Summary

オンテザースルホニウム中心を用いた環状ペプチドの構築

Published: September 28, 2022
doi:

Summary

このプロトコルは、システインとメチオニンの間のビスアルキル化と、プロパルギルスルホニウム中心によって引き起こされる簡単なチオール-イン反応 を介した 環状ペプチドの合成を提示します。

Abstract

近年、環状ペプチドは、その優れた生物活性から創薬分野でますます注目され、臨床的に利用されるようになりました。したがって、環状ペプチドを合成するための効果的な戦略を模索し、創薬分野での応用を促進することが重要です。この論文は、オンレジンまたは分子内(分子間)ビスアルキル化を使用して環状ペプチドを効率的に合成するための詳細なプロトコルを報告します。このプロトコルを使用して、システイン(Cys)とメチオニン(Met)を同時に樹脂上に結合させた固相ペプチド合成を利用して、直鎖状ペプチドを合成しました。さらに、環状ペプチドは、チューナブルテザーとオンテザースルホニウム中心を用いたMetとCysの間のビスアルキル化を介して合成されました。合成経路全体は、樹脂上のCysの脱保護、リンカーのカップリング、およびトリフルオロ酢酸(TFA)切断溶液中でのCysとMetの間の環化の3つの主要なプロセスに分けることができます。さらに、スルホニウム中心の反応性に触発されて、プロパルギル基がMetに結合してチオールイン付加を引き起こし、環状ペプチドを形成しました。その後、粗ペプチドを乾燥し、アセトニトリルに溶解し、分離した後、高速液体クロマトグラフィー(HPLC)で精製した。環状ペプチドの分子量は液体クロマトグラフィー質量分析(LC-MS)により確認し、環状ペプチドと還元剤との併用の安定性はHPLCを用いてさらに確認した。また、環状ペプチドのケミカルシフトを1H核磁気共鳴(1HNMR)スペクトルにより解析した。全体として、このプロトコルは、環状ペプチドを合成するための効果的な戦略を確立することを目的としていました。

Introduction

タンパク質間相互作用(PPI)1は、医薬品の研究開発において極めて重要な役割を果たします。化学的手段によって立体構造が固定された安定化ペプチドを構築することは、PPIの模倣モチーフを開発するための最も重要な方法の1つです2。現在までに、PPIを標的とするいくつかの環状ペプチドが臨床使用のために開発されています3。ほとんどのペプチドは、コンフォメーションエントロピーを低下させ、代謝安定性、標的結合親和性、および細胞透過性を改善するためにαらせんコンフォメーションに拘束されています4,5。過去20年間で、Cys 6,7、リジン8,9、トリプトファン10、アルギニン11、およびMet 12,13側鎖が非天然アミノ酸に挿入され、ペプチドを環状立体配座に固定してきました。このような環状ペプチドは、固有の化学空間または特別な部位を標的とすることができ、それによって共有反応を誘発してタンパク質-ペプチド共有結合を形成する14、151617Yuらによる最近の報告では、クロロアセトアミドがペプチドリガンドのドメインに固定され、優れたタンパク質特異性を有する共有結合反応を保証した18。さらに、アクリルアミドやアリールスルホニルフルオリド(ArSO2F)などの求電子性弾頭は、Walenskyらによってさらにペプチドに組み込まれ、安定化ペプチド共有結合阻害剤を形成し、ペプチド阻害剤の抗腫瘍効果を改善しました。したがって、タンパク質−ペプチドリガンド20を共有結合的に修飾するために追加の官能基を導入することが非常に重要である。これらの基は、側鎖上のタンパク質と反応するだけでなく、ペプチド21の二次構造を安定化させる。しかしながら、ペプチドリガンドによって誘導される共有結合修飾タンパク質の適用は、複雑な合成経路および化学基の非特異的結合のために制限される22,23。したがって、環状ペプチドの合成のための効果的な戦略が緊急に必要とされている。

