De novo mutations in the male germline may contribute to adverse health outcomes in subsequent generations. Here we describe a protocol for the use of a transgenic rodent model for quantifying mutations in male germ cells induced by environmental agents.
De novo mutations arise mostly in the male germline and may contribute to adverse health outcomes in subsequent generations. Traditional methods for assessing the induction of germ cell mutations require the use of large numbers of animals, making them impractical. As such, germ cell mutagenicity is rarely assessed during chemical testing and risk assessment. Herein, we describe an in vivo male germ cell mutation assay using a transgenic rodent model that is based on a recently approved Organisation for Economic Co-operation and Development (OECD) test guideline. This method uses an in vitro positive selection assay to measure in vivo mutations induced in a transgenic λgt10 vector bearing a reporter gene directly in the germ cells of exposed males. We further describe how the detection of mutations in the transgene recovered from germ cells can be used to characterize the stage-specific sensitivity of the various spermatogenic cell types to mutagen exposure by controlling three experimental parameters: the duration of exposure (administration time), the time between exposure and sample collection (sampling time), and the cell population collected for analysis. Because a large number of germ cells can be assayed from a single male, this method has superior sensitivity compared with traditional methods, requires fewer animals and therefore much less time and resources.
Germlin sporadik DNA mutasyonları azaltılmış üreme başarısına yol açabilir ve, miras varsa, yavrular 1-3 kansere genetik hastalık veya artan yatkınlık neden olabilir. Deliller de novo mutasyonlar büyük bir kısmı baba germlinlerinden 4 miras olduğunu gösteriyor ve yavrularda mutasyonların sayısının olumlu anlayışının 5 zamanında baba yaşı ile ilişkili olduğunu. Erkek mutasyonlar daha yüksek oranda cinsiyetler arasındaki gametogenezde sırasında yaş farkı bir sonucu olduğuna inanılıyor, kadın germline'a 2 oogenic hücre bölünmeleri sayısı ile karşılaştırıldığında Spermatogenik hücre bölünmeleri daha fazla sayıda ve DNA ilerici bir düşüş Erkeklerde yaş ile verimliliği onarın. Tüm bu faktörler erkek Germlin 6 çoğaltma hatalarını artan bir olasılık katkıda bulunur. Ancak, baba maruz kalma etkisi Enviro içinnovo mutasyonlar frekansına nmental faktörler hala bilinmemektedir. Bununla birlikte, çevresel etkenlere, çok sayıda kemirgenlerde 7 germ hücreli mutasyonu sağlamak bilinir, ve bu maddelerin bir kısmı, aynı zamanda, insan eşey hattı 8 etkileyebilir montaj kanıt vardır. Bu endişelere rağmen, kimyasal rutin düzenleyici amaçlarla somatik hücrelerinde mutasyona uyarabilme özellikleri açısından test edilir ve genellikle somatik testleri mikrop hattı korumak için yeterli olduğu varsayılmaktadır. Bu nedenle, kimyasal nadiren germ hücre mutasyon indükleme kabiliyetleri bakımından değerlendirilir.
Bir nedeni germ hücre mütagenliği test edilmesi büyük ölçüde düzenleyici karar verme sürecinde ihmal edilmiştir pratik metodolojileri bir eksikliğidir. Böyle baskın 9 ölümcül ve belirli odağı 10 testler gibi geleneksel kemirgen-tabanlı yöntemler, embriyolar veya çocuklarında mutant fenotipleri puanlama tarafından germ hücre mutasyon oranları tahminmaruz anne. Bu deneyler, istatistiksel olarak anlamlı sonuçlar elde etmek için hayvan, zaman ve kaynak çok sayıda kullanılmasını gerektirir.
