Dit artikel presenteert een geoptimaliseerde gist oestrogeen scherm voor het kwantificeren van liganden in producten voor persoonlijke verzorging (PCP) die oestrogeen receptoren alpha (ERα) en/of bèta (ERβ binden). De methode omvat twee opties van de colorimetrische substraat, een zes-daagse gekoelde incubatie voor gebruik in undergraduate cursussen, en statistische hulpmiddelen voor gegevensanalyse.
De gist oestrogeen scherm (Ja) wordt gebruikt voor het detecteren van oestrogene liganden in milieu monsters en is in grote lijnen toegepast in studies van endocriene verstoring. Oestrogene liganden omvatten zowel natuurlijke als door de mens veroorzaakte “milieu oestrogenen” (EWS) gevonden in vele consumptiegoederen, met inbegrip van producten voor persoonlijke verzorging (PCP), plastics, pesticiden en voedingsmiddelen. EWS verstoren hormoon signalering bij mensen en andere dieren, potentieel vermindering van de vruchtbaarheid en verhoging van ziekterisico. Ondanks het belang van de EWS en andere endocriene verstoren chemische stoffen (EDCs) voor de volksgezondheid, is hormoonontregeling niet typisch in undergraduate curriculum opgenomen. Deze tekortkoming is deels te wijten aan een gebrek aan relevante laboratoriumactiviteiten die de beginselen illustreren betrokken terwijl het ook voor studenten toegankelijk wordt. Dit artikel presenteert een geoptimaliseerde ja voor het kwantificeren van liganden in verzorgingsproducten die oestrogeen receptoren alpha (ERα) en/of bèta (ERβ binden). De methode omvat een van de twee colorimetrische substraten (ortho– nitrofenyl-β-D-galactopyranoside (ONPG) of chloorfenol rood-β-D-galactopyranoside (CPRG)) dat zijn gekloofd door β-galactosidase, een 6-daagse gekoelde incubatie stap naar gebruik in undergraduate laboratorium cursussen, een geautomatiseerde toepassing voor LacZ berekeningen en R-code voor de bijbehorende 4-parameter logistische regressieanalyse te vergemakkelijken. Het protocol is ontworpen om studenten te ontwikkelen en uit te voeren van de experimenten waarin ze producten van hun keuze voor oestrogeen nabootsers scherm. In het proces leren ze over hormoonontregeling, cultuur van de cel receptor bindende, enzymactiviteit, genetische manipulatie, statistieken en experimenteel design. Tegelijkertijd, zij ook praktijk fundamentele en breed toepasbare laboratorium vaardigheden, zoals: berekening van de concentraties; het maken van oplossingen; tonen steriele techniek; serieel verdunnen normen; bouw en interpoleren standaard curven; identificeren van variabelen en besturingselementen; verzamelen, ordenen en analyseren van gegevens; bouw en interpreteren van de grafieken; en het gebruik van gemeenschappelijke laboratoriumapparatuur zoals micropipettors en spectrofotometers. Zo, ter uitvoering van deze test moedigt studenten deelnemen aan onderzoek gebaseerde leren tijdens het verkennen van de opkomende problemen in milieuwetenschappen en gezondheid.
De gist oestrogeen scherm (Ja) is gebruikte te kwantificeren liganden die na te bootsen van estradiol (E2 of 17β-estradiol) in een verscheidenheid van matrices, met inbegrip van water, plantaardige weefsels, consumentenproducten en levensmiddelen1,2,3, 4. Collectief, dergelijke liganden worden hierna aangeduid als “Milieu oestrogenen (EWS).” Ja werd oorspronkelijk ontwikkeld als een lage kosten, in vitro -alternatief voor in vivo tests zoals de knaagdier uterotrophic assay5,6 en de regenboogforel voederen assay7. Het doel van deze tests is om te bepalen of een product bevat chemische stoffen die stimuleren of blokkeren van oestrogeen-afhankelijke mechanismen. Detectie van de EWS is kritisch, omdat ze met de normale endogene oestrogeen signalering interfereren kunnen, met name tijdens de foetale ontwikkeling. Deze inmenging compromissen gezondheid door het risico van obesitas, onvruchtbaarheid, kanker en cognitieve verlies8vergroten.
