Journal
/
Biochemistry
/
Prøveforberedelse til massespektrometri-baseret identifikation af RNA-bindende regioner
JoVE Journal
Biochemistry
A subscription to JoVE is required to view this content.  Sign in or start your free trial.
JoVE Journal Biochemistry
Sample Preparation for Mass Spectrometry-based Identification of RNA-binding Regions

Prøveforberedelse til massespektrometri-baseret identifikation af RNA-bindende regioner

DOI:
10.3791/56004-v

•

10:52 min

•

September 28, 2017

•

, , , ,
1Epigenetics Institute,University of Pennsylvania Perelman School of Medicine, 2Department of Cell and Developmental Biology,University of Pennsylvania Perelman School of Medicine, 3Department of Biochemistry and Biophysics,University of Pennsylvania Perelman School of Medicine, 4Graduate Group in Biochemistry and Biophysics,University of Pennsylvania Perelman School of Medicine

Chapters

  • 00:05Title
  • 01:04Crosslink of Protein-RNA Interactions in Live Cells
  • 03:26Isolation of Nuclei
  • 04:27Lysis of Nuclei and Trypsin Digestion
  • 05:51Desalting of Peptides
  • 07:39Removal of Crosslinked RNA
  • 08:44Results: RNA-binding Protein and RNA-binding Region Identification
  • 10:04Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Vi beskriver en protokol for at identificere RNA-bindende proteiner og kortlægge deres RNA-bindende regioner i levende celler ved hjælp af UV-medieret photocrosslinking og massespektrometri.

Tags

Keywords: Sample PreparationMass SpectrometryRNA-binding ProteinsUV Cross-linking4sU LabelingCell FractionationImmunoprecipitationProtein-RNA InteractionsEpigeneticsCell CultureMouse Embryonic Stem Cells

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Related Videos

check_url/56004?article_type=v

En Tandem væskekromatografi-massespektrometri-baseret tilgang til Metabolit Analyse af<em> Staphylococcus aureus</em
check_url/56004?article_type=v

Opsamling og identifikation af RNA-bindende proteiner ved hjælp af klik kemi-assisteret RNA-interactome Capture (CARIC) strategi
check_url/56004?article_type=v

Identifikation af funktionelle Protein regioner gennem kimære Protein konstruktion
check_url/56004?article_type=v

Nitropeptid profilering og identifikation illustreret af angiotensin II
check_url/56004?article_type=v

En forberedelse til plasmaprøve til massespektrometri ved hjælp af en automatiseret arbejdsstation
check_url/56004?article_type=v

Prøve forberedelse til Sonde Elektrospray Ionization Mass Spektrometri
check_url/56004?article_type=v

Umålrettet flydende kromatografi-massespektrometri-baserede metabolomiske analyse af hvedekorn
check_url/56004?article_type=v

TMT Prøve forberedelse til Proteomics Facility Indsendelse og efterfølgende dataanalyse
check_url/56004?article_type=v

En massespektrometribaseret proteomics-tilgang til global R-methyleringsanalyse med høj konfidensprotein
check_url/56004?article_type=v

Forberedelse af højtemperaturprøvegitre til Cryo-EM

Read Article