Germ hücreli mutasyona ölçülmesi için birkaç modern yöntemler son zamanlarda ortaya çıkmış olsa da, birçok onların pratiklik, verimlilik, ve biyolojik alaka açısından eksiklikleri muzdarip. Örneğin, genişletilmiş basit tandem repeat (ESTR) loci uzunluğu mutasyon tekrar tek bir molekülün PCR yaklaşımı 15 kullanılarak erkek germ hücreleri belirlenebilir. Bununla birlikte, bu yöntemin yürütülmesi teknik olarak zor ve zahmetli olabilir ve nokta mutasyonları, farklı olarak, yüksek ölçüde kararsız ESTR lokusların tekrar uzunluğu değişikliklerin, biyolojik, sağlık ve önemi belirsiz 16 kalır. Kalıtsal mutasyonlar 4,17 sorununa uygulandığında Modern tüm genom dizileme teknolojileri biyolojik olarak anlamlı bir veri zenginliği sağlayabilir, ancak yüksek maliyet, yüksek hata oranları, ilgili doğrulama gereklimutasyonları teyit ve biyoinformatik zorluklar hala bir düzenleyici test kapasitesi 18 bu seçeneğin rutin uygulama sınırlamak için.
Burada, transgenik erkek farelerin tohum hücreleri içinde doğrudan uyarılmış mutasyonlar miktarının belirlenmesi için pratik bir yöntem tarif eder. Bu protokol, kromozom 3 19 (Şekil 1) her iki kopya entegre bir Escherichia coli LacZ raportör geni ihtiva eden bir rekombinant faj λgt10 vektörünün çok sayıda birleştirilmiş kopyaları içeren transjenik MutaMouse modeli tarif edilmiştir.
Bu protokol ayrıca aynı ilkeler (BigBlue fare ve sıçan, veya lacZ'dir plazmid fare, vb.) Ya da biraz farklı raportör genler (gtp delta fare ve sıçan dayalı diğer transgenik kemirgen (TGR) modelleri alakalı, TGR modelleri Lambert et gözden ark. 20). Bu yöntem, son zamanlarda piyasaya tarif tgr mutasyon deneyine dayanmaktadırve OECD Test Klavuzu 21 revize ve biz nedeniyle spermatogenez eşsiz özelliklerinden erkek Germlin mutasyonların değerlendirmesini karşılamak için gerekli özel hususlar üzerine koyuyoruz. Kısaca, tahlil öncesi lezyonlar mutasyon mutasyonu kararlı içine sabit bir örnekleme zaman takip eden bir mutajenik madde ile transgenik erkek farelere verilmesi, ışığa maruz bırakılır. Seçilen örnekleme zamanda, fareler öldürülür ve germ hücreleri kauda epididimis ya da seminifer tüp ya da toplanmıştır. Aşağıda tartışıldığı gibi, spermatogenez farklı aşamalarında mutajenik etkileri maruziyet ve örnek toplama arasındaki zamanı seçerek belirlenebilir. Hücre başına λ faj genomunun birden çok kopyasını içeren transgenik uçları, germ hücre genomik DNA izole edilmiştir ve daha sonra bir E. enfekte etmek için kullanılır bulaşıcı λ fag parçacıklarını oluşturmak boş λ faj kapsidleri halinde paketlenmekte coli konakçı. Enfekte edilmiş bakteriler selec yetiştirilmektedirvahşi tip lacZ barındıran hücrelerden lacZ mutasyona uğramış bir kopyası olan bir vektör içeren hücreler ayırabilir tive ortam. Erkek germline maruziyetin mutajenik etkisi (Lambert et al. Bölgesindeki 20, Şekil 2) kontrol ve tedavi edilen fareler arasındaki mutan transgenlerin frekansı karşılaştırılarak belirlenir. Germ hücre sayıda gerekli hayvan sayısını azaltırken, geleneksel yöntemlere göre, bu deney, üstün hassasiyet sağlayan, tek bir fare test edilebilir. Hiçbir özel ekipman veya eğitim gereklidir çünkü bu deney, en modern toksikoloji / moleküler biyoloji laboratuvarlarında germ hücre mutasyonu testi için pratik ve etkili bir seçenek sağlar.