環状ペプチド2,24,25,26の多様な戦略に触発されたこのプロトコルは、ペプチドを安定化するための簡単で効率的な方法を開発しようとしています。さらに、安定ペプチドの側鎖基は、ペプチドリガンドに空間的に近い場合、標的タンパク質と共有結合的に反応する可能性があることに気づきました。化学修飾されたMetの欠如は、選択的に修飾されたペプチドメチオニン27を製造するための新しい方法を開発することにより、2013年にデミンググループによって埋められました。このような背景に基づき、Shiらは、スルホニウム塩中心を形成する側鎖の閉環の開発に着目した。ペプチドリガンドが標的タンパク質と結合すると、スルホニウム塩基は空間的に近いCysタンパク質と共有結合的に反応します。近年、Shiらは、環状ペプチド28を安定化するための新しい方法を設計した。環状ペプチド上のスルホニウム塩を、可逆的に還元されたスルフヒドリル基を有する還元剤によってMetに還元した。しかしながら、反応は効率が低く、それはその後の生物学的応用研究に有害であった。現在の研究では、環状ペプチドの側鎖に単一のスルホニウム塩が残っているMet-Cysおよび臭化プロパルギル-Cys閉環反応が設計されました。スルホニウム塩は、空間的近接下でタンパク質Cysと共有結合的に反応する新しい弾頭として機能しました。簡単に説明すると、CysおよびMet変異ペプチドを分子内アルキル化によって環化し、その結果、オンテザースルホニウム中心が生成された。このプロセスでは、側鎖架橋の形成が環状ペプチドにとって重要でした。全体として、このプロトコルは、単純な反応条件および操作を使用して達成される詳細なスルホニウムベースのペプチド環化を記載する。目的は、さらに幅広い生物学的応用のための潜在的な方法を開発することです。

Protocol

1.機器の準備 注意: モルホリン、N,N-ジメチルホルムアミド(DMF)、ジクロロメタン(DCM)、N,N-ジイソプロピルエチルアミン(DIPEA)、TFA、モルホリン、ピペリジン、ジエチルエーテル、およびメタノールは有毒で揮発性で腐食性があります。これらの試薬は、吸入、摂取、または皮膚接触によって人体に害を及ぼす可能性があります。すべての化学実験には、使い捨て…

Representative Results

すべての直鎖ペプチドは、標準的な手動Fmoc固相合成によってリンクアミドMBHA樹脂上で合成されました。モデル環状ヘキサペプチド(Ac(シクロI)−WMAAAC−NH2)を図5Aに記載されるように構築した。特に、Metアルキル化によって新しいオンテザーキラル中心が生成され、環状ペプチドの2つのエピマー(Ia、Ib)が逆相HPLCによって確認されました。また、エピマーの転化率?…

Discussion

本論文で説明する合成アプローチは、ペプチド配列中のCysおよびMetを用いて環状ペプチドを合成する方法を提供し、基本的な直鎖状ペプチドは一般的な固相ペプチド合成技術によって構築される。CysとMetの間の環状ペプチドのビスアルキル化の場合、合成経路全体は、樹脂上のCysの脱保護、リンカーのカップリング、およびトリフルオロ酢酸切断溶液中でのCysとMetの間の環化の3つの主要なプ…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

我々は、中国の国家主要研究開発プログラム(2021YFC2103900)からの財政的支援を認める。中国自然科学財団の助成金(21778009、および21977010)。広東省自然科学財団(2022A1515010996および2020A1515010521):深セン科学技術イノベーション委員会(RCJC20200714114433053、JCYJ201805081522131455、およびJCYJ20200109140406047);深セン-香港脳科学研究所-深セン基礎研究機関助成金(2019SHIBS0004)。著者らは 、参考文献 30についてはThe Royal Society of ChemistryのChemical Science、参考文献31についてはThe Journal of Organic Chemistry、American Chemical Societyからのジャーナルサポートを認めています。

