Summary

Generering av IPSC-avledet menneskelige hjerne Organoids til Model Tidlig nevrologiske lidelser

Published: April 14, 2017
doi:

Summary

Modeling human brain development has been hindered due to the unprecedented complexity of neural epithelial tissue. Here, a method for the robust generation of brain organoids to delineate early events of human brain development and to model microcephaly in vitro is described.

Abstract

The restricted availability of suitable in vitro models that can reliably represent complex human brain development is a significant bottleneck that limits the translation of basic brain research into clinical application. While induced pluripotent stem cells (iPSCs) have replaced the ethically questionable human embryonic stem cells, iPSC-based neuronal differentiation studies remain descriptive at the cellular level but fail to adequately provide the details that could be derived from a complex, 3D human brain tissue.

This gap is now filled through the application of iPSC-derived, 3D brain organoids, “Brains in a dish,” that model many features of complex human brain development. Here, a method for generating iPSC-derived, 3D brain organoids is described. The organoids can help with modeling autosomal recessive primary microcephaly (MCPH), a rare human neurodevelopmental disorder. A widely accepted explanation for the brain malformation in MCPH is a depletion of the neural stem cell pool during the early stages of human brain development, a developmental defect that is difficult to recreate or prove in vitro.

To study MCPH, we generated iPSCs from patient-derived fibroblasts carrying a mutation in the centrosomal protein CPAP. By analyzing the ventricular zone of microcephaly 3D brain organoids, we showed the premature differentiation of neural progenitors. These 3D brain organoids are a powerful in vitro system that will be instrumental in modeling congenital brain disorders induced by neurotoxic chemicals, neurotrophic viral infections, or inherited genetic mutations.

Introduction

Humane nevrologiske lidelser, for eksempel microcephaly, kan bare lite studert i dyremodeller på grunn av det faktum at menneskelige hjerne har en utvidet kortikale overflate, en unik funksjon som er forskjellig fra ikke-humane dyr.

Dette aspektet gjør menneskelige hjerne utvikling en kompleks prosess som ikke i tilstrekkelig grad kan studeres i en 2D, in vitro cellekultursystem. Vekst 3D-kulturteknikker muliggjør genereringen av vev-lignende organoids fra induserte pluripotente stamceller (iPSCs). Den in vitro differensiering av pluripotente stamceller i et 3D-suspensjonskultur muliggjør dannelsen av forskjellige celletyper på en riktig og område-spesifikk måte, noe som gir opphav til en organisert, lagdelt vev 1, 2, 3. Takket være laboratorier som var foregangs 3D kulturteknologi og demystified kompleksiteten av organdannelse, ved å starte fra stamcellervi utviklet en robust metode for å generere hjerne organoids å avgrense tidlige hendelser av human utvikling av hjernen og å modellere microcephaly in vitro-1, 2, 3. Det er bemerkelsesverdig at vi tilpasset den opprinnelige metoden utviklet av Lancaster et al. å generere cerebrale organoids 1. Denne metoden ble endret i henhold til våre eksperimentelle krav.

Hensikten med en studie fra Gabriel et al. var å analysere de cellulære og molekylære mekanismer for neurale stamcelle vedlikehold i løpet av utvikling av hjernen. For å gjøre dette, ble en mekanistisk studie utført ved analyse av neurale progenitorceller (NPC) i 3D hjerne organoids avledet fra en pasient microcephaly 4. Denne pasienten båret en mutasjon i CPAP, en konservert centrosomal protein som er nødvendig for sentrosomen biogenese 5. En allment akseptert hypoOppgaven er at microcephaly er et resultat av en utarming av NPC bassenget, og dette kan skyldes enten til celledød, eller til for tidlig differensierings 1, 6, 7, 8, 9.

Ved å analysere de ventrikulære sonene (VZs) av microcephaly hjerne organoids, ble det vist at et betydelig antall av NPC gjennomgå asymmetrisk celledeling, i motsetning til hjernen organoids som stammer fra en frisk donor 4. Omfattende mikroskopiske og biokjemiske analyser av microcephalic hjerne organoids viste en uventet rolle for CPAP i tide cilia demontering 4. Nærmere bestemt er mutert CPAP forbundet med retardert cilium demontering og forsinket cellesyklus reentring, som fører til for tidlig differensiering av NPC-4. Disse resultatene tyder på en rolle for flimmerhårene i microcephaly og thEIR engasjement under nevrogenesen og hjernestørrelse kontroll 10.

