Summary

Представляя ген нокаут непосредственно в Amastigote Этап trypanosoma cruzi Использование CRISPR / Cas9 системы

Published: July 31, 2019
doi:

Summary

Здесь мы описываем протокол о введении генного нокаута во внеклеточном аматиготе трипаносома крузи, с использованием системы CRISPR/Cas9. За фенотипом роста может последовать либо подсчет клеток агостической культуры аматигота, либо распространение внутриклеточного амастигота после вторжения клеток-хозяев.

Abstract

Трипаносома крузи является патогенным протозоанским паразитом, который вызывает болезнь Шагаса в основном в Латинской Америке. Для того, чтобы определить новый целевой препарат против T. cruzi, важно проверить существенность гена-митариона в стадии млекопитающих паразита, амастигот. Аматиготы T. cruzi реплицируются внутри клетки-хозяина; таким образом, трудно провести нокаут эксперимент, не проходя через другие этапы развития. Недавно наша группа сообщила о состоянии роста, в котором амастигот может реплицировать аксенически до 10 дней, не теряя своих амастигот-подобных свойств. Используя эту временную апорную культуру амасигота, мы успешно внедрили GРНС непосредственно в Cas9-expressing amastigote, чтобы вызвать генные нокауты и проанализировали их фенотипы исключительно в стадии амасигота. В этом отчете мы описываем подробный протокол для производства in vitro, полученных внеклеточными амазиготами, и для использования опорной культуры в эксперименте по нокауту, опосредованным CRISPR/Cas9. Фенотип роста нокаут амастиготов может быть оценен либо по клеточным подсчетам аксеников, либо путем репликации внутриклеточного аматигота после вторжения клеток-хозяев. Этот метод обходит дифференциацию стадии паразита, обычно участвующую в производстве трансгенного или нокаутирующего аматигота. Использование временной апорической культуры амастигот имеет потенциал для расширения экспериментальной свободы сценических исследований в T. cruzi.

Introduction

Трипаносома крузи является возбудимым возбудите болезнь Шагаса, которая распространена в основном в Латинской Америке1. T. cruzi имеет отличительные этапы жизненного цикла, как он путешествует между насекомым вектор и млекопитающих хозяин2. T. cruzi реплицирует сярлица в качестве эпиматигота в середине г. кровососущего триатомина и дифференцируется в инфекционный метациклический трипомэтигот в его заднухе перед тем, как оставить на человека или животного хозяина. Как только trypomastigote попадает в организм хозяина через место укуса или через слизистую оболочку, паразит вторгается в клетку-хозяина и превращается в флагелла менее круглая форма называется амасигот. Амасигот реплицируется внутри клетки-хозяина и в конечном итоге дифференцируется в трипоматигот, который вырывается из клетки-хозяина и входит в кровоток, чтобы заразить другую клетку-хозяина.

Поскольку в настоящее время доступны химиотерапевтические агенты, бензнидазол и нифуртимокс, вызывают неблагоприятные побочные эффекты и неэффективны в хронической фазе заболевания3, это представляет большой интерес для выявления новых целей наркотиков против T. cruzi. В последние годы, система CRISPR/Cas9 стала мощным инструментом для эффективного выполнения генного нокаута в T. cruzi, либо путем трансфекции отдельных или одной плазмиды (ы), содержащей gRNA и Cas94, путем стабильного выражения Cas9 и последующего введение gRNA5,6,7 или транскрипции шаблона gRNA8, или путем электропорации предварительно сформированного комплекса gRNA/Cas9 RNP7,9. Этот технологический прогресс, как ожидается, ускорить целевое исследование наркотиков в области болезни Шагаса.

Чтобы продолжить разработку препарата, очень важно проверить существенность гена-мишени или эффективность соединений кандидата препарата в amastigote T. cruzi, так как это этап репликации паразита в млекопитающих хозяина. Однако, это трудная задача, потому что amastigotes не может быть непосредственно манипулировать из-за присутствия обструктивной ячейки хозяина. В Лейшмании, тесно связанных простейшие паразита T. cruzi, апорный метод культивирования amastigote был разработан и был использован в анализе скрининга наркотиков10,11,12, 13. Хотя Есть некоторые расхождения в восприимчивости к соединениям между апорическими амастиготами и внутриклеточными амастиготами14, способность поддерживать топорную культуру, тем не менее, предоставляет ценные экспериментальные инструменты для изучения базовая биология клинически релевантной стадии Лейшмания15,16. В случае T. cruzi, литературы о наличии естественных внеклеточных амастиготов (EA)17 и в пробирке производства EA17,18,19 датируются десятилетия назад. Кроме того, Е.А., как известно, инфекционные возможности20, хотя и меньше, чем у trypomastigote, и механизм вторжения амасигота принимающей была выяснена в последние годы (обзор Bonfim-Мело и др.21). Однако, в отличие от Leishmania,EA не был использован в качестве экспериментального инструмента в T. cruzi, в первую очередь потому, что EA считался обязанным внутриклеточным паразитом, и, таким образом, не рассматривался как “репликативная форма” в практической Смысле.