Ondanks het belang van de EWS en andere EDCs voor de volksgezondheid, is hormoonontregeling niet vaak in undergraduate curriculum opgenomen. Deze tekortkoming is deels te wijten aan een gebrek aan activiteiten die de beginselen illustreren betrokken terwijl het ook voor studenten toegankelijk wordt. Bovendien verschillende varianten van de ja-protocol bestaat9,10,11,12,13, en deze diversiteit maakt assay optimalisatie tijdrovend voor laboratorium coördinatoren niet specifiek opgeleid in de relevante technieken. Tot slot, ja testen zijn meestal afgerond meer dan 1 lange dag of 2 opeenvolgende dagen met een incubatie O/N. Deze timing is niet compatibel met de indeling van undergraduate laboratorium cursussen, die gewoonlijk eens ontmoeten / week voor enkele h.
In reactie op deze behoeften meldt dit manuscript een geoptimaliseerde 96-Wells ja protocol waarin ethanolbevattend extractiemethoden voor persoonlijke verzorgingsproducten (PCP)3 en een 6-daagse koeling stap voor de wekelijkse vergaderingen van het laboratorium. Absolute ethanol is een veelzijdige organische oplosmiddelen die een verscheidenheid van polaire en apolaire opgeloste stoffen kan ontbinden. Bovendien is het geschikt voor undergraduate cursussen, want het is gemakkelijk beschikbaar, relatief niet giftig, betaalbare en mengbaar zijn met water; ook is het gemakkelijk verdampt zonder speciale apparatuur. Echter, ethanol is niet ideaal voor het extraheren van sterk hydrofoob endocriene verstoorders of veel oliën en wassen, de laatste twee zijn gemeenschappelijke ingrediënten in eerstelijnszorg. slechte extractie-efficiëntie verhoogt het risico van valse negatieve resultaten. Met deze beperking in gedachten moeten onderzoekers Kies extractie procedures (b.v., ethanolbevattend extractie of vaste fase extractie) dat monster adreskenmerken en studie doelstellingen (onderzoek versus undergraduate instructie).
Ja, is afhankelijk van recombinant Saccharomyces cerevisiae Oorspronkelijk aangemaakt door Dr. Charles Miller aan de Tulane Universiteit. Gelieve te zien Miller et al. (2010) voor een volledige kaart van de gemodificeerde plasmide-14. Gist getransformeerd met deze plasmiden constitutively express menselijke nucleaire ERα of ERβ (ook ESR1 en ESR2, respectievelijk genoemd) wanneer gekweekt in medium met galactose (voor ERα) of glucose of galactose (voor ERβ). Als oestrogene stoffen aanwezig in de media zijn, binden ze aan de receptoren, ligand-receptor complexen die expressie van de β-galactosidase (lacZ) op een niveau dat evenredig is met de concentratie van oestrogene stoffen activeren maken. Gistcellen zijn vervolgens lysed om de geaccumuleerde β-galactosidase vrij te geven. De lysis-buffermengsel bevat ONPG of CPRG, die zijn gekloofd door β-galactosidase opleveren geel of rood producten, respectievelijk. Colorimetrische producten kunnen worden gekwantificeerd door het meten van de absorptie met behulp van een microwell plaat spectrofotometer. De mate van kleur te veranderen is evenredig aan de concentratie van oestrogene liganden waarnaar de gist werd blootgesteld.
De keuze van substraat (CPRG of ONPG), is afhankelijk van de mogelijkheden voor absorptie van de achtergrond die voortvloeien uit de monsters worden getest. Bijvoorbeeld, zal plantenextracten vaak een gele tint aan de media dat kunstmatig estrogenicity maatregelen opgeblazen als toevoegen ONPG (gekwantificeerd op 405 nm) wordt gebruikt als het substraat voor β-galactosidase. Met planten extracten, CPRG (gekwantificeerd op 574 nm) wellicht een geschiktere colorimetrische substraat. CPRG is duurder dan ONPG maar wordt gebruikt bij een tiende van de molarity. Dit artikel presenteert estrogenicities voor PCP extracten gekwantificeerd aan de hand van zowel ONPG als CPRG.
