Summary

إدخال الجين بالضربة القاضية مباشرة في مرحلة Amastigote من التريبانوسوما كروزي باستخدام نظام CRISPR/Cas9

Published: July 31, 2019
doi:

Summary

هنا، ونحن نصف بروتوكول لإدخال ضربة قاضية الجينات في amastigote خارج الخلية من التريبانوسوما كروزي، وذلك باستخدام نظام كريسبر / Cas9. ويمكن متابعة النمط الظاهري للنمو إما عن طريق عد الخلايا من ثقافة الماستيغوت الفأس أو عن طريق انتشار الماستيغوت داخل الخلايا بعد غزو الخلية المضيفة.

Abstract

تريبانوسوما كروزي هو طفيلي بروتوزوان المسبب للأمراض الذي يسبب مرض شاغاس بشكل رئيسي في أمريكا اللاتينية. من أجل تحديد هدف جديد للمخدرات ضد T. cruzi، من المهم التحقق من صحة ضرورة الجينات المستهدفة في مرحلة الثدييات من الطفيلي ، وamastigote. Amastigotes من T. كروزي تكرار داخل الخلية المضيفة; وبالتالي، فإنه من الصعب إجراء تجربة خروج المغلوب دون الذهاب من خلال مراحل التنمية الأخرى. في الآونة الأخيرة، أبلغت مجموعتنا عن حالة نمو يمكن فيها للamastigote تكرار axenically لمدة تصل إلى 10 أيام دون أن تفقد خصائصها الشبيهة بamastigote. باستخدام هذه الثقافة amastigote axenic الزمنية، قدمنا بنجاح gRNAs مباشرة في Amastigote Cas9 التعبير عن التسبب في خروج المغلوب الجينات وتحليل الأنماط الظاهرية الخاصة بهم حصرا في مرحلة amastigote. في هذا التقرير، نقوم بوصف بروتوكول مفصل لإنتاج في المختبر المستمدة من الماستيغوت، والاستفادة من ثقافة الفأس في تجربة خروج المغلوب كريسبر / Cas9 بوساطة. يمكن تقييم النمط الظاهري للنمو من amastigotes بالضربة القاضية إما عن طريق عدد الخلايا من الثقافة axenic، أو عن طريق النسخ المتماثل من amastigote داخل الخلايا بعد غزو الخلية المضيفة. هذا الأسلوب يتجاوز التمايز مرحلة الطفيلي تشارك عادة في إنتاج amastigote المعدلة وراثيا أو بالضربة القاضية. استخدام ثقافة الماستيغوت الفأس الزمنية لديه القدرة على توسيع الحرية التجريبية للدراسات الخاصة بمرحلة محددة في T. cruzi.

Introduction

تريبانوسوما كروزي هو العامل المسبب لمرض شاغاس ، والذي ينتشر بشكل رئيسي في أمريكا اللاتينية1. T. كروزي لديه مراحل دورة حياة مميزة كما أنه يسافر بين ناقلات الحشرات ومضيف الثدييات2. T. كروزي يكرر كما الظهارة في midgut من علة ترياتوميمين مص الدم ويميز في trypomastigote المعدية في الجزء الخلفي قبل أن تودع على الإنسان أو الحيوان المضيف. مرة واحدة في trypomastigote يحصل في الجسم المضيف من خلال موقع لدغة أو من خلال غشاء المخاطية، والطفيلي يغزو خلية المضيف ويتحول إلى شكل جولة فلاجيلا أقل تسمى amastigote. ينسخ ال [أمستجوت] داخل المضيفة خلية و [إينرتيم] أخيرا يميّز داخل [تريبومستغوت], أيّ ينفجر من المضيفة خلية ويدخل الدم مجرى أن يصيب آخر مضيفة خلية.

