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박테리아 집단에서 계층적 유전자형과 부속 게놈 유전자형의 휴리스틱 마이닝
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Heuristic Mining of Hierarchical Genotypes and Accessory Genome Loci in Bacterial Populations
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박테리아 집단에서 계층적 유전자형과 부속 게놈 유전자형의 휴리스틱 마이닝

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08:03 min

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December 07, 2021

DOI:

10.3791/63115-v

DOI:
10.3791/63115-v

•

08:03 min
December 07, 2021

•

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, ,
1Department of Computer Science and Engineering,University of Nebraska-Lincoln, 2Department of Food Science and Technology,University of Nebraska-Lincoln, 3Nebraska Food for Health Center,University of Nebraska-Lincoln

Summary

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이 분석 전산 플랫폼은 박테리아 집단 유전체학에 관심이있는 미생물 학자, 생태 학자 및 역학자에게 실질적인 지침을 제공합니다. 구체적으로, 여기에 제시된 연구는 수행 방법을 보여주었습니다 : i) 계층 적 유전자형의 계통 유도 매핑; ii) 유전자형의 빈도 기반 분석; iii) 친족관계 및 클론성 분석; iv) 혈통 차별화 액세서리 유전자좌의 확인.

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Heuristic MiningHierarchical GenotypesAccessory Genome LociBacterial PopulationsProkEvoComputational PlatformScalable AnalysisPan-genomic ContentGenotype MappingPathogenic LineagesPublic Health SurveillanceBacterial Population GenomicsGigi TreePhylogenetic TreeData Aggregation

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Pavlovikj, N., Gomes-Neto, J. C., Benson, A. K. Heuristic Mining of Hierarchical Genotypes and Accessory Genome Loci in Bacterial Populations. J. Vis. Exp. (178), e63115, doi:10.3791/63115 (2021).

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