Этот протокол описывает неинвазивный метод эффективной идентификации клеток S-фазы для последующих микроскопических исследований, таких как измерение репарации белка репарации ДНК с помощью лазерного микролучения.
Восстановление повреждений ДНК поддерживает генетическую целостность клеток в высокореактивной среде. Клетки могут накапливать различные типы повреждений ДНК из-за эндогенных и экзогенных источников, таких как метаболическая активность или ультрафиолетовое излучение. Без репарации ДНК генетический код клетки становится скомпрометированным, подрывая структуры и функции белков и потенциально вызывая заболевания.
Понимание пространственно-временной динамики различных путей репарации ДНК в различных фазах клеточного цикла имеет решающее значение в области восстановления повреждений ДНК. Современные методы флуоресцентной микроскопии предоставляют отличные инструменты для измерения кинетики рекрутирования различных белков репарации после индукции повреждения ДНК. Синтез ДНК во время S-фазы клеточного цикла является своеобразной точкой в судьбе клеток в отношении репарации ДНК. Он предоставляет уникальное окно для проверки всего генома на наличие ошибок. В то же время ошибки синтеза ДНК также представляют угрозу целостности ДНК, которая не встречается в неделяющихся клетках. Поэтому процессы репарации ДНК значительно отличаются в S-фазе по сравнению с другими фазами клеточного цикла, и эти различия плохо изучены.
Следующий протокол описывает подготовку клеточных линий и измерение динамики белков репарации ДНК в S-фазе в локально индуцированных местах повреждения ДНК с использованием лазерно-сканирующего конфокального микроскопа, оснащенного лазерной линией 405 нм. Помеченный PCNA (с mPlum) используется в качестве маркера клеточного цикла в сочетании с меченым AcGFP репараторным белком, представляющим интерес (т. Е. EXO1b), для измерения рекрутации повреждений ДНК в S-фазе.
Несколько путей репарации ДНК эволюционировали для решения различных типов поражений ДНК, которые могут возникать в клетках, все из которых строго регулируются как в пространстве, так и во времени. Одним из наиболее уязвимых периодов клеточного цикла является S-фаза, когда происходит синтез ДНК. Хотя распространение имеет основополагающее значение для жизни, оно также представляет собой серьезную проблему. Клетки должны обеспечить верную репликацию своего генома, чтобы избежать мутаций, которые будут переданы будущим поколениям. Следовательно, пролиферация обеспечивает терапевтическую точку вмешательства, которая была использована для разработки терапевтических подходов в области онкологии.
Все основные методы, используемые для изучения рекрутирования белка при поражениях ДНК, имеют свои сильные и слабые стороны. Микроизлучение имеет лучшее пространственное и временное разрешение1, чем большинство альтернативных методов, таких как иммунофлуоресцентная визуализация ионизирующих радиационно-индуцированных очагов (IRIF), хроматин-иммунопреципитация (ChIP) или биохимическое фракционирование. Тем не менее, микроизлучение повышает надежность вышеупомянутых методов, которые могут одновременно отбирать большое количество клеток.
Чтобы исследовать репарации ДНК в S-фазе, необходимо уметь различать клетки S-фазы в асинхронной популяции клеточной культуры. Существует много известных методов решения этой проблемы, включая либо синхронизацию клеток, либо визуализацию различных фаз клеточного цикла. Однако оба подхода создают значительные проблемы и возможные артефакты. Методы химической синхронизации, широко используемые для обогащения клеток в ранней S-фазе (например, двойной блок тимидина, лечение афидиколином и гидроксимочевиной), достигают синхронизации путем индукции напряжения репликации и, в конечном итоге, повреждения самой ДНК. Это ограничивает использование этих методов для изучения процессов репарации ДНК в S фазе2. Синхронизация через сывороточное голодание и высвобождение применима только к ограниченному числу клеточных линий, в значительной степени исключая линии раковых клеток, которые меньше полагаются на факторы роста для прогрессирования клеточного цикла по сравнению с непереобощенными клеточными линиями. Система Fluorescence Ubiquitin Cell Cycle Indicator (FUCCI) является особенно полезным инструментом для изучения клеточного цикла, но она имеет фундаментальное ограничение при дифференциации между фазами клеточного цикла S и G23.
Здесь показано, что использование флуоресцентно помеченной PCNA в качестве неинвазивного маркера для S-фазы ограничивает недостатки методов синхронизации химического клеточного цикла, обеспечивая при этом большую специфичность и гибкость, чем система FUCCI. В качестве единого маркера PCNA не только может выделять клетки S-фазы в асинхронной популяции, но также может показывать точнуюпрогрессию клеток в S-фазе (т.е. ранней, средней или поздней S-фазе)4. Низкие уровни экспрессии экзогенной, помеченной PCNA обеспечивают минимальное вмешательство как в прогрессирование клеточного цикла, так и в процессы репарации ДНК. Важно отметить, что PCNA также служит внутренним контролем для правильной индукции повреждений ДНК, поскольку она участвует в восстановлении нескольких поражений ДНК и набирается в локально индуцированные участки повреждения ДНК1,4.