منذ وكلاء العلاج الكيميائي المتاحة حاليا, benznidazole وnifurtimox, تسبب الآثار الجانبية السلبية وغير فعالة في المرحلة المزمنة من المرض3, فمن مصلحة كبيرة لتحديد أهداف المخدرات جديدة ضد T. كروزي. في السنوات الأخيرة، أصبح نظام CRISPR/Cas9 أداة قوية لأداء الجينات بالضربة القاضية بشكل فعال في T. cruzi، إما عن طريق نقل بلازميد منفصل أو واحد يحتوي على gRNA و Cas94، من خلال التعبير المستقر عن Cas9 واللاحقة إدخال gRNA7 أو قالب النسخ من gRNAأو عن طريق الكهربائي من مجمع gRNA /Cas9 RNP شكلت مسبقا9. ومن المتوقع إلى حد كبير أن يسرع هذا التقدم التكنولوجي في البحوث التي تستهدف المخدرات في مرض شاغاس.

للمضي قدما في تطوير المخدرات ، من الأهمية بمكان التحقق من أهمية الجين المستهدف أو فعالية المركبات المرشحة للأدوية في amastigote T. cruzi، كما هو مرحلة النسخ المتماثل للطفيلي في المضيف الثدييات. ومع ذلك، هذه مهمة صعبة، لأنه لا يمكن التلاعب بـ amastigotes مباشرة بسبب وجود خلية مضيف معرقلة. في ليشمانيا، وهو طفيلي بروتوزوان وثيق الصلة إلى T. cruzi، تم تطوير طريقة زراعة الماستيجوت الفأسية واستخدمت في فحص المخدرات الاختبارات10،11،12، 13.على الرغم من أن هناك بعض الاختلافات في قابلية المركبات بين الماستيغوتات الفأسوية وamastigotes داخل الخلايا14،والقدرة على الحفاظ على ثقافة الفأس مع ذلك يوفر أدوات تجريبية قيمة لدراسة البيولوجيا الأساسية للمرحلة ذات الصلة سريريا من الليشمانيا15،16. في حالة T. كروزي، والآداب فيما يتعلق بوجود amastigotes خارج الخلية التي تحدث بشكل طبيعي (EA)17 وفي إنتاج المختبر من EA17،18،19 يعود تاريخها إلى منذ عقود. وبالإضافة إلى ذلك، من المعروف أن EA لديها قدرة معدية20، وإن كان أقل من ذلك من trypomastigote، وقد تم توضيح آلية غزو المضيف amastigote في السنوات الأخيرة (استعرض من قبل Bonfim-Melo وآخرون21). ومع ذلك، على عكس ليشمانيا، لم يتم استخدام EA كأداة تجريبية في T. cruzi، ويرجع ذلك في المقام الأول إلى أن EA كان يعتبر طفيلي داخل الخلايا ملزمة ، وبالتالي لم يكن يعتبر “شكل التكرار” في عملية معني.

في الآونة الأخيرة، اقترحت مجموعتنا للاستفادة من EA من T. كروزي كثقافة axenic الزمنية22. Amastigotes من سلالة T. كروزي تولاهوين يمكن تكرار خالية من الخلايا المضيفة في وسط LIT في 37 درجة مئوية لمدة تصل إلى 10 أيام دون تدهور كبير أو فقدان خصائص تشبه amastigote. خلال فترة النمو الخالية من المضيف، تم استخدام EA بنجاح للتعبير الجيني الخارجي عن طريق الكهربة التقليدية، وفحص معايرة المخدرات مع مركبات التربانوسيدال، وخروج المغلوب كريسبر/كاس9 بوساطة تليها رصد النمط الظاهري للنمو. في هذا التقرير، ونحن نصف البروتوكول التفصيلي لإنتاج في المختبر المستمدة EA واستخدام amastigote axenic في تجارب خروج المغلوب.

