デジタル葉の人相と面積ごとの葉の質量を使用した化石葉による陸域の古気候と古生態学の再構築

1. 化石葉のイメージング 葉の化石をカメラの下に置き、化石の下に挟み込むためのサンドボックスやパテなどを使用して、できるだけ平らに横たわっていることを確認します。注:1つのブロックで複数の標本を撮影する場合は、化石の細部が明確でシャープであることを確認するために、それらを別々にクローズアップして撮影するのが最善です。また、化石を黒のフェルトやベルベットなどの固い暗いつや消しの背景に配置すると便利です。 スケールバーを水平に、葉と同じ垂直面に配置し、化石の近くに置きますが、化石の一部を覆わないようにします。化石を囲むマトリックスがほとんどまたはまったくない場合は、スケールをフォトフレーム内に配置し、焦点を合わせる必要があります。 カメラの三脚またはコピースタンドを使用して、レンズを岩の表面と平行にして、カメラを化石の葉の真上に配置します。葉のディテールを鮮明に捉えるには、レンズ/カメラの焦点距離内にとどまり、化石全体が写真のフレーム内にあることを確認しながら、カメラを化石にできるだけ近づけます。注:可能であれば、高解像度のデジタルカメラと、マニュアルフォーカスと処理する葉に鮮明に焦点を合わせるのに十分な被写界深度を備えたマクロレンズを使用するのが最善です。 間接光を使用して、必要に応じて化石に光を当て、標本の全体の輪郭をはっきりと見ることができます。多くの場合、化石ごとに照明を再調整する必要があります。 化石の葉を撮影し、画像ファイルに適切なラベルを付けます。 2. デジタル準備 注:これらのプロトコル全体で使用されるリーフアーキテクチャ用語の図を 図1に示します。決定木(図2)と提供された例(図3)を使用して、測定する化石葉にどの準備シナリオが適用できるかを判断し、その適切なセクションに進みます。調製手順のその他の考慮事項については、 表2 を参照してください。葉がシナリオ1または5に該当する場合、葉は定量的な葉の人相測定のために準備できません。 シナリオ 2: 余白のある葉全体 (半分の面積) が保持されているか、再構築できる。画像処理ソフトウェア(Adobe PhotoshopやGIMPなど)でファイルを開きます。必要に応じて画像を切り抜くと、最終的なファイルサイズを縮小するのに役立ちますが、スケールバーは引き続き含まれるようになります。 [ 画像] > [キャンバス] をクリックして、作業領域の幅を 2 倍にします (Photoshop)。画像はキャンバスサイズ(GIMP)>。現在のキャンバスの右側または左側に新しいキャンバスを追加することをお勧めします。 葉の縁に再構築が必要な場合は、葉の面積と形状を半分の葉と全体の葉のどちらからより確実に測定できるかを決定します(図3)。 岩石マトリックスから葉をコピーします。なげなわツールを使用して、葉柄がある場合は葉柄を含む葉全体または半分をトレースします( 表2を参照)。選択範囲をコピーして貼り付け、キャンバスの空き領域に配置します。この選択範囲のコピーを 2 つ貼り付け、1 つは未編集のものにして、準備プロセスを再開する必要がある場合は戻します。 適切な色の線を使用して、マージンの損傷した部分を修復します(通常は白い背景の場合は黒)。損傷した余白にまたがる線を描画して、余白が確実に再構築されるようにします。これは、ペイントブラシや線ツールなどを使用して行います。線が見えるほど太く(~1-2 pt の太さ)、損傷した領域のマージンを接続していることを確認してください。 なげなわツールを使用して、葉柄が存在する場合は、葉柄を葉から取り除きます。視覚的には、葉の縁に沿って葉の縁をたどり、葉柄が葉柄に接触する点まで進みますが、葉柄は色が濃く、特徴的な葉脈はありません。そこになげなわポイントを置きます。葉の残りの半分でも同じことを行い、そこに2番目のポイントを配置します。注:葉の基部が対称の場合、線は葉柄に対して~垂直になります。非対称の場合、線は斜めになります。 葉柄全体を囲んで選択を終了します。カットアンドペースト、または移動ツールを使用して、葉柄を葉身の隣に配置しますが、触れないようにします。注:コルデートまたは葉状の葉の基部の場合、つまり、基部が葉柄が葉身に付着する場所の下に伸びている場合、葉柄は葉柄が葉身に付着する場所の下の葉の基部に留まる可能性があります。