Den første delen av denne protokollen er en beskrivelse av en tre-trinns metode for å frembringe homogene hjerne organoids. Som nevnt før, ble den opprinnelige Lancaster protokollen tilpasset og modifisert for å passe vårt formål 1. For det første humane iPSCs dyrkes i et definert mater-fri tilstand på Engelbreth-Holm-sverm (HMS) matrise. Dette trinnet unngår variasjoner av mater-avhengige pluripotent stamcelle-kulturer. I denne protokollen, til induksjon av nevrale differensiering danner neurale epitel starter direkte fra iPSCs. Ved å hoppe over den embryoid legeme (EB) dannelsestrinn, neural differensiering foregår i en mer kontrollert og dirigert måte. Denne fremgangsmåten begrenser den spontane og urettet dannelse av andre kimcelle-lag, så som mesoderm og endoderm. Ved å bruke denne protokollen, kan neurosfærer som inneholder neurale rosetter bli høstet på dag 5 etter EHS matrise innebygging og stasjonær suspensjonskultur. Den organoid medium som anvendes for det tredje trinn i vår protokoll er supplert med dorsomorphin og SB431542. Dorsomorphin er en småmolekyl-inhibitor av benmorfogent protein (BMP), og SB431542 hemmer TGFp / aktivin / nodal signalveien. Kombinasjonen av disse faktorene kan fremme nerve differensiering mer effektivt enn retinsyre alene 11, 12, 13, 14.

Til sammen er disse modifikasjoner muliggjøre reproduserbare generering av hjerne organoids, med minimale variasjoner på tvers av organoids. Viktigere, ble denne metoden anvendt for å generere robuste microcephalic hjerne organoids fra pasient iPSCs, som bærer mutasjoner i gener som påvirker centrosomer og celle-syklus dynamikk.

Den andre delen av denne protokollen gir instruksjoner om å forberede brain organoids for analyse og tolkning av cellulære defekter i microcephaly. Dette inkluderer fiksering, cryosectioning, immuno-fluorescensfarging, og konfokal mikroskopisk analyse. Denne protokollen vil gi leseren en detaljert beskrivelse av forventede resultater, og med veiledning for tolkning.

Protocol

1. Generering av Brain Organoids (23 dager) Oppstart av neuroectoderm (5 dager) MERK: Følgende punkter bør vurderes før starten av differensiering. Reprogrammerings-metoden (lentiviral-, Sendai-virus-, episomal-, eller mikroRNA-baserte etc.) for å oppnå humane iPSCs bør ideelt sett være den samme for alle pasient og kontrollere IPSC linjer. Forskjellige omprogrammering kits og instruksjoner basert på publiserte protokoller er tilgjengelige 15,</s…

Representative Results

Genereringen av hjerne organoids krever minst tre uker med kontinuerlig dyrking (figur 1A). For å oppnå reproduserbare resultater, anbefaler vi at forskeren dokumenterer hvert trinn, og enda viktigere, unngår eventuelle endringer vedrørende mellom komponenter, tidspunkter og cellebehandling. Her gir vi en oppsummering av hvordan man skal vurdere om kritiske milepæler er nådd for å få organoids av tilstrekkelig kvalitet på slutten av forsøket. Dannelsen av neuro…

Discussion

MCPH er en kompleks human nevrologiske lidelser som ikke kan rekapitulert i dyremodeller in vivo eller i enkle humane cellekultur nærmer seg in vitro. Den kliniske manifestasjon av MCPH begynner å dukke opp i løpet av første trimester, når tidlig neurogenesis begynner. Således, 3D hjernen organoids representerer en pålitelig eksperimentelt system for å modellere MCPH utvikling. I tillegg, 3D human hjerne organoids er en ideell fremgangsmåte fordi i) de gir mulighet for tilpasning av et spekter…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Dette arbeidet ble støttet av Fritz Thyssen Foundation (Az.10.14.2.152). Vi er takknemlige til vevet embedding anlegget og mikroskop kjernen innretningen av CMMC. Vi er takknemlige for diskusjonene og teknisk støtte fra medlemmer av Laboratorium for sentrosomen og Cytoskjelett biologi. Vi takker Li Ming Gooi for korrekturlesing av manuskriptet.