Protocol

ملاحظة: ويرد في الشكل 1عرض عام للتدفق التجريبي بأكمله. الشكل 1: نظرة عامة على تجربة خروج المغلوب باستخدام EA. يتم حصاد التربومستجوتات المشتقة من زراعة الأنسجة وتمييزها في EA. يتم…

Representative Results

عزل التريبوماستيغوت اتّبأ من خلال إجراء السباحة لحصاد التربومستجوتات الطازجة من تلوث EAs القديمة عن طريق إجراء السباحة التدريجي ، يجب أن يتم احتضان كريات الخلايا لمدة 1 ساعة على الأقل. الشكل 2باء). في هذه التجربة بالذات، كانت النسبة المئوية للtrypomastigot…

Discussion

لقد أثبتنا أن الثقافة الفأسية لـ T. cruzi amastigotes يمكن استخدامها في ضربة قاضية للجين كريسبر/كاس9 بوساطة، وذلك عن طريق الكهربائي gRNA مباشرة إلى Cas9-التعبير عن EA. وبهذه الطريقة، يمكن تقييم ضرورة الجين المستهدف على وجه التحديد في مرحلة الماستيغوت دون المرور بمراحل تنموية أخرى.

ج?…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

وقد تم دعم هذا العمل جزئيا من قبل JSPS KAKENHI منحة رقم 18K15141 إلى Y.T.

Materials

20% formalin solution FUJIFILM Wako Pure Chemical 068-03863 fixing cells
25 cm2 double seal cap culture flask AGC Techno Glass 3100-025
75 cm2 double seal cap culture flask AGC Techno Glass 3110-075
All-in One Fluorescence Microscope Keyence BZ-X710
Alt-R CRISPR-Cas9 crRNA (for Control) IDT custom made target sequence = GGACGGCACCTTCATCTACAAGG
Alt-R CRISPR-Cas9 crRNA (for TcCGM1) IDT custom made target sequence = TAGCCGCGATGGAGAGTTTATGG
Alt-R CRISPR-Cas9 crRNA (for TcPAR1) IDT custom made target sequence = CGTGGAGAACGCCATTGCCACGG
Alt-R CRISPR-Cas9 tracrRNA IDT 1072532 to anneal with crRNA
Amaxa Nucleofector device LONZA AAN-1001 electroporation
Basic Parasite Nucleofector Kit 2 LONZA VMI-1021 electroporation
BSA Sigma-Aldrich A3294 component of the medium for in-vitro amastigogenesis
Burker-Turk disposable hemocytometer Watson 177-212C cell counting
Coster 12-well Clear TC-Treated Multiple Well Plates Corning 3513
DMEM FUJIFILM Wako Pure Chemical 044-29765 culture medium
Fetal bovine serum, Defined Hyclone SH30070.03 heat-inactivate before use
G-418 Sulfate Solution FUJIFILM Wako Pure Chemical 077-06433 selection of transformant
Hemin chloride Sigma-Aldrich H-5533 component of LIT medium
Hoechst 33342 Thermo Fisher Scientific H3570 staining of nuclei
Liver infusion broth, Difco Becton Dickinson 226920 component of LIT medium
MES FUJIFILM Wako Pure Chemical 349-01623 component of the medium for in-vitro amastigogenesis
PBS (–) FUJIFILM Wako Pure Chemical 166-23555
Propidium Iodide Sigma-Aldrich P4864-10ML staining of dead cells
RPMI 1646 Sigma-Aldrich R8758 medium for metacyclogenesis