Materials

1,3-bis(bromomethyl)-benzen Energy D0215
1,3-Dimethylbarbituric acid Energy A46873
1H NMR and HSQC Bruker  AVANCE-III 400
1-Hydroxybenzotriazole hydrate Energy E020543
2-(7-azabenzotriazol-1-yl)-N,N,N',N'-tetramethyluronium hexafluorophosphate (HATU) Energy A1797
2-mercaptopyridine Energy Y31130
6-Aminocaproic acid Energy A010678
Acetic anhydride Energy A01021454
Acetonitrile Aldrich 9758
Ammonium carbonate Energy 12980
Dichloromethane (DCM) Energy W330229
Digital Heating Cooling Drybath  Thermo Scientific 88880029
Diisopropylethylamine (DIPEA) Energy W320014
Dimethyl formamide (DMF) Energy B020051
Dithiothreitol Energy A10027
Electrospray Ionization Mass SHIMADZU2020  LC-MS2020
Fmoc-Ala-OH Nanjing Peptide Biotech Ltd R30101
Fmoc-Arg(Pbf)-OH Nanjing Peptide Biotech Ltd R30201
Fmoc-Cys(Trt)-OH Nanjing Peptide Biotech Ltd R30501
Fmoc-Gln(Trt)-OH Nanjing Peptide Biotech Ltd R30601
Fmoc-Glu(OtBu)-OH Nanjing Peptide Biotech Ltd R30701
Fmoc-His(Boc)-OH Nanjing Peptide Biotech Ltd R30902
Fmoc-Ile-OH Nanjing Peptide Biotech Ltd R31001
Fmoc-Lys(Boc)-OH Nanjing Peptide Biotech Ltd R31201
Fmoc-Met-OH Nanjing Peptide Biotech Ltd R31301
Fmoc-Pro-OH Nanjing Peptide Biotech Ltd R31501
Fmoc-Ser(tBu)-OH Nanjing Peptide Biotech Ltd R31601
Fmoc-Thr(tBu)-OH Nanjing Peptide Biotech Ltd R31701
Fmoc-Trp(Boc)-OH Nanjing Peptide Biotech Ltd R31801
Fmoc-Tyr(tBu)-OH Nanjing Peptide Biotech Ltd R31901
Fmoc-Val-OH Nanjing Peptide Biotech Ltd R32001
Formic acid Energy W810042
High Performance Liquid
Chromatography
SHIMADZU LC-2030
Methanol Aldrich 9758
Morpholine Aldrich M109062
N,N'-Diisopropylcarbodiimide Energy B010023
Ninhydrin Reagent Energy N7285
Propargyl bromide Energy W320293
Rink Amide MBHA resin Nanjing Peptide Biotech Ltd.
Solid Phase Extraction (SPE) Sample Collection Plates  Thermo Scientific 60300-403
Tetrakis(triphenylphosphine) palladium Energy T1350
Three-way stopcocks Bio-Rad 7328107
Triethylamine Energy B010737
Trifluoroacetic acid (TFA) J&K 101398
Triisopropylsilane (TIS) Energy T1533

