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Optimisation du séquençage et de l’analyse des échantillons d’ARN FFPE dégradés
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Optimization for Sequencing and Analysis of Degraded FFPE-RNA Samples
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Optimisation du séquençage et de l’analyse des échantillons d’ARN FFPE dégradés

français

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07:30 min

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June 08, 2020

DOI:

10.3791/61060-v

DOI:
10.3791/61060-v

•

07:30 min
June 08, 2020

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3 Views
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1NCI CCR Sequencing Facility,Frederick National Laboratory for Cancer Research, 2Advanced Biomedical and Computational Sciences,Frederick National Laboratory for Cancer Research

Summary

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Cette méthode décrit les étapes pour améliorer la qualité et la quantité de données de séquence qui peuvent être obtenues à partir d’échantillons d’ARN formalin-fixes paraffin-embedded (FFPE). Nous décrivons la méthodologie pour évaluer plus précisément la qualité des échantillons FFPE-ARN, préparer des bibliothèques de séquençage et analyser les données des échantillons FFPE-ARN.

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FFPE-RNARNA QualityRNA DegradationSample QCLibrary PreparationSequencing ProcessRNA FragmentsSequencing ReagentsFlow CellSample LibraryPhiX Control

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Levin, Y., Talsania, K., Tran, B., Shetty, J., Zhao, Y., Mehta, M. Optimization for Sequencing and Analysis of Degraded FFPE-RNA Samples. J. Vis. Exp. (160), e61060, doi:10.3791/61060 (2020).

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