葉柄が実際に付着しているところを切り取り、葉柄の縁をしっかりとなぞり、傷んだ縁を修復するように注意してください。これはほとんどの化石では見づらいかもしれないと認識されています。 必要に応じて、画像の最後の領域を切り抜いて、ファイルサイズを縮小します。完成した準備済みイメージの表示例については、 図 3 を参照してください。 シナリオ 3: 歯のある葉の面積 (半分) は再構築できないが、2 本の連続した歯が≥、葉の ≥25% が保存されている注:歯の測定は、このカテゴリの葉で測定できる唯一の特性であるため、葉はこれらの測定のためだけに準備されます。画像処理ソフトウェア(Adobe PhotoshopやGIMPなど)でファイルを開きます。必要に応じて画像をトリミングすると、最終的なファイルサイズを縮小できますが、スケールバーは引き続き含まれていることを確認できます。 [ 画像] > [キャンバス ] (Photoshop) をクリックして、作業領域の幅を 4 倍にするトライします。 画像はキャンバスサイズ (GIMP)>。現在のキャンバスの右側または左側に新しいキャンバスを追加することをお勧めします。 岩石マトリックスから葉をコピーします。なげなわツールを使用して、葉柄が存在する場合は葉柄を含む、保存された葉の範囲をトレースします。マージンの損傷した部分を正確にトレースする心配はありません。選択範囲をコピーして貼り付け、キャンバスの空き領域に配置します。この選択範囲のコピーを 2 つ貼り付け、1 つは未編集のバージョンにして、準備プロセスを再開する必要がある場合に戻すことを検討してください。 存在する場合は、なげなわツールを使用して葉柄を葉から取り除きます。視覚的には、葉の縁に沿って葉の縁をたどり、葉柄が葉柄に接触する点まで進みますが、葉柄は色が濃く、特徴的な葉脈はありません。そこになげなわポイントを置きます。葉の残りの半分でも同じことを行い、そこに2番目のポイントを配置します。注:葉の基部が対称の場合、線は葉柄に対して~垂直になり、非対称の場合、線は斜めになります。 葉柄全体を囲んで選択を終了します。カットアンドペースト、または移動ツールを使用して、葉柄を葉身の隣に配置しますが、触れないようにします。注:コルデートまたは葉状の葉の基部の場合、つまり、基部が葉柄が葉身に付着する場所の下に伸びている場合、葉柄は葉柄が葉身に付着する場所の下の葉の基部に留まる可能性があります。葉柄が実際に付着しているところを切り取り、葉柄の縁をしっかりとなぞり、傷んだ縁を修復するように注意してください。これは、ほとんどの化石では見づらいかもしれません。 なげなわツールを使用して、マージンの損傷した部分に隣接する領域を削除します。損傷した部分を囲むマージンに沿った点から選択を開始し、その点からその主静脈に垂直な主静脈まで直線を描きます(図4)。損傷に最も近い保存された主歯洞から選択を開始します。これにより、歯の側面がその後の測定で内部周囲として含まれず、補助歯が主歯であるかのように測定されることがなくなります。歯の間隔が離れている場合は、保存されているマージンが多すぎると最終的に除去される可能性があるため、これは適切ではない可能性があります(図4)。 損傷したマージンの他の境界と同じ高さになるまで、メジャー静脈に沿って選択を進め、マージンに対してメジャー静脈に垂直な直線を引きます(図4)。注:羽状の葉(図1A)の場合、アグロフィック静脈の有無にかかわらず(Ellis et al.43を参照)、主要な静脈は主要な静脈(つまり、中静脈)です。掌状に縞模様の葉(図1B、D)の場合、主静脈は最も近い一次静脈です(例: 図4B)。羽状葉の場合(図1C)、損傷が羽状葉にある場合、主静脈は葉に栄養を供給する静脈(通常は二次静脈)です。 選択を完了し、リーフのこの部分を削除します。葉のすべての損傷した部分について繰り返します。 この準備した葉をコピーして貼り付け、キャンバスの空き領域に配置します。 なげなわツールを使用して歯を取り除きます。葉の頂点、葉の頂端の1つ、または葉の断片の最も頂端の歯から始めて、その葉、葉、または断片に沿った各主歯洞で選択します(図5;主歯と副歯を区別する方法、および歯と葉を区別する方法については 、補足図1、補足図2 を参照)。