TGR germ hücre mutasyonu tahlil etkin uygulanması için bir temel gereksinim spermatojenik döngüsü (Şekil 3) bir anlayıştır. St ilerleme fare germ hücrelerinde zamanıSonunda spermatogonium spermatositler, spermatidler, ve seminifer tübüllerde em hücreleri (yani. spermatogenez) yaklaşık 49 gündür epididimde sperm olgun. Mutasyon Bu döngüsünün çeşitli aşamalarında meydana gelebilir ve genellikle bileşik özgüdür edebilirsiniz. Erkek germ hücreleri mutajenesise özellikle önemlidir iki temel özellikleri erken mayoz sırasında DNA sentezinin bırakma ve geç post-mayoz sırasında DNA onarım kapasitesi 6 ilerleyici kaybı, bir indüksiyon ve tespiti için gerekli olan iki süreçler çoğu mutasyonlar.
Çünkü Spermatogenezisin bu eşsiz özellikleri, TGR germ hücre mutasyonu tahlil yürütülmesi için üç kritik deneysel değişkenler vardır: (1) test bileşiği uygulama zamanı; (2) numune alma süresi; ve (3) ile germ hücre popülasyonunun seçimi analizi (Şekil 3 ve Tablo 1) için toplayın. Uygulama süresi olan experimeUzun hedef hücreler, test bileşiklerine maruz şeklini belirler ntal değişken. Uygulama süresinin uzunluğu, aynı zamanda belirli bir hücre tipi veya spermatogenez fazlarına maruz hedeflemek için kullanılabilir. Örneğin, tek bir uygulama için uygun şekilde belirli bir hücre tipine bağlı akut maruz kalma etkilerini belirlemek için kullanılabilir. Benzer şekilde, Etki sadece meiotically bölünmesi sperm hücrelerine hedefleyen ya da mitotik 2 hafta yönetim süresi ve uygun bir örnekleme süresi kullanılarak spermatogonium bölünmesi, örneğin bütün bir spermatojenik faza odaklanabilir. Kronik ve alt kronik uygulanması kez test bileşiği yeterli farmakokinetik dağılımını sağlamak, ya da 28 günlük uygulama süresi, OECD testi önerilen örneğin zayıf mutajenler mutasyonların yeterli bir birikimi (izin vermek için, uzun süre maruz kalma etkilerini değerlendirmek için kullanılır kılavuz).
Numune alma zamanı belirlemek için kritik bir değişken olduğunu hangispermatogenez faz hedef hücrelerin maruz kalma sırasında vardı. Örnekleme süresi ne kadar zaman dikte, ve bu nedenle ne kadar fazla spermatojenik döngüsü boyunca, hücrelerin maruz kaldıktan sonra geçer. Örneğin, kök hücre spermatogonyumlarda etkilerini araştırmak için, bir örnekleme zaman> 49 gün> 42 gün tam olarak olgunlaşmış sperm toplamak gerekirse, veya tüm hücreler toplandı için yeterli zaman vardı emin olmak için, seminifer tübüllerin gelen immatür germ hücreleri toplamak eğer maruz gelişir hücreleri kaynaklanıyor. Bu, en az 70 günlük bir örnekleme süresi spermatogenez sonraki aşamalarında maruz kalan hücrelerin ortadan kaldırılması için, bir toksik madde farmakokinetik: dağıtılmak için yeterli zamanı sağlamak için doğru sap hücresi etkisini göstermek için tercih edilir, ve hesaba dikkat etmek önemlidir yüksek mutajenik bileşiklerin 22 maruz kaldıktan sonra ~ 6 hafta oluşabilir geçici kısırlık dönemi. Benzer şekilde, 21 günlük bir örnekleme süresi sperm colle sağlayacakkauda epididimden cted sadece maruz kalma son gününde mayoz tamamlamış olurdu.