Materials

Anti-mouse 488 Invitrogen A-11001 Goat anti-Mouse IgG (H+L) Secondary Antibody, Alexa Fluor 488
Anti-rabbit 647 Invitrogen A-21245 Goat anti-Rabbit IgG (H+L) Secondary Antibody, Alexa Fluor 647
Arl13b proteintech 17711-1-AP ARL13B rabbit polyclonal antibody 
CELLSPIN system IBS Integra Bioscience 183001
DAPI Sigma-Aldrich, US 32670 4′,6-Diamidino-2-phenylindole dihydrochloride; multiple suppliers
DMEM/F-12 Gibco, US 31331093 Dulbecco's Modified Eagle Medium: Nutrient Mixture F-12 
Dorsomorphin Sigma-Aldrich, US P5499 Compound C; multiple suppliers
Embedding medium AppliChem A9011, 0100 Mowiol; embedding medium; multiple suppliers
Engelbreth-Holm-Swarm (EHS) matrix Corning 354277 Matrigel hESC-qualified matrix; important: hESC qualified
Fish gelatin  Sigma-Aldrich, US G7765-250ML Gelatin from cold water fish skin; multiple suppliers; autoclave after adding to PBS to dissolve and sterilize, store at 4°C
Glycine AppliChem A1067,1000 Glycine for molecular biology; multiple suppliers 
Inoculation loop with needle, disposable (1 µl) Sigma Aldrich, US BR452201-1000EA multiple suppliers 
Insulin Sigma-Aldrich, US I3536-100MG multiple suppliers
L-glutamine Gibco, US 25030081 L-glutamine (200 mM)
Medium A Stem cell technologies #05850 mTeSR1 (hiPSC medium)
Medium B Stem cell technologies #05835 Neural induction medium (NIM); neural differentiation medium
Medium C Gibco, US 21103049 Neural Basal Medium
MEM Gibco, US 11140035 MEM non-essential amino acids solution (100x)
MycoAlert Mycoplasma Detection Kit Lonza, Switzerland #LT07-218 Mycoplasma detection kit; multiple suppliers
Nestin Novus biologicals NBP1-92717 Nestin mouse monoclonal antibody (4D11)
Paraformaldehyde (PFA) AppliChem A3813, 0500 4% in PBS, store solution at -20°C; caution: wear skin and eye protection and work under hood 
PBS tablets Gibco, US 18912014 See manufacturer´s instructions; multiple suppliers
Penicillin-Streptomycin (10.000 U/ml) Gibco, US 15140122 Multiple suppliers
Poly-L-lysine solution (PLL) Sigma-Aldrich, US P8920-100ML Multiple suppliers
pVim MBL D076-3S Phospho-Vimentin (Ser55) mAb
Reagent A  Stem cell technologies # 05872 Note to Protocol 1.1.1.2; ReLSR (Enzyme-free human ES and iPS cell selection and passaging reagent); please follow manufactorer´s protocol; alternative products from muliple suppliers available
Reagent B  Sigma-Aldrich, US A6964-100ML Accutase solution is an enzymatic solution for single cell dissociation; multiple suppliers; protocol 1.1.2 "enzymatic cell dissociation solution” 
Research Cryostat Leica CM3050 S Leica biosystems CM3050 S Multiple suppliers
SB431542 Selleckchem.com S1067 Multiple suppliers
Spinner flask 250 ml IBS Integra Bioscience 182026
Sucrose AppliChem A4734, 1000 Multiple suppliers
Superfrost ultra plus microscope slides Thermo scientific, US J3800AMNZ Slides should be labeled with a "+" and positively charged
Supplement 1 Gibco, US 17502048 N-2 supplement (100x)
Supplement 2 w/o Vitamin A Gibco, US 12587010 B-27 supplement (50x), minus vitamin A; multiple suppliers
Tissue-Tek Cryomold Sakura, NL 4565 Multiple suppliers
Tissue-Tek O.C.T. compound Sakura, NL 4583 Multiple suppliers
Triton X-100 AppliChem A1388,0500 Multiple suppliers multiple suppliers
TUJ1 Sigma-Aldrich, US T2200 β-Tubulin III (rabbit polyclonal)
TUNEL assay Promega, US G3250 DeadEnd Fluorometric TUNEL system; multiple suppliers
Tween 20 for molecular biology AppliChem A4974,0500 Multiple suppliers
waterproof sheet BEMIS company, inc. PM996 Parafilm “M”; multiple suppliers
Y-27632  Selleckchem.com S1049 ROCK-inhibitor (Y-27632 2HCL); multiple suppliers
β-mercaptoethanol Gibco, US 31350010 2-mercaptoethanol (50 mM); multiple suppliers

