Описан протокол подготовки простой модели экосистемы, воссоздающей метано-кислородный счетчик градиента, обнаруженный в естественной среде обитания аэробных метаноокисляющих бактерий, что позволяет изучать их физиологию в пространственно разрешенном контексте. Также описаны модификации общих биохимических анализов для использования с модельной экосистемой на основе агарозы.
Аэробные метаноокисляющие бактерии, известные как метанотрофы, играют важную роль в биогеохимическом цикле. Метанотрофы занимают определенную экологическую нишу в метано-кислородных контрградиентах, обнаруженных в почвах и отложениях, что влияет на их поведение на индивидуальном и общественном уровне. Тем не менее, традиционные методы изучения физиологии этих микроорганизмов, снижающих выбросы парниковых газов, часто используют однородные планктонные культуры, которые не точно представляют пространственные и химические градиенты, обнаруженные в окружающей среде. Это мешает ученым понять, как эти бактерии ведут себя in situ. Здесь описывается простая, недорогая модельная экосистема, называемая градиентным шприцем, в которой используется полутвердая агароза для воссоздания крутых метано-кислородных контрградиентов, характерных для естественной среды обитания метанотрофов. Градиентный шприц позволяет культивировать метанотрофные штаммы и обогащать смешанные метаноокисляющие консорциумы из образцов окружающей среды, выявляя фенотипы, видимые только в этом пространственно разрешенном контексте. В этом протоколе также представлены различные биохимические анализы, которые были модифицированы для обеспечения совместимости с полутвердой агарозной матрицей, что может быть ценным для исследователей, культивирующих микроорганизмы в других системах на основе агарозы.
Микроорганизмы, живущие на бескислородно-кислородной границе, часто выполняют важную экологическую роль1. Одним из примеров являются аэробные метаноокисляющие бактерии (метанотрофы), которые существуют в противоположных градиентах метана и кислорода в почвах и отложениях2. Эти микроорганизмы обладают уникальными метаболическими и физиологическими характеристиками, которые позволяют им использовать газовые градиенты, присутствующие в их окружающей среде, и являются предметом продолжающихся исследований в течение десятилетий 3,4,5. В настоящее время большинство опубликованных исследований метанотрофов и метаноокисляющих сообществ основано на работе с однородными планктонными культурами, которым часто не удается уловить пространственные и химические градиенты, присущие их естественной микробной среде обитания. Это ограничение препятствует нашему пониманию физиологии микробов и нашей способности связывать геномную информацию с фенотипическими признаками.
В этом протоколе описывается простая лабораторная модельная экосистема, которая создает воспроизводимые условия для изучения как конкретных метанотрофов, таких как штамм Methylomonas sp. LW13, так и метаноокисляющих сообществ непосредственно из образцов почвы окружающей среды. Важно отметить, что культивирование в градиентном шприце приводит к появлению противоградиент-специфичных фенотипов, которые отсутствуют в однородных планктонных культурах6, что подчеркивает способность системы открывать новые аспекты физиологии метанотрофа. Вдохновленный ранее опубликованными моделями экосистем 7,8,9, градиентный шприц представляет собой упрощенный метод, который может быть использован для сбора химической и молекулярной информации от микроорганизмов, культивируемых с использованием этого подхода.
Описанные процедуры генетического, химического и молекулярного анализа были модифицированы для надежной работы на микробных культурах, выращенных в полутвердой агарозной матрице. Эти процедуры также могут быть полезны для анализа бактерий, выращенных в других полутвердых системах на основе агарозы, таких как те, которые используются для анализа плавания бактериального мягкого агара. Адаптация этих анализов к пространственно разрешенным контекстам может открыть новые возможности для изучения микробной жизни в более экологически значимых условиях.
Методы выращивания метанотрофа
Метанотрофы изучались в течение десятилетий, чтобы понять их физиологию, их индивидуальное и общественное поведение в природной среде, а также их потенциал для смягчения последствий метана в промышленных приложениях. На протяжении всех этих исследований большая часть проведенных исследований проводилась с использованием однородных планктонных культур, в которых теряется пространственный контекст. Модельная экосистема градиентного шприца была разработана для воспроизведения метано-кислородного контрградиента, характерного для естественных мест обитания метанотрофов в лаборатории, что позволило исследователям изучать метанотрофы, растущие в среде, которая больше напоминает то, где эволюционировали эти организмы.