Kwantificeren van de estrogenicity van milieu monsters met behulp van zowel de ERα als de ERβ is een meer omvattende benadering dan het gebruik van slechts één van deze receptoren. In dieren vertonen deze receptoren differentiële weefsel distributie, regelgevende activiteiten en bindende affiniteiten voor oestrogene en Anti-oestrogene liganden15. Bijvoorbeeld binden op basis van planten fyto-oestrogenen meestal ERβ meer sterk2, overwegende dat synthetische chemische producten prima overweg met voorkeur voor ERα of ERβ of beide receptoren even goed15kunnen binden. Daarom doet binding aan een oestrogeen receptor niet noodzakelijkerwijs voorspellen binding aan de andere.
Hoewel EWS te in vele consumentenproducten (b.v., pesticiden, wasmiddelen, lijmen, smeermiddelen, kunststoffen, levensmiddelen en farmaceutische producten) en planten vinden zijn, de gepresenteerde gegevens zijn verkregen met behulp van een selectie van eerstelijnszorg. eerstelijnszorg zijn overtuigend, gemakkelijk beschikbaar, budgetvriendelijk en vanuit milieuoogpunt relevant voor studenten. Studenten kunnen worden uitgenodigd om hun favoriete eerstelijnszorg vanuit huis om te testen in het laboratorium. Ze kunnen ook zoeken in de huid diep database ontwikkeld door de Environmental Working Group16 te genereren hypothese gestuurde vergelijkingen van eerstelijnszorg met hoge en lage toxiciteit scores. Op deze manier kunnen studenten gelijktijdig ontwikkelen geavanceerde laboratorium vaardigheden; deelnemen aan zelfstudie, op onderzoek gebaseerde leren; en verkennen van de opkomende problemen in milieuwetenschappen en gezondheid.
Ja is een low-cost methode gebruikt voor het opsporen van oestrogene liganden in milieu monsters, zoals water, eten, plantaardige weefsels of producten voor persoonlijke verzorging. Gegevens gepresenteerd hier Vergelijk 2 oestrogeen receptoren (ERα en ERβ), 2 substraten (ONPG en CPRG) en 2 tijdlijnen (2 d zonder koeling) en zeven dagen protocol met koeling voor het meten van estrogenicity in producten voor persoonlijke verzorging via de ja-bepaling. De 7 d, gekoelde protocol gebruikt CPRG en gist uiting van ERα en/of ERβ beste kwantificeert EEQs terwijl undergraduate laboratorium cursussen die voldoen aan slechts eenmaal wordt ook compatibel met de tijdsdruk oplegt / week voor enkele h. In feite, werd in vergelijking met de bepaling van de 2 d zonder koeling, de zevendaagse gekoelde assay geassocieerd met verminderde variantie over plaat wordt gerepliceerd. Bovendien werd het lineaire deel van de standaard curve enigszins uitgebreid voor gegevens die zijn verzameld met behulp van de gekoelde assay. Het lineaire gebied van de standaard curve definieert het registratiebereik assay en is het enige gedeelte van de standaard curve die kan worden gebruikt voor het interpoleren van monster EEQs.