References

  1. Lancaster, M. A., et al. Cerebral organoids model human brain development and microcephaly. Nature. 501, 373-379 (2013).
  2. Eiraku, M., Sasai, Y. Mouse embryonic stem cell culture for generation of three-dimensional retinal and cortical tissues. Nat Protoc. 7, 69-79 (2012).
  3. Nakano, T., et al. Self-formation of optic cups and storable stratified neural retina from human ESCs. Cell Stem Cell. 10, 771-785 (2012).
  4. Gabriel, E., et al. CPAP promotes timely cilium disassembly to maintain neural progenitor pool. EMBO J. 35 (8), 803-819 (2016).
  5. Al-Dosari, M. S., Shaheen, R., Colak, D., Alkuraya, F. S. Novel CENPJ mutation causes Seckel syndrome. J Med Genet. 47, 411-414 (2010).
  6. Wollnik, B. A common mechanism for microcephaly. Nat Genet. 42, 923-924 (2010).
  7. Thornton, G. K., Woods, C. G. Primary microcephaly: do all roads lead to Rome?. Trends Genet. 25, 501-510 (2009).
  8. Barbelanne, M., Tsang, W. Y. Molecular and cellular basis of autosomal recessive primary microcephaly. Biomed Res Int. 2014, 547986 (2014).
  9. Homem, C. C., Repic, M., Knoblich, J. A. Proliferation control in neural stem and progenitor cells. Nat. Rev. Neurosci. 16, 647-659 (2015).
  10. Gabriel, E., et al. CPAP promotes timely cilium disassembly to maintain neural progenitor pool. EMBO J. 35, 803-819 (2016).
  11. Mak, S. K., et al. Small molecules greatly improve conversion of human-induced pluripotent stem cells to the neuronal lineage. Stem Cells Int. , (2012).
  12. Morizane, A., Doi, D., Kikuchi, T., Nishimura, K., Takahashi, J. Small-molecule inhibitors of bone morphogenic protein and activin/nodal signals promote highly efficient neural induction from human pluripotent stem cells. J. Neurosci. Res. 89, 117-126 (2011).
  13. Shi, Y., Kirwan, P., Livesey, F. J. Directed differentiation of human pluripotent stem cells to cerebral cortex neurons and neural networks. Nat Protoc. 7, 1836-1846 (2012).
  14. Zhou, J., et al. High-efficiency induction of neural conversion in human ESCs and human induced pluripotent stem cells with a single chemical inhibitor of transforming growth factor beta superfamily receptors. Stem Cells. 28, 1741-1750 (2010).
  15. Takahashi, K., et al. Induction of pluripotent stem cells from adult human fibroblasts by defined factors. Cell. 131, 861-872 (2007).
  16. Okita, K., et al. A more efficient method to generate integration-free human iPS cells. Nat Methods. 8, 409-412 (2011).
  17. Yu, J., et al. Human induced pluripotent stem cells free of vector and transgene sequences. Science. 324, 797-801 (2009).
  18. Lieu, P. T., Fontes, A., Vemuri, M. C., Macarthur, C. C. Generation of induced pluripotent stem cells with CytoTune, a non-integrating Sendai virus. Methods Mol. Biol. 997, 45-56 (2013).
  19. Bai, Q., et al. Temporal analysis of genome alterations induced by single-cell passaging in human embryonic stem cells. Stem Cells Dev. 24, 653-662 (2015).
  20. Garitaonandia, I., et al. Increased risk of genetic and epigenetic instability in human embryonic stem cells associated with specific culture conditions. PLoS One. 10, e0118307 (2015).
