レーザーキャプチャーマイクロダイセクションとマイクロ流体RT-qPCRの組み合わせは、単一ニューロンおよびグリアのトランスクリプトームを測定する際に解剖学的およびバイオテクノロジーの特異性を提供します。精神疾患に対するシステムの生物学的アプローチによる創造的な方法を適用することは、依存症における神経炎症反報酬仮説などの理解と治療におけるブレークスルーにつながる可能性があります。
依存症行動の割合の増加により、メンタルヘルスの研究者と臨床医は同様に、反報酬と回復を理解するようになりました。報酬と開始からのこのシフトは、依存症を調査するために適用される方法の拡張とともに、新しい視点、パラダイム、および仮説を必要とします。ここでは、レーザーキャプチャーマイクロダイセクション(LCM)とハイスループットマイクロ流体逆転写定量ポリメラーゼ連鎖反応(RT-qPCR)を組み合わせたアンチリターンを調査するためのシステム生物学的アプローチの例を紹介します。遺伝子発現ネットワークのダイナミクスが測定され、アルコールおよびオピオイド離脱における神経内臓調節不全の主要な推進力である神経炎症が特定されました。この技術の組み合わせは、ハイスループット感度と特異的遺伝子発現測定により、単一細胞分解能で解剖学的および表現型の特異性を提供し、仮説生成データセットと新しい洞察と治療の機会を生み出す機構的可能性の両方を生み出します。
依存症は依然として先進国で増大する課題です1,2。科学的および臨床的大きな進歩にもかかわらず、依存症の割合は増加し続けていますが、確立された治療法の有効性はせいぜい安定しています3,4,5。しかし、バイオテクノロジーと科学的アプローチの進歩は、物質依存の病態生理学をさらに調査するための新しい方法と仮説をもたらしました6,7,8。実際、最近の進展は、新しい概念と治療パラダイムが社会的、経済的、政治的結果を伴うブレークスルーにつながる可能性があることを示唆しています9,10,11,12。
アルコールの離脱とオピオイド依存症における反報酬を調査した13,14,15,16。メソッドはこのパラダイムの中心です17,18。レーザーキャプチャーマイクロダイセクション(LCM)は、解剖学的特異性の高い単一細胞を選択できます。この機能は、グリアとニューロンの両方を同じ動物の同じニューロン亜核から収集および分析できるため、神経炎症反報酬仮説に不可欠です13、14、15、16、19。次に、選択された細胞のトランスクリプトームの関連部分を、ハイスループットマイクロ流体逆転写定量的ポリメラーゼ連鎖反応(RT-qPCR)で測定することができ、機能ネットワークへの洞察をもたらす計算分析のための高次元データセットを提供する20,21。
特定の脳核のニューロンとグリアのトランスクリプトームのサブセットを測定すると、サンプル数と測定された遺伝子の両方で堅牢で、感度と特異的なデータセットが生成されます。これらのツールは、グリア、主に星状細胞とミクログリアが過去10年間に神経疾患および精神疾患の中心的な役割を示してきたため、精神疾患に対するシステムの神経科学的アプローチに最適です22,23。私たちのアプローチは、局所的なパラクリンシグナル伝達に関与する多数の受容体とリガンドにわたって同時にグリアとニューロンの発現応答を測定することができます。実際、シグナリングは、ファジィ論理24などの様々な定量的方法を用いて、これらのデータセットから推論することができる。さらに、ニューロンまたはグリアにおける細胞サブ表現型とその機能の同定は、特定の核の脳細胞が単一細胞レベルでどのように組織化、応答、および調節不全になるかについての洞察を提供することができます。この機能システムのダイナミクスは、時系列実験16でモデル化することもできます。最後に、動物モデルを解剖学的または薬理学的に摂動して、このシステムのアプローチに機構的状態を与えることができます。
代表的な実験:
以下に、これらの方法の適用例を示します。この研究では、アルコール依存とその後の離脱に応答した孤立核(NTS)におけるラットのニューロンおよびミクログリア遺伝子発現を調査しました16。ラットコホートは、1)対照、2)エタノール依存性(EtOH)、3)8時間離脱(Wd)、4)32時間Wd、および5)176時間Wdから構成されていました(図1A)。急速な断頭に続いて、脳幹を前脳から分離して凍結切片化し、チロシンヒドロキシラーゼ陽性(TH+)ニューロンおよびミクログリアについてスライスを染色した(図1B)。LCMは、TH+およびTH-ニューロンおよびミクログリアの両方を収集するために使用されました。すべての細胞はNTSからのものであり、10細胞プールのサンプルとして分析されました。4つの96 x 96マイクロ流体RT-qPCRダイナミックアレイを、65個の遺伝子を測定するRT-qPCRプラットフォームで実行しました(図1B-C)。データは-ΔΔCT法を用いて正規化し、Rを用いて解析し、単一細胞選択を分子マーカーで検証した(図1D-E)。技術的検証は、単一のバッチ内およびバッチ間で分析された技術反復によってさらに検証されました(図2および図3)。TH+ニューロンとTH-ニューロンは、炎症性遺伝子クラスターは類似しているがγ-アミノ酪酸(GABA)受容体(R)クラスターが異なる異なるサブ表現型に編成されています(図4および図5)。炎症性遺伝子クラスターの発現が上昇したサブ表現型は32時間Wdで過剰発現したが、GABA受容体(GABAR)発現は長期のアルコール離脱(176時間Wd)で低いままであった。この研究は、離脱中の内臓からの傍受的フィードバックが内臓感情神経核(すなわち、NTSおよび扁桃体)の調節不全に寄与し、より重度の自律神経および感情的後遺症をもたらし、物質依存に寄与すると推測するアルコールおよびオピオイド依存の反報酬仮説に貢献しています(図6)。