Germ hücreleri, KES epididimden veya seminifer tüp çeşitli spermatojenik hücre tiplerinin bir karışımı gibi olgun sperm toplanabilir. Olgun spermlerin doğruluğunda sperm herhangi bir deney dizaynı oluşturulduğu spermatogenez hücre tipi ya da faz ile tespit edilmesini mümkün kılar, ~ 3 gün boyunca cauda kalır. Böylece, kauda sperm izinlerin analizi çok sahne özgü mutasyon etkileri soruşturma hedeflemiştir. Öte yandan, seminifer tüp toplanan hücre süspansiyonları, farklı gelişim safhalarında farklı germ hücre tiplerinin bir karışımını içerir ve bu şekilde mutasyon kökenli olan spermatojenik fazın düşük çözünürlüğe sahiptir. Buna ek olarak, seminifer tüp geri kazanılan hücre süspansiyonları, bir spermatositler ardından spermatidlerin aşırı temsilini, VER içeren eğilimiy birkaç spermatogonia ve kök hücreler (bu oranlar Şekil 3'te mezun beyaz çubuklar tarafından temsil edilmektedir). Ayrıca, seminifer tüp hazırlanır süspansiyonlar da farklı somatik hücre içerebilir. Pek çok hücre tipinin mevcut olduğu için nedenle, mutasyonel etkileri hedef olmayan çeşitli hücreler tarafından etkilenebilir. Ancak, seminifer tübüllerin numune toplama aynı anda birden fazla germ hücre tiplerini ve somatik mutasyon için standart OECD test protokolüne germ hücre analizi kolay entegrasyon taranması için ekonomik bir seçenek sunuyor.
Araştırmacı, uygulama süresi, örnekleme zamanında ve toplanan hücre popülasyonunun ihtiyaçlarına bağlı olarak, önce belirtildiği gibi çeşitli hücre tiplerinde ve spermatogenez farklı aşamalarında ne etkilerinin sorgulamak için ayarlanabilir. Dikkatli Bu değişkenleri seçerek, deney, ya da daha genel bir düzenleyici test için hedeflenen mekanik çalışmalar için tasarlanabiliramaçları ing.
Deneyde yeterlilik elde etmek için, 70 günlük bir örnekleme zaman pozitif kontrol olarak, ardından / kg N-etil-N-nitroso 100 mg (TRK) akut oral uygulama kullanımını tavsiye edilir. Kauda sperm analizi böylece genellikle TRK bu son derece mutajenik dozu takiben kontroller üzerindeki mutant frekansı (MF), 4-5 kat artış sergileyen spermatogoniyal kök hücreleri (Şekil 3), hedefliyor. Bu nedenle daha kısa örnekleme zamanları için uygun bir kontrol bir doz olabilir, bu doz sterilite 6 hafta maruz kaldıktan indüklediği bilinmektedir olduğu not edilmelidir. Bu doz, aynı zamanda en çok somatik dokulardaki 20 MF tespit edilebilir bir artış üretecektir. Aşağıda sunulan sonuçlar temsili için ve 100 mg / kg dahil olmak üzere, üç TRK dozları kullanılarak akut 70 maruz rejimi aşağıdaki üretilmiştir.
Geleneksel yöntemlerle karşılaştırıldığında, TGR germ hücre mutasyonu tahlil vivo germ hücre mutasyonlarının uyarılmış nicel daha hızlı, daha ekonomik ve daha duyarlı bir araç sağlar. Yavrular hayvan sayısı aksine, doğrudan sperm transgen MF değerlendirerek, tek bir zaman ve bileşik germline gen mutasyonu değerlendirmek için gerekli kaynak önemli ölçüde azalır. Duyarlılık açısından, biz doz grubu başına sadece 5 hayvanları kullanılarak 25 mg / kg TRK maruz aşağıdaki spermatogonium kök hücre MF önemli bir 2.6 katlık bir artış tespit başardık. Buna karşılık, belirli odağı tahlil kullanarak bu aynı dozda MF herhangi önemli bir değişiklik> maruz kalan grupta 3.000 fareler ve> 500.000 kontrol fareleri 28 algılayamadı.