За последние 30 лет исследователи воссоздали метано-кислородный счетчик градиента в лаборатории, используя различные методы, часто с основной целью выделения и классификации метанотрофов из смешанных метано-окислительных консорциумов. Эти методы можно разделить на два подхода, оба из которых предполагают использование противоположных камер метана и кислорода: суспендирование относительно ненарушенной почвы на мембране 16,17,18 или инокуляция небольших количеств почвы или чистой бактериальной культуры в минимальную среду в агарозе 7,8,19. Описанный здесь метод градиентного шприца сочетает в себе основанный на шприцах подход Дедыша и его коллег9 с выращиванием метанотрофов из предыдущей работы Амарала и Ноулза8, а также Шинка и коллег7. Последний из этих методов заложил основу для культивирования метанотрофов в метано-кислородном контрградиенте и использовал непрерывный поток метана и кислорода по обе стороны от агарозной пробки. Несмотря на то, что такой подход обеспечивает более стабильную среду, он усложняет экспериментальную установку и требует использования специальных источников газа.
В отличие от этого, описанный здесь градиентный шприц основан на ежедневной промывке шприца для получения свежего метана, процесс, который занимает менее минуты на шприц, обеспечивая при этом непрерывный доступ к атмосферному кислороду через стерильный наконечник фильтра из ПТФЭ. Этот более простой метод может обеспечить более широкое внедрение этой модельной экосистемы для изучения метанотрофов в пространственно разрешенном контексте. В описанном протоколе также подробно описаны химические и молекулярные анализы, которые могут быть выполнены непосредственно на бактериях, инкубированных в полутвердой агарозе. В результате бактерии не нужно иссекать и культивировать вне агарозной матрицы перед анализом, сохраняя условия градиента газа на момент отбора проб.
Замечания к протоколу
Поскольку бактерии культивируются в полипропиленовом объемном шприце, исследователи могут использовать прилагаемый поршень шприца для точного и воспроизводимого сегментирования агарозной пробки, сохраняя при этом пространственную целостность агарозной матрицы, которая все еще остается в цилиндре шприца. Без воздухонепроницаемой конструкции, присущей шприцу, агарозные пробки необходимо было бы извлекать из цилиндра шприца и нарезать, что вносило бы неопределенность в объем агарозных сегментов и выделяло бы в атмосферу неизмеримое количество метана и растворенного кислорода. Экструзия агарозы через стерильную иглу упрощает подготовку образцов и помогает гомогенизировать экструдированные сегменты без сдвига бактериальных клеток. Этот метод позволяет исследователям разделить каждый инокулированный градиентный шприц как минимум на восемь агарозных сегментов и проводить параллельные эксперименты с метанотрофами, растущими в диапазоне концентраций кислорода и метана.
При оптимизации экстракции РНК из агарозы с высоким содержанием полисахаридов было обнаружено, что распространенные реагенты, такие как тиоцианат гуанидия и тризол, приводят к гелеобразованию агарозы, что затрудняет очистные колонны и сопротивляется гранулированию центрифугированием. Низкий выход и качество РНК также вызывали беспокойство, поскольку большие молекулы полисахаридов могут захватывать нуклеиновые кислоты, в то время как маленькие полисахариды могут осаждаться вместе с РНК20. Вместо этого использовали экстракционный буфер, содержащий катионное поверхностно-активное вещество CTAB, которое растворяет липидные мембраны20; и NaCl, который предотвращает образование комплексов CTAB-нуклеиновых кислот и позволяет нуклеиновым кислотам выпадать в осадок, но сохраняет полисахариды в растворе21. РНКазы денатурировали путем включения β-меркаптоэтанола в буфер CTAB. Для эксперимента RNA-seq был включен необязательный этап очистки на основе столбцов для исключения малых (<200 нуклеотидов) РНК перед подготовкой библиотеки.
