מאמר זה מציג על המסך אסטרוגן שמרים ממוטבת עבור לכימות ליגנדים במוצרי טיפוח אישי (PCPs) אשר כובלים אסטרוגן קולטני אלפא (ERα) ו/או בטא (ERβ). השיטה משלבת שתי אפשרויות מצע ערכי צבע מוחלטים, של שישה ימים דגירה בקירור לשימוש בקורסים לתואר ראשון, כלים סטטיסטיים לניתוח נתונים.
מסך אסטרוגן שמרים (כן) משמש כדי לזהות ליגנדים אסטרוגניים בדגימות איכות הסביבה, הוחל בהרחבה במחקרים של ההפרעה האנדוקרינית. ליגנדים אסטרוגניים כוללים הן טבעיות או מעשה ידי אדם “הסביבה אסטרוגנים” (אייתה) נמצאו מוצרי צריכה רבים כולל מוצרי טיפוח אישי (PCPs), פלסטיק, חומרי הדברה של מזונות. העבודה עם EEs לשבש את הורמון איתות על בני אדם וחיות אחרות, פוטנציאל להפחתת הפריון, הגדלת הסיכון למחלות. למרות החשיבות של EEs ושל אחרים האנדוקרינית שיבוש כימיקלים משבשי לבריאות הציבור, ההפרעה האנדוקרינית לא בדרך כלל כלול בלימודים לתואר ראשון. זה חסרון חלקית עקב חוסר פעילות המעבדה הרלוונטיות שממחישים את העקרונות מעורב גם בעת היותו נגיש לסטודנטים לתואר ראשון. מאמר זה מציג של אופטימיזציה כן אורגנים ליגנדים במוצרי טיפוח אישי לאגד אסטרוגן קולטני אלפא (ERα) ו/או בטא (ERβ). השיטה משלבת לאחד שני מצעים ערכי צבע מוחלטים (אורתופדיה– nitrophenyl-β-D-galactopyranoside (ONPG) או chlorophenol אדום-β-D-galactopyranoside (CPRG)) כי הם ביקע מאת β-galactosidase, דגירה בקירור 6 ימים צעד להקל על השימוש קורסים לתואר ראשון מעבדה, יישום אוטומטי עבור חישובים LacZ וקוד R לניתוח רגרסיה לוגיסטית 4-פרמטר המשויך. הפרוטוקול תוכנן כדי לאפשר לתלמידים לפתח, לערוך ניסויים שבהם הם מסך המוצרים המעניינים אותם עבור מחקה אסטרוגן. בתהליך, הם לומדים על ההפרעה האנדוקרינית, תרבית תאים, איגוד קולטן, פעילות אנזים, הנדסה גנטית, סטטיסטיקה, תכנון ניסויים. במקביל, הם גם לתרגל מיומנויות היסוד וישימים בקנה מידה נרחב מעבדה, כגון: חישוב ריכוז; ביצוע פתרונות; הוכחת סטרילי טכניקה; באופן סדרתי דילול תקנים; בניית וביצוע אינטרפולציה עקומות רגיל; זיהוי משתנים ופקדים; איסוף, ארגון, ניתוח נתונים; בניית ופרשנות גרפים; בעזרת ציוד מעבדה נפוצות כגון micropipettors ומכשירים. לכן, יישום זה וזמינותו מעודדת סטודנטים לעסוק למידה חקרנית בעת סיור המתעוררים בנושאי מדעי הסביבה ובריאות.
מסך אסטרוגן שמרים (כן) נעשה שימוש נרחב לכמת ליגנדים המחקים אסטרדיול (E2 או 17β-אסטרדיול) במגוון של מטריצות, כולל מים, רקמות הצמח, מוצרי צריכה של מזונות1,2,3, 4. באופן קולקטיבי, כזה ליגנדים מכונים “אסטרוגנים סביבתיים (אייתה).” הכן פותח במקור נמוך עלות, במבחנה חלופית ויוו בדיקות כמו מכרסמים uterotrophic assay5,6 , פורל הקשת האכלה assay7. מטרת המבחנים היא כדי לקבוע אם מוצר מכיל כימיקלים לעורר או לחסום מנגנונים תלויי-אסטרוגן. זיהוי של EEs הוא קריטי, כי הם יכולים להפריע נורמלי אסטרוגן אנדוגני איתות, במיוחד במהלך התפתחות העובר. הפרעה זו פוגעת בריאות על ידי הגדלת הסיכון של השמנת יתר, בעיות פוריות, סרטן, ירידה קוגניטיבית8.