In alle, maar een van de geteste monsters waren gemeten met behulp van de CPRG EEQs lager dan die gekwantificeerd met ONPG. Met een hogere coëfficiënt van uitsterven en lagere Km en Vmax, CPRG tien keer gevoeliger is dan ONPG17. Dus, CPRG kan worden gebruikt bij lagere concentraties en kan worden gebruikt voor het detecteren van lagere bedragen van β-galactosidase. Om deze redenen heeft de CPRG in het algemeen voorkeur over ONPG18,19. Grotere substraat gevoeligheid verklaart echter niet de lagere waarden van de EEQ met CPRG ontdekt. De hogere waarden van de EEQ met ONPG ontdekt kon te wijten zijn aan interferentie van de matrix met de assay, zoals opgemerkt door andere auteurs2,18. Gele pigmenten uit persoonlijke verzorging product extracten kunnen opblazen EEQ waarden met ONPG ontdekt. Anderen hebben dit probleem omzeild door met inbegrip pigment controles in hun proefopzet2, een aanpak die het aantal platen in een experiment verdubbelt. Als matrix interferentie problematisch zijn kan, mogelijk CPRG een beter substraat voor de ja-assay, hoewel het is duurder en langere incubatietijd tijden dan ONPG vereist. Bovendien is de kleurverandering geïnduceerd door het splijten van substraat door β-galactosidase dramatischer met CPRG, waardoor het makkelijker voor studenten om te visualiseren van de resultaten.
Miller et al. (2010), die de gist gebruikt in dit protocol ontworpen, dat gist uitdrukken ERβ 30 x gevoeliger voor 17β-estradiol dan gist uiting van ERα, een bevinding gemotiveerd door onze gegevens14werden genoteerd. Afgezien van potentiële nuances in de plasmide bouw, Miller et al. (2010) dit verschil in gevoeligheid14niet kon verklaren. Een verschil tussen de twee plasmide constructies is dat ERα expressie wordt gereguleerd door galactose, terwijl ERβ expressie wordt gereguleerd door glucose of galactose. De gist gebruikt in de ja-assay zijn gekweekt in de media van de glucose en galactose alleen gegeven wanneer ze aan het begin van de test worden verdund. Gist uiting van ERβ kan daarom hogere moleculen van receptor eiwitten vóór de aanvang van de test, waardoor de overdracht van hogere gevoeligheid voor oestrogene liganden accumuleren.
De lagere gevoeligheid van ERα-uiten gist kan verklaren de hogere tarieven van niet-detectie van estrogenicity in monsters gemeten met ERα in vergelijking met ERβ. Om te vergroten de kans wordt dat monster EEQs gedetecteerd, gebruikers kunnen verschillende extractiemiddelen en methoden in dienst of hogere volumes van monster toe te voegen aan de gist. Als hogere volumes van het monster worden gebruikt, moeten de concentraties van E2 normen worden aangepast zodat hetzelfde volume van normen en monsters kan worden gebruikt in de test. Een beperking van het toevoegen van meer monster is dat gist slechts 6-10% ethanol, met betere tolerantie bij incubatie temperaturen van 30 Vs. 35 ° C20kan tolereren. Om te bepalen voor de effecten van ethanol op gist, moeten onderzoekers drievoudige “gist alleen” putten aan de plaat-indeling toevoegt en bevestigen dat de OD610 van deze “gist alleen” putten vergelijkbaar met de OD610 van voertuig-controleputjes onmiddellijk is na de toevoeging van LacZ buffer. Als alternatief, monsters, opgelost in ethanol kunnen worden toegevoegd aan droge microwell platen en de ethanol verdampt uit voordat gist worden toegevoegd. Dimethylsulfoxide (DMSO) wordt ook gebruikt als een monster oplosmiddel in Ja testen, maar de uiteindelijke concentratie van de werken van DMSO met gist beperkt tot 1%12 worden moet.
De ja-bepaling is een krachtige screening tool voor het opsporen van estrogenicity in milieu monsters. Specifiek, detecteert de ja liganden die nucleaire oestrogeen receptoren die samenwerken met oestrogeen response-elementen om te leiden van gen expressie14binden. De waarde Ja heeft echter ook belangrijke beperkingen. Ja detecteert geen EWS die werken door middel van niet-nucleaire mechanismen zoals membraan oestrogeen receptoren of mechanismen die betrekking hebben op aanvullende elementen zoals transcriptiefactoren Activator eiwit 1 (AP-1). Bovendien, omdat gist hebben niet dezelfde metabole capaciteit als cellen van zoogdieren, ja niet wordt gedetecteerd door liganden waarvoor metabole activering als oestrogene.