Недавно наша группа предложила использовать EA T. cruzi в качестве временной апорической культуры22. Amastigotes штамма T. cruzi Tulahuen может размножаться без клеток-хозяев в среде LIT при 37 градусах По Цельсия в течение 10 дней без серьезного ухудшения или потери амасиготных свойств. В период роста без хозяина, EA был успешно использован для экспрессии экзогенного гена обычным электропорированием, проверкой титрации препарата с трипаноцидальными соединениями и нокаутом CRISPR/Cas9 с последующим мониторингом фенотипа роста. В этом отчете мы описываем подробный протокол для производства in vitro, полученного EA, и использования аксена в экспериментах нокаута.

Protocol

ПРИМЕЧАНИЕ: Обзор всего экспериментального потока изображен на рисунке 1. Рисунок 1: Обзор эксперимента нокаута с использованием EA. Ткань культуры полученных trypomastigotes собир…

Representative Results

Изоляция трипомастиготов процедурой плавания Для сбора свежих трипомастиготов от загрязнения старых овеных аув путем плавания- искупаться клетки нужно инкубировать не менее чем на 1 ч. Инкубирование гранул более чем на 2 ч не значительно увеличивает количество…

Discussion

Мы продемонстрировали, что топорная культура T. cruzi amastigotes может быть использована в CRISPR/Cas9-опосредованного гена нокаутом, путем электропорабивания gRNA непосредственно в Cas9-выражения EA. Таким образом, существенность гена-мишени конкретно в стадии amastigote может быть оценена, не проходя…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Эта работа была частично поддержана JSPS KAKENHI Грант номер 18K15141 к Y.T.

Materials

20% formalin solution FUJIFILM Wako Pure Chemical 068-03863 fixing cells
25 cm2 double seal cap culture flask AGC Techno Glass 3100-025
75 cm2 double seal cap culture flask AGC Techno Glass 3110-075
All-in One Fluorescence Microscope Keyence BZ-X710
Alt-R CRISPR-Cas9 crRNA (for Control) IDT custom made target sequence = GGACGGCACCTTCATCTACAAGG
Alt-R CRISPR-Cas9 crRNA (for TcCGM1) IDT custom made target sequence = TAGCCGCGATGGAGAGTTTATGG
Alt-R CRISPR-Cas9 crRNA (for TcPAR1) IDT custom made target sequence = CGTGGAGAACGCCATTGCCACGG
Alt-R CRISPR-Cas9 tracrRNA IDT 1072532 to anneal with crRNA
Amaxa Nucleofector device LONZA AAN-1001 electroporation
Basic Parasite Nucleofector Kit 2 LONZA VMI-1021 electroporation
BSA Sigma-Aldrich A3294 component of the medium for in-vitro amastigogenesis
Burker-Turk disposable hemocytometer Watson 177-212C cell counting
Coster 12-well Clear TC-Treated Multiple Well Plates Corning 3513
DMEM FUJIFILM Wako Pure Chemical 044-29765 culture medium
Fetal bovine serum, Defined Hyclone SH30070.03 heat-inactivate before use
G-418 Sulfate Solution FUJIFILM Wako Pure Chemical 077-06433 selection of transformant
Hemin chloride Sigma-Aldrich H-5533 component of LIT medium
Hoechst 33342 Thermo Fisher Scientific H3570 staining of nuclei
Liver infusion broth, Difco Becton Dickinson 226920 component of LIT medium
MES FUJIFILM Wako Pure Chemical 349-01623 component of the medium for in-vitro amastigogenesis
PBS (–) FUJIFILM Wako Pure Chemical 166-23555
Propidium Iodide Sigma-Aldrich P4864-10ML staining of dead cells
RPMI 1646 Sigma-Aldrich R8758 medium for metacyclogenesis