Hem mekanik ve düzenleyici araştırmalar için uygun olması ek olarak, bu yöntem, somatik ve germ mutasyonlarına arasındaki karşılaştırmalı çalışmalar için bir fırsat sağlaroranları. Son kanıtlar, somatik mutasyon için gerekli olandan daha bazı maddeler için germ hücre mutasyonlar daha düşük bir konsantrasyonda neden olabileceğini düşündürmektedir. Örneğin, N-hydroxymethylacrylamide uzun süre maruz kalma, gıda kanserojen akrilamidin 12 bir metaboliti, kırmızı kan hücreleri mikronükleus frekansı, somatik hücre sitogenetik hasar 13 geleneksel bir ölçü etkilemeden farelerde baskın öldürücü germ hücre mutasyonların sıklığı artar. Ayrıca, kan mikronukleus frekansı 14 artış yok dozlarda sperm tandem tekrar DNA loci hem ana akış ve yan tütün dumanı nedenleri yüksek mutasyon frekansları farelerin maruz kalma. Bu bulgular somatik genotoksisite testleri her zaman mikrop koruyucu varsayıma meydan ve germ hücre mutasyonu sıklığını ölçmek için daha verimli ve maliyet-etkin yöntemlerle talebi güçlendirmek. Ancak, tercihli germ hücreli mutajen için kanıt hala zayıf, Büyük ölçüde somatik ve germ hücre dokularında mutasyon oranlarını karşılaştırarak için kullanılabilir veri eksikliği. TGR mutasyon deneyi paralel test ve aynı transgenini kullanarak birden dokularda oluşturulan mutasyon oranları karşılaştırılmasına olanak sağlar. Nitekim, karşılaştırmalı mutasyon tercihli germ hücreli etkileri olasılığını çevreleyen veri boşlukları doldurmak yardımcı olacağını TGR testi kullanılarak test.
Düzenleyici test için somatik ve germ hücre mutasyon aynı anda değerlendirmesi aynı zamanda gerekli hayvan sayısını azaltarak verimliliğini artıracaktır. Somatik mutasyon OECD rehber üç gün örnekleme zamanı (+ 3 28) tarafından takip 28 günlük yönetim süresini önerir. Spermatogenez spermatosit ve spermatid fazlarında (Şekil 3) sırasında çoğunlukla maruz kalan hücrelerini hedefleyen beri kauda sperm analizi, bu zaman noktasında duyarlılığı zayıf sunabilir. Bu aşamada hücreler DNA sentezlemek ve giderek DNA onarımı 6 kapasitelerini kaybetmezler </ Sup>. Ayrıca, bu zaman noktasında örnekleme KES sperm spermatogonia ve kök hücreleri meydana gelen mutasyonları tespit etmek için başarısız olur. Böylece, 28 + 3 tasarımı entegrasyon için, OECD rehber seminifer tübüllerde germ hücreleri toplamak önerir. Bu karışık bir popülasyon, DNA sentezi ve kök hücreleri dahil olmak üzere tamir yetkin hücre tipleri, türetilen hücreleri içerir ve spermatojenik fazların çoğunluğu boyunca maruz kalır. Ancak, bu hücrelerin karışık doğası nedeniyle, seminifer tübüller hücre analiz aşaması özel bilgi vermez. Ayrıca, hedef olmayan hücrelerin varlığı görülmektedir MF etkileyebilecekleri endişe vardır dolayı (örneğin, DNA onarımı eksik germ hücrelerinde mutasyona uğramış bir germ hücre sinyalinin mutasyona uğramış somatik hücrelerin kirlenmesi ya da seyreltme için yanlış pozitif tohum hücresi bir mutajen çağrıları) . Şu anda sonuçlandırmak için yeterli veri olup olmadığını 28 + 3 teklif aynı duyarlılık ve özgünlüğü bir de seminifer tübüller hücrelerden sonuçlarsonraki zaman noktalarında s kauda sperm. Laboratuvarımız şu anda bu noktayı ele almak için çeşitli örnekleme zamanları sonra toplanan seminifer tübüller hücreleri ve kauda sperm uyarılan MFS karşılaştırıyor. Biz, OECD kriteri bu da germ hücre analizi için uygun karaciğer gibi yavaş bölünmesi dokular için 28 günlük bir alternatif bir örnekleme süresi göstermektedir unutmayın. Bununla birlikte, mevcut veriler hala yetersiz olduğunu ve somatik hücre ve düzenleyici test için TGR mutasyon deneyi kullanılarak germ hücrelerinin eşzamanlı analizi için tek bir deneysel tasarım tavsiye edemiyoruz.
