Cet article présente un écran optimisé d’oestrogène pour quantifier les ligands dans les produits de soins personnels (PCP) qui lient l’alpha de récepteurs d’oestrogène (ERα) ou bêta (REβ). La méthode intègre deux options de substrat colorimétrique, une incubation réfrigérée de six jours pour une utilisation en cours de premier cycle et des outils statistiques pour l’analyse des données.
L’écran levure de l’oestrogène (oui) est utilisé pour détecter des ligands oestrogéniques dans des échantillons environnementaux et a été largement appliqué dans l’étude de la perturbation endocrinienne. Ligands estrogenic incluent tant naturelles qu’artificielles « oestrogènes environnementaux » (See) trouvé dans de nombreux biens de consommation, y compris les produits de soins personnels (PCP), les plastiques, les pesticides et les aliments. ÉÉÉ perturber hormone signalisation chez les humains et autres animaux, potentiellement réduire la fertilité et augmenter le risque de maladie. Malgré l’importance des EEs et d’autres perturbateurs endocriniens (CPSE) pour la santé publique, la perturbation du système endocrinien n’est pas généralement incluse dans les programmes de premier cycle. Cette lacune est en partie à cause du manque d’activités de laboratoire concerné qui illustrent les principes impliquée tout en étant accessible aux étudiants de premier cycle. Oui, cet article présente un optimisé pour quantifier les ligands dans les produits de soins personnels qui unissent alpha de récepteurs d’oestrogène (ERα) ou bêta (REβ). La méthode intègre un des deux substrats colorimétriques (ortho– nitrophényl-β-D-galactopyranoside (ONPG) ou chlorophénol rouge-β-D-galactopyranoside (GPRC)) qui sont clivés par la β-galactosidase, une incubation de 6 jours réfrigérée étape à faciliter l’utilisation en cours de premier cycle de laboratoire, une application automatisée pour calculs LacZ et R code d’analyse associée à 4 paramètres de régression logistique. Le protocole a été conçu pour permettre aux étudiants de premier cycle élaborer et mener des expériences dans lesquelles ils écran produits de leur choix pour les oestrogènes mimétiques. Dans le processus, ils apprennent la perturbation endocrinienne, culture cellulaire, liaison aux récepteurs, l’activité enzymatique, génie génétique, statistiques et expérimental. Simultanément, ils pratiquent aussi des compétences fondamentales et largement applicable de laboratoire, tels que : calcul des concentrations ; produire des solutions ; démonstration technique stérile ; dilution en série de normes ; construction et interpolation des courbes standard ; identifier les variables et les contrôles ; recueillir, organiser et analyser les données ; construction et interprétation des graphiques ; et à l’aide d’équipement de laboratoire commun comme micropipettes et des spectrophotomètres. Ainsi, mise en œuvre de ce dosage encourage les élèves à s’engager dans l’apprentissage fondé sur la recherche tout en explorant les questions émergentes en sciences de l’environnement et la santé.
L’écran levure de l’oestrogène (oui) est largement utilisé pour quantifier les ligands qui imitent l’estradiol (E2 ou 17β-estradiol) dans une variété de matrices, y compris l’eau, tissus végétaux, les produits de consommation et aliments1,2,3, 4. Collectivement, ces ligands sont appelés « Oestrogènes environnementaux (See). » L’oui a été initialement conçu comme un faible coût, en vitro alternative aux essais in vivo , comme le rongeur utérotrophique dosage5,6 et la truite arc-en-ciel alimentation dosage7. Le but de ces essais est de déterminer si un produit contienne des produits chimiques qui stimulent ou bloquent les mécanismes de œstrogène-dépendantes. Détection de See est cruciale, car ils peuvent interférer avec de l’oestrogène endogène normale, signalisation, particulièrement au cours du développement fœtal. Cette ingérence compromet la santé en augmentant le risque d’obésité, stérilité, le cancer et perte cognitive8.
