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Optimización para la secuenciación y el análisis de muestras de FFPE-ARN degradadas
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Optimization for Sequencing and Analysis of Degraded FFPE-RNA Samples
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Optimización para la secuenciación y el análisis de muestras de FFPE-ARN degradadas

español

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07:30 min

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June 08, 2020

DOI:

10.3791/61060-v

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10.3791/61060-v

•

07:30 min
June 08, 2020

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1NCI CCR Sequencing Facility,Frederick National Laboratory for Cancer Research, 2Advanced Biomedical and Computational Sciences,Frederick National Laboratory for Cancer Research

Summary

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Este método describe los pasos para mejorar la calidad y la cantidad de datos de secuencia que se pueden obtener a partir de muestras de ARN incrustadas de parafina fija de formalina (FFPE). Describimos la metodología para evaluar con mayor precisión la calidad de las muestras de FFPE-RNA, preparar bibliotecas de secuenciación y analizar los datos de muestras de ARN FFPE.

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FFPE-RNARNA QualityRNA DegradationSample QCLibrary PreparationSequencing ProcessRNA FragmentsSequencing ReagentsFlow CellSample LibraryPhiX Control

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Levin, Y., Talsania, K., Tran, B., Shetty, J., Zhao, Y., Mehta, M. Optimization for Sequencing and Analysis of Degraded FFPE-RNA Samples. J. Vis. Exp. (160), e61060, doi:10.3791/61060 (2020).

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