Unutulmamalıdır Bu deneyde bir özelliği mutasyon olayları, murin olmayan transgenin değerlendirilir olmasıdır. Ancak, transgen endojen genlerin 20 benzer bir şekilde çevresel mutajen yanıt önermek için yeterli kanıt yoktur. İlave olarak, bağımsız bir mutasyon olayları, kesin kaynakların zordurgidermek sonuçlar genel (bir mutasyon sıklığı aksine) bir mutant frekansı olarak rapor edilir. Sonuçlar DNA dizilimi yolu ile (transgen mutantların gözlenen frekansına katkıda bulunduğu tek bir mutasyona uğramış hücrenin, yani. Bölünmesi ve çoğalması) klonal genişleme için düzeltilirse, gerçek Mutasyon frekansı çözülebilir. Bu zaman ve analiz maliyeti anlamlı ölçüde fazlalaştırır rağmen mutant transgenlerin dizilenmesi, lacZ mutasyonları temsil ederler ve klonal genişleme etkinlikleri türetilebilir mutantlann tespit edilmesi için gerçekleştirilebilir. Daha kısa (294 3021 bp'lik bp'lik lacZ v, Şekil 1) ve 29 sırası daha kolay λ CII geni, bir varyantını: lacZ genine ek olarak, theλgt10 transgenik vektör, alternatif bir sıcaklık bağımlı mutasyon raportör genini barındırmaktadır. Dizilenmesine de mutatio ilişkin bilgi temin bağlı mutasyon spektrumunun analiz edilmesini sağlarSöz konusu bileşiğin nal mekanizması. Klonal genişleme uç bir örnek "jackpot" mutasyon oluşumu (yani., Transgen bir dramatik yükseltilmiş MF katkıda bir organın gelişiminin çok erken bir aşamada mutasyonlar, bazen yüzlerce arka plan daha fazla binlerce kat). "Jackpot" mutasyonu ile hayvanlar ya da dokuları analiz çıkarılmalıdır.
Tanımladığımız deney, (20 gözden geçirilmiştir) 'e benzer bir mutasyon raportör vektörü barındıran her biri BigBlue fare ve sıçan ve lacZ plazmid fare gibi diğer tgr modeller için geniş çapta uygulanabilir. Benzer yöntemler kullanmaktadırlar bugüne kadar yapılmış germ hücre çalışmalarında büyük çoğunluğu bu TRK ve (30 gözden) radyasyon gibi neredeyse sadece üzerinde iyi karakterize mutajen odaklanmıştır. Bu tgr deneyi için OECD Test kılavuzun yayınlanması ile birlikte, bu deney olacağı beklenmektedirkimyasal tarama ve düzenleyici değerlendirme için giderek daha popüler. Bir düzenleyici test pilin içine TGR germ hücre mutasyonu tahlil Ortaklığın germ hücreleri 11 mutasyon indüksiyon verimli değerlendirmesini izin vererek, mevcut boşluğu dolduracak. Ayrıca, bu deney, aynı genetik uç noktalarında çevresel faktörler tarafından mutasyon indüklenmesine somatik hücreleri ve tohum hücreleri göreceli hassasiyetleri karşılaştırmak için uygun bir araç temin, hemen hemen herhangi bir dokuda MF ölçmek için kullanılabilir.