Bovendien, de ja-bepaling kan niet gemakkelijk onderscheid maken tussen oestrogene en Anti-oestrogene liganden in complexe monsters. In plaats daarvan meet net estrogenicity, die het effect van de som van de oestrogene en Anti-oestrogene liganden. Voor het kwantificeren van de concentratie van ER-antagonisten of evalueren van de inhiberende activiteit van mengsels, kan de bepaling worden gewijzigd door het gist met zowel de standaard agonist (17β-estradiol) en een aantal test sample concentraties12aan het broeden. Dit proces wordt bepaald of antagonisten in de monsters agonist-geïnduceerde verslaggever activiteit kunnen verminderen en biedt een handig scherm voor de identificatie van de aanwezigheid van ER antagonisten in monsters.
Het hier gepresenteerde protocol is geschikt voor diverse soorten monster, hoewel sommige monsters moet u mogelijk wijzigingen aan de extractie en sample voorbereiding stappen. Bijvoorbeeld, EEQs sterk uiteen tussen repliceert van sommige producten voor persoonlijke verzorging. De meer variabele monsters neiging om bevatten olie druppels of waren anders niet volledig homogeen, die aangeeft dat een meer lipofiele oplosmiddel zoals diethylether nuttig zou zijn. Als alternatief, olie en wax in producten voor persoonlijke verzorging kunnen worden uitgesloten door de winning van monsters met 50% ethanol in plaats van 100% ethanol.Een 50% ethanol extractie zal ook meer water oplosbare oestrogene liganden (bijvoorbeeld, sommige pigmenten) vangen. Echter 50% ethanol verdampt langzamer dan 100% ethanol en dus kan verlengen extractie tijd. Daarnaast werden enkele monsters (zoals zeep) cytotoxisch zijn voor gist, wat resulteert in verminderde cel dichtheid metingen (OD610). Fox et al. (2008) suggereren dat dergelijke monsters moeten worden verdund en Nacontrole verricht als cel dichtheid verschillen groter is dan 30% ten opzichte van voertuig controle putten12.
Als de ja-assay voor analytische onderzoeksdoeleinden wordt gebruikt, kunnen preventief bepalen juiste hoeveelheid extract worden toegevoegd aan gist in stap 4.5 verdunning curven van monster zwembaden worden beproefd. Als alternatief, extracten tegelijk kunnen worden getest op meerdere volumes (b.v., 5 µL en 20 µL extract toegevoegd aan gist in stap 4.5) of verdunningen, die zich uitstrekken van de ordes van grootte (b.v., 0.2 µL, 2 µL en 20 µL). “Juiste” hoeveelheid extract zijn die het identificeren van estrogenicity door LacZ waarden langs de lineaire deel van de standaard curve te vergelijken. Optimalisatie voorkomt problemen veroorzaakt door te veel of te weinig monster toe te voegen aan de gist, zoals cytotoxiciteit, valse negatieven of estrogenicity die hoger is dan de standaard curve. Zoals hierboven vermeld, moeten de omvang van de monsters en E2 normen worden aangepast wanneer verschillende hoeveelheden ligand worden gebruikt zodat de gist worden blootgesteld aan een consistent volume en de concentratie van ethanol of ander voertuig over de plaat.
Ondanks het potentieel voor valse negatieven, is de ja-bepaling geïdentificeerd als een Tier 3 testing tool voor endocriene verstoorders door Schug et al. (2013), die ontwikkelde een uitgebreide gelaagde Protocol voor endocriene verstoring (TiPED)21. Voor undergraduate onderwijs is de test waardevol voor het onderwijzen van begrippen met betrekking tot de hormoonontregeling, cultuur van de cel receptor bindende, enzymactiviteit, genetische manipulatie, statistieken en experimenteel design. Studenten die gebruik maken van de test ook praktijk fundamentele en breed toepasbare laboratorium vaardigheden zoals serieel verdunnen normen; winning van monsters; het maken van oplossingen; bouw en interpoleren standaard curven; berekening van de concentraties; het maken van oplossingen; tonen steriele techniek; kweken van cellen; identificeren van variabelen en besturingselementen; verzamelen, ordenen en analyseren van gegevens; bouw en interpreteren van de grafieken; en het gebruik van gemeenschappelijke laboratoriumapparatuur zoals micropipettors en spectrofotometers.