Эксперименты, представленные здесь, демонстрируют, как измерить динамику рекрутации EXO1b в S-фазе и как на это влияет хорошо заявляемый ингибитор PARP, олапариб. Активность нуклеазы EXO1b имеет отношение к широкому спектру путей репарации ДНК, включая восстановление несоответствия (MMR), репарации нуклеотидной эксцизии (NER) и двухцепочечное восстановление разрыва (DSB). В S-фазе EXO1b играет важную роль в гомологиозной рекомбинации (HR) путем образования 3’ssDNA свесов во время резекции ДНК5. EXO1b был дополнительно замешан в репликации ДНК с ролями в активации контрольных точек для перезапуска остановленных вил ДНК, а также удаления праймера и созревания фрагмента Окадзаки на запаздывающей цепи во время смещения нити в репликации5. Рекрутирования EXO1b к поврежденным участкам ДНК регулируется прямым взаимодействием с поли (АДФ-рибоза) (PAR)6,7. Из-за многочисленных специфических последствий EXO1b для клеточного цикла он является отличным выбором для исследований рекрутации S-фазы с использованием PCNA.
Критические шаги и потенциальные способы устранения неполадок/модификаций протокола
Правильный сосуд для посева тканей для микролучедиации имеет решающее значение для успеха. Большинство систем визуализации с высоким разрешением оптимизированы для толщины покровного стекла 0,17 мм. Использование камер визуализации большей или меньшей толщины или камер, изготовленных из пластиковых полимеров (не оптимизированных для визуализации 405 нм), может значительно снизить качество изображения. При использовании стеклянных поверхностей убедитесь, что они обработаны культурой тканей для усиления клеточной адгезии. Если они не обработаны тканевой культурой, эти камеры должны быть покрыты, например, поли-D-лизином перед посевом клеток. При покрытии клеток в камерное покровное стекло идеальная плотность клеток имеет первостепенное значение, чтобы избежать нарушений клеточного цикла и дополнительного стресса для клеток. Правильное тепловое равновесие компонентов микроскопа перед экспериментированием для поддержания стабильной температуры имеет решающее значение как для поддержания фокуса на протяжении всего замедленного изображения, так и для обеспечения однородной DDR во времени и образцах.
Крайне важно, чтобы клетки были в здоровом состоянии до микролучения, чтобы уменьшить артефактные данные. Если клетки имеют неправильную морфологию после заражения / отбора, позвольте клеткам прогрессировать через несколько проходов, пока морфология не вернется к норме. Всегда следите за тем, чтобы используемые клеточные линии не были загрязнены микоплазмой. Среди многих побочных эффектов микоплазменной инфекции она также вызывает повреждение ДНК клеток-хозяев и может повлиять на их пути DDR14,15. Наиболее чувствительным способом обнаружения микоплазмы в клеточной культуре является ПЦР (по сравнению с обнаружением с помощью DAPI или Hoechst).
Оптимальная сверхэкспрессия интересующей вас восстановительного белка должна быть сопоставима с эндогенными уровнями, однако достаточно высокой для обнаружения. Промотор, используемый на вирусных векторах, вирусный титр во время инфекции и продолжительность времени заражения могут быть скорректированы для идеальных уровней экспрессии. Для получения последовательных результатов изолируйте отдельные клоны клеток, чтобы обеспечить однородные уровни экспрессии и нормальную морфологию клеток. Рекомендуется использовать векторные конструкции, которые не переэкспрессируют помеченную PCNA на более высоких, чем эндогенные уровни, для правильной функции клеточного цикла и маркера репарации ДНК. Даже низкие уровни сверхэкспрессии PCNA достаточны для различения клеток S-фазы. Для этой цели успешно используются ретровирусные векторы pBABE (Addgene #1764, #1765, #1766, #1767). PCNA может быть помечена любыми мономерными красными(например, mPlum, mCherry, mRuby и т. Д.) Или мономерными зелеными флуоресцентными белками (например, mEGFP, AcGFP, mWasabi, mNeonGreen, mEmerald и т. Д.), Которые затем могут быть объединены с попеременно помеченными POI. Сверхэкспрессия флуоресцентно помеченного POI имеет некоторые ограничения и соображения. Флуоресцентные метки могут нарушить нормальную функцию и локализацию белка. Таким образом, необходимо учитывать местоположение метки (N или C-терминал). Всегда используйте мономерные флуоресцентные белки, так как олигомеризация немономерных вариантов может повлиять на функцию POI.