Ограничения и рекомендации
В то время как NMS и агароза обеспечивают минимальную среднюю матрицу для культивирования метанотрофных бактерий, градиентный шприц, как описано здесь, воссоздает только газовые градиенты метанотрофных местообитаний, но не другие градиенты, присутствующие в этих средах, такие как микрометаллы22, соленость23 или другие питательные вещества24. Возможно, эти градиенты могут быть добавлены в подобную систему в будущем. Кроме того, объем шприца (8 мл агарозы) ограничивает общую биомассу на шприц, что требует объединения нескольких шприцев для некоторых анализов (как описано в шаге 5.16). Несмотря на то, что ручной шприц удобно сегментирует агарозу на 1 мл аликвот, его размер также ограничивает пространство примерно до 4 мл, ограничивая количество метана, которое может храниться для культивируемых микробов. Поскольку скорость окисления метана пропорциональна скорости роста аэробныхметанотрофов25, рекомендуется ежедневное пополнение метана в свободном пространстве. Хотя это все еще может привести к периодам ограничения метана, эти периоды воспроизводятся в лаборатории и, вероятно, имитируют ситуации, обнаруженные в естественной среде.
При использовании градиентного шприца присутствие полисахаридов агарозы требует некоторых корректировок анализов, используемых для анализа метанотрофов, выращенных в этой системе. Например, протоколы, требующие переноса небольших объемов экструдированной агарозы, требуют нескольких этапов разведения с тщательной гомогенизацией между каждым разведением для точного пипетирования. Кроме того, в таких случаях, как анализ на полисахариды, когда полисахариды, присущие агарозной матрице, вступают в реакцию с реагентом серная кислота-фенол, включение стерильного, бесклеточного агарозного отрицательного контроля имеет важное значение. Ранние попытки смягчить эти проблемы путем включения агарозного гидролизующего фермента β-агаразы не увенчались успехом и привели к появлению в биологических экспериментах неизвестной переменной. Использование нескольких технических реплик, тщательное разбавление, гомогенизация и включение элементов управления могут быть использованы для смягчения большинства проблем, присущих агарозной матрице.
Приложений
В дополнение к исследованиям одного штамма, градиентный шприц может поддерживать совместное культивирование нескольких штаммов, а почва может быть использована в качестве инокулята вместо чистой бактериальной культуры. Простая конструкция экосистемы модели градиентного шприца поддается культивированию других типов микроорганизмов, которые существуют на границе между бескислородной и кислородной средами, с использованием другого газового субстрата, такого какH2 или CO, вместо метана. Таким образом, использование простой, пространственно разрешенной модельной экосистемы позволяет исследователям изучать уникальную физиологию и метаболические адаптации бескислородных микроорганизмов и может быть использовано для связывания генов с фенотипами организмов.
The authors have nothing to disclose.
Эта работа была поддержана финансированием стартапа от химического факультета Университета штата Юта и премией NSF CAREER Award #2339190. Мы благодарим членов Puri Lab за полезные дискуссии. Мы благодарим Рэйчел Харрелл (Университет штата Юта) за первоначальное руководство экспериментом по проточной цитометрии.
1% Gas mix analytical standard | Supelco | 22561 | 1% each component in nitrogen: carbon monoxide, carbon dioxide, hydrogen, methane and oxygen |
100% Methane | Airgas | ME CP300 | chemically pure grade |
15 ppm Gas mix analytical standard | Supelco | 23470-U | 15 ppm each component in nitrogen: methane, ethane, ethylene, acetylene, propane, propylene, propyne, and n-butane |