The authors have nothing to disclose.
Dit project werd gefinancierd door start-up financiering TME en AMR uit Louisiana Tech University en Furman University, respectievelijk. Aanvullende financiering werd verstrekt door een subsidie 2015 faculteit Advancement AMR te TME van The Associated hogescholen in het zuiden, een subsidie Louisiana EPSCoR Pfund TME van de National Science Foundation en de Louisiana Board of Regents, en een award van de reizen naar TME uit de Universiteit van het zuiden. Wij danken Dr. David Eubanks (Furman) voor hulp bij statistische analyses en Mr. Christopher Moore voor “geven ons een hand” tijdens het filmen.
Equipment | |||
Vortex Mixer (for single or multiple tubes) | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 02-215-365 | Any mixer will suffice. |
Bucket centrifuge | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 75-063-839 | Any bucket centrifuge will suffice if it is capable of centrifuging conical tubes at 4000 rpm. |
Bunsen burner | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 17-012-823 | Any Bunsen burner will suffice, or an alcohol burner (Fisher Scientific 04-245-1) can be used instead. |
Incubator | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 50125590H | Any incubator will suffice if it is capable of maintaining 30 °C. |
Microplate reader | BioTek (www.biotek.com) | EPOCH2 | A different brand of plate reader will suffice if it can measure absorbance at wavelengths of 405, 574, and 610 nm. |
Gen5 microplate reader and imager software | BioTek (www.biotek.com) | GEN5 | Software required depends on make and model of plate reader; GEN5 software is intended for use with BioTek plate reader. |
Refrigerator | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 05LREEFSA | Any refrigerator will suffice if it is capable of maintaining 4 °C. |
Pipettor or PipetAid compatible with 1-10 ml serological pipets | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 13-681-15E | Any pipettors will suffice if they are compatible with 1- and 10-ml serological pipets. |
P10 micropipettor | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | F144562G | Any micropipettor will suffice if it is capable of dispensing 5 µl. |
P200 micropipettor | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | F144565G | Any micropipettor will suffice if it is capable of dispensing up to 200 µl. |
P300 multichannel pipettor | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | FBE1200300 | Any multichannel pipettor will suffice if it is capable of dispensing 50 to 205 µl. |
Repeating pipettor | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | F164001G | Must be able to deliver 100-320 µl; this pipettor is optional because a multichannel pipettor can be used instead. |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Supplies | |||
Sterile 15-ml conical tubes with caps | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 05-539-801 | |
Glass scintillation vials | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 03-337-4 | |
Polystyrene 96-well, flat-bottom microplates with lid (non-sterile) | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 12565501 | |
Polypropylene 96-well, flat-bottom microplates without lid | Cole-Parmer (www.coleparmer.com) | EW-01728-81 | |
100 ml glass beakers | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 02-539H | Any glass beakers will suffice if they are autoclavable. |
250 ml glass Erlenmeyer flasks | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | FB500250 | Any glass Erlenmeyer flasks will suffice if they are autoclavable. |
Sterile, adhesive, porous film | VWR (www.vwr.com) | 60941-086 | |
Metal forceps | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 12-000-157 | Any metal forceps will suffice. |
Reagent reservoir | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 07-200-127 | |
Filtration units (0.2 µm) | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 09-761-52 | |
Squirt bottle (for ethanol) | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 02-897-10 | Any laboratory squirt bottles will suffice. |
Autoclavable storage bottles | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 06-414-1D | Any autoclavable glass storage bottles will suffice. |
10 ml glass serological pipets (sterile) | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 13-678-27F | Any glass serological pipets will suffice. |
1 ml glass serological pipets (sterile) | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | 13-678-27C | Any glass serological pipets will suffice. |
P10 micropipettor tips | USA Scientific (www.usascientific.com) | 1120-3810 | Any tips will suffice if they are compatible with the micropipettor above. |