למרות החשיבות של EEs ושל אחרים והריון לבריאות הציבור, ההפרעה האנדוקרינית אינו נפוץ כולל לימודים לתואר ראשון. מחסור זה עקב מחסור של פעילויות שממחישים את העקרונות מעורב גם בעת היותו נגיש לסטודנטים לתואר ראשון. בנוסף, מספר וריאציות של פרוטוקול כן קיים9,10,11,12,13, ואת המגוון עושה אופטימיזציה assay גוזלת זמן רב רכזי מעבדה לא מאומנים במיוחד טכניקות הרלוונטיים. בסופו של דבר, כן מבחני בד כ יושלמו יום ארוך יותר מ- 1 או 2 ימים רצופים עם הדגירה O/N. תזמון זה אינה תואמת התבנית של קורסים לתואר ראשון מעבדה, אשר בדרך כלל נפגשים פעם / בשבוע עבור h מספר.
בתגובה צרכים אלה, כתב יד זה מדווח פרוטוקול ממוטבת 96-ובכן כן הכולל שיטות החילוץ ethanolic מוצרי טיפוח אישי (PCPs)3 וצעד 6 ימים קירור לארח פגישות מעבדה שבועיות. אתנול המוחלט הוא הממס האורגני רב-תכליתי זה יכול להמיס מגוון רחב של מומסים בגבול קוטב ו פולרי. יתר על כן, היא מתאימה קורסים לתואר ראשון כי זה זמינות, יחסית רעילים, במחירים סבירים, ולא miscible עם מים; זה גם מתאדים בקלות ללא ציוד מיוחד. אולם, אתנול אינו אידיאלי עבור חילוץ חריפה הידרופובי משבשים האנדוקרינית או שמנים ושעוות רבים, השניים האחרונים להיות מרכיבים נפוצים החילוץ המסכן יעילות PCPs. מגביר את הסיכון של ממצאים שליליים שווא. עם אילוץ זה בראש, החוקרים צריכים לבחור מיצוי הליכים (למשל, ethanolic מיצוי או מיצוי מעבדתי) את מאפייני המדגם מען ולפגוש מטרות המחקר (מחקר לעומת הוראה לתואר ראשון).
הכן מסתמך על רקומביננטי האפייה נוצר במקור על ידי ד ר צ’רלס מילר באוניברסיטת טולאן. נא עיין מילר. et al. (2010) עבור מפה מלאה של פלסמיד מהונדס14. שמרים טרנספורמציה עם פלסמידים אלה צורונים ERα גרעיני אנושי אקספרס או ERβ (נקרא גם ESR1 ו- ESR2, בהתאמה) כאשר גדל בתקשורת המכיל גלקטוז (עבור ERα) או גלוקוז או גלקטוז (עבור ERβ). אם אסטרוגניים כימיקלים קיימים בתקשורת, הם לוחצים הקולטנים, יצירת מתחמי ליגנד קולטן להפעיל β-galactosidase (lacZ) ביטוי ברמה פרופורציונלי לריכוז כימיקלים אסטרוגניים. תאי שמרים הם ואז lysed לשחרר את β-galactosidase שהצטברו. המאגר פירוק מכיל גם ONPG או CPRG, אשר נמצאים ביקע מאת β-galactosidase להניב מוצרים צהוב או אדום, בהתאמה. ניתן לכמת מוצרים ערכי צבע מוחלטים על ידי מדידת ספיגת באמצעות ספקטרופוטומטרים צלחת של microwell. מידת שינוי הצבע הוא יחסי לריכוז ליגנדים אסטרוגניים שאליו נחשף השמרים.
הבחירה של סובסטרט (CPRG או ONPG) תלוי על הפוטנציאל של רקע ספיגת הנובעים הדגימות הנבדקת. לדוגמה, תמציות צמחים לעיתים קרובות יוסיף גוון צהוב לכלי התקשורת כי באופן מלאכותי מנפח אמצעי estrogenicity אם ONPG (לכמת ב 405 ננומטר) משמש את המצע β-galactosidase. עם ותמציות, CPRG (לכמת-574 ננומטר) עשוי להיות מצע ערכי צבע מוחלטים מתאים יותר. CPRG יקר יותר ONPG, אך הוא משמש-עשירית molarity. מאמר זה מציג estrogenicities של פאנציקלידין תמציות לכמת באמצעות ONPG ו- CPRG.
