellifera), compte tenu de son importance dans la recherche sur la pollinisation et la socialité16. Cependant, beaucoup de ces insectes couramment utilisés n’ont pas la complexité taxonomique observée dans les communautés intestinales de mammifères17, ce qui limite leur capacité à modéliser les interactions d’ordre supérieur. Non seulement la diversité totale des microbes trouvés dans l’intestin des cafards américains ressemble davantage aux mammifères, mais de nombreux microbes présents dans l’intestin des cafards appartiennent à des familles et à des embranchements que l’on trouve couramment dans le microbiote intestinal des mammifères et des humains18. L’intestin postérieur du cafard est également fonctionnellement analogue au gros intestin des mammifères, car il s’agit d’une chambre de fermentation densément remplie de bactéries pour aider à l’extraction des nutriments19,20. Enfin, la nature omnivore des cafards permet une diversité de régimes alimentaires qui ne seraient pas possibles avec les spécialistes de l’alimentation.
Les blattes américaines peuvent être un système modèle utile pour comprendre les communautés microbiennes intestinales dans les organismes supérieurs, mais le statut de la blatte en tant que ravageur rend également ce système pertinent pour la lutte antiparasitaire21. Tirer parti des connaissances fondamentales de l’influence de la communauté intestinale sur la santé et la physiologie des blattes aide à développer de nouvelles techniques de lutte antiparasitaire.
Le but de cette méthode est de décrire une description complète de l’établissement et du maintien des blattes américaines gnotobiotiques (Periplaneta americana), mais ce protocole pourrait être utilisé pour générer des nymphes de n’importe quel cafard ovipare. Il comprend une méthode de collecte efficace et non invasive d’oothèques matures, et une technique non destructive pour surveiller l’état génotobiotique des insectes22,23,24. Alors que les méthodes précédentes d’obtention et de maintien des cafards gnotobiotiques décrivent la collection d’oothèques23,24, 25,26,27,la maturité de l’oothèque est soit interprétée en termes de signaux spécifiques à l’espèce (dans Blattella germanica22,24,25), soit non explicitement décrite27,28, ce qui rend la mise en œuvre difficile pour ceux qui ne connaissent pas le système. Étant donné que la méthode décrite ici utilise des oothèques naturellement abandonnées, l’erreur de retirer les œufs prématurément est absente. Ce protocole contient à la fois des méthodes de contrôle de la qualité dépendantes de la culture et indépendantes de la culture, et la méthode dépendante de la culture ne nécessite pas de sacrifier les insectes. Enfin, cette méthode rassemble des informations provenant de plusieurs études sur les blattes génotobiotiques pour créer un protocole complet avec toutes les informations nécessaires pour atteindre et maintenir les blattes gnotobiotiques.
D’autres méthodes décrivant la génération de blattes gotobiotiques ne décrivaient pas la collection d’oothèques ou utilisaient des repères spécifiques à d’autres espèces de blattes pour indiquer quand les oothèques pouvaient être retirées de la mère23,25,26. À l’origine, les oothèques ont été recueillies dans la litière de copeaux de bois dans les réservoirs d’origine, ce qui a entraîné de très faibles taux d’éclosion (~ 10 %) par rapport aux oothèques non téliilisées (47 %)29. Cela est probablement dû au fait que les oothèques non hachées s’accumulent au fil du temps dans la cage d’élevage et qu’il n’y a aucun moyen de vérifier l’âge ou la viabilité de l’oothèque. La mise en œuvre de l’approche « maternité » permet de collecte d’oothèques fraîchement déposées d’âge connu. Cela facilite davantage la planification expérimentale, car le chercheur peut prévoir les temps d’éclosion probables pour les oothèques individuelles. Une autre modification des protocoles initiaux et publiés comprend l’incubation d’oothèques et de nymphes dans des chambres semi-scellées contenant également une solution de chlorure de sodium sursaturée. La présence de la solution maintient une humidité relative d’environ 75%30. Les oothèques sont systématiquement incubées à 30 °C, ce qui a été démontré pour minimiser le nombre de jours requis pour l’incubation tout en maximisant la viabilité des embryons et le nombre de nymphes produites par oothèque31. Après l’éclosion, les nymphes gotobiotiques sont régulièrement cultivées sur la paillasse à la température ambiante et dans des conditions ambiantes de laboratoire, bien que des chambres à humidité contrôlée soient à nouveau utilisées pour des expériences critiques. Après l’établissement de ces changements dans la collecte et l’incubation de l’oothèque, les taux d’éclosion ont augmenté à environ 41 % (n = 51), sans compter les oothèques enlevées en raison de la contamination. Une solution possible pour optimiser davantage les taux d’éclosion pourrait comprendre la prolongation du délai entre la collecte de l’oothèque et la stérilisation. La cuticule du boîtier de l’œuf ne peut pas être entièrement tannée lors de la libération initiale32,et peut donc être perméable aux solutions utilisées lors de la stérilisation dans les 24 h suivant la chute.
Le protocole de stérilisation utilisant 0,1% d’acide peracétique a été adapté de Doll et al.25. D’autres études ont documenté des techniques alternatives pour stériliser lesoothèques 23,26. Les taux de contamination sont basés sur la méthode non destructive d’incubation de l’oothèque sur une inclinaison BHI. Cette approche est très avantageuse car elle permet d’identifier et d’éliminer rapidement les oothèques contaminées. La plupart des protocoles précédents testent les organismes cultivables en plaquant des matières fécales ou des nymphes homogénat sur des milieux bactériologiques et en vérifiant la croissance22,23,25,27,28,33. Dans au moins un cas, la méthode d’essai de l’état génotobiotique n’a pas été entièrement décrite26. Sauf Clayton qui a ajouté une petite dalle de milieu d’essai de stérilité aux bouteilles d’élevage24,les méthodes précédentes22,23 ont hébergé des insectes génotobiotiques sur des milieux bactériologiques uniquement pendant de courtes périodes de temps pour évaluer initialement le protocole de stérilisation.
Le maintien du logement des nymphes résultantes sur le milieu BHI en tant que mesure intégrée de contrôle de la qualité permet de surveiller leur état génotobiotique en temps semi-réel , une technique qui n’a pas été vue dans la plupart des méthodes précédentes22,23. Ceci est particulièrement utile pour les expériences à long terme qui nécessitent l’accès aux nymphes génotobiotiques. Si le plancher du BHI sous les nymphes semble contaminé par une croissance bactérienne ou fongique, le ballon doit être jeté. Ce type de contamination se produit généralement lors de la découverte des fioles aux nymphes d’eau, mais il peut également provenir des matières fécales dans le cas d’oothèques ou d’aliments insuffisamment stérilisés. L’utilisation d’une hotte à flux laminaire lors de l’arrosage améliore le taux de contamination causé par la découverte des fioles.
Étant donné que tous les organismes contaminants ne peuvent pas se développer aérobiement sur le milieu BHI, une méthode supplémentaire d’essai de stérilité indépendante de la culture est requise. Une approche potentielle est la microscopie27, mais cette approche peut être laborieuse. D’autres protocoles utilisent des techniques basées sur la séquence pour détecter les organismes susceptibles d’échapper à la culture14,23,27,28. Cependant, de telles approches sont souvent coûteuses et difficiles à interpréter, car les résultats des approches de séquençage à haut débit peuvent facilement être impactés par une contamination de faible niveau des réactifs34 et un saut de code-barres35. Au lieu de cela, une nouvelle approche a été développée qui utilise l’amplification par PCR du gène de l’ARNr 16S en combinaison avec un polymorphisme de longueur de fragment de restriction pour visualiser à la fois l’endosymbion et tout symbiote intestinal contaminant. Cette technique inclut un contrôle interne d’ACP, puisque Blattabacterium‘ le gène 16S de s a été séquencé, et son modèle de bande devrait être présent dans les insectes génotobiotiques et non stériles. Comme le schéma de restriction de l’endosymbionte peut être prédit à partir de sa séquence génomique36,il n’est pas nécessaire de séquencer les amplicons ou les fragments de restriction, sauf si l’identification d’un contaminant est souhaitée. La version actuelle de ce protocole appelle à sacrifier une nymphe pour PCR/RFLP, mais cette technique pourrait également être employée sur des matières fécales comme mesure non destructive. Cependant, il n’inclura pas de contrôle intégré, car les matières fécales ne devraient pas contenir beaucoup de Blattabacterium.
Un autre composant facilement modifiable mais critique de l’élevage des animaux génotobiotiques est le régime alimentaire. Bien que la gélose BHI puisse servir de source de nourriture temporaire pour les insectes, il a été constaté qu’elle entraîne des déficits de croissance substantiels chez les nymphes lorsqu’elle est utilisée comme seule source de nourriture pendant de longues périodes. Alors que divers régimes ont été essayés, le chow autoclavable de rat est recommandé comme régime de routine pour le maintien des insectes génobiotiques. Les régimes qui n’étaient pas spécifiquement formulés pour la stérilisation étaient souvent difficiles à rendre complètement stériles, et de nombreux régimes d’animaux de laboratoire stériles ou autoclavables présentaient une croissance fongique rapide dans des conditions non stériles. Cette tendance à se dégrader dans des conditions non stériles les rendait impropres à une utilisation dans des expériences comparant directement des insectes génotobiotiques et non génobiotiques. Le régime recommandé permet l’utilisation d’un régime alimentaire cohérent entre les nymphes génotobiotiques et standard, facilitant la comparaison des caractéristiques, telles que les taux de croissance, entre les deux groupes.
Comme d’autres l’ont observé27,les nymphes génotobiotiques se développent plus lentement que leurs homologues non astiles. Une comparaison entre les longueurs corporelles des nymphes génotobiotiques (n = 105) et non ténéles (n = 50) nourries au même régime autoclavé de rongeurs et maintenues à température ambiante révèle que les nymphes non tonirtiques poussent en moyenne à 0,059 mm/jour, tandis que les nymphes génotobiotiques poussent à 0,028 mm/jour (p < 0,0001) (Figure 5). Il a été démontré que la présence du microbiote intestinal chez P. americana modifie le taux métabolique des insectes37,et on pense que les communautés intestinales en général affectent l’absorption des nutriments38,39. Ces raisons soutiennent les différences observées dans le taux de croissance des nymphes génotobiotiques et nonsteriles.
Une limitation possible de cette technique est que les nymphes génotobiotiques peuvent ne pas atteindre la maturité sexuelle, car les cohortes stériles les plus anciennes ont plus de 10 mois et n’ont atteint que le septième stade (sur 10; 11 étant l’âge adulte) tel qu’approché par la longueur du corps40. Ces cohortes les plus âgées ne sont pas sur le régime de rat autoclavé mais mangent plutôt chow irradié de rat, un régime qui contient trop d’humidité pour nourrir des cohortes nonsteriles sans croissance excessive de moisissure. On a constaté que les nymphes non isolées suivant un régime alimentaire non astérilisé pour chiens atteignaient l’âge adulte après 9 à 10 mois dans des conditions de laboratoire (température ambiante et humidité). Les cohortes de nymphes génotobiotiques et non stériles sur le chow de rat autoclavé partagé ont actuellement moins de 7 mois, les insectes non stériles sont estimés au septième stade (moyenne : 16,7 mm) tandis que les insectes stériles sont estimés au cinquième stade (moyenne : 11,2 mm). En conséquence, nous ne pouvons pas encore vérifier si nos cafards génotobiotiques peuvent se reproduire avec succès. Cependant, étant donné la facilité avec laquelle de nouvelles cohortes de génotobiotiques peuvent être établies à l’aide de cette approche, cette méthode est très prometteuse même en l’absence de reproduction prouvée d’insectes génotobiotiques.