歯を抜くときは、適切なルールに従ってください(表2;補足図3)。注:乳歯は、基部と頂点に向かって小さくなることがよくあります。 最も基底歯の頂端洞を選択した後、エクステンションルールを適用します(表2;補足図4)シーケンスの最後の歯を切り取ります。 歯を抜いた歯を触れないように、葉身の横の歯を切り取って貼り付けて歯を取り除きます。準備に歯を取り除く必要がある追加の葉または断片がある場合は、すべての歯が取り除かれるまで上記の手順を繰り返します。 元の切り抜きリーフの追加バージョンが作成された場合は、追加バージョンを削除します。必要に応じて、画像の最後の領域を切り抜いて、ファイルサイズを縮小します。完成した準備済みイメージの表示例については、 図 3 を参照してください。 シナリオ 4: 歯のある葉の領域 (葉の領域) が保存されているか、再構築できる画像処理ソフトウェア(Adobe PhotoshopやGIMPなど)でファイルを開きます。必要に応じて画像をトリミングすると、最終的なファイルサイズを縮小できますが、スケールバーは引き続き含まれていることを確認できます。 [ 画像] > [キャンバス ] (Photoshop) をクリックして、作業領域の幅を 4 倍にするトライします。 画像はキャンバスサイズ (GIMP)>。現在のキャンバスの右側または左側に新しいキャンバスを追加することをお勧めします。 葉をどのように準備するかを決定します。葉の面積/形状の測定は、葉全体または半葉で行う必要があり、どちらのオプションがより正確な測定になるかを決定します。歯の測定は、保存されたマージンのすべてのセクションに沿って行う必要があります。場合によっては、葉の面積/形状の測定は、歯の変数が測定されるサブセットとは異なる葉のサブセットで行われることがあります。注:提供された例(図6)では、半分の葉が全体の葉よりも確実に再構築されることが決定されました。右下の保存されたマージン(>1個の保存された歯)は、歯の測定に含まれていました。次のシナリオ 4 のプロトコルは、提供された例 (図 6) にほぼ従っていますが、詳細は準備のコンテキストによって若干異なる場合があります。 岩石マトリックスから葉をコピーし、保持されているすべてのマージンが含まれていることを確認します。なげなわツールを使用して、葉柄がある場合は葉柄を含む葉の縁をトレースします。面積/形状の測定に含まれないマージンの損傷した部分( 図6の葉の右半分など)を正確にトレースしないでください。 選択範囲をコピーして貼り付け、キャンバスの空き領域に配置します。この選択範囲のコピーを 2 つ貼り付け、1 つは未編集のものにして、準備プロセスを再開する必要がある場合は戻します。 存在する場合は、なげなわツールを使用して葉柄を葉から取り除きます。視覚的には、葉の縁に沿って葉の縁をたどり、葉柄が葉柄に接触する点まで進みますが、葉柄は色が濃く、特徴的な葉脈はありません。そこになげなわポイントを置きます。葉の残りの半分でも同じことを行い、そこに2番目のポイントを配置します。注:葉の基部が対称の場合、線は葉柄に対して~垂直になります。非対称の場合、線は斜めになります。葉柄全体を囲んで選択を終了します。 カットアンドペースト、または移動ツールを使用して、葉柄を葉の隣に配置しますが、葉には触れません。注:コルデートまたは葉状の葉の基部の場合、つまり、基部が葉柄が葉身に付着する場所の下に伸びている場合、葉柄は葉柄が葉身に付着する場所の下の葉の基部に留まる可能性があります。葉柄が付着している部分を切り取り、葉柄の縁を密接になぞり、損傷した縁を修復するように注意してください(補足図5)。これは、ほとんどの化石では見づらいかもしれません。 葉柄を取り除いた分離した葉をコピーして貼り付け、歯の測定を準備するための2番目のコピーを作成し、キャンバスの空き領域に配置します。 葉の面積と形状を測定するための葉のバージョンを準備します。半葉を準備する場合は、なげなわツールを使用して余分な葉の材料を切り取り、完全な半葉だけが残るようにします。完全な葉を準備する場合は、葉の材料を取り除かないでください。 必要に応じて、線またはペイントブラシツール(通常は白い背景の場合は黒い線)を使用して、適切な色の線を使用してマージンに沿った損傷した領域を修復します。