Сочетание микродиссекции лазерного захвата и микрофлюидной RT-qPCR обеспечивает анатомическую и биотехническую специфичность при измерении транскриптома в отдельных нейронах и глии. Применение творческих методов с системным биологическим подходом к психиатрическим заболеваниям может привести к прорывам в понимании и лечении, таким как гипотеза нейровоспаления против рвоты при зависимости.
Растущие показатели поведения наркомании побудили исследователей психического здоровья и клиницистов понять антиревардию и выздоровление. Этот отход от вознаграждения и начала требует новых перспектив, парадигм и гипотез, а также расширения методов, применяемых для исследования зависимости. Здесь мы приводим пример: системный биологический подход к исследованию антиревардии, который сочетает в себе микродиссекцию лазерного захвата (LCM) и высокопроизводительные микрофлюидные количественные полимеразные цепные реакции с обратной транскрипцией (RT-qPCR). Измерена динамика сети экспрессии генов и выявлен ключевой фактор нейровисцеральной дисрегуляции при алкогольной и опиоидной абстиненции – нейровоспаление. Эта комбинация технологий обеспечивает анатомическую и фенотипическую специфичность при одноклеточном разрешении с высокопроизводительной чувствительностью и специфическими показателями экспрессии генов, что дает как наборы данных, генерирующие гипотезы, так и механистические возможности, которые создают возможности для новых идей и методов лечения.
Наркомания остается растущей проблемой в развитом мире 1,2. Несмотря на значительные научные и клинические достижения, показатели наркомании продолжают расти, в то время как эффективность установленных методов лечения остается стабильной в лучшем случае 3,4,5. Однако достижения в области биотехнологии и научных подходов привели к появлению новых методов и гипотез для дальнейшего исследования патофизиологии зависимости от вещества 6,7,8. Действительно, последние события свидетельствуют о том, что новые концепции и парадигмы лечения могут привести к прорывам с социальными, экономическими и политическими последствиями 9,10,11,12.
Мы исследовали антиревардию при отмене алкогольной и опиоидной зависимости 13,14,15,16. Методы занимают центральное место в этой парадигме 17,18. Микродиссекция лазерного захвата (LCM) может отбирать отдельные клетки с высокой анатомической специфичностью. Эта функциональность является неотъемлемой частью антиреактивной гипотезы нейровоспаления, поскольку и глия, и нейроны могут быть собраны и проанализированы из одного и того же нейронального субядра у одного и того же животного 13,14,15,16,19. Соответствующая часть транскриптома выбранных клеток затем может быть измерена с помощью высокопроизводительных микрофлюидных количественных полимеразных цепных реакций с обратной транскрипцией (RT-qPCR), обеспечивающих многомерные наборы данных для вычислительного анализа, дающего представление о функциональных сетях20,21.
Измерение подмножества транскриптома в нейронах и глии в определенном ядре мозга генерирует набор данных, который является надежным как по количеству выборки, так и по измеренным генам, а также чувствителен и специфичен. Эти инструменты оптимальны для системного нейробиологического подхода к психическим заболеваниям, потому что глия, в основном астроциты и микроглия, продемонстрировали центральную роль в неврологических и психиатрических заболеваниях за последнее десятилетие22,23. Наш подход может измерять экспрессивный ответ глии и нейронов одновременно через многочисленные рецепторы и лиганды, участвующие в локальной паракринной сигнализации. Действительно, сигнализация может быть выведена из этих наборов данных с использованием различных количественных методов, таких как нечеткая логика24. Кроме того, идентификация клеточных субфенотипов в нейронах или глии и их функции может дать представление о том, как клетки мозга в определенных ядрах организуются, реагируют и дисрегулируются на уровне одной клетки. Динамика этой функциональной системы также может быть смоделирована с помощью экспериментов временных рядов16. Наконец, животные модели могут быть возмущены анатомически или фармакологически, чтобы придать механистическое состояние подходу этой системы.
Репрезентативный эксперимент:
Ниже мы приводим пример применения этих методов. В этом исследовании изучалась экспрессия генов нейронов и микроглии крыс в солитарном ядре (NTS) в ответ на алкогольную зависимость и последующую абстиненцию16. Когорты крыс включали 1) Контроль, 2) Этанолозависимый (EtOH), 3) 8-часовой вывод (Wd), 4) 32 ч Wd и 5) 176 ч Wd (Рисунок 1A). После быстрого обезглавливания стволы мозга отделяли от переднего мозга и криосекционировали, а срезы окрашивали для тирозингидроксилаз-положительных (TH+) нейронов и микроглии (рисунок 1B). LCM использовался для сбора как TH+, так и TH-нейронов и микроглии. Все клетки были из NTS и проанализированы как образцы 10-клеточных пулов. Четыре микрофлюидных динамических массива RT-qPCR 96 x 96 были запущены на платформе RT-qPCR, измеряя 65 генов (рисунок 1B-C). Данные нормализовали с помощью метода -ΔΔCt и проанализировали с использованием R, а одноклеточный отбор проверяли молекулярными маркерами (рисунок 1D-E). Техническая валидация была дополнительно проверена техническими репликами, проанализированными в рамках одной партии и между партиями (рисунок 2 и рисунок 3). Нейроны TH+ и TH организованы в различные субфенотипы с аналогичными кластерами воспалительных генов, но отличающимися γ кластерами рецепторов аминомасляной кислоты (ГАМК) (R) (рисунок 4 и рисунок 5). Субфенотипы, которые имели повышенную экспрессию воспалительных кластеров генов, были чрезмерно представлены при 32 ч Wd, в то время как экспрессия ГАМК-рецептора (GABAR) оставалась низкой при длительной отмене алкоголя (176 ч Wd). Эта работа способствует антиреактивной гипотезе алкогольной и опиоидной зависимости, которая предполагает, что перехватывающая обратная связь от внутренних органов при абстиненции способствует дисрегуляции висцерально-эмоциональных нейронных ядер (т.е. НТС и миндалины), что приводит к более тяжелым вегетативным и эмоциональным последствиям, которые способствуют зависимости от вещества (рисунок 6).
Расстройство, связанное с употреблением алкоголя, остается сложным заболеванием для лечения. Наша группа подошла к этому расстройству, исследуя антиревардетные процессы с точки зрения системной нейробиологии. Мы измерили изменения экспрессии генов в отдельных нейронах NTS и микроглии…
The authors have nothing to disclose.
Работа, представленная здесь, финансировалась через NIH HLB U01 HL133360, присужденную JS и RV, NIDA R21 DA036372, присужденную JS и EVB, T32 AA-007463 присужденную Яну Хуку в поддержку SJO и Национальный институт алкоголизма и злоупотребления алкоголем: R01 AA018873.
20X DNA Binding Dye | Fluidigm | 100-7609 | NA |
2x GE Assay Loading Reagent | Fluidigm | 85000802-R | NA |
96.96 Dynamic Array IFC for Gene Expression (referred to as qPCR chip in text) | Fluidigm | BMK-M-96.96 | NA |
Anti-Cd11β Antibody | Genway Biotech | CCEC48 | Microglia Stain |
Anti-NeuN Antibody, clone A60 | EMD Millipore | MAB377 | Neuronal Stain |
Anti-tyrosine hydroxylase antibody | abcam | ab112 | Stain for TH+ neurons |
ArcturusXT Laser Capture Microdissection System | Arcturus | NA | NA |
Biomark HD | Fluidigm | NA | RT-qPCR platform |
Bovine Serum Antigen | Sigma-Aldrich | B4287 | |
CapSure Macro LCM Caps | ThermoFisher Scientific | LCM0211 | NA |
CellDirect One-Step qRT-PCR Kit | ThermoFisher Scientific | 11753500 | Lysis buffer solution components |
CellsDirect Resuspension & Lysis Buffer Kit | ThermoFisher Scientific | 11739010 | Invitrogen |
DAPI | ThermoFisher Scientific | 62248 | Nucleus Stain |
DNA Suspension Buffer | TEKnova | T0221 | |
Donkey anti-Rabbit IgG (H+L) ReadyProbe Secondary Antibody, Donkey anti-Rabbit IgG (H+L) ReadyProbe Secondary Antibody, Alexa Fluor 488 | ThermoFisher Scientific | R37118 | Seconadry Antibody |
Exonuclease I | New Englnad BioLabs, Inc. | M0293S | NA |
ExtracSure Sample Extraction Device | ThermoFisher Scientific | LCM0208 | NA |
FisherbrandTM Superfrost Plus Microscope Slides | ThermoFisher Scientific | 22-037-246 | Plain glass slides |
GeneAmp Thin-Walled Reaction Tube | ThermoFisher Scientific | N8010611 | |
Goat anti-Mouse IgG (H+L), Superclona Recombinant Secondary Antibody, Alexa Fluor 555 | ThermoFisher Scientific | A28180 | Seconadry Antibody |
IFC Controller | Fluidigm | NA | NA |
RNaseOut | ThermoFisher Scientific | 10777019 | |
SsoFast EvaGreen Supermix with Low Rox | Bio-Rad | PN 172-5211 | NA |
SuperScript VILO cDNA Synthesis Kit | ThermoFisher Scientific | 11754250 | Contains VILO and SuperScript |
T4 Gene 32 Protein | New Englnad BioLabs, Inc. | M0300S | NA |
TaqMan PreAmp Master Mix | ThermoFisher Scientific | 4391128 | NA |
TE Buffer | TEKnova | T0225 | NA |
TempPlate Semi-Skirted 96-Well PCR Plate, 0.2 mL | USA Scientific | 1402-9700 | NA |