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細菌集団における階層遺伝子型とアクセサリゲノム遺伝子座のヒューリスティックマイニング
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Heuristic Mining of Hierarchical Genotypes and Accessory Genome Loci in Bacterial Populations
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細菌集団における階層遺伝子型とアクセサリゲノム遺伝子座のヒューリスティックマイニング

日本語

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08:03 min

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December 07, 2021

DOI:

10.3791/63115-v

DOI:
10.3791/63115-v

•

08:03 min
December 07, 2021

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1Department of Computer Science and Engineering,University of Nebraska-Lincoln, 2Department of Food Science and Technology,University of Nebraska-Lincoln, 3Nebraska Food for Health Center,University of Nebraska-Lincoln

Summary

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この分析計算プラットフォームは、細菌集団ゲノミクスに関心のある微生物学者、生態学者、疫学者に実用的なガイダンスを提供します。具体的には、ここで提示された研究は、i)階層遺伝子型の系統発生誘導マッピングを実行する方法を示した。ii)遺伝子型の周波数ベースの分析;iii)親族関係とクローン性分析iv)系統鑑別補助遺伝子座の同定。

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Pavlovikj, N., Gomes-Neto, J. C., Benson, A. K. Heuristic Mining of Hierarchical Genotypes and Accessory Genome Loci in Bacterial Populations. J. Vis. Exp. (178), e63115, doi:10.3791/63115 (2021).

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