P200 micropipettor tips | USA Scientific (www.usascientific.com) | 1120-8810 | Any tips will suffice if they are compatible with the micropipettor above. |
P300 micropipettor tips | USA Scientific (www.usascientific.com) | 1120-9810 | Any tips will suffice if they are compatible with the micropipettor above. |
Syringe tips for repeating pipettor | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | F164150G | Only required if a repeating pipettor is used. |
Sterile petri dishes | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | FB0875712 | Any sterile petri dishes will suffice. |
Parafilm | Fisher Scientific (www.fishersci.com) | S37440 | |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Yeast | |||
Saccharomyces cerevisiae strains that lack the TRP1 gene product (e.g. W303a) | American Type Culture Company (ATCC) (www.ATCC.org) | MYA-151 | Recombinant yeast are also available upon request from the authors. |
Receptor/reporter plasmid for ERα | Addgene (www.addgene.org) | pRR-ERalpha-5Z (Plasmid #23061) | |
Receptor/reporter plasmid for ERβ | Addgene (www.addgene.org) | pRR-ERbeta-5Z (Plasmid #23062) | |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Chemicals | |||
Difco agar | BD (www.bd.com) | 214530 | |
Dithiothreitol | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | D0632 | CAUTION: Dithiothreitol is an acute skin and eye irritant. Use appropriate personal protection equipment (gloves, fume hood, dust mask) to avoid skin and eye contact, inhalation and ingestion. |
Ortho-nitrophenyl-β-D-galactopyranoside | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | N1127 | |
Chlorophenol red-β-D-galactopyranoside | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | 10884308001 | |
Yeast nitrogen base | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | Y0626 | |
Glucose | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | G8270 | |
Galactose | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | G5388 | |
Adenine sulfate | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | A9126 | |
Uracil | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | U0750 | |
Leucine | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | L8000 | |
Histidine | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | H8000 | |
17 β-Estradiol | Sigma (www.sigmaaldrich.com) MP Biomedicals | E8875-250 mg 0219456401 – 1 mg | CAUTION: Estradiol is a suspected carcinogen and reproductive toxicant. It is harmful if inhaled, swallowed, or absorbed through skin. Estradiol may cause harm to breast-fed children and fetuses. Estradiol is very toxic to aquatic life. Use appropriate personal protection (gloves, fume hood, dust mask) and avoid exposure during pregnancy and lactation. Estradiol should be disposed of as hazardous waste and not released to the environment. |
100% ethanol | Pharmco-Aaper (www.pharmcoaaper.com) | 111000200 | |
Sodium phosphate monobasic monohydrate | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | S9638 | |
Sodium phosphate dibasic (anhydrous) | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | S0876 | |
Magnesium chloride | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | M8266 | |
Potassium chloride | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | P9333 | |
Sarkosyl (N-lauroylsarcosine sodium salt) | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | L5125 | |
Sodium carbonate | Sigma (www.sigmaaldrich.com) | S7795 | |
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Software | |||
Excel spreadsheet software | Microsoft | Excel is convenient spreadsheet software for managing data outputs and generating .csv files for R analysis. | |
Java software (required for Appendix 1 application) | Oracle Corporation | To calculate LacZ values using the application in Appendix 1, first download free Java software (https://www.java.com/en/download/), then open the LacZ application in Appendix 1. LacZ results created by the application can be copied by pressing "control (ctrl) + c" on PC keyboards, or "command + c" on Mac keyboards. | |
JMP statistical software version 13.0.0 | SAS Institute | Appendix 2 includes directions on using JMP to fit LacZ data to a four-parameter logistic regression curve. The curve is used to interpolate test sample estradiol equivalents (EEQs), relative to the estradiol standard curve. | |
R statistical computing and graphics software | R Foundation | Free R software can be downloaded from https://www.r-project.org/. Directions and code for using R to fit LacZ data to a four-parameter logistic regression curve are given in Appendix 2. |