線が見えるほど太く(~1-2 pt の太さ)、損傷した領域のマージンを接続していることを確認してください。 歯の測定用に葉のバージョンを準備します。なげなわツールを使用して、マージンの損傷した部分に隣接する領域を削除します。損傷した部分を囲む余白に沿った点から選択を開始し、その点からその主静脈に垂直な主静脈まで直線を引きます(図4)。損傷に最も近い保存された主歯洞から選択を開始します。これにより、歯の側面がその後の測定で内部周囲として含まれず、補助歯が主歯であるかのように測定されることがなくなります。歯の間隔が離れている場合は、保存されているマージンが多すぎると最終的に除去される可能性があるため、これは適切ではない可能性があります(図4)。 損傷したマージンの他の境界と同じ高さになるまで、メジャー静脈に沿って選択を進め、マージンに対してメジャー静脈に垂直な直線を引きます(図4)。注:羽状の葉(図1A)の場合、アグロフィック静脈がある場合とない場合(定義と例についてはEllis et al.43 を参照)、主静脈は一次静脈(つまり、中静脈)です。掌状に縞模様の葉(図1B、D)の場合、主静脈は最も近い一次静脈です(例: 図4B)。羽状葉の場合(図1C)、損傷が羽状葉にある場合、主静脈は葉に栄養を供給する静脈(通常は二次静脈)です。 リーフの損傷した部分を削除します。葉のすべての損傷した部分に対して同じことを行います。 歯の測定用に用意されたバージョンをコピーして貼り付け、損傷した部分を取り除き、キャンバスの空き領域に置きます。 なげなわツールを使用して歯を取り除きます。葉の頂点、葉の頂点の1つ、または葉の断片の最も頂端の歯から始めて、葉、葉、または断片に沿った各主歯洞で選択します(図5;主歯と副歯を区別する方法、および歯と葉を区別する方法については 、補足図2 を参照してください)。歯を抜くときは、適切なルールに従ってください(表2;補足図2)。注:乳歯は、基部と頂点に向かって小さくなることがよくあります。 最も基底歯の頂端洞を選択した後、エクステンションルールを適用します(表2;補足図4)シーケンスの最後の歯を切り取ります。 歯を抜いた歯を触れないように、葉身の横の歯を切り取って貼り付けて歯を取り除きます。準備に歯を取り除く必要がある追加の葉または断片がある場合は、すべての歯が取り除かれるまで上記の手順を繰り返します。 元の切り抜きリーフの追加バージョンが作成された場合は、追加バージョンを削除します。必要に応じて、画像の最後の領域を切り抜いて、ファイルサイズを縮小します。完成した準備済みイメージの表示例については、 図 3 を参照してください。 3. デジタル測定 注: データ入力テンプレート スプレッドシートは、 補足ファイル 1 として提供されます。測定ステップのその他の考慮事項については、 表3 を参照してください。シナリオ 1 と 5 では、必要な手順は、データ入力スプレッドシートにリーフ マージンの状態を記録することだけです (手順 3.5)。 ImageJソフトウェア44を開きます。自動的に行われる測定を設定します(これはプログラムのインストール後に一度行います)。 「解析」をクリックして「測定値を設定」>、「面積」、「周長」、および「フェレット直径」のみを選択します。小数点以下の桁数が 3 に設定されていることを確認します。 準備した化石の葉の画像を開くには 、[ファイル] > [開く ] をクリックするか、すでに開いている ImageJ ツールバーに画像をドラッグ アンド ドロップします。 新しい葉の画像ごとにスケールを設定します。注:これは重要なステップであり、正確な測定を確実にするために、新しい葉の画像ごとに実行する必要があります。直線ツールをクリックします。縮尺記号を拡大し、縮尺記号を横切るできるだけ長い直線を描きます。 「解析」をクリックして >スケールを設定します。既知の距離に、測定された長さを cm 単位で入力します (最新のキャリブレーション データセットで使用されている単位と一致するようにするため)。長さの単位を変更する必要はありません。 [OK] をクリックします。 データ入力スプレッドシートで葉を歯付き (0) または全体 (1) としてマークします。 