לכימות estrogenicity של דגימות סביבתיים באמצעות ERα ו- ERβ היא גישה מקיפה יותר מאשר שימוש רק באחד רצפטורים אלו. ב בעלי חיים, רצפטורים אלו התערוכה רקמות דיפרנציאלית הפצה פעילויות רגולטוריות, איגוד הזיקות ליגנדים אסטרוגניים, אנטי אסטרוגניים15. לדוגמה, phytoestrogens מבוססת על צמחים בדרך כלל לאגד ERβ יותר חזק2, ואילו כימיקלים סינתטיים יכול להראות העדפה או ERα או ERβ או באפשרותך לאגוד טוב באותה מידה בשני קולטנים15. לכן, מחייב לקולטן אסטרוגן אחת אינה מנבאת בהכרח מחייב אחרת.
למרות אייתה נמצאים מוצרי צריכה רבים (למשלחומרי הדברה, חומרי ניקוי, דבקים, חומרי סיכה, פלסטיק, מזון, תרופות) כמו גם צמחים, הנתונים שהוצגו היו להשיג באמצעות מבחר של PCPs. PCPs הן משכנעות, בקלות זמין ידידותיים, הרלוונטיות. לסביבה עבור סטודנטים לתואר ראשון. ניתן להזמין סטודנטים להביא את PCPs האהוב שלהם מהבית כדי לבדוק במעבדה. גם לערוך חיפוש במסד הנתונים העור עמוק שפותחה על ידי ה-קבוצת העבודה איכות הסביבה16 צור מבוססת על השערה השוואות של PCPs עם גבוה, נמוך רעילות ציונים. בדרך זו, התלמידים יכולים בו זמנית לפתח מיומנויות מעבדה מתקדמת; לעסוק עצמית מכוונת, וסקרנות למידה; ולחקור נושאים המתעוררים מדעי הסביבה ובריאות.
הכן היא שיטה זולה המשמשים לזיהוי ליגנדים אסטרוגניים בדגימות סביבתיים, כגון מים, מזון, רקמות הצמח או מוצרי טיפוח אישי. הנתונים המובאים כאן להשוות בין 2 קולטני אסטרוגן (ERα ו- ERβ), מצעים 2 (ONPG ו- CPRG) ו- 2 צירי זמן (פרוטוקול 2 d ללא קירור) ופרוטוקול שבעה ימים עם קירור למדידת estrogenicity במוצרי טיפוח אישי באמצעות וזמינותו. כן. 7 d, פרוטוקול קירור באמצעות CPRG ושמרים לבטא ERα ו/או ERβ הטוב ביותר מכמתת EEQs בזמן גם להיות תואם אילוצי זמן המוטלים על-ידי קורסים לתואר ראשון מעבדה להיפגש רק פעם אחת / בשבוע עבור h מספר. למעשה, בהשוואה וזמינותו 2 d ללא קירור, וזמינותו בקירור שבעה ימים היה קשור סטיה מופחת על פני צלחת משכפל. בנוסף, החלק הליניארי של העקומה סטנדרטי הורחב מעט על הנתונים שנאספו באמצעות וזמינותו בקירור. החלק הליניארי של העקומה סטנדרטי מגדיר את טווח גילוי assay, החלק היחיד של העקומה תקן זה יכול לשמש כדי לבצע אינטרפולציה מדגם EEQs.