References

  1. World Health Organization. . (WHO) Fact sheet: Chagas disease (American trypanosomiasis). , (2017).
  2. Clayton, J. Chagas disease 101. Nature. 465 (n7301_supp), S4-S5 (2010).
  3. Apt, W. Current and developing therapeutic agents in the treatment of Chagas disease. Drug Design, Development and Therapy. 4, 243-253 (2010).
  4. Lander, N., Li, Z. H. H., Niyogi, S., Docampo, R. CRISPR/Cas9-induced disruption of paraflagellar rod protein 1 and 2 genes in Trypanosoma cruzi reveals their role in flagellar attachment. mBio. 6 (4), e01012 (2015).
  5. Peng, D., Kurup, S. P., Yao, P. Y., Minning, T. A., Tarleton, R. L. CRISPR-Cas9-mediated single-gene and gene family disruption in Trypanosoma cruzi. mBio. 6 (1), e02097-e02114 (2015).
  6. Romagnoli, B. A. A., Picchi, G. F. A., Hiraiwa, P. M., Borges, B. S., Alves, L. R., Goldenberg, S. Improvements in the CRISPR/Cas9 system for high efficiency gene disruption in Trypanosoma cruzi. Acta Tropica. 178, 190-195 (2018).
  7. Burle-Caldas, G. A., Soares-Simões, M., Lemos-Pechnicki, L., DaRocha, W. D., Teixeira, S. M. R. Assessment of two CRISPR-Cas9 genome editing protocols for rapid generation of Trypanosoma cruzi gene knockout mutants. International Journal for Parasitology. 48 (8), 591-596 (2018).
  8. Costa, F. C. Expanding the toolbox for Trypanosoma cruzi: A parasite line incorporating a bioluminescence-fluorescence dual reporter and streamlined CRISPR/Cas9 functionality for rapid in vivo localisation and phenotyping. PLoS Neglected Tropical Diseases. 12 (4), e0006388 (2018).
  9. Soares Medeiros, L. C. High-Efficiency Genome Editing in Protozoan Parasites Using CRISPR-Cas9 Ribonucleoproteins. mBio. 8 (6), (2017).
  10. Callahan, H. L., Portal, A. C., Devereaux, R., Grogl, M. An axenic amastigote system for drug screening. Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 41 (4), 818-822 (1997).
  11. Bates, P. A. Axenic culture of Leishmania amastigotes. Parasitology Today. 9 (4), 143-146 (1993).
  12. Ravinder, R., Bhaskar, B., Gangwar, S., Goyal, N. Development of luciferase expressing Leishmania donovani axenic amastigotes as primary model for in vitro screening of antileishmanial compounds. Current Microbiology. 65 (6), 696-700 (2012).
  13. Nühs, A. Development and Validation of a Novel Leishmania donovani Screening Cascade for High-Throughput Screening Using a Novel Axenic Assay with High Predictivity of Leishmanicidal Intracellular Activity. PLoS Neglected Tropical Diseases. 9 (9), 1-17 (2015).
  14. De Rycker, M. Comparison of a high-throughput high-content intracellular Leishmania donovani assay with an axenic amastigote assay. Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 57 (7), 2913-2922 (2013).
  15. Rochette, A., Raymond, F., Corbeil, J., Ouellette, M., Papadopoulou, B. Whole-genome comparative RNA expression profiling of axenic and intracellular amastigote forms of Leishmania infantum. Molecular and Biochemical Parasitology. 165 (1), 32-47 (2009).
  16. Pescher, P., Blisnick, T., Bastin, P., Späth, G. F. Quantitative proteome profiling informs on phenotypic traits that adapt Leishmania donovani for axenic and intracellular proliferation. Cellular Microbiology. 13 (7), 978-991 (2011).
  17. Andrews, N. W., Hong, K. S. U., Robbins, E. S., Nussenzweig, V. Stage-specific surface antigens expressed during the morphogenesis of vertebrate forms of Trypanosoma cruzi. Experimental Parasitology. 64 (3), 474-484 (1987).
  18. Pan, S. C. Trypanosoma cruzi: intracellular stages grown in a cell-free medium at 37 C. Experimental Parasitology. 45 (2), 215-224 (1978).
  19. Tomlinson, S., Vandekerckhove, F., Frevert, U., Nussenzweig, V. The induction of Trypanosoma cruzi trypomastigote to amastigote transformation by low pH. Parasitology. 110 (05), 547 (1995).