葉柄が存在する場合は、葉柄の幅を測定します。測定は、岩石マトリックスにまだ残っている葉の元のコピーで行う必要があります。注:葉柄が存在しない場合、場合によっては、葉柄の代わりにその基底位置にある中静脈の幅を測定できます。ただし、これは、中静脈の全幅が保存されている場合(つまり、静脈の上部に圧縮された椎弓板がないか、化石が葉の軸側を保持している)場合にのみ行う必要があります。また、同じ種または形態型の他の標本は、基底静脈の幅が葉柄の幅と同等であることを示しています。葉柄が葉身と接するところで葉柄に垂直な直線を引くか、挿入点が非対称の場合は、挿入の最も基本的な点で葉柄に垂直な線を引きます。この線は慎重に引くことが重要です。したがって、葉のこの領域を拡大して、線を正確に描きやすくすることをお勧めします。注:挿入の最も基本的な点に、損傷、毛状突起、蜜、とげ、または葉柄の幅の正確な測定を妨げるその他の特徴が存在する場合など、この手順を変更する必要がある特別な状況があります。このような場合は、確実に測定できるフィーチャの下の最初のポイントで葉柄の幅を測定します。 [ 分析] > [メジャー] をクリックするか、ショートカットを使用して描画されたラインの長さを計測します。画像上に同じ線を描画して、測定が行われた場所を正確に記録するには 、[編集] > [描画 ] をクリックするか、ショートカットを使用します。必要に応じて、メインツールバーのツール(カラーピッカー)を使用して線の色を変更します。 線が引かれたら、できれば変更したファイル名で画像を保存します。 この行の長さをデータ入力スプレッドシートの葉柄幅の下に記録します。 画像を白黒にして、追加の測定のために葉を準備します。これを行うには、[ Image (画像)] > [Type (8 ビット>タイプ)] をクリックします。 画像のしきい値を設定するには 、[画像] > [しきい値の調整 ] をクリックするか>ショートカットを使用します。「しきい値」というタイトルのボックスが開き、画像の一部が赤に変わります。葉の色が薄く、背景が暗い場合は、[ 暗い背景] をクリックします。 スライダーバーを使用して、葉の内部が赤くなり、背景と区別されるまでしきい値を調整します。これは重要なステップであり、不正確なデータを簡単に生成できる場所です。赤い領域が葉に正確に対応していること(つまり、葉のすべての周囲が赤で、それ以上は赤くない)ことを確認します。葉の内部に赤の隙間があっても許容され、測定値に影響はありません。注:葉の輪郭が明確に定義されていない場合は、まずズームインしながらしきい値を調整して、葉の輪郭が赤であることを確認してください。化石と背景のコントラストが悪いために信頼性の高い閾値を適用できない場合は、ペイントブラシツールを使用して、コントラストが悪すぎる領域の葉の周囲にしっかりとした輪郭を追加します。または、葉を画像処理ソフトウェア(Adobe PhotoshopやGIMPなど)に戻し、分離された葉のレイヤーのコントラストまたは背景の色を調整して、それらをより区別します。 シナリオ 2 (ステップ 2.1) と 4 (ステップ 2.4) で準備された葉の葉の面積と形状を測定します。注: 図2 と 図6B は、準備した画像のどのコンポーネントでどの変数を測定するかのガイドとして使用してください。シナリオ3(ステップ2.2)で葉を準備した場合は、このステップをスキップしてステップ3.11に進みます。葉の面積と形状の測定用に準備された葉を測定し、葉柄のみを取り除く必要があります(葉柄が存在する場合)。 ワンド ツールを選択します。葉の内側をクリックします。葉全体の輪郭が黄色で描かれているはずです—輪郭が正しいことを確認してください。 測定を行うには 、「分析」>「測定 」をクリックするか、ショートカットを使用します。 測定された面積が全体の葉として準備されている場合は、データ入力スプレッドシートに面積、周囲長、フェレット、および最小フェレットを記録します。測定された領域が半分の葉として準備されている場合は、フェレットのみを記録し、次のステップに進みます。 測定された領域が半分の葉の場合は、葉を半分に切った結果として生じる人工的な周囲の長さである、葉の人工的な中央周囲を測定します(図6B)。測定された領域が葉全体の場合は、この手順と手順3.10.5をスキップします。