בסך הכל חוץ מאחד הדגימות שנבדקו, EEQs נמדד באמצעות CPRG היו נמוכות יותר מאשר לכמתו ONPG. עם מקדם הכחדה גבוהה יותר ו- K נמוךמ’ , Vmax, CPRG רגיש פי 10 יותר מאשר ONPG17. לפיכך, CPRG יכול לשמש בריכוזים נמוכים, יכול לשמש כדי לזהות כמויות נמוכות של β-galactosidase. מסיבות אלו, CPRG היא עדיפה בדרך כלל על פני18,ONPG19. עם זאת, רגישות המצע אינו מסביר ערכי EEQ נמוכים יותר מזוהה עם CPRG. הערכים EEQ גבוה יותר מזוהה עם ONPG יכול להיות בגלל הפרעה מטריקס וזמינותו, כאמור על ידי סופרים אחרים,2,18. פיגמנטים צהובים של תמציות מוצר טיפוח אישי יכול לנפח הערכים EEQ מזוהה עם ONPG. לאחרים יש מצויין בעיה זו כולל פקדי פיגמנט שלהם עיצוב ניסיוני2, גישה אשר מכפיל את מספר צלחות בניסוי. כאשר הפרעה מטריקס, עשוי להיות בעייתי, CPRG עשוי להיות מצע עדיפה על כן וזמינותו, למרות זה יקר יותר ודורש זמן דגירה פעמים מאשר ONPG. יתר על כן, שינוי הצבע שנגזרות את המחשוף של מצע מאת β-galactosidase הוא דרמטי יותר עם CPRG, ובכך להקל על הסטודנטים לדמיין תוצאות.
מילר. et al. (2010), מי מהונדסים השמרים בשימוש פרוטוקול זה, ציין כי שמרים לבטא ERβ היו 30 x יותר רגישים 17β-אסטרדיול יותר שמרים לבטא ERα, ממצא, לקורבן שלנו נתונים14. מלבד ניואנסים פוטנציאליים בבנייה פלסמיד, מילר. et al. (2010) לא יכולתי להסביר את ההבדל הזה רגישות14. הבדל אחד בין המבנה פלסמיד שני היא כי הביטוי ERα מוסדר על ידי גלקטוז, בעוד ERβ ביטוי מוסדר על ידי גלוקוז או גלקטוז. שמרים המשמשים וזמינותו כן תרבותי בתקשורת גלוקוז, ניתן רק גלקטוז, כאשר הם נמצאים מדולל בתחילת וזמינותו. לכן, שמרים לבטא ERβ עלול לצבור מספרים גבוהים יותר עותק של קולטן חלבונים לפני תחילת וזמינותו, ובכך היוועצות רגישות גבוהה יותר ליגנדים אסטרוגניים.
הרגישות הנמוכה של שמרים לבטא ERα עשוי להסביר את שיעור גבוה יותר של אי-גילוי של estrogenicity בדגימות נמדד עם ERα לעומת ERβ. כדי להגדיל את הסבירות הדגימה EEQs יזוהו, משתמשים יכול להעסיק ממיסים חילוץ שונים ושיטות או להוסיף אמצעי אחסון גבוה יותר מדגם השמרים. אם אמצעי אחסון מדגם גבוה משמשים, הריכוזים של E2 סטנדרטים צריך להיות מותאם כזה ניתן להשתמש באותו אמצעי אחסון של סטנדרטים ודוגמאות וזמינותו. מגבלה אחת של הוספת מדגם יותר היא כי שמרים יכולים לסבול רק 6-10% אתנול, עם עמידות טובה יותר בטמפרטורת דגירה של 30 לעומת 35 ° C20. כדי לשלוט על ההשפעות של אתנול על שמרים, חוקרים צריך להוסיף בארות “שמרים בלבד” triplicate הפריסה צלחת, לאשר יתר610 הבארות הללו “שמרים בלבד” הוא להשוות יתר610 של הרכב שליטה בארות מיד לאחר התוספת של LacZ מאגר. לחלופין, ניתן להוסיף דוגמאות מומס באתנול microwell יבשה לוחות ואתנול התאדו לפני הוספת שמרים. Dimethylsulfoxide (דימתיל סולפוקסיד) משמשת גם מבחני הממס לדוגמה בכן, אבל הריכוז העבודה הסופית של דימתיל סולפוקסיד עם שמרים צריך להיות מוגבל ל- 1%12.
וזמינותו כן הוא כלי סינון רב עוצמה לגילוי estrogenicity בדגימות איכות הסביבה. באופן ספציפי, הכן מזהה ליגנדים שקושרים קולטני אסטרוגן גרעיני המקיימים אינטראקציה עם אסטרוגן אלמנטים תגובה ישירה ביטוי גנים14. עם זאת, הכן יש גם מגבלות חשובות. הכן אינו מזהה אייתה שעובדים דרך מנגנוני לא גרעיני כגון קולטני אסטרוגן ממברנה או מנגנוני שכוללות רכיבים נוספים כגון גורמי שעתוק Activator חלבון 1 (AP-1). יתר על כן, מכיוון שמרים אין היכולת המטבולית אותו כמו בתרבית של תאים, הכן אינו יכול לזהות ליגנדים הדורשים הפעלה מטבולית להיות אסטרוגניים.
