Технология MAPS была разработана для тщательного изучения мишеня конкретной регуляторной РНК in vivo. Интересующая сРНК помечена аптамером MS2, позволяющим совместно очищать своих партнеров по РНК и их идентификацию путем секвенирования РНК. Этот модифицированный протокол особенно подходит для грамположительных бактерий.