Malgré l’importance des EEs et d’autres perturbateurs endocriniens pour la santé publique, perturbation endocrinienne n’est pas généralement incluse dans les programmes de premier cycle. Cette lacune est en partie en raison d’une pénurie d’activités qui illustrent les principes impliquée tout en étant accessible aux étudiants de premier cycle. En outre, plusieurs variantes du protocole oui il existe9,10,11,12,13, et cette diversité fait test optimisation beaucoup de temps pour coordonnateurs de laboratoire ne sont pas spécifiquement formés aux techniques pertinentes. Enfin, oui épreuves sont généralement complétées plus de 1 journée ou 2 jours consécutifs avec une incubation de O/N. Ce calendrier n’est pas compatible avec le format des cours de premier cycle de laboratoire, répondant généralement une fois / semaine pendant plusieurs heures.
En réponse à ces besoins, ce manuscrit rapporte un protocole optimisé d’oui de 96 puits qui inclut des méthodes d’extraction dans l’éthanol pour les produits de soins personnels (PCP)3 et une étape de réfrigération 6 jours pour accueillir les réunions hebdomadaires de laboratoire. L’éthanol absolu est un solvant organique polyvalent qui peut dissoudre une variété de solutés polaires et non polaires. En outre, il convient au cours de premier cycle parce qu’il est facilement disponible, relativement non toxique, abordable et miscible avec l’eau ; elle s’évapore aussi facilement sans équipement spécial. Cependant, l’éthanol n’est pas idéal pour l’extraction des Disrupteurs endocriniens fortement hydrophobes ou plusieurs huiles et cires, ces deux derniers étant des ingrédients communs PCPs. l’efficacité d’extraction pauvre augmente le risque de fausses résultats négatifs. Avec cette contrainte à l’esprit, les enquêteurs devraient choisir des procédés d’extraction (par exemple, éthanol extraction ou extraction en phase solide) caractéristiques de l’échantillon cette adresse et répondre aux objectifs de l’étude (recherche contre l’enseignement de premier cycle).
L’oui s’appuie sur recombinant Saccharomyces cerevisiae , créé à l’origine par le Dr Charles Miller à l’Université de Tulane. S’il vous plaît voir Miller et al. (2010) pour une carte complète de l’ ingénierie plasmide14. Levure transformée avec ces plasmides constitutivement express humaine ERα nucléaire ou REβ (également appelés ESR1 et ESR2, respectivement) lorsqu’il est cultivé dans des milieux contenant du galactose (pour ERα) ou soit de glucose ou de galactose (par REβ). Si les produits chimiques oestrogéniques sont présents dans les médias, ils se lient aux récepteurs, création de complexes ligand-récepteur qui activent l’expression de la β-galactosidase (lacZ) à un niveau proportionnel à la concentration de produits chimiques oestrogéniques. Les cellules de levure sont ensuite lysées pour libérer la β-galactosidase accumulé. Le tampon de lyse contient ONPG ou GPRC, qui sont clivés par la β-galactosidase à déboucher sur des produits jaunes ou rouges, respectivement. Les produits colorimétriques peuvent être quantifiés en mesurant l’absorbance à l’aide d’un spectrophotomètre de plaque. Le degré de changement de couleur est proportionnel à la concentration des ligands oestrogéniques à laquelle la levure a été exposée.
Le choix du substrat (GPRC ou ONPG) dépend de la possibilité d’absorption de fond découlant des échantillons testés. Par exemple, les extraits de plantes ajoutera souvent une teinte jaune aux médias qui gonfle artificiellement mesures oestrogénicité si ONPG (quantifié à 405 nm) est utilisé comme substrat pour la β-galactosidase. Avec extraits, GPRC de plantes (quantifié à 574 nm) peut être un substrat colorimétrique plus approprié. GPRC est plus cher que l’ONPG, mais est utilisée à un dixième de la molarité. Cet article présente des estrogenicities du PCP extraits quantifiées à l’aide d’ONPG tant du GPRC.