Настройки лазера должны быть определены для каждой системы визуализации, так как многие компоненты оптического пути будут влиять на фактическую мощность, доставляемую в ячейки. Лазерное микроизлучение может вызвать несколько типов поражений ДНК в зависимости от длины волны возбуждения, выходной мощности лазера FRAP и если использовались какие-либо предсенсибилизирующие агенты (такие как бромодезоксиуридин или Hoechst). 405 нм лазеры могут вызывать окислительное повреждение ДНК, одно- и двухцепочечные разрывы16,17. При использовании более высоких настроек выхода лазера количество DSB увеличивается. В этом протоколе методы предварительной сенсибилизации не использовались, но эти методы широко освещаются в литературе и вновь ограничиваются в обсуждении ниже. По нашему мнению, лучший способ проверить, генерируется ли желаемое поражение, – это тестирование на набор известных генов, специфичных для пути повреждения ДНК. Рекрутирование NTHL1 или OGG1, компонентов пути BER, предполагает индукцию окислено-окисленых оснований ДНК10,11,17,18,19,в то время как FBXL10 или XRCC5 указывают на наличие DSB8,20,21. Рекрутация XRCC1 может указывать как на наличие окисленные основания ДНК, так и на одноцепочечные разрывы (SSB)22,23. XPC (т.е. RAD4) является хорошим индикатором NER, который удаляет громоздкие аддукты ДНК, генерируемые ультрафиолетовым светом (UV)17,24. Поскольку рекрутирование экзогенных белков может привести к определенным нарушениям, иммунофлуоресцентное окрашивание эндогенных белков или маркеров репарации ДНК (таких как γH2A.X для двухцепочечных разрывов) может подтвердить наличие специфических поражений ДНК. В качестве альтернативы также могут быть использованы антитела, поднятые против определенных типов поражений ДНК. Чтобы отрегулировать мощность поставляемого лазера, можно изменять как время выдержки, так и мощность лазера.
С помощью математического моделирования может быть выполнен подробный кинетический анализ, который может дать ценную информацию о рекрутируемых свойствах POI (например, вклад нескольких доменов связывания ДНК, чувствительность к различным сигнальным событиям и т. Д.). Автоматизированная оценка набора персонала и отслеживание ячеек могут быть объединены для создания надежных рабочих процессов 1,25.
Преимущества и ограничения пресенсибилизации ДНК
Предварительная сенсибилизация ДНК перед микрооблучением является широко используемым инструментом для репарации ДНК белкового набора16,17. Сенсибилизация ДНК перед микролучением делает ее более восприимчивой к DSB. Двумя наиболее распространенными методами пресенсибилизации ДНК являются предварительная обработка клеток либо бромодезоксиуридином (BrdU), либо красителем Hoechst. Для систем, не способных к микролучению при высокой мощности лазера, эти методы могут быть необходимы для индуцирования поражений ДНК, таких как DSB. Кроме того, в отсутствие детектора пропускаемого света или флуоресцентного сигнала, выделяющего ядро клетки (например, при изучении рекрутирования непомеченных эндогенных белков репарации ДНК), Hoechst действует как предсенсибилизирующий инструмент и флуоресцентное ядерное пятно. Тем не менее, предварительная сенсибилизация ДНК может привести к значительным осложнениям. BrdU (используется в конечной концентрации 10 мкМ) должен быть добавлен к клеткам 24 часа (или время, эквивалентное полному клеточный цикл в используемой клеточной линии) для правильного включения в ДНК и может вызвать интерференцию клеточного цикла26. Hoechst 33342 (используется в конечной концентрации 1 мкг/мл) является цитотоксичным после длительных инкубационных периодов, но требует достаточного времени для насыщения ядра красителем. Поэтому его следует наносить только за 15-20 минут до микрооблучения; в противном случае данные о наборе персонала не будут согласованными. Окрашенные таким образом клетки нельзя держать в культуре более нескольких часов27,28. Убедитесь, что вы не используете Hoechst 33358, который не так проницаем в клетках, как краситель Hoechst 33342. Предварительная сенсибилизация также может внести ненужную дисперсию между экспериментами и делает эксперимент еще более чувствительным к различиям в плотности клеток (поскольку это повлияет на количество включенного красителя / клетки).
Преимущества и ограничения конфокальной микроскопии
Скорость визуализации конфокальной микроскопии может быть ограниченной по сравнению с широкоугольной микроскопией. Тем не менее, конфокальный микроскоп, оснащенный резонансным сканером, может значительно улучшить скорость изображения (за счет разрешения), приближаяся к скоростям вращательно-дисковой микроскопии. Три особенности делают конфокальную систему A1R HD25 отличным выбором для представленного здесь протокола. Во-первых, 25-миллиметровый FOV системы позволяет визуалировать от 15 до 20 клеток в одном сканируемом поле (против 5-10 ячеек в обычных установках), ограничивая количество приобретений, необходимых для получения достаточного количества клеток для статистического анализа. Во-вторых, модуль FRAP и две сканируемые головки позволяют визуалировать и микрооблучать клетки одновременно, а не только последовательно. Наконец, гибкость наличия как резонансных, так и гальваносканