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細菌におけるRIBO-seq:NGSシーケンシングのためのサンプル収集とライブラリ調製プロトコル

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JoVE 신문 생화학

RIBO-seq in Bacteria: a Sample Collection and Library Preparation Protocol for NGS Sequencing

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細菌におけるRIBO-seq:NGSシーケンシングのためのサンプル収集とライブラリ調製プロトコル

DOI:

10.3791/62544-v

•

12:05 min

•

August 07, 2021

•

Natalia Kopik², Olga Chrobak², Przemyslaw Latoch³, Mariia Kovalenko², Agata L. Starosta²

¹Laboratory of Gene Expression, ECOTECH-Complex,Maria Curie-Sklodowska University, ²Department of Molecular Biology, Institute of Biological Sciences,Maria Curie-Sklodowska University, ³Faculty of Information Technology,Polish-Japanese Academy of Information Technology

Chapters

00:00Introduciton
00:54Cell Harvesting and Lysis
04:13MNase Digestion and Size Selection of Samples for RIBO-seq
06:17rRNA Depletion and Alkaline Fragmentation of Samples for RNA-seq
07:07Library Preparation and Size Selection of cDNA Libraries
08:49Results: Quality of cDNA Libraries and Reads
11:31Conclusion

Summary

자동 번역

ここでは、細菌におけるRIBO-seqのサンプル採取および調製の段階について説明する。これらのガイドラインに従って作成されたライブラリのシーケンシングは、包括的なバイオインフォマティクス分析のための十分なデータをもたらす。私たちが提示するプロトコルはシンプルで、標準的な実験装置を使用し、リシスから図書館の取得まで7日かかります。

Tags

RIBO-seq Ribosome Profiling Protein Synthesis Translation RNA Sequencing Bacterial Culture Sample Collection Library Preparation NGS Sequencing

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