Quantifier l’oestrogénicité des échantillons environnementaux au moyen des ERα et REβ est une approche plus complète qu’avec un seul de ces récepteurs. Chez les animaux, ces récepteurs pièce distribution tissulaire différentielle, activités de réglementation et les affinités de liaison des ligands oestrogéniques et anti-oestrogéniques15. Par exemple, à base de plantes phytoestrogènes lient REβ plus fortement2, tandis que les produits chimiques synthétiques peuvent montrer de préférence pour ERα ou REβ ou peuvent lier les deux récepteurs tout aussi bien15. Par conséquent, liaison au récepteur des une oestrogènes ne prédit pas nécessairement contraignant à l’autre.
Bien que les EEs sont trouvés dans de nombreux produits de consommation (p. ex., pesticides, détergents, adhésifs, lubrifiants, plastiques, aliments et produits pharmaceutiques) ainsi que les plantes, les données présentées ont été obtenues à l’aide d’une sélection de produits de soins personnels. produits de soins personnels sont convaincants, facilement disponible, abordable et respectueux de l’environnement pertinents pour les étudiants de premier cycle. Les étudiants peuvent être invités à apporter leurs produits préférés de la maison pour tester en laboratoire. Ils peuvent également rechercher la base de données Skin Deep, développé par l’ Environmental Working Group16 pour générer des comparaisons sur des hypothèses de produits de soins personnels avec haut et bas scores de toxicité. De cette façon, étudiants peuvent développer simultanément les compétences avancées de laboratoire ; s’engager dans l’apprentissage autogéré, basée sur l’enquête ; et d’explorer les questions émergentes en sciences de l’environnement et la santé.
L’oui est une faible coût méthode utilisée pour détecter des ligands oestrogéniques dans des échantillons environnementaux, tels que l’eau, les aliments, les tissus végétaux ou produits d’hygiène personnelle. Données présentées ici comparer 2 récepteurs d’oestrogène (ERα et REβ), 2 substrats (ONPG et GPRC) et 2 calendriers (d 2 protocoles sans réfrigération) et sept jours avec réfrigération pour mesurer l’oestrogénicité en produits de soins personnels via le test YES. Le 7D, réfrigéré protocole utilisant GPRC et levures exprimant ERα et/ou REβ mieux quantifie EEQs tout en étant compatible avec les contraintes de temps imposées par les cours de premier cycle laboratoire qui ne répondent qu’une seule fois / semaine pendant plusieurs heures. En effet, par rapport à l’essai de 2 jours sans réfrigération, le dosage réfrigéré de sept jours était associé à variance réduite dans la réplique de la plaque. En outre, la partie linéaire de la courbe d’étalonnage a été légèrement élargie pour les données recueillies à l’aide de l’essai réfrigéré. La partie linéaire de la courbe standard définit la plage de détection du test et est la seule partie de la courbe standard qui permet d’interpoler les EEQs de l’échantillon.
Dans tous les échantillons analysés, EEQs mesurées à l’aide du GPRC étaient inférieures à celles quantifié avec ONPG. Avec un coefficient d’extinction supérieur et inférieur Km et Vmax, GPRC est dix fois plus sensible que ONPG17. Ainsi, le GPRC peut être utilisé à des concentrations inférieures et peut être utilisé pour détecter des quantités plus faibles de la β-galactosidase. Pour ces raisons, le GPRC est généralement privilégiée au-dessus de l’ONPG18,19. Cependant, une plus grande sensibilité de substrat n’explique pas les valeurs inférieures de l’EEQ détecté avec GPRC. Les valeurs plus élevées de l’EEQ détectés avec ONPG pourraient être à cause d’interférences de matrice avec l’essai, comme indiqué par les autres auteurs2,18. Pigments jaunes dans des extraits de produits de soins personnels pourraient gonfler les valeurs de l’EEQ détectés avec ONPG. D’autres ont contourné ce problème en incluant des contrôles de pigment dans leur protocole expérimental2, une approche qui double le nombre de plaques dans une expérience. Lorsque la matrice peut être problématique, GPRC peut être un substrat préférable pour le test YES, bien qu’il est plus cher et nécessite des temps d’incubation plus longues que l’ONPG. En outre, le changement de couleur, induit par le clivage du substrat par la β-galactosidase est plus dramatique avec GPRC, rend plus facile pour les étudiants à visualiser les résultats.
Miller et al. (2010), qui la levure utilisée dans le présent protocole d’ingénierie, a noté que la levure exprimant REβ étaient 30 x plus sensible au 17β-estradiol que levure exprimant ERα, une conclusion étayée par nos données14. En dehors de nuances possibles dans la construction plasmidique, Miller et al. (2010) ne pouvait pas expliquer cette différence de sensibilité14. Une des différences entre les deux constructions de plasmide sont que ERα expression est régulée par galactose, tandis que REβ l’expression est régulée par le glucose ou du galactose. La levure utilisée dans le test YES sont cultivées dans des milieux de glucose et galactose donnés lorsqu’ils sont dilués au début de l’essai. Par conséquent, levures exprimant REβ pourrait s’accumuler un nombre plus élevé de protéines réceptrices avant le début de l’essai, conférant ainsi une sensibilité plus élevée aux ligands oestrogéniques copie.
La sensibilité plus faible des levures exprimant l’ERα peut expliquer des taux plus élevés de non-détection d’oestrogénicité des échantillons dosés avec ERα comparée à REβ. Pour accroître la probabilité que l’échantillon EEQs sera détecté, utilisateurs pourraient employer des méthodes et des solvants d’extraction différente ou ajouter des volumes plus importants de l’échantillon à la levure. Si des volumes plus élevés d’échantillon sont utilisés, les concentrations des normes E2 doivent être ajustées de telle que le même volume d’échantillons et étalons peut être utilisé dans le test. Une des limites de l’ajout d’échantillon plus est que les levures peuvent tolérer seulement 6-10 % d’éthanol, avec la meilleure tolérance aux températures d’incubation de 30 ou 35 ° C20. Pour contrôler des effets de l’éthanol sur la levure, les enquêteurs devraient en triple « levure seulement » puits s’ajoute le schéma et confirment que l’ OD610 de ces puits « levure seulement » est comparable à l’ OD610 de puits de contrôle véhicule immédiatement après l’addition de tampon LacZ. Alternativement, les échantillons dissous dans l’éthanol peuvent être ajoutés à plaques microwell sec et l’éthanol évaporé au large avant de levure sont ajoutés. Diméthylsulfoxyde (DMSO) est également utilisé comme solvant échantillon dans Oui essais, mais la concentration de travail final de DMSO avec de la levure doit être limitée à 1 %12.
Le test YES est un outil de dépistage puissant pour détecter oestrogénicité dans des échantillons environnementaux. Plus précisément, l’oui détecte des ligands qui se lient à des récepteurs d’oestrogène nucléaire qui interagissent avec les éléments de réponse d’oestrogène pour diriger l’ expression de gène14. Cependant, l’oui a aussi des limitations importantes. L’oui ne détecte pas les EEs qui fonctionnent par le biais de mécanismes non nucléaires tels que les récepteurs d’oestrogène de membrane ou mécanismes qui impliquent des éléments supplémentaires tels que les facteurs de transcription Activator Protein 1 (AP-1). En outre, parce que la levure n’ont pas la même capacité métabolique comme les cellules de mammifères, l’oui ne peut pas détecter des ligands qui nécessitent une activation métabolique pour être oestrogéniques.
En outre, le test YES ne peut pas facilement distinguer les ligands oestrogéniques et anti-oestrogéniques dans des échantillons complexes. Au lieu de cela, il mesure oestrogénicité net , qui est l’effet de la somme de ligands oestrogéniques et anti-oestrogéniques. Pour quantifier la concentration des antagonistes de l’ER ou évaluer l’activité inhibitrice des mélanges, l’essai peut être modifié en incubant des levures avec l’agoniste standard (17β-estradiol) et une chaîne de test échantillon concentration12. Ce processus détermine si antagonistes dans les échantillons peuvent diminuer l’activité induite par l’agoniste journaliste et fournit un écran utile pour identifier la présence d’antagonistes ER dans les échantillons.
Le protocole présenté ici peut accueillir une variété de types d’échantillons, bien que certains échantillons peuvent nécessiter des modifications aux étapes de la préparation d’extraction et d’échantillon. Par exemple, EEQs variés considérablement entre les réplique de certains produits de soins personnels. Les échantillons plus variables ont tendance à contenir des gouttelettes d’huile ou dans le cas contraire, n’étaient pas parfaitement homogènes, ce qui indique qu’un solvant plus lipophile comme l’éther serait utile. Alternativement, les huiles et la cire dans les produits de soins personnels pourraient être exclues en extrayant des échantillons avec 50 % d’éthanol au lieu de 100 % d’éthanol.Une extraction de l’éthanol 50 % saisiront également plus des ligands oestrogéniques soluble dans l’eau (p. ex., certains pigments). Toutefois, 50 % d’éthanol s’évapore plus lentement que l’éthanol à 100 % et donc peut s’étendre de temps d’extraction. En outre, certains échantillons (tels que les savons) étaient cytotoxiques pour la levure, ce qui entraîne des mesures de densité cellulaire réduite (OD610). Fox et al. (2008) suggèrent que ces échantillons doivent être dilués et testés à nouveau si les différences de densité cellulaire dépassent 30 % par rapport au véhicule contrôle puits12.
Si le test YES est utilisé à des fins de recherche analytique, courbes de dilution des pools d’échantillons peuvent être testés pour déterminer préventivement des volumes appropriés de l’extrait à ajouter à la levure à l’étape 4.5. Alternativement, les extraits peuvent être testées simultanément à plusieurs volumes (par exemple, 5 µL et 20 µL extrait ajouté à la levure à l’étape 4.5) ou des dilutions qui s’étendent sur ordres de grandeur (par exemple, 0.2 µL, 2 µL et 20 µL). Volumes « Appropriés » de l’extrait sont ceux permettant d’identifier l’oestrogénicité par LacZ valeurs le long de la partie linéaire de la courbe d’étalonnage correspondantes. Optimisation prévient les problèmes causés par l’ajout d’échantillon trop ou trop peu à la levure, tels que la cytotoxicité, faux négatifs ou oestrogénicité qui dépasse la courbe d’étalonnage. Comme mentionné ci-dessus, les volumes d’échantillons et étalons E2 doivent être ajustées lorsque des quantités différentes de ligand sont utilisées tel que les levures sont exposés à un volume cohérent et la concentration d’éthanol ou d’autre véhicule sur la plaque.
Malgré le risque de faux négatifs, le test YES a été identifié comme un outil de test de niveau 3 pour les perturbateurs endocriniens par Schug et al. (2013), qui a développé un protocole complet de niveaux pour perturbation endocrinienne (TiPED)21. Pour l’enseignement universitaire, l’essai est valable pour l’enseignement des concepts liés à la perturbation du système endocrinien, culture cellulaire, liaison aux récepteurs, l’activité enzymatique, génie génétique, statistique et expérimental. Étudiants qui utilisent le test pratiquent également des compétences de laboratoire fondamental et largement applicable comme la dilution en série de normes ; extraction des échantillons ; produire des solutions ; construction et interpolation des courbes standard ; calcul des concentrations ; produire des solutions ; démonstration technique stérile ; culture de cellules ; identifier les variables et les contrôles ; recueillir, organiser et analyser les données ; construction et interprétation des graphiques ; et à l’aide d’équipement de laboratoire commun comme micropipettes et des spectrophotomètres.
