Dit protocol wordt gebruikt bij het vaststellen en onderhouden van gnotobiotische Amerikaanse kakkerlakken (Periplaneta americana) door de eigevallen (oothecae) vóór het uitkomen te steriliseren. Deze gnotobiotische insecten bevatten hun verticaal overgedragen Blattabacterium endosymbionts maar hebben axenische darmen.
Gnotobiotische dieren zijn een krachtig hulpmiddel voor de studie van controles op de structuur en functie van het microbioom. Hier wordt een protocol gepresenteerd voor de oprichting en het onderhoud van gnotobiotische Amerikaanse kakkerlakken(Periplaneta americana). Deze aanpak omvat ingebouwde steriliteitscontroles voor voortdurende kwaliteitscontrole. Gnotobiotische insecten worden hier gedefinieerd als kakkerlakken die nog steeds hun verticaal overgedragen endosymbiont(Blattabacterium)bevatten, maar andere microben missen die normaal op hun oppervlak en in hun spijsverteringskanaal verblijven. Voor dit protocol worden eigevallen (oothecae) verwijderd uit een (niet-steriele) stamkolonie en gesteriliseerd oppervlak. Eenmaal verzameld en gesteriliseerd, worden de oothecae gedurende ongeveer 4−6 weken geïncubeerd bij 30 °C op hersenhartinfusie (BHI) totdat ze uitkomen of worden verwijderd als gevolg van besmetting. Uitgebroede nimfen worden overgebracht naar een Erlenmeyer-kolf met een BHI-vloer, steriel water en steriel rattenvoer. Om ervoor te zorgen dat de nimfen geen microben huisvesten die niet in staat zijn om onder de gegeven omstandigheden op BHI te groeien, maakt een aanvullende kwaliteitscontrolemaatregel gebruik van restrictiefragmentlengtepolymorfisme (RFLP) om te testen op niet-endosymbiotische microben. Gnotobiotische nimfen die met deze aanpak worden gegenereerd, kunnen worden ingeënt met eenvoudige of complexe microbiële gemeenschappen en worden gebruikt als hulpmiddel in darmmicrobioomstudies.
Gnotobiotische dieren zijn van onschatbare waarde gebleken voor microbioomstudies1,2,3. Kiemvrije en gedefinieerde floradieren hebben opheldering van gastheer-microbeninteracties mogelijk, waaronder immunologische reacties van gastheer, darmepitheelrijping en gastheermetabolisme1,4,5,6,7. Gnotobiotische dieren die zijn ingeënt met een vereenvoudigde gemeenschap hebben ook geholpen bij een vollediger begrip van microbe-microbe interacties in een darmgemeenschap, met name bij het ontrafelen van kruisvoeding en antagonistische relaties8,9,10,11. Het huidige voorkeursmodelsysteem voor studies in het darmmicrobioom van zoogdieren is het muriene model. Hoewel dit systeem van vitaal belang is geweest bij de hierboven beschreven ontdekkingen, is een belangrijke tekortkoming de kosten die hiermee gemoeid zijn. Gespecialiseerde apparatuur en hoogopgeleide technici zijn nodig om een gnotobiotische faciliteit op te zetten en te onderhouden. Dit, in combinatie met extra zorg die moet worden gegeven aan elk aspect van gnotobiotisch dieronderhoud, zorgt ervoor dat het gnotobiotische dier tien tot twintig keer meer kost om te fokken dan een standaard diermodel12. Vanwege de hoge kosten kunnen veel onderzoekers zich mogelijk geen gnotobiotisch murinemodel veroorloven. Bovendien, hoewel muriene modellen misschien wel de meest geaccepteerde keuze zijn voor studies die zich willen vertalen naar de menselijke gezondheid, zijn er nog steeds veel fysiologische en morfologische verschillen tussen menselijke en muisdarmen13. Het is duidelijk dat geen enkel enkel model voldoende is om het steeds groter wordende aantal vragen over de vele aspecten van het darmmicrobioom te beantwoorden.