References

  1. World Health Organization. . (WHO) Fact sheet: Chagas disease (American trypanosomiasis). , (2017).
  2. Clayton, J. Chagas disease 101. Nature. 465 (n7301_supp), S4-S5 (2010).
  3. Apt, W. Current and developing therapeutic agents in the treatment of Chagas disease. Drug Design, Development and Therapy. 4, 243-253 (2010).
  4. Lander, N., Li, Z. H. H., Niyogi, S., Docampo, R. CRISPR/Cas9-induced disruption of paraflagellar rod protein 1 and 2 genes in Trypanosoma cruzi reveals their role in flagellar attachment. mBio. 6 (4), e01012 (2015).
  5. Peng, D., Kurup, S. P., Yao, P. Y., Minning, T. A., Tarleton, R. L. CRISPR-Cas9-mediated single-gene and gene family disruption in Trypanosoma cruzi. mBio. 6 (1), e02097-e02114 (2015).
  6. Romagnoli, B. A. A., Picchi, G. F. A., Hiraiwa, P. M., Borges, B. S., Alves, L. R., Goldenberg, S. Improvements in the CRISPR/Cas9 system for high efficiency gene disruption in Trypanosoma cruzi. Acta Tropica. 178, 190-195 (2018).
  7. Burle-Caldas, G. A., Soares-Simões, M., Lemos-Pechnicki, L., DaRocha, W. D., Teixeira, S. M. R. Assessment of two CRISPR-Cas9 genome editing protocols for rapid generation of Trypanosoma cruzi gene knockout mutants. International Journal for Parasitology. 48 (8), 591-596 (2018).
  8. Costa, F. C. Expanding the toolbox for Trypanosoma cruzi: A parasite line incorporating a bioluminescence-fluorescence dual reporter and streamlined CRISPR/Cas9 functionality for rapid in vivo localisation and phenotyping. PLoS Neglected Tropical Diseases. 12 (4), e0006388 (2018).
  9. Soares Medeiros, L. C. High-Efficiency Genome Editing in Protozoan Parasites Using CRISPR-Cas9 Ribonucleoproteins. mBio. 8 (6), (2017).
  10. Callahan, H. L., Portal, A. C., Devereaux, R., Grogl, M. An axenic amastigote system for drug screening. Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 41 (4), 818-822 (1997).
  11. Bates, P. A. Axenic culture of Leishmania amastigotes. Parasitology Today. 9 (4), 143-146 (1993).
  12. Ravinder, R., Bhaskar, B., Gangwar, S., Goyal, N. Development of luciferase expressing Leishmania donovani axenic amastigotes as primary model for in vitro screening of antileishmanial compounds. Current Microbiology. 65 (6), 696-700 (2012).
  13. Nühs, A. Development and Validation of a Novel Leishmania donovani Screening Cascade for High-Throughput Screening Using a Novel Axenic Assay with High Predictivity of Leishmanicidal Intracellular Activity. PLoS Neglected Tropical Diseases. 9 (9), 1-17 (2015).
  14. De Rycker, M. Comparison of a high-throughput high-content intracellular Leishmania donovani assay with an axenic amastigote assay. Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 57 (7), 2913-2922 (2013).
  15. Rochette, A., Raymond, F., Corbeil, J., Ouellette, M., Papadopoulou, B. Whole-genome comparative RNA expression profiling of axenic and intracellular amastigote forms of Leishmania infantum. Molecular and Biochemical Parasitology. 165 (1), 32-47 (2009).
  16. Pescher, P., Blisnick, T., Bastin, P., Späth, G. F. Quantitative proteome profiling informs on phenotypic traits that adapt Leishmania donovani for axenic and intracellular proliferation. Cellular Microbiology. 13 (7), 978-991 (2011).
  17. Andrews, N. W., Hong, K. S. U., Robbins, E. S., Nussenzweig, V. Stage-specific surface antigens expressed during the morphogenesis of vertebrate forms of Trypanosoma cruzi. Experimental Parasitology. 64 (3), 474-484 (1987).
  18. Pan, S. C. Trypanosoma cruzi: intracellular stages grown in a cell-free medium at 37 C. Experimental Parasitology. 45 (2), 215-224 (1978).
  19. Tomlinson, S., Vandekerckhove, F., Frevert, U., Nussenzweig, V. The induction of Trypanosoma cruzi trypomastigote to amastigote transformation by low pH. Parasitology. 110 (05), 547 (1995).