The authors have nothing to disclose.
Ce projet a été financé par démarrage financé TME et AMR de Louisiana Tech University et l’Université Furman, respectivement. Supplémentaire a été financé par une subvention de promotion Faculté de 2015 à AMR et TME de The Associated collèges du Sud, une subvention de Louisiane EPSCoR Pfund à TME de la National Science Foundation et le Conseil des gouverneurs de la Louisiane et une bourse de voyage à TME de la University of the South. Nous remercions le Dr David Eubanks (Furman) d’assistance pour des analyses statistiques et M. Christopher Moore « qui nous a donné un coup de main » pendant le tournage.
Equipment | |||
Vortex Mixer (for single or multiple tubes) | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 02-215-365 | Any mixer will suffice. |
Bucket centrifuge | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 75-063-839 | Any bucket centrifuge will suffice if it is capable of centrifuging conical tubes at 4000 rpm. |
Bunsen burner | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 17-012-823 | Any Bunsen burner will suffice, or an alcohol burner (Fisher Scientific 04-245-1) can be used instead. |
Incubator | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 50125590H | Any incubator will suffice if it is capable of maintaining 30 °C. |
Microplate reader | BioTek (www.biotek.com) | EPOCH2 | A different brand of plate reader will suffice if it can measure absorbance at wavelengths of 405, 574, and 610 nm. |
Gen5 microplate reader and imager software | BioTek (www.biotek.com) | GEN5 | Software required depends on make and model of plate reader; GEN5 software is intended for use with BioTek plate reader. |
Refrigerator | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 05LREEFSA | Any refrigerator will suffice if it is capable of maintaining 4 °C. |
Pipettor or PipetAid compatible with 1-10 ml serological pipets | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 13-681-15E | Any pipettors will suffice if they are compatible with 1- and 10-ml serological pipets. |
P10 micropipettor | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | F144562G | Any micropipettor will suffice if it is capable of dispensing 5 µl. |
P200 micropipettor | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | F144565G | Any micropipettor will suffice if it is capable of dispensing up to 200 µl. |
P300 multichannel pipettor | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | FBE1200300 | Any multichannel pipettor will suffice if it is capable of dispensing 50 to 205 µl. |
Repeating pipettor | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | F164001G | Must be able to deliver 100-320 µl; this pipettor is optional because a multichannel pipettor can be used instead. |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Supplies | |||
Sterile 15-ml conical tubes with caps | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 05-539-801 | |
Glass scintillation vials | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 03-337-4 | |
Polystyrene 96-well, flat-bottom microplates with lid (non-sterile) | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 12565501 | |
Polypropylene 96-well, flat-bottom microplates without lid | Cole-Parmer (www.coleparmer.com) | EW-01728-81 | |
100 ml glass beakers | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 02-539H | Any glass beakers will suffice if they are autoclavable. |
250 ml glass Erlenmeyer flasks | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | FB500250 | Any glass Erlenmeyer flasks will suffice if they are autoclavable. |
Sterile, adhesive, porous film | VWR (www.vwr.com) | 60941-086 | |
Metal forceps | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 12-000-157 | Any metal forceps will suffice. |
Reagent reservoir | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 07-200-127 | |
Filtration units (0.2 µm) | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 09-761-52 | |
Squirt bottle (for ethanol) | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 02-897-10 | Any laboratory squirt bottles will suffice. |
Autoclavable storage bottles | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 06-414-1D | Any autoclavable glass storage bottles will suffice. |
10 ml glass serological pipets (sterile) | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 13-678-27F | Any glass serological pipets will suffice. |
1 ml glass serological pipets (sterile) | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 13-678-27C | Any glass serological pipets will suffice. |
P10 micropipettor tips | USA Scientific (www.usascientific.com) | 1120-3810 | Any tips will suffice if they are compatible with the micropipettor above. |