注意: 人工的な中央周囲を測定すると、ブレードの周囲を半分の葉から計算できます(以下の手順3.10.5を参照)。ブレード周囲長は、DiLPおよびMA 分析に含まれる変数には使用されませんが、人相特性評価に役立つ他の変数(形状係数、コンパクトさ; 表 1)。線ツールを右クリックして、セグメント化された線ツールを選択します。人工的な中央周の全長をトレースします。 「分析」>「測定」をクリックするか、ショートカットを使用して長さを測定します。この測定値は、以下のブレード周囲を計算する式で使用されます(ステップ3.10.5)。 測定された領域がハーフリーフの場合は、データ入力スプレッドシートに入力するときに、面積に 2 を掛け、最小フェレットに 2 を掛け、最初にハーフリーフの周囲に人工的な中央周囲を差し引き、次に次の式を使用して 2 を掛けてブレード周囲を計算して、測定値を変更します。ブレード周囲 = (周囲 – 人工中周) x 2 切り欠きのある葉柄がある場合は、その面積を測定します。存在しない場合、シナリオ2の測定は完了しますが、シナリオ4のステップ3.11に進みます。切り欠いた葉柄をワンドツールでクリックします。葉柄は黄色で輪郭を描く必要があります。測定を行うには 、「分析」>「測定 」をクリックするか、ショートカットを使用します。データ入力スプレッドシートの葉柄面積の下のレコード領域。 シナリオ 2 (ステップ 2.1) では、測定が完了しました。シナリオ 4 (ステップ 2.3) の場合は、次のステップに進みます。 シナリオ 3 (ステップ 2.2) と 4 (ステップ 2.3) で準備された葉の歯の変数を測定します。生の刃を測ります。ワンドツールを使用して、生のブレードの内部を選択します(つまり、歯の測定用に準備された葉で、まだ歯があります。 図6B)。黄色で輪郭が描かれている必要があります。測定を行うには 、「分析」>「測定」をクリックするか、 ショートカットを使用します。注:葉の調製方法によっては、いくつかの分離セクションを測定し、それらの領域を合計する必要がある場合があります(例: 図6B)。または、 Shift キーを押しながらワンドツールで2番目のセクションを選択することで、一度に複数のセクションを選択することもできます。 データ入力スプレッドシートの生ブレード領域と生ブレード周囲の下に領域と周囲を記録します。 内部の生ブレードを測定します。内部の生の刃の内部を選択します(つまり、歯が取り除かれた歯の測定用に準備された葉。 図6B)。黄色で輪郭が描かれている必要があります。測定を行うには 、「分析」>「測定 」をクリックするか、ショートカットを使用します。注:葉の調製方法によっては、いくつかの分離セクションを測定し、それらの領域を合計する必要がある場合があります(例: 図6B)。または、 Shift キーを押しながらワンドツールで2番目のセクションを選択することで、一度に複数のセクションを選択することもできます。 データ入力スプレッドシートで、内部生ブレード領域と内部生ブレード周囲の下に領域と周囲を記録します。 カット周囲の長さを測定します。しきい値を削除してリーフをはっきりと表示するには、しきい値ボックスの [リセット ]をクリックするか、[ 編集]>[元に戻す]をクリックします。後者の場合、通常、白黒の8ビット変換も削除されます。セグメント化されたラインツールを選択し、生のブレードでカット周囲の全長をトレースします。 「 分析」>「測定 」をクリックするか、ショートカットを使用して測定します。複数の部分がある場合は、前の手順を繰り返して、各部分のカット周囲の長さを測定します。データ入力スプレッドシートのカット周長の長さの下に、長さまたは長さの合計を記録します。注:カット周囲は、損傷を取り除くことにより葉を準備することによって導入されます。ほとんどの場合、これは人工的な中央周囲とは異なります(図6B)。 主歯と副歯がある場合は数えます。注意: 一次歯と副歯を区別する方法のヒントについては 、補足図2 を参照してください。しきい値がまだ削除されていない場合は、ここで削除します。しきい値を削除するには、しきい値ボックスの [リセット ] をクリックするか、[編集] > [元に戻す] をクリックします。