Summary

Ensaio nãoradioativo para medir a fosforilação de polinucleotídeos de substratos de pequenos nucleotídeos

Published: May 08, 2020
doi:

Summary

Este protocolo descreve um ensaio nãoradioativo para medir a atividade de quinase de quinases (PNKs) em pequenos substratos de DNA e RNA.

Abstract

As quinases de polinucleotídeos (PNKs) são enzimas que catalisam a fosforilação da extremidade hidroxila de 5′ do DNA e oligonucleotídeos de RNA. A atividade dos PNKs pode ser quantificada por meio de abordagens diretas ou indiretas. Apresentada aqui é uma abordagem direta e in vitro para medir a atividade PNK que se baseia em um substrato de oligonucleotídeo fluorescente e eletroforese de gel de poliacrilamida. Esta abordagem fornece a resolução dos produtos fosforilados, evitando o uso de substratos radiolabelados. O protocolo detalha como configurar a reação de fosforilação, preparar e executar grandes géis de poliacrilamida e quantificar os produtos de reação. A parte mais tecnicamente desafiadora deste ensaio é derramar e executar os grandes géis de poliacrilamida; assim, são fornecidos detalhes importantes para superar as dificuldades comuns. Este protocolo foi otimizado para o Grc3, um PNK que se reúne em um complexo de processamento de RNA pré-ribossômico obrigatório com seu parceiro de ligação, o nuclease Las1. No entanto, este protocolo pode ser adaptado para medir a atividade de outras enzimas PNK. Além disso, este ensaio também pode ser modificado para determinar os efeitos de diferentes componentes da reação, como o triphosfato nucleosídeo, íons metálicos e oligonucleotídeos.

Introduction

As quinases de polinucleotídeos (PNK) desempenham papéis críticos em muitas vias de processamento de DNA e RNA, como reparação de DNA e conjunto ribossomo1,,2,,3,,4,,5. Essas enzimas fundamentais catalisam a transferência do monofosfato terminal (gama) de um triptofato nucleosídeo (NTP, na maioria das vezes ATP) para a extremidade hidroxila de 5′ de um substrato nucleotídeo. Um dos PNKs mais bem caracterizados é o bacteriófago T4 PNK, que tem ampla especificidade de substrato e é fortemente utilizado por laboratórios de biologia molecular para incorporar rótulos de isótopos radioativos no 5 terminus de um substrato de DNA ou RNA6,7,,8,,9,10,,11,12. Outro exemplo de enzima PNK é o CLP1, que é encontrado em Eukarya, Eubacteria e Archaea, e está implicado em várias vias de processamento de RNA4,,13,,14,15.

Historicamente, a maioria dos ensaios que medem a atividade de quinase polinucleotídeo dependem da rotulagem de isótopos radioativos e da autoradiografia subsequente5,16. Nos últimos anos, uma série de ensaios adicionais foram desenvolvidos para medir a atividade de PNK, incluindo abordagens de molécula única, eletroforese de microchip, balizas moleculares, bem como ensaios colorimétricos e baseados em luminescência17,,18,,19,,20,21,22. Embora muitas dessas novas abordagens forneçam limites de detecção aprimorados e evitem o uso de radioatividade, cada uma tem desvantagens, como custo, dependência de resina imobilizada e limitações na escolha do substrato.

Grc3 é um polinucleotídeo quinase que desempenha um papel fundamental no processamento do RNA pré-ribossômico2,3,23. Grc3 forma um complexo obrigatório com o endoribonuclease Las1, que corta o Spacer Transcrito Interno 2 (ITS2) do RNA pré-ribossômico3. O decote do ITS2 por Las1 gera um produto que abriga um hidroxil de 5′ que é posteriormente fosforilado pela quinase Grc33. Para investigar a especificidade do nucleotídeo e substrato do Grc3, foi necessário um ensaio barato que permitia o teste de diferentes substratos oligonucleotídeos. Por isso, foi desenvolvido um ensaio de fosforilação PNK usando substratos fluorescentes rotulados. Este ensaio foi usado com sucesso para determinar que o Grc3 pode utilizar qualquer NTP para atividade de transferência de fosforila, mas favorece o ATP24. Este protocolo adapta o ensaio original para medir a atividade PNK de Grc3 em uma mímica de RNA de seu substrato de RNA pré-ribossômico (SC-ITS2, Tabela 1). Um aspecto desafiador dessa abordagem baseada em fluorescência é a dependência de grandes géis de poliacrilamida para resolver efetivamente substratos fosforilados e não fosforilados. O protocolo fornece detalhes específicos sobre como derramar esses géis grandes e evitar armadilhas comuns ao fazê-lo.