P200 micropipettor tips | USA Scientific (www.usascientific.com) | 1120-8810 | Any tips will suffice if they are compatible with the micropipettor above. |
P300 micropipettor tips | USA Scientific (www.usascientific.com) | 1120-9810 | Any tips will suffice if they are compatible with the micropipettor above. |
Syringe tips for repeating pipettor | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | F164150G | Only required if a repeating pipettor is used. |
Sterile petri dishes | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | FB0875712 | Any sterile petri dishes will suffice. |
Parafilm | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | S37440 | |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Yeast | |||
Saccharomyces cerevisiae strains that lack the TRP1 gene product (e.g. W303a) | American Type Culture Company (ATCC) (www.ATCC.org) | MYA-151 | Recombinant yeast are also available upon request from the authors. |
Receptor/reporter plasmid for ERα | Addgene (www.addgene.org) | pRR-ERalpha-5Z (Plasmid #23061) | |
Receptor/reporter plasmid for ERβ | Addgene (www.addgene.org) | pRR-ERbeta-5Z (Plasmid #23062) | |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Chemicals | |||
Difco agar | BD (www.bd.com) | 214530 | |
Dithiothreitol | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | D0632 | CAUTION: Dithiothreitol is an acute skin and eye irritant. Use appropriate personal protection equipment (gloves, fume hood, dust mask) to avoid skin and eye contact, inhalation and ingestion. |
Ortho-nitrophenyl-β-D-galactopyranoside | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | N1127 | |
Chlorophenol red-β-D-galactopyranoside | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | 10884308001 | |
Yeast nitrogen base | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | Y0626 | |
Glucose | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | G8270 | |
Galactose | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | G5388 | |
Adenine sulfate | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | A9126 | |
Uracil | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | U0750 | |
Leucine | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | L8000 | |
Histidine | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | H8000 | |
17 β-Estradiol | Sigma (www.sigmaaldrich.com) MP Biomedicals | E8875-250 mg 0219456401 – 1 mg | CAUTION: Estradiol is a suspected carcinogen and reproductive toxicant. It is harmful if inhaled, swallowed, or absorbed through skin. Estradiol may cause harm to breast-fed children and fetuses. Estradiol is very toxic to aquatic life. Use appropriate personal protection (gloves, fume hood, dust mask) and avoid exposure during pregnancy and lactation. Estradiol should be disposed of as hazardous waste and not released to the environment. |
100% ethanol | Pharmco-Aaper (www.pharmcoaaper.com) | 111000200 | |
Sodium phosphate monobasic monohydrate | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | S9638 | |
Sodium phosphate dibasic (anhydrous) | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | S0876 | |
Magnesium chloride | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | M8266 | |
Potassium chloride | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | P9333 | |
Sarkosyl (N-lauroylsarcosine sodium salt) | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | L5125 | |
Sodium carbonate | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | S7795 | |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Software | |||
Excel spreadsheet software | Microsoft | Excel is convenient spreadsheet software for managing data outputs and generating .csv files for R analysis. | |
Java software (required for Appendix 1 application) | Oracle Corporation | To calculate LacZ values using the application in Appendix 1, first download free Java software (https://www.java.com/en/download/), then open the LacZ application in Appendix 1. LacZ results created by the application can be copied by pressing "control (ctrl) + c" on PC keyboards, or "command + c" on Mac keyboards. | |
JMP statistical software version 13.0.0 | SAS Institute | Appendix 2 includes directions on using JMP to fit LacZ data to a four-parameter logistic regression curve. The curve is used to interpolate test sample estradiol equivalents (EEQs), relative to the estradiol standard curve. | |
R statistical computing and graphics software | R Foundation | Free R software can be downloaded from https://www.r-project.org/. Directions and code for using R to fit LacZ data to a four-parameter logistic regression curve are given in Appendix 2. |