בנוסף, וזמינותו כן לא יכולים להבדיל בקלות בין ליגנדים אסטרוגניים, אנטי אסטרוגניים בדגימות מורכבים. במקום זאת, זה מודד estrogenicity נטו , אשר השפעת סכום ליגנדים אסטרוגניים, אנטי אסטרוגניים. כדי לכמת את הריכוז של היריבים מיון או להעריך את פעילות המעכבת של תערובות, וזמינותו יכול להיות שונה על-ידי המקננת שמרים עם אגוניסט סטנדרטי (17β-אסטרדיול) וגם מגוון רחב של מבחן לדוגמה ריכוזים12. תהליך זה קובע אם היריבים הדגימות יכולים להפחית פעילות כתב אגוניסט-induced ומספק מסך שימושי עבור זיהוי הנוכחות של ER היריבים בדגימות.
פרוטוקול המובאת כאן יכול להכיל מגוון סוגי דגימה, למרות כמה דגימות עשויים לדרוש שינויים לשלבי הכנה החילוץ ולדגום. לדוגמה, EEQs מגוונות בין משכפל של כמה מוצרי טיפוח אישי. הדגימות משתנה יותר נטו מכילים טיפות שמן או אחרת לא היו לגמרי הומוגנית, המציין כי הממס יותר lipophilic כגון דיאתיל אתר יהיה מועיל. לחלופין, שמנים ושעווה במוצרי טיפוח אישי יכול להיות מהכלל על-ידי חילוץ דגימות עם 50% אתנול במקום 100% אתנול.הפקת אתנול 50% גם ללכוד יותר מסיסים במים אסטרוגניים ליגנדים (למשל, פיגמנטים מסוימים). עם זאת, 50% אתנול מתאדה לאט יותר מאשר 100% אתנול, ולכן רשאי להאריך זמן החילוץ. בנוסף, כמה דגימות (כגון סבונים) היו ציטוטוקסיות כדי שמרים, וכתוצאה מכך מדידות צפיפות מופחתת תא (OD610). פוקס ואח (2008) מציע כי כזה צריך להיות מדולל ודוגמאות מחדש תא צפיפות ההבדלים יעלה על 30% לעומת הרכב שליטה בארות12.
אם וזמינותו כן משמש למטרות מחקר אנליטי, דילול עקומות דוגמת בריכות יכול להיבדק כאמצעי מנע לקבוע אמצעי אחסון המתאים של תמצית להוסיף שמרים בשלב 4.5. לחלופין, ניתן לבחון תמציות בו זמנית את בעוצמות מרובות (לדוגמה, 5 µL, תמצית 20 µL הוסיף שמרים בשלב 4.5) או דילולים המתפרסים על סדרי גודל (למשל0.2 µL, 2 µL, 20 µL). “המתאים” אמצעי אחסון של תמצית הם אלה לזהות estrogenicity על ידי התאמת ערכי LacZ לאורך החלק הליניארי של העקומה סטנדרטי. אופטימיזציה מונע בעיות הנגרמות על-ידי הוספת יותר מדי או מעט מדי מדגם השמרים, כגון cytotoxicity, שווא שליליות או estrogenicity שחורג העקומה סטנדרטי. כפי שהוזכר לעיל, צריך להיות מותאם הכרכים של דוגמאות ותקנים E2 כאשר כמויות שונות של ליגנד משמשים כך שמרים נחשפים ריכוז של אתנול או רכב אחר ונפח עקבית על-פני הלוח.
