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基于质谱的蛋白质组学分析, 利用 OpenProt 数据库揭开从非规范开放阅读框架翻译的新蛋白质
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Mass Spectrometry-Based Proteomics Analyses Using the OpenProt Database to Unveil Novel Proteins Translated from Non-Canonical Open Reading Frames
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基于质谱的蛋白质组学分析, 利用 OpenProt 数据库揭开从非规范开放阅读框架翻译的新蛋白质

DOI:
10.3791/59589-v

•

07:38 min

•

April 11, 2019

•

,
1Department of Biochemistry,Université de Sherbrooke, 2PROTEO,Quebec Network for Research on Protein Function, Structure, and Engineering

Chapters

  • 00:04Title
  • 00:52OpenProt Database Download
  • 01:53Database Handling
  • 02:41Mass Spectrometry File Preparation
  • 03:13Protein Quantification
  • 04:13Quality Control and OpenProt Database Mining
  • 05:25Results: Representative Interactor and Mass Spectrometry Identification of a Novel Protein
  • 06:40Conclusion

Summary

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OpenProt 是一个可自由访问的数据库, 它实施了真核细胞基因组的多聚模型。在这里, 我们提出了一个在询问质谱数据集时使用 OpenProt 数据库的协议。利用 OpenProt 数据库分析蛋白质组学实验, 可以发现新的和以前无法检测到的蛋白质。

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Mass SpectrometryProteomicsOpenProt DatabaseNon-canonical Open Reading FramesNovel ProteinsProteomeProteomic AnalysesDatabase HandlingMS Convert ToolMzML File Format

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