  20. Ley, V., Andrews, N. W., Robbins, E. S., Nussenzweig, V. Amastigotes of Trypanosoma cruzi sustain an infective cycle in mammalian cells. Journal of Experimental Medicine. 168 (0022-1007 (Print)), 649-659 (1988).
  21. Bonfim-Melo, A., Ferreira, E. R., Florentino, P. T. V., Mortara, R. A. Amastigote Synapse: The Tricks of Trypanosoma cruzi Extracellular Amastigotes. Frontiers in Microbiology. 9, 1341 (2018).
  22. Takagi, Y., Akutsu, Y., Doi, M., Furukawa, K. Utilization of proliferable extracellular amastigotes for transient gene expression, drug sensitivity assay, and CRISPR/Cas9-mediated gene knockout in Trypanosoma cruzi. PLOS Neglected Tropical Diseases. 13 (1), e0007088 (2019).
  23. Fernandes, J. F., Castellani, O. Growth characteristics and chemical composition of Trypanosoma cruzi. Experimental Parasitology. 18 (2), 195-202 (1966).
  24. Oberholzer, M., Lopez, M. A., Ralston, K. S., Hill, K. L. Approaches for Functional Analysis of Flagellar Proteins in African Trypanosomes. Methods in Cell Biology. 93, 21-57 (2009).
  25. van den Hoff, M. J. B., Moorman, A. F. M., Lamers, W. H. Electroporation in ‘intracellular’ buffer increases cell survival. Nucleic Acids Research. 20 (11), 2902-2902 (1992).
  26. Pacheco-Lugo, L., Díaz-Olmos, Y., Sáenz-García, J., Probst, C. M., DaRocha, W. D. Effective gene delivery to Trypanosoma cruzi epimastigotes through nucleofection. Parasitology International. 66 (3), 236-239 (2017).
  27. Coughlin, B. C., Teixeira, S. M., Kirchhoff, L. V., Donelson, J. E. Amastin mRNA abundance in Trypanosoma cruzi is controlled by a 3’-untranslated region position-dependent cis-element and an untranslated region-binding protein. The Journal of Biological Chemistry. 275 (16), 12051-1260 (2000).
  28. Shaw, A. K., Kalem, M. C., Zimmer, S. L. Mitochondrial Gene Expression Is Responsive to Starvation Stress and Developmental Transition in Trypanosoma cruzi. mSphere. 1 (2), (2016).
  29. Chao, D., Dusanic, D. G. Comparative studies of the isolation of metacyclic trypomastigotes of Trypanosoma cruzi by DEAE ion exchange chromatography. Zhonghua Minguo wei sheng wu ji mian yi xue za zhi (Chinese Journal of Microbiology and Immunology). 17 (3), 146-152 (1984).
  30. Nogueira, N., Bianco, C., Cohn, Z. Studies on the selective lysis and purification of Trypanosoma cruzi. The Journal of Experimental Medicine. 142 (1), 224-229 (1975).
  31. Minning, T. A., Weatherly, D. B., Atwood, J., Orlando, R., Tarleton, R. L., Tarleton, R. L. The steady-state transcriptome of the four major life-cycle stages of Trypanosoma cruzi. BMC Genomics. 10, 370 (2009).
  32. Rico, E., Jeacock, L., Kovářová, J., Horn, D. Inducible high-efficiency CRISPR-Cas9-targeted gene editing and precision base editing in African trypanosomes. Scientific Reports. 8 (1), 7960 (2018).
  33. Fu, Y. High-frequency off-target mutagenesis induced by CRISPR-Cas nucleases in human cells. Nature Biotechnology. 31 (9), 822-826 (2013).
  34. Kim, S., Kim, D., Cho, S. W., Kim, J., Kim, J. S. Highly efficient RNA-guided genome editing in human cells via delivery of purified Cas9 ribonucleoproteins. Genome Research. 24 (6), 1012-1019 (2014).
  35. Chiurillo, M. A., Lander, N., Bertolini, M. S., Storey, M., Vercesi, A. E., Docampo, R. Different roles of mitochondrial calcium uniporter complex subunits in growth and infectivity of Trypanosoma cruzi. mBio. 8 (3), e00574-e00617 (2017).

Play Video

Cite This Article
Akutsu, Y., Doi, M., Furukawa, K., Takagi, Y. Introducing a Gene Knockout Directly Into the Amastigote Stage of Trypanosoma cruzi Using the CRISPR/Cas9 System. J. Vis. Exp. (149), e59962, doi:10.3791/59962 (2019).

View Video