למרות הפוטנציאל התשלילים שווא, וזמינותו כן זוהה כלי בדיקה Tier 3 עבור משבשים האנדוקרינית מאת הסחוג. et al. (2013), אשר פיתחו פרוטוקול שכבתית מקיף ההפרעה האנדוקרינית (TiPED)21. תואר ראשון בתחום החינוך, וזמינותו יקר להוראת מושגים הקשורים ההפרעה האנדוקרינית תרבית תאים, איגוד קולטן, פעילות אנזים, הנדסה גנטית, סטטיסטיקה, תכנון ניסויים. תלמידים המשתמשים וזמינותו גם לתרגל מיומנויות היסוד וישימים בקנה מידה נרחב מעבדה כגון באופן סדרתי דילול תקנים; חילוץ דגימות; ביצוע פתרונות; בניית וביצוע אינטרפולציה עקומות רגיל; חישוב ריכוז; ביצוע פתרונות; הוכחת סטרילי טכניקה; תאים culturing; זיהוי משתנים ופקדים; איסוף, ארגון, ניתוח נתונים; בניית ופרשנות גרפים; בעזרת ציוד מעבדה נפוצות כגון micropipettors ומכשירים.
The authors have nothing to disclose.
הפרויקט מומן על ידי סטארט-אפ מימון טיים, עמר מאוניברסיטת טק לואיזיאנה ו אוניברסיטת פורמן, בהתאמה. מימון נוסף סופק על ידי מענק לקידום סגל 2015 עמר, טיים של המכללות הקשורים של הדרום, מענק לואיזיאנה EPSCoR Pfund טיים של הקרן הלאומית למדע והנאמנים לואיזיאנה, פרס נסיעות כדי טיים מ האוניברסיטה של הדרום. אנו מודים ד ר דוד יובנקס (פורמן) לקבלת סיוע עם ניתוחים סטטיסטיים, מר כריסטופר מור על “”. נותנים לנו יד-במהלך הצילומים.
Equipment | |||
Vortex Mixer (for single or multiple tubes) | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 02-215-365 | Any mixer will suffice. |
Bucket centrifuge | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 75-063-839 | Any bucket centrifuge will suffice if it is capable of centrifuging conical tubes at 4000 rpm. |
Bunsen burner | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 17-012-823 | Any Bunsen burner will suffice, or an alcohol burner (Fisher Scientific 04-245-1) can be used instead. |
Incubator | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 50125590H | Any incubator will suffice if it is capable of maintaining 30 °C. |
Microplate reader | BioTek (www.biotek.com) | EPOCH2 | A different brand of plate reader will suffice if it can measure absorbance at wavelengths of 405, 574, and 610 nm. |
Gen5 microplate reader and imager software | BioTek (www.biotek.com) | GEN5 | Software required depends on make and model of plate reader; GEN5 software is intended for use with BioTek plate reader. |
Refrigerator | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 05LREEFSA | Any refrigerator will suffice if it is capable of maintaining 4 °C. |
Pipettor or PipetAid compatible with 1-10 ml serological pipets | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 13-681-15E | Any pipettors will suffice if they are compatible with 1- and 10-ml serological pipets. |
P10 micropipettor | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | F144562G | Any micropipettor will suffice if it is capable of dispensing 5 µl. |
P200 micropipettor | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | F144565G | Any micropipettor will suffice if it is capable of dispensing up to 200 µl. |
P300 multichannel pipettor | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | FBE1200300 | Any multichannel pipettor will suffice if it is capable of dispensing 50 to 205 µl. |
Repeating pipettor | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | F164001G | Must be able to deliver 100-320 µl; this pipettor is optional because a multichannel pipettor can be used instead. |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Supplies | |||
Sterile 15-ml conical tubes with caps | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 05-539-801 | |
Glass scintillation vials | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 03-337-4 | |
Polystyrene 96-well, flat-bottom microplates with lid (non-sterile) | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 12565501 | |
Polypropylene 96-well, flat-bottom microplates without lid | Cole-Parmer (www.coleparmer.com) | EW-01728-81 | |
100 ml glass beakers | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 02-539H | Any glass beakers will suffice if they are autoclavable. |
250 ml glass Erlenmeyer flasks | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | FB500250 | Any glass Erlenmeyer flasks will suffice if they are autoclavable. |
Sterile, adhesive, porous film | VWR (www.vwr.com) | 60941-086 | |
Metal forceps | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 12-000-157 | Any metal forceps will suffice. |
Reagent reservoir | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 07-200-127 | |
Filtration units (0.2 µm) | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 09-761-52 | |
Squirt bottle (for ethanol) | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 02-897-10 | Any laboratory squirt bottles will suffice. |
Autoclavable storage bottles | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 06-414-1D | Any autoclavable glass storage bottles will suffice. |
10 ml glass serological pipets (sterile) | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 13-678-27F | Any glass serological pipets will suffice. |