Insectenmodellen zijn een goedkoper alternatief vanwege hun lagere kosten van onderhoud in vergelijking met zoogdiersoorten. Uitgebreid kiemvrij en gnotobiotisch onderzoek bij verschillende insectensoorten heeft geleid tot de ontwikkeling van meerdere veelgebruikte modellen. Muggen en Drosophila zijn veel voorkomende modellen voor kiemvrij werk vanwege hun relevantie voor wereldwijde ziekten en genetische tracteerbaarheid14,15. Een ander opkomend modelsysteem is dat van de honingbij (Apis mellifera), gezien het belang ervan voor bestuivings – en socialiteitsonderzoek16. Veel van deze veelgebruikte insecten missen echter de taxonomische complexiteit die wordt gezien in darmgemeenschappen van zoogdieren17, waardoor hun vermogen om interacties van hogere orde te modelleren wordt beperkt. Niet alleen is de totale diversiteit van microben gevonden in de darm van Amerikaanse kakkerlakken meer vergelijkbaar met zoogdieren, maar veel van de microben aanwezig in de kakkerlak darm behoren tot families en phyla die vaak worden gevonden in de darmmicrobiota van zoogdieren en mensen18. De achtergeklaagde van de kakkerlak is ook functioneel analoog aan de dikke darm van zoogdieren, omdat het een fermentatiekamer is vol met bacteriën om te helpen bij de extractie van voedingsstoffen19,20. Ten slotte zorgt de omnivore aard van kakkerlakken voor een verscheidenheid aan dieetregimes die niet mogelijk zouden zijn met dieetspecialisten.
Amerikaanse kakkerlakken kunnen een nuttig modelsysteem zijn voor het begrijpen van darmmicrobiële gemeenschappen in hogere organismen, maar de status van de kakkerlak als plaag maakt dit systeem ook relevant voor ongediertebestrijding21. Het benutten van fundamentele kennis van de invloed van de darmgemeenschap op de gezondheid en fysiologie van kakkerlakken helpt bij het ontwikkelen van nieuwe technieken voor ongediertebestrijding.
Het doel van deze methode is om een uitgebreide beschrijving te schetsen van de oprichting en het onderhoud van gnotobiotische Amerikaanse kakkerlakken(Periplaneta americana),maar dit protocol kan worden gebruikt om nimfen van elkeovipareuze kakkerlak te genereren. Het omvat een methode voor efficiënte, niet-invasieve verzameling van volwassen oothecae en een niet-destructieve techniek om de gnotobiotische status van de insecten22,23,24te controleren . Terwijl eerdere methoden voor het bereiken en behouden van gnotobiotische kakkerlakken ootheca-verzameling23,24,25,26,27beschrijven, wordt ootheca-rijpheid ofwel geïnterpreteerd in termen van soortspecifieke signalen (in Blattella germanica22,24,25), of niet expliciet beschreven27,28, waardoor de implementatie moeilijk wordt voor degenen die niet bekend zijn met het systeem. Omdat de hier beschreven methode natuurlijk gedropte oothecae gebruikt, is de fout om eieren voortijdig te verwijderen afwezig. Dit protocol bevat zowel cultuurafhankelijke als cultuuronafhankelijke methoden van kwaliteitscontrole, en de cultuurafhankelijke methode vereist geen opofferende insecten. Ten slotte brengt deze methode informatie uit meerdere gnotobiotische kakkerlakstudies samen om één, uitgebreid protocol te maken met alle benodigde informatie voor het bereiken en onderhouden van gnotobiotische kakkerlakken.
Andere methoden die de generatie van gnotobiotische kakkerlakken beschrijven , beschreven ofwel de verzameling van oothecae niet of gebruikten benchmarks die specifiek waren voor andere kakkerlaksoorten om aan te geven wanneer de oothecae bij moeder23,25,26kon worden verwijderd . Oorspronkelijk werden oothecae verzameld uit het houtsnipperbedden in de voorraadtanks, wat resulteerde in zeer lage broedsnelheden (~ 10%) vergeleken met niet-gesteriliseerde oothecae (47%)29. Dit is waarschijnlijk te wijten aan het feit dat onbeschadigde oothecae zich in de loop van de tijd ophopen in de voorraadkooi en er geen manier is om de leeftijd of levensvatbaarheid van ootheca te verifiëren. De toepassing van de “kraamafdeling”-aanpak maakt het mogelijk om vers gedeponeerde oothecae van bekende leeftijd te verzamelen. Dit vergemakkelijkt verder experimentele planning, omdat de onderzoeker kan anticiperen op waarschijnlijke broedtijden voor individuele oothecae. Een andere wijziging ten opzichte van de oorspronkelijke en gepubliceerde protocollen omvat de incubatie van oothecae en nimfen in half verzegelde kamers die ook een oververzadigde natriumchlorideoplossing bevatten. De aanwezigheid van de oplossing handhaaft een relatieve vochtigheid van ongeveer 75%30. Oothecae worden routinematig geïncubeerd bij 30 °C, waarvan is aangetoond dat het het aantal dagen dat nodig is voor incubatie minimaliseert en tegelijkertijd de levensvatbaarheid van de embryo’s en het aantal nimfen dat per oothecawordt geproduceerd,maximaliseert. Na het uitkomen worden gnotobiotische nimfen routinematig gekweekt op de tafeltop bij laboratoriumkamertemperatuur en omgevingsomstandigheden, hoewel vochtigheidsgestuurde kamers opnieuw worden gebruikt voor kritische experimenten. Na het vaststellen van deze veranderingen in ootheca-verzameling en incubatie stegen de broedsnelheden tot ongeveer 41% (n = 51), exclusief oothecae verwijderd als gevolg van verontreiniging. Een mogelijke route naar verdere optimalisatie van de broedsnelheden kan het verlengen van de tijd tussen ootheca-verzameling en sterilisatie omvatten. De cuticula van de eicel mag bij de eerste afgifte niet volledig gelooid zijn32, en kan daarom binnen 24 uur na het vallen van de sterilisatie doorlatend zijn voor oplossingen die tijdens sterilisatie worden gebruikt.
Het sterilisatieprotocol met 0,1% perazijnzuur werd aangepast van Doll et al.25. Andere studies hebben alternatieve technieken voor het steriliseren van oothecae23,26 gedocumenteerd. Besmettingspercentages zijn gebaseerd op de niet-destructieve methode om de oothecae op een BHI-helling te incuberen. Deze aanpak is zeer voordelig omdat het een snelle identificatie en verwijdering van verontreinigd oothecae mogelijk maakt. De meeste eerdere protocollen testen op cultureerbare organismen door uitwerpselen of nimfhomogenaat op bacteriologische media te plateren en te controleren op groei22,23,25,27,28,33. In ten minste één geval werd de methode voor het testen van de gnotobiotische status niet volledig beschreven26. Behalve Clayton die een kleine plaat van steriliteit testend medium toevoegde aan het fokken van flessen24, vorige methoden22,23 huisvestte gnotobiotische insecten op bacteriologische media slechts voor korte perioden om het sterilisatieprotocol in eerste instantie te evalueren.
Voortzetting van de huisvesting van de resulterende nimfen op BHI-medium als een ingebouwde kwaliteitscontrolemaatregel maakt het mogelijk hun gnotobiotische status in semi-real-time te controleren – een techniek die in de meeste eerdere methoden niet werd gezien22,23. Dit is vooral handig voor langetermijnexperimenten waarvoor gnotobiotische nimfen moeten worden geopend. Als de BHI-vloer onder nimfen besmet lijkt met bacteriële of schimmelgroei, moet de kolf worden weggegooid. Dit type besmetting treedt meestal op bij het blootleggen van de kolven aan waternimfen, maar het kan ook ontstaan uit de uitwerpselen in het geval van onvoldoende gesteriliseerde oothecae of voedsel. Het gebruik van een laminaire stromingskap bij het water geven verbetert de verontreinigingssnelheid die wordt veroorzaakt door het blootleggen van kolven.
Aangezien niet alle besmetteorganismen aeroob kunnen groeien op BHI-medium, is een extra kweekonafhankelijke methode voor steriliteitstests vereist. Een mogelijke aanpak is microscopie27,maar deze aanpak kan arbeidsintensief zijn. Andere protocollen maken gebruik van op sequenties gebaseerde technieken om organismen te detecteren die aan kweek14,23,27,28kunnen ontsnappen . Dergelijke benaderingen zijn echter vaak duur en moeilijk te interpreteren, omdat de resultaten van sequencingbenaderingen met hoge doorvoer gemakkelijk kunnen worden beïnvloed door verontreiniging op laag niveau van reagentia34 en barcodehoppen35. In plaats daarvan is een nieuwe aanpak ontwikkeld die pcr-versterking van het 16S rRNA-gen gebruikt in combinatie met restrictiefragmentlengtepolymorfisme om zowel het endosymbiont als eventuele vervuilende darmsymbioten te visualiseren. Deze techniek omvat een interne PCR-controle, aangezien het 16S-gen van Blattabacteriumis gesequenced en het banderolleerpatroon aanwezig moet zijn bij zowel gnotobiotische als niet-sterile insecten. Aangezien het restrictiepatroon van de endosymbiont kan worden voorspeld aan de den36van het genoom, is het niet nodig om de amplicons of de beperkingsfragmenten te sequencen, tenzij identificatie van een verontreiniging gewenst is. De huidige versie van dit protocol vraagt om een nimf op te offeren voor PCR/RFLP, maar deze techniek kan ook op uitwerpselen worden gebruikt als een niet-destructieve maatregel. Het zal echter geen ingebouwde controle bevatten, omdat de uitwerpselen niet veel Blattabacteriummogen bevatten .
Een extra gemakkelijk te wijzigen maar kritische component van het fokken van gnotobiotische dieren is dieet. Hoewel BHI-agar kan dienen als een tijdelijke voedselbron voor de insecten, is gebleken dat het resulteert in aanzienlijke groeitekorten bij nimfen wanneer het voor langere tijd als enige voedselbron wordt gebruikt. Hoewel verschillende diëten zijn geprobeerd, wordt autoclaveerbare rattenvoer aanbevolen als een routinedieet voor het onderhoud van gnotobiotische insecten. Diëten die niet specifiek waren geformuleerd voor sterilisatie waren vaak moeilijk volledig steriel te maken, en veel steriele of autoclaveerbare proefdierdiëten bleken een snelle schimmelgroei te vertonen onder niet-steriele omstandigheden. Deze neiging om af te nemen onder niet-steriele omstandigheden maakte ze ongeschikt voor gebruik in experimenten die gnotobiotische en niet-gnotobiotische insecten direct vergeleken. Het aanbevolen dieet maakt het gebruik van een consistent dieet tussen gnotobiotische en standaardnimfen mogelijk, waardoor de vergelijking van kenmerken – zoals groeisnelheden – tussen de twee groepen wordt vergemakkelijkt.
Zoals anderen27hebben waargenomen, groeien de gnotobiotische nimfen langzamer dan hun niet-steriele tegenhangers. Een vergelijking tussen lichaamslengtes van gnotobiotische (n = 105) en niet-steriele nimfen (n = 50) gevoed hetzelfde, autoclaaf knaagdierdieet en bij kamertemperatuur gehouden, toont aan dat niet-steriele nimfen gemiddeld 0,059 mm/dag groeien, terwijl gnotobiotische nimfen 0,028 mm/dag groeien (p < 0,0001) (figuur 5). De aanwezigheid van darmmicrobiota in P. americana is aangetoond dat het de stofwisseling van de insectenverandert 37, en darmgemeenschappen in het algemeen worden verondersteld de opname van voedingsstoffen te beïnvloeden38,39. Deze redenen ondersteunen de waargenomen verschillen in groeisnelheid van gnotobiotische en niet-sterile nimfen.
Een mogelijke beperking van deze techniek is dat gnotobiotische nimfen mogelijk geen geslachtsrijpheid bereiken, omdat de oudste steriele cohorten meer dan 10 maanden oud zijn en alleen de zevende instar (van de 10; 11 volwassenheid) hebben bereikt, zoals benaderd door lichaamslengte40. Deze oudste cohorten volgen niet het autoclaafrattendieet, maar eten in plaats daarvan bestraalde rattenvoer, een dieet dat te veel vocht bevat om te voeden met niet-steriele cohorten zonder overmatige schimmelgroei. Niet-steriele nimfen op een niet-gesteriliseerd hondenvoerdieet bleken na 9−10 maanden volwassen te worden onder laboratoriumomstandigheden (kamertemperatuur en vochtigheid). Cohorten van gnotobiotische en niet-steriele nimfen op de gedeelde, autoclaved rat chow zijn momenteel minder dan 7 maanden oud, niet-steriele insecten worden geschat op zevende instar (gemiddeld: 16,7 mm) terwijl steriele insecten worden geschat op vijfde instar (gemiddelde: 11,2 mm). Als gevolg hiervan kunnen we tot nu toe niet controleren of onze gnotobiotische kakkerlakken zich met succes kunnen voortplanten. Gezien het gemak waarmee nieuwe gnotobiotische cohorten met behulp van deze aanpak kunnen worden vastgesteld, toont deze methode echter grote belofte, zelfs bij afwezigheid van bewezen reproductie van gnotobiotische insecten.
Concluderend, dit protocol biedt een veelzijdig hulpmiddel waarmee microbioom onderzoekers hun eigen, goedkope gnotobiotische “faciliteit” kunnen bedienen met behulp van gemeenschappelijke laboratoriummaterialen. Deze aanpak kan worden gebruikt om gnotobiotische kakkerlakken te genereren voor experimenten die de rol van de microbiota onderzoeken bij het vormgeven van gastheergedrag, immuniteit, ontwikkeling en stressreacties21,26,27. Deze gnotobiotische insecten kunnen ook worden ingeënt met synthetische of xenobiotische gemeenschappen en vervolgens worden gebruikt als proefpersonen voor darmmicrobioomstudies23,28. Verder zijn elementen van deze aanpak, waaronder het gebruik van met bacteriologische media omzoomde incubatiekamers als ingebouwde steriliteitscontrole, generaliseerbaar voor andere modelsystemen en kunnen routinematig onderhoud van gnotobiotische dieren in kleinere faciliteiten vergemakkelijken.
The authors have nothing to disclose.
Deze publicatie werd ondersteund door het National Institute of General Medical Sciences van de National Institutes of Health onder toekenningsnummer R35GM133789. De inhoud valt uitsluitend onder de verantwoordelijkheid van de auteurs en vertegenwoordigt niet noodzakelijkerwijs de officiële mening van de Nationale Instituten voor Gezondheid. De auteurs willen Josey Dyer erkennen voor het volgen van sterilisatiesnelheden, broedsnelheden en groeisnelheden van de gnotobiotische kakkerlakken.
2X master mix | New England BioLabs | M0482 | OneTaq MasterMix |
Autoclavable rat chow | Zeigler | NIH-31 Modified Auto | |
Bacterial DNA extraction kit | Omega Bio-Tek | D-3350 | E.Z.N.A. Bacterial DNA kit; includes lysozyme, glass beads, proteinase K, buffers (proteinase K, binding, wash, elution), DNA columns, 2-mL collection tube |
binding buffer | Omega Bio-Tek | PD099 | included in Omega Biotek's bacterial DNA extraction kit ("HBC" buffer) |
brain-heart infusion (BHI) broth | Research Products International | B11000 | |
Delicate task wipes | KimWipe | JS-KCC-34155-PK | KimWipes |
DNA purification kit | Omega Bio-Tek | D6492 | E.Z.N.A. Cycle Pure kit; D6493 may also be used; includes buffers (purifying ,wash, elution) |
elution buffer | Omega Bio-Tek | PDR048 | included in Omega Biotek's bacterial DNA extraction kit |
glass beads | Omega Bio-Tek | n/a | included in Omega Biotek's bacterial DNA extraction kit |
Hybridization oven | UVP | 95-0330-01 | we use a hybridization oven for preheating elution buffer, but a water bath could probably also be used |
Laminar flow biological safety cabinet | NuAire, Inc. | NU-425-400 | Protocol refers to this as "laminar flow hood" for brevity |
lysozyme | Omega Bio-Tek | n/a | included in Omega Biotek's bacterial DNA extraction kit |
peracetic acid stock solution (32%) | Sigma-Aldrich | 269336 | |
Petroleum jelly | Vaseline | n/a | |
proteinase K buffer | Omega Bio-Tek | PD061 | included in Omega Biotek's bacterial DNA extraction kit ("TL buffer") |
purifying buffer | Omega Bio-Tek | PDR042 | included in Omega Biotek's CyclePure kit ("CP" buffer) |
RsaI | New England BioLabs | R0167 | Includes CutSmart (digestion) buffer |
Secondary container | n/a | n/a | a plastic container with a lid (such as a Kritter Keeper) works well for this (25cm long x 15cm wide x 22cm high); it should be large enough to fit BHI slants and test tubes |
spectrophotometer | ThermoFisher | ND-2000 | Catalog info is for NanoDrop2000 |
thermal shaker | Eppendorf | EP5386000028 | Thermomixer R |
Tris-EDTA | Fisher | BP1338-1 | 10 nm Tris, 1 mM EDTA, pH 8 |
wash buffer | Omega Bio-Tek | PDR044 | included in Omega Biotek's bacterial DNA extraction kit ("DNA wash" buffer) |
Woodchip bedding | P.J. Murphy Forest Products | Sani-Chips |