References

  1. Arkin, M. R., Tang, Y. Y., Wells, J. A. Small-molecule inhibitors of protein-protein interactions: Progressing toward the reality. Chemistry Biology. 21 (9), 1102-1114 (2014).
  2. Shi, X. D., et al. Reversible stapling of unprotected peptides via chemoselective methionine bis-alkylation/dealkylation. Chemical Science. 9 (12), 3227-3232 (2018).
  3. Muttenthaler, M., King, G. F., Adams, D. J., Alewood, P. F. Trends in peptide drug discovery. Nature Reviews Drug Discovery. 20 (4), 309-325 (2021).
  4. White, C. J., Yudin, A. K. Contemporary strategies for peptide macrocyclization. Nature Chemistry. 3 (7), 509-524 (2011).
  5. Victoria, G. G., Reddy, S. R. Recent advances in the synthesis of organic chloramines and their insights into health care. New Journal of Chemistry. 45, 8386-8408 (2021).
  6. Kim, J. I., et al. Conformation and stereoselective reduction of hapten side chains in the antibody combining site. Journal of the American Chemical Society. 113 (24), 9392-9394 (1991).
  7. Waddington, M. A., et al. An organometallic strategy for cysteine borylation. Journal of the American Chemical Society. 143 (23), 8661-8668 (2021).
  8. Luong, H. X., Bui, H. T. P., Tung, T. T. Application of the all-hydrocarbon stapling technique in the design of membrane-active peptides. Journal of Medicinal Chemistry. 65 (4), 3026-3045 (2022).
  9. Góngora-Benítez, M., Tulla-Puche, J., Albericio, F. Multifaceted roles of disulfide bonds. peptides as therapeutics. Chemical Reviews. 114 (2), 901-926 (2014).
  10. Li, B., et al. Cooperative stapling of native peptides at lysine and tyrosine or arginine with formaldehyde. Angewandte Chemie International Edition. 60 (12), 6646-6652 (2021).
  11. Blaum, B. S., et al. Lysine and arginine side chains in glycosaminoglycan-protein complexes investigated by NMR, cross-Linking, and mass spectrometry: a case study of the factor h-heparin Interaction. Journal of the American Chemical Society. 132 (18), 6374-6381 (2010).
  12. Petitdemange, R., et al. Selective tuning of elastin-like polypeptide properties via methionine oxidation. Biomacromolecules. 18 (2), 544-550 (2016).
  13. Kadlcik, V., et al. Reductive modification of a methionine residue in the amyloid-beta peptide. Angewandte Chemie International Edition. 45 (16), 259 (2006).
  14. Reguera, L., Rivera, D. G. Multicomponent reaction toolbox for peptide macrocyclization and stapling. Chemical Reviews. 119 (17), 9836-9860 (2019).
  15. Reddy, C. B. R., et al. Antiviral activity of 3-(1-chloropiperidin-4-yl)-6-fluoro benzisoxazole 2 against white spot syndrome virus in freshwater crab, Paratelphusa hydrodomous. Aquaculture Research. 47 (8), 2677-2681 (2015).
  16. Embaby, A. M., Schoffelen, S., Kofoed, C., Meldal, M., Diness, F. Rational tuning of fluorobenzene probes for cysteine-selective protein modification. Angewandte Chemie International Edition. 57 (27), 8022-8026 (2018).
  17. Jiang, H. F., Chen, W. J., Wang, J., Zhang, R. S. Selective N-terminal modification of peptides and proteins: recent progresses and applications. Chinese Chemical Letters. 33 (1), 80-88 (2022).
  18. Yu, Y., et al. PDZ-reactive peptide activates ephrin-B reverse signaling and inhibits neuronal chemotaxis. ACS Chemical Biology. 11 (1), 149-158 (2016).
  19. Huhn, A. J., Guerra, R. M., Harvey, E. P., Bird, G. H., Walensky, L. D. Selective covalent targeting of anti-apoptotic BFL-1 by cysteine-reactive stapled peptide inhibitors. Cell Chemical Biology. 23 (9), 1123-1134 (2016).
  20. Chow, H. Y., Zhang, Y., Matheson, E., Li, X. C. Ligation technologies for the synthesis of cyclic peptides. Chemical Reviews. 119 (17), 9971-10001 (2019).
  21. Zhang, H. Y., Chen, S. Y. Cyclic peptide drugs approved in the last two decades (2001-2021). RSC Chemical Biology. 3 (1), 18-31 (2021).
  22. Lee, Y. J., Han, S. H., Lim, Y. B. Simultaneous stabilization and multimerization of a peptide alpha-helix by stapling polymerization. Macromolecular Rapid Communications. 37 (13), 1021-1026 (2016).
  23. Karthikeyan, K., et al. Anti-viral activity of methyl 1-chloro-7-methyl-2-propyl-1h-benzo[d] imidazole-5-carboxylate against white spot syndrome virus in freshwater crab (Paratelphusa hydrodromous). Aquaculture International. 30, 989-998 (2022).
  24. Zhao, H., et al. Crosslinked aspartic acids as helix-nucleating templates. Angewandte Chemie International Edition. 55 (39), 12088-12093 (2016).
  25. Hu, K., et al. An in-tether chiral center modulates the helicity, cell permeability, and target binding affinity of a peptide. Angewandte Chemie International Edition. 55 (28), 8013-8017 (2016).
  26. Hu, K., Sun, C., Li, Z. Reversible and versatile on-tether modification of chiral-center-induced helical peptides. Bioconjugate Chemistry. 28 (7), 2001-2007 (2017).
  27. Kramer, J. R., Deming, T. J. Reversible chemoselective tagging and functionalization of methionine containing peptides. Chemical Communications. 49 (45), 5144-5146 (2013).
  28. Shi, X. D., et al. Reversible stapling of unprotected peptides via chemoselective methionine bisalkylation/dealkylation. Chemical Science. 9 (12), 3227-3232 (2018).
  29. Merrifield, B. Solid phase synthesis. Nobel lecture, 8 December 1984. Bioscience Reports. 5 (5), 353-376 (1985).
  30. Wang, D. Y., et al. A sulfonium tethered peptide ligand rapidly and selectively modifies protein cysteine in vicinity. Chemical Science. 10 (19), 4966-4972 (2019).
  31. Hou, Z. F., et al. A sulfonium triggered thiol-yne reaction for cysteine modification. The Journal of Organic Chemistry. 85 (3), 1698-1705 (2020).
  32. Reguera, L., Rivera, D. G. Multicomponent reaction toolbox for peptide macrocyclization and stapling. Chemical Reviews. 119 (17), 9836-9860 (2019).
check_url/64289?article_type=t

Play Video

Cite This Article
Song, C., Hou, Z., Jiao, Z., Liu, Z., Lian, C., Zhang, M., Liang, W., Yin, F., Li, Z. Constructing Cyclic Peptides Using an On-Tether Sulfonium Center. J. Vis. Exp. (187), e64289, doi:10.3791/64289 (2022).

View Video