En conclusion, ce protocole fournit un outil polyvalent qui permet aux chercheurs en microbiome d’exploiter leur propre « installation » génotobiotique à faible coût en utilisant des matériaux de laboratoire courants. Cette approche peut être utilisée pour générer des cafards génotobiotiques pour des expériences examinant le rôle du microbiote dans la formation du comportement de l’hôte, de l’immunité, du développement et des réponses au stress21,26,27. Ces insectes génotobiotiques peuvent également être inoculés avec des communautés synthétiques ou xénobiotiques et ensuite utilisés comme sujets pour des études sur le microbiome intestinal23,28. De plus, les éléments de cette approche, y compris l’utilisation de chambres d’incubation bactériologiques doublées de milieux comme vérification de stérilité intégrée, sont généralisables à d’autres systèmes modèles et peuvent faciliter l’entretien courant des animaux génotobiotiques dans des installations à plus petite échelle.
The authors have nothing to disclose.
Cette publication a été soutenue par le National Institute of General Medical Sciences des National Institutes of Health sous le numéro de prix R35GM133789. Le contenu est de la seule responsabilité des auteurs et ne représente pas nécessairement l’opinion officielle des National Institutes of Health. Les auteurs aimeraient remercier Josey Dyer pour avoir suivi les taux de stérilisation, les taux d’éclosion et les taux de croissance des blattes génotobiotiques.
2X master mix | New England BioLabs | M0482 | OneTaq MasterMix |
Autoclavable rat chow | Zeigler | NIH-31 Modified Auto | |
Bacterial DNA extraction kit | Omega Bio-Tek | D-3350 | E.Z.N.A. Bacterial DNA kit; includes lysozyme, glass beads, proteinase K, buffers (proteinase K, binding, wash, elution), DNA columns, 2-mL collection tube |
binding buffer | Omega Bio-Tek | PD099 | included in Omega Biotek's bacterial DNA extraction kit ("HBC" buffer) |
brain-heart infusion (BHI) broth | Research Products International | B11000 | |
Delicate task wipes | KimWipe | JS-KCC-34155-PK | KimWipes |
DNA purification kit | Omega Bio-Tek | D6492 | E.Z.N.A. Cycle Pure kit; D6493 may also be used; includes buffers (purifying ,wash, elution) |
elution buffer | Omega Bio-Tek | PDR048 | included in Omega Biotek's bacterial DNA extraction kit |
glass beads | Omega Bio-Tek | n/a | included in Omega Biotek's bacterial DNA extraction kit |
Hybridization oven | UVP | 95-0330-01 | we use a hybridization oven for preheating elution buffer, but a water bath could probably also be used |
Laminar flow biological safety cabinet | NuAire, Inc. | NU-425-400 | Protocol refers to this as "laminar flow hood" for brevity |
lysozyme | Omega Bio-Tek | n/a | included in Omega Biotek's bacterial DNA extraction kit |
peracetic acid stock solution (32%) | Sigma-Aldrich | 269336 | |
Petroleum jelly | Vaseline | n/a | |
proteinase K buffer | Omega Bio-Tek | PD061 | included in Omega Biotek's bacterial DNA extraction kit ("TL buffer") |
purifying buffer | Omega Bio-Tek | PDR042 | included in Omega Biotek's CyclePure kit ("CP" buffer) |
RsaI | New England BioLabs | R0167 | Includes CutSmart (digestion) buffer |
Secondary container | n/a | n/a | a plastic container with a lid (such as a Kritter Keeper) works well for this (25cm long x 15cm wide x 22cm high); it should be large enough to fit BHI slants and test tubes |
spectrophotometer | ThermoFisher | ND-2000 | Catalog info is for NanoDrop2000 |
thermal shaker | Eppendorf | EP5386000028 | Thermomixer R |
Tris-EDTA | Fisher | BP1338-1 | 10 nm Tris, 1 mM EDTA, pH 8 |
wash buffer | Omega Bio-Tek | PDR044 | included in Omega Biotek's bacterial DNA extraction kit ("DNA wash" buffer) |
Woodchip bedding | P.J. Murphy Forest Products | Sani-Chips |