Trabalhar com RNA requer cuidados particulares porque é fortemente suscetível à degradação. Existem medidas preventivas simples que se pode tomar para limitar a contaminação por ribonuclease. Uma estação de trabalho RNA separada que pode ser facilmente tratada com um agente de limpeza contendo inibidores de RNase é muitas vezes útil. É sempre necessário usar luvas ao manusear amostras e usar materiais de consumo certificados sem RNase. Como a água é outra fonte comum de contaminação, é melhor usar água recém-purificada e esterilizar todas as soluções usando um filtro de 0,22 μm.

Protocol

1. Preparação Prepare tampão e reagentes. Faça 1x Tampão de Reação combinando 20 μL de 1 M Tris (pH = 8,0), 40 μL de cloreto de sódio de 5 M, 2,5 μL de cloreto de magnésio de 2 M, 100 μL de 50% (v/v) glicerol e água livre de RNase para atingir um volume total de 1 mL. Faça corante de carregamento de ureia combinando 4,8 g de ureia, 200 μL de 1 M Tris (pH = 8,0), 20 μL de 0,5 M EDTA (pH = 8,0), 0,5 mL de 1% (w/v) azul bromofenol e água livre de RNase para atingir um volume to…

Representative Results

Um gel de desnaturamento representativo bem-sucedido de uma titulação de ATP com uma quantidade fixa do complexo Las1-Grc3 é mostrado na Figura 1. A adição de enzima resultou no decote de RNA mediado em Las1 do substrato RNA SC-ITS2, levando a um fragmento de RNA definido (5-OH C2 RNA). Após a adição de ATP, o fragmento de RNA C2 foi fosfoilado por Grc3 PNK (5-P C2 RNA). Em géis desnaturação, o RNA fosfoilado migra mais rápido do que sua contrapar…

Discussion

Descrito é um ensaio para medir a atividade de quinase do Grc3 PNK em substratos de nucleotídeos fluorescentes. Este protocolo pode ser aplicado para caracterizar outras enzimas PNK adaptando o buffer de reação e o substrato de oligonucleotídeo. Por exemplo, o protocolo exige uma quantidade de traço de EDTA. A adição de EDTA é benéfica por duas razões: Primeiro, essa abordagem favorece o Grc3 ligado ao magnésio, impedindo que a enzima se ligue a vestígios de metais contaminantes na mistura. Em segundo lugar,…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Agradecemos ao Dr. Andrew Sikkema e Andrea Kaminski pela leitura crítica deste manuscrito. Este trabalho foi apoiado pelo Programa de Pesquisa Intramuros do Instituto Nacional de Saúde dos EUA; Instituto Nacional de Ciências da Saúde Ambiental dos EUA (NIEHS; ZIA ES103247 a R.E.S) e os Institutos Canadenses de Pesquisa em Saúde (CIHR; 146626 a M.C.P).

Materials

0.4 mm 34-well comb BioRad 1653848
0.4 mm spacer BioRad 1653812
0.5 M EDTA ph 8.0 KD Medical RGF-3130
1M Magnesium Chloride KD Medical CAC-5290
1M Tris pH 8.0 KD Medical RGF-3360
40% Acrylamide/Bis Solution 29:1 BioRad 1610146
5M Sodium Chloride KD Medical RGF-3720
ammonium persulfate (APS) BioRad 161-0700
ATP Sigma A2383-1G
boric acid Sigma B0394
bromophenol blue sodium salt Sigma B5525-5G
Glass Plates Thomas Scientific 1188K51
Hoefer SQ3 Sequencer Hoefer N/A
Image J Software N/A N/A https://imagej.nih.gov/ij/
Labeled RNA oligonucleotides IDT Custom Order
Pharmacia EPS 3500 Power Supply Pharmacia N/A
Steriflip 0. 22 um Filter Millipore 5FCP00525
TEMED BioRad 161-0800
tris base Sigma TRIS-RO
Typhoon FLA 9500 gel imager GE Healthcare N/A
Ultra Pure DEPC Water Invitrogen 750023
Ultra Pure Glycerol Invitrogen 19E1056865
urea Fisher Chemical U15-500

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Cite This Article
Pillon, M. C., Stanley, R. E. Nonradioactive Assay to Measure Polynucleotide Phosphorylation of Small Nucleotide Substrates. J. Vis. Exp. (159), e61258, doi:10.3791/61258 (2020).

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