後者の場合、通常、白黒の 8 ビット変換も削除されます。 主歯の数を数えます(主歯と副歯を区別する方法のヒントについては、補足図2を参照してください)。マルチポイントツールを選択します。マルチポイントツールを選択するには、最初にポイントツールを右クリックする必要がある場合があります。各一次歯をクリックして番号を付けます。 誤って選択したポイントを削除するには、 Alt キー (Windows OS) または Command/cmd または Option キー (Mac OS) を押しながらポイントをクリックします。データ入力スプレッドシートの # の下に最終的な番号を記録します。 マルチポイント ツールの数とアノテーションをクリアするには 、[選択項目の編集] > [選択項目なし] > をクリックするか、 キーボード ショートカットを使用します。 歯の総数を数えます(つまり、葉に存在するすべての一次歯と副歯)。マルチポイントツールを選択します。マルチポイントツールを選択するには、最初にポイントツールを右クリックする必要がある場合があります。一次歯と補助歯を含む各歯をクリックして番号を付けます。注意: 補助歯の数ではなく、歯の総数を数えると、歯が二重にカウントされることがなくなります。歯の総数を主歯の数で減算して、補助歯の数を決定します(ステップ3.11.7.6を参照)。 誤って選択したポイントを削除するには、 Alt キー (Windows OS) または Command/cmd または Option キー (Mac OS) を押しながらポイントをクリックします。歯の総数から主歯の数を差し引いて、副歯の数を決定します。これをデータ入力スプレッドシートの # of subsidiary teeth の下に記録します。注:一部のユーザーは、測定するときよりも葉の画像を準備するときに歯の数を作ることを好みます。 4. Rソフトウェアで解析を実行する 注:次の手順には、Rパッケージdilp11が必要です。データ入力スプレッドシートは R に読み込まれ、パッケージによって使用されます。データ入力スプレッドシート(補足ファイル2)の「Additional Instructions」タブを参照してください。R スクリプトは、複数のサイトの同時分析または単一サイトの分析に対応できます。 お好みの環境を使用して R を開きます (R Studio をお勧めします)。R の概要については、たとえば https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-release/R-intro.pdf を参照してください。 Rセッションにdilpパッケージをインストールします。 パッケージのインストール方法とそれに関連する機能の実行方法の詳細については、次の Web サイトを参照してください https://cran.r-project.org/package=dilp 化石ウッディダイコット被子葉葉形質データ(データ入力スプレッドシートに記録されているデータ)を含む.csvファイルを読み込みます。 関数 dilp() を実行して、平均年間気温 (MAT) と平均年間降水量 (MAP) の再構成と関連するエラーを求めます。MATとMAPの結果は、多重線形回帰モデル(MLR、DiLP)と2つの単一線形回帰モデル(SLR、葉面積分析、マージン分析)から報告されます。関数 lma() を実行して、morphotype レベルと site レベルでの面積あたりの葉の質量 (MA) 再構成を実行します。 dilp() を実行した後は、dilp() の結果に含まれる外れ値やエラーオブジェクトを見て、データ収集の潜在的な問題を確認し、データの品質を確認することをお勧めします。または、関数 dilp_processing() を使用し、その後に dilp_outliers() と dilp_errors() を使用します。フラグが立てられた問題に対処するには、準備した標本を参照し、場合によっては再測定します。元のデータ ファイルを編集してから、R に再読み込みすることをお勧めします。 化石サイトがキャリブレーションデータセットの葉の生理学的多変量空間内にあるかどうかを、関数 dilp_cca()を使用して判断します。