  20. Ley, V., Andrews, N. W., Robbins, E. S., Nussenzweig, V. Amastigotes of Trypanosoma cruzi sustain an infective cycle in mammalian cells. Journal of Experimental Medicine. 168 (0022-1007 (Print)), 649-659 (1988).
  21. Bonfim-Melo, A., Ferreira, E. R., Florentino, P. T. V., Mortara, R. A. Amastigote Synapse: The Tricks of Trypanosoma cruzi Extracellular Amastigotes. Frontiers in Microbiology. 9, 1341 (2018).
  22. Takagi, Y., Akutsu, Y., Doi, M., Furukawa, K. Utilization of proliferable extracellular amastigotes for transient gene expression, drug sensitivity assay, and CRISPR/Cas9-mediated gene knockout in Trypanosoma cruzi. PLOS Neglected Tropical Diseases. 13 (1), e0007088 (2019).
  23. Fernandes, J. F., Castellani, O. Growth characteristics and chemical composition of Trypanosoma cruzi. Experimental Parasitology. 18 (2), 195-202 (1966).
  24. Oberholzer, M., Lopez, M. A., Ralston, K. S., Hill, K. L. Approaches for Functional Analysis of Flagellar Proteins in African Trypanosomes. Methods in Cell Biology. 93, 21-57 (2009).
  25. van den Hoff, M. J. B., Moorman, A. F. M., Lamers, W. H. Electroporation in ‘intracellular’ buffer increases cell survival. Nucleic Acids Research. 20 (11), 2902-2902 (1992).
  26. Pacheco-Lugo, L., Díaz-Olmos, Y., Sáenz-García, J., Probst, C. M., DaRocha, W. D. Effective gene delivery to Trypanosoma cruzi epimastigotes through nucleofection. Parasitology International. 66 (3), 236-239 (2017).
  27. Coughlin, B. C., Teixeira, S. M., Kirchhoff, L. V., Donelson, J. E. Amastin mRNA abundance in Trypanosoma cruzi is controlled by a 3’-untranslated region position-dependent cis-element and an untranslated region-binding protein. The Journal of Biological Chemistry. 275 (16), 12051-1260 (2000).
  28. Shaw, A. K., Kalem, M. C., Zimmer, S. L. Mitochondrial Gene Expression Is Responsive to Starvation Stress and Developmental Transition in Trypanosoma cruzi. mSphere. 1 (2), (2016).
  29. Chao, D., Dusanic, D. G. Comparative studies of the isolation of metacyclic trypomastigotes of Trypanosoma cruzi by DEAE ion exchange chromatography. Zhonghua Minguo wei sheng wu ji mian yi xue za zhi (Chinese Journal of Microbiology and Immunology). 17 (3), 146-152 (1984).
  30. Nogueira, N., Bianco, C., Cohn, Z. Studies on the selective lysis and purification of Trypanosoma cruzi. The Journal of Experimental Medicine. 142 (1), 224-229 (1975).
  31. Minning, T. A., Weatherly, D. B., Atwood, J., Orlando, R., Tarleton, R. L., Tarleton, R. L. The steady-state transcriptome of the four major life-cycle stages of Trypanosoma cruzi. BMC Genomics. 10, 370 (2009).
  32. Rico, E., Jeacock, L., Kovářová, J., Horn, D. Inducible high-efficiency CRISPR-Cas9-targeted gene editing and precision base editing in African trypanosomes. Scientific Reports. 8 (1), 7960 (2018).
  33. Fu, Y. High-frequency off-target mutagenesis induced by CRISPR-Cas nucleases in human cells. Nature Biotechnology. 31 (9), 822-826 (2013).
  34. Kim, S., Kim, D., Cho, S. W., Kim, J., Kim, J. S. Highly efficient RNA-guided genome editing in human cells via delivery of purified Cas9 ribonucleoproteins. Genome Research. 24 (6), 1012-1019 (2014).
  35. Chiurillo, M. A., Lander, N., Bertolini, M. S., Storey, M., Vercesi, A. E., Docampo, R. Different roles of mitochondrial calcium uniporter complex subunits in growth and infectivity of Trypanosoma cruzi. mBio. 8 (3), e00574-e00617 (2017).

Play Video

Cite This Article
Akutsu, Y., Doi, M., Furukawa, K., Takagi, Y. Introducing a Gene Knockout Directly Into the Amastigote Stage of Trypanosoma cruzi Using the CRISPR/Cas9 System. J. Vis. Exp. (149), e59962, doi:10.3791/59962 (2019).

View Video