The authors have nothing to disclose.
This research was funded by the Canadian Regulatory System for Biotechnology (CRSB) and Chemicals Management Plan (CMP) initiatives.
Name of Reagent/Material | Company | Catalog Number | Comments |
MutaMouse | Covance | – | |
E.coli (lacZ–/galE–) | Covance | – | See reference 25 in manuscript |
Chloroform | Caledon | 3001-2-40 | |
Dulbecco's phosphate-buffered saline (D-PBS) | Gibco | 14190-250 | |
Ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA), 0.5M, pH 8 | Sigma-Aldrich | 03690 FLUKA | |
Isoamyl alcohol | Caledon | 2/10/7900 | |
Lennon LB broth base | Invitrogen | 12780-029 | |
Stainless steel mesh filter | Sigma-Aldrich | S3770 | |
Transpack packaging extract | Agilent Technologies | 200220 | |
β-mercaptoethanol | Sigma-Aldrich | M3148 | |
Ethyl alcohol, anhydrous (EtOH) | Commercial Alcohols | – | |
Ampicilin | Gibco | 11593-027 | prepare 20 mg/ml in dH2O |
Kanamycin | Gibco | 11815-024 | prepare 5 mg/ml in dH2O |
Phenol | Invitrogen | 15509-097 | Saturate in 0.1 M Tris-HCl as per manufacturers direction |
Phenyl-β-D-galactopyranoside (P-Gal) | Sigma-Aldrich | P6501 | dissolve 3 g per 10 ml of dimethylformamide |
Proteinase K | Invitrogen | 25530-031 | prepare 60 mg/ml solution dH2O just before use, 20 µl per sample |
Sodium acetate (NaAc) | Fisher Scientific | BP333-500 | prepare 3M solutution, pH 5.2 |
Sodium dodecyl sulfate (SDS) | Sigma-Aldrich | L4390 | prepare 10% solution in dH2O |
1 M MgSO4 | 24.6 g MgSO4·7H2O per 100 ml dH2O, autoclave, store at room temperature up to 1 year | ||
20% maltose solution | 20.0 g maltose, 24.6 g MgSO4·7H2O, per 100 ml dH2O, filter sterilize, sore at 4ᵒC up to 6 months | ||
Bottom agar | Prepare 64 ml per sample (8 pitri plates per sample X 8 ml per plate): 5.0 g LB base, 6.4 g NaCl, 7.5 g agar, per 1L dH2O. Autoclave and cool to 50ᵒC before pouring into Petri plates | ||
LB Broth | 5.0 g LB base, 6.4 g NaCl per 1L dH2O. Autoclave and cool | ||
Saline sodium citrate (SSC) | 150 mM NaCl, 15 mM trisodium citrate, pH 7.0 | ||
SM Buffer | 5.8 g NaCl, 2.0 g MgSO4·7H2O, 50 ml 1 M Tris-HCl (pH 7.5), 5.0 ml of gelatin (2% w/v), per 1L dH2O, autoclave, store at room temperature up to 1 year | ||
TE buffer | 10 mM Tris, 1 mM EDTA, pH 8 | ||
Top agar, mutant plates | Prepare 32 ml per sample (4 mutant plates per sample X 8 ml per plate): 5.0 g LB base, 6.4 g NaCl, 7.5 g agar, per 1L dH2O. Autoclave and cool to 50ᵒC. Add MgSO4 to 10 mM | ||
Top agar, titre plates | Prepare 32 ml per sample (4 mutant plates per sample X 8 ml per plate): 5.0 g LB base, 6.4 g NaCl, 7.5 g agar, per 1L H2O. Autoclave and cool to 50ᵒC. Add MgSO4 to 10 mM and P-Gal to 3 g/L |