1 ml glass serological pipets (sterile) | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 13-678-27C | Any glass serological pipets will suffice. |
P10 micropipettor tips | USA Scientific (www.usascientific.com) | 1120-3810 | Any tips will suffice if they are compatible with the micropipettor above. |
P200 micropipettor tips | USA Scientific (www.usascientific.com) | 1120-8810 | Any tips will suffice if they are compatible with the micropipettor above. |
P300 micropipettor tips | USA Scientific (www.usascientific.com) | 1120-9810 | Any tips will suffice if they are compatible with the micropipettor above. |
Syringe tips for repeating pipettor | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | F164150G | Only required if a repeating pipettor is used. |
Sterile petri dishes | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | FB0875712 | Any sterile petri dishes will suffice. |
Parafilm | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | S37440 | |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Yeast | |||
Saccharomyces cerevisiae strains that lack the TRP1 gene product (e.g. W303a) | American Type Culture Company (ATCC) (www.ATCC.org) | MYA-151 | Recombinant yeast are also available upon request from the authors. |
Receptor/reporter plasmid for ERα | Addgene (www.addgene.org) | pRR-ERalpha-5Z (Plasmid #23061) | |
Receptor/reporter plasmid for ERβ | Addgene (www.addgene.org) | pRR-ERbeta-5Z (Plasmid #23062) | |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Chemicals | |||
Difco agar | BD (www.bd.com) | 214530 | |
Dithiothreitol | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | D0632 | CAUTION: Dithiothreitol is an acute skin and eye irritant. Use appropriate personal protection equipment (gloves, fume hood, dust mask) to avoid skin and eye contact, inhalation and ingestion. |
Ortho-nitrophenyl-β-D-galactopyranoside | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | N1127 | |
Chlorophenol red-β-D-galactopyranoside | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | 10884308001 | |
Yeast nitrogen base | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | Y0626 | |
Glucose | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | G8270 | |
Galactose | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | G5388 | |
Adenine sulfate | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | A9126 | |
Uracil | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | U0750 | |
Leucine | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | L8000 | |
Histidine | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | H8000 | |
17 β-Estradiol | Sigma (www.sigmaaldrich.com) MP Biomedicals | E8875-250 mg 0219456401 – 1 mg | CAUTION: Estradiol is a suspected carcinogen and reproductive toxicant. It is harmful if inhaled, swallowed, or absorbed through skin. Estradiol may cause harm to breast-fed children and fetuses. Estradiol is very toxic to aquatic life. Use appropriate personal protection (gloves, fume hood, dust mask) and avoid exposure during pregnancy and lactation. Estradiol should be disposed of as hazardous waste and not released to the environment. |
100% ethanol | Pharmco-Aaper (www.pharmcoaaper.com) | 111000200 | |
Sodium phosphate monobasic monohydrate | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | S9638 | |
Sodium phosphate dibasic (anhydrous) | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | S0876 | |
Magnesium chloride | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | M8266 | |
Potassium chloride | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | P9333 | |
Sarkosyl (N-lauroylsarcosine sodium salt) | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | L5125 | |
Sodium carbonate | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | S7795 | |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Software | |||
Excel spreadsheet software | Microsoft | Excel is convenient spreadsheet software for managing data outputs and generating .csv files for R analysis. | |
Java software (required for Appendix 1 application) | Oracle Corporation | To calculate LacZ values using the application in Appendix 1, first download free Java software (https://www.java.com/en/download/), then open the LacZ application in Appendix 1. LacZ results created by the application can be copied by pressing "control (ctrl) + c" on PC keyboards, or "command + c" on Mac keyboards. | |
JMP statistical software version 13.0.0 | SAS Institute | Appendix 2 includes directions on using JMP to fit LacZ data to a four-parameter logistic regression curve. The curve is used to interpolate test sample estradiol equivalents (EEQs), relative to the estradiol standard curve. | |
R statistical computing and graphics software | R Foundation | Free R software can be downloaded from https://www.r-project.org/. Directions and code for using R to fit LacZ data to a four-parameter logistic regression curve are given in Appendix 2. |