1x Nitrate mineral salts | see CAS numbers below | Dissolve the following in Mili-Q water and autoclave: 0.2 g/L MgSO4·7H2O, 0.2 g/L CaCl2·6H2O, 1 g/L KNO3, and 30 μM LaCl3. Before use, add trace elements to a 1X final concentration and phosphate buffer (pH 6.8) to a final concentration of 5.8 mM. | |
23 G needle | BD Biosciences | 305194 | sterile, Luer-Lok |
500x Trace elements | see CAS numbers below | Dissolve the following in Milli-Q water: 1.0 g/L Na2-EDTA, 2.0 g/L FeSO4·7H2O, 0.8 g/L ZnSO4·7H2O, 0.03 g/L MnCl2·4H2O, 0.03 g/L H3BO3, 0.2 g/L CoCl2·6H2O, 0.6 g/L CuCl2·2H2O, 0.02 g/L NiCl2·6H2O, and 0.05 g/L Na2MoO·2H2O. | |
96 Well plate | CELLTREAT | 229596 | sterile |
Acid phenol:chloroform:IAA (125:24:1) | Invitrogen | AM9720 | pH 4.5 |
Agarose | Fisher Scientific | BP160 | molecular biology grade, CAS 9012-36-6 |
Aluminum crimp seals | VWR | 30618-460 | 20 mm |
Bead beater | Qiagen | 9003240 | TissueLyser III |
Butyl rubber stopper | Chemglass Life Science | 50-143-854 | 20 mm, blue |
Chloroform:isoamyl alcohol (24:1) | Millipore Sigma | 25666 | BioUltra, for molecular biology |
Clark-type O2 microelectrode | Unisense | OX-500 | |
DEPC-treated water | Thermo Scientific | R0601 | |
DNase I (Ambion) | Invitrogen | AM2222 | |
Flow cytometer | Beckman Coulter | CytoFLEX | |
Gas chromatograph (flame ionization detection) | Agilent | 6890N | |
Gastight analytical syringe | Hamilton | 81220 | 1750 TLL |
Gastight analytical syringe needle | Hamilton | 7729-07 | 22 G, metal hub needle, 2 in, point style 5 |
Gas-tight vials | Labco | 938W | Exetainer vial: 12 mL, round bottom |
Glass culture tubes | Bellco Glass | 2048-00150 | 18 x 150 mm |
LiCl precipitation solution (7.5 M) | Invitrogen | AM9480 | |
One-way stopcock | VWR | MFLX30600-00 | inlet port: female luer, outlet port: male luer lock |
Petri dish, square | Fisher Scientific | FB0875711A | 100 x 100 mm |
Phosphate buffer, 0.2 M (pH 6.8) | see CAS numbers below | Dissolve the following in Milli-Q water and autoclave: 12.24 g/L KH2PO4, 26.29 g/L Na2HPO4 · 7H2O | |
Pierce BCA Protein Assay Kit | Thermo Scientific | 23225 | |
PTFE syringe filter tip | Thermo Scientific | 03-050-469 | hydrophobic, pore size: 0.2 µm, diameter: 4 mm |
Qubit 1x dsDNA High Sensitivity Assay Kit | Invitrogen | Q33230 | |
Qubit 4 Fluorometer | Invitrogen | Q33238 | |
RNA Clean & Concentrator-5 | Zymo Research | R1013 | |
Serum stopper | Fisher Scientific | 03-340-302 | 20 mm |
Syringe | BD Biosciences | 302995 | Luer-Lock, 10 mL, single use, sterile |
Syringe pump | New Era Pump Systems Inc. | 1000-US | NE-1000 one channel programmable |
SYTO9, propidium iodide, microspheres | Invitrogen | L34856 | LIVE/DEAD BacLight Bacterial Viability Kit |
Zirconia/silica beads | BioSpec Products | 11079101z | 0.1 mm diameter |
Chemical reagents | CAS number | ||
CaCl2·6H2O | 7774-34-7 | ||
CoCl2·6H2O | 7791-13-1 | ||
Concentrated sulfuric acid | 7664-93-9 | ||
CTAB, cetrimonium bromide | 57-09-0 | ||
CuCl2·2H2O | 10125-13-0 | ||
Ethanol | 64-17-5 | ||
FeSO4·7H2O | 7782-63-0 | ||
H3BO3 | 10043-35-3 | ||
Isopropanol | 69-63-0 | ||
KH2PO4 | 7778-77-0 | ||
KNO3 | 7757-79-1 | ||
LaCl3 | 10099-58-8 | ||
MgSO4·7H2O | 10034-99-8 | ||
MnCl2·4H2O | 13446-34-9 | ||
Na2CO3, sodium carbonate | 497-19-8 | ||
Na2-EDTA | 139-33-3 | ||
Na2HPO4 · 7H2O | 7782-85-6 | ||
Na2MoO·2H2O | 10102-40-6 | ||
NaCl, sodium chloride | 7647-14-5 | ||
NiCl2·6H2O | 7791-20-0 | ||
Phenol (90% solution in water) | 108-95-2 | ||
PVP40, polyvinylpyrrolidone | 9003-39-8 | ||
Tris-HCl | 1185-53-1 | ||
ZnSO4·7H2O | 7446-20-0 | ||
β-Mercaptoethanol | 60-24-2 |
.