アルコール使用障害は依然として治療が困難な疾患です。私たちのグループは、システム神経科学の視点で反報酬プロセスを調査することにより、この障害にアプローチしました。アルコール離脱時系列16における単一NTSニューロンおよびミクログリアの遺伝子発現変化を測定した。NTSは、アルコール離脱症候群で発生する自律神経調節不全におけるその顕著な役割のため?…
The authors have nothing to disclose.
ここで紹介する研究は、JSとRVに授与されたNIH HLB U01 HL133360、JSとEVBに授与されたNIDA R21 DA036372、SJO’Sを支援するためにJan Hoekに授与されたT32 AA-007463、および国立アルコール依存症およびアルコール乱用研究所:R01 AA018873。
20X DNA Binding Dye | Fluidigm | 100-7609 | NA |
2x GE Assay Loading Reagent | Fluidigm | 85000802-R | NA |
96.96 Dynamic Array IFC for Gene Expression (referred to as qPCR chip in text) | Fluidigm | BMK-M-96.96 | NA |
Anti-Cd11β Antibody | Genway Biotech | CCEC48 | Microglia Stain |
Anti-NeuN Antibody, clone A60 | EMD Millipore | MAB377 | Neuronal Stain |
Anti-tyrosine hydroxylase antibody | abcam | ab112 | Stain for TH+ neurons |
ArcturusXT Laser Capture Microdissection System | Arcturus | NA | NA |
Biomark HD | Fluidigm | NA | RT-qPCR platform |
Bovine Serum Antigen | Sigma-Aldrich | B4287 | |
CapSure Macro LCM Caps | ThermoFisher Scientific | LCM0211 | NA |
CellDirect One-Step qRT-PCR Kit | ThermoFisher Scientific | 11753500 | Lysis buffer solution components |
CellsDirect Resuspension & Lysis Buffer Kit | ThermoFisher Scientific | 11739010 | Invitrogen |
DAPI | ThermoFisher Scientific | 62248 | Nucleus Stain |
DNA Suspension Buffer | TEKnova | T0221 | |
Donkey anti-Rabbit IgG (H+L) ReadyProbe Secondary Antibody, Donkey anti-Rabbit IgG (H+L) ReadyProbe Secondary Antibody, Alexa Fluor 488 | ThermoFisher Scientific | R37118 | Seconadry Antibody |
Exonuclease I | New Englnad BioLabs, Inc. | M0293S | NA |
ExtracSure Sample Extraction Device | ThermoFisher Scientific | LCM0208 | NA |
FisherbrandTM Superfrost Plus Microscope Slides | ThermoFisher Scientific | 22-037-246 | Plain glass slides |
GeneAmp Thin-Walled Reaction Tube | ThermoFisher Scientific | N8010611 | |
Goat anti-Mouse IgG (H+L), Superclona Recombinant Secondary Antibody, Alexa Fluor 555 | ThermoFisher Scientific | A28180 | Seconadry Antibody |
IFC Controller | Fluidigm | NA | NA |
RNaseOut | ThermoFisher Scientific | 10777019 | |
SsoFast EvaGreen Supermix with Low Rox | Bio-Rad | PN 172-5211 | NA |
SuperScript VILO cDNA Synthesis Kit | ThermoFisher Scientific | 11754250 | Contains VILO and SuperScript |
T4 Gene 32 Protein | New Englnad BioLabs, Inc. | M0300S | NA |
TaqMan PreAmp Master Mix | ThermoFisher Scientific | 4391128 | NA |
TE Buffer | TEKnova | T0225 | NA |
TempPlate Semi-Skirted 96-Well PCR Plate, 0.2 mL | USA Scientific | 1402-9700 | NA |