  21. Ohnuma, K., et al. Enzyme-free passage of human pluripotent stem cells by controlling divalent cations. Sci. Rep. 4, 4646 (2014).
  22. Currle, D. S., Monuki, E. S. Flash freezing and cryosectioning E12.5 mouse brain. J Vis Exp. , (2007).
  23. Yingling, J., et al. Neuroepithelial stem cell proliferation requires LIS1 for precise spindle orientation and symmetric division. Cell. 132, 474-486 (2008).
  24. Rakic, P. A small step for the cell, a giant leap for mankind: a hypothesis of neocortical expansion during evolution. Trends Neurosci. 18, 383-388 (1995).
  25. Hu, B. Y., et al. Neural differentiation of human induced pluripotent stem cells follows developmental principles but with variable potency. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 107, 4335-4340 (2010).
  26. Wilson, P. G., Stice, S. S. Development and differentiation of neural rosettes derived from human embryonic stem cells. Stem Cell Reviews. 2, 67-77 (2006).
  27. Dhara, S. K., Stice, S. L. Neural differentiation of human embryonic stem cells. J. Cell Biochem. 105, 633-640 (2008).
  28. Christie, V. B., et al. Synthesis and evaluation of synthetic retinoid derivatives as inducers of stem cell differentiation. Org Biomol Chem. 6, 3497-3507 (2008).
  29. Kim, D. S., et al. Robust enhancement of neural differentiation from human ES and iPS cells regardless of their innate difference in differentiation propensity. Stem Cell Reviews. 6, 270-281 (2010).
  30. Gabriel, E., et al. Recent Zika Virus Isolates Induce Premature Differentiation of Neural Progenitors in Human Brain Organoids. Cell stem cell. , (2017).
  31. Wu, J., Hunt, S. D., Xue, H., Liu, Y., Darabi, R. Generation and Characterization of a MYF5 Reporter Human iPS Cell Line Using CRISPR/Cas9 Mediated Homologous Recombination. Sci. Rep. 6, 18759 (2016).
  32. Li, H. L., Gee, P., Ishida, K., Hotta, A. Efficient genomic correction methods in human iPS cells using CRISPR-Cas9 system. Methods. 101, 27-35 (2016).
  33. Grobarczyk, B., Franco, B., Hanon, K., Malgrange, B. Generation of Isogenic Human iPS Cell Line Precisely Corrected by Genome Editing Using the CRISPR/Cas9 System. Stem Cell Reviews. 11, 774-787 (2015).
  34. Camp, J. G., et al. Human cerebral organoids recapitulate gene expression programs of fetal neocortex development. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 112, 15672-15677 (2015).
  35. Qian, X., et al. Brain-Region-Specific Organoids Using Mini-bioreactors for Modeling ZIKV Exposure. Cell. 165, 1238-1254 (2016).
  36. Jo, J., et al. Midbrain-like Organoids from Human Pluripotent Stem Cells Contain Functional Dopaminergic and Neuromelanin-Producing Neurons. Cell Stem Cell. 19, 248-257 (2016).
  37. Mariani, J., et al. FOXG1-Dependent Dysregulation of GABA/Glutamate Neuron Differentiation in Autism Spectrum Disorders. Cell. 162, 375-390 (2015).
  38. D’Avanzo, C., et al. Alzheimer’s in 3D culture: challenges and perspectives. Bioessays. 37, 1139-1148 (2015).
check_url/55372?article_type=t

Play Video

Cite This Article
Gabriel, E., Gopalakrishnan, J. Generation of iPSC-derived Human Brain Organoids to Model Early Neurodevelopmental Disorders. J. Vis. Exp. (122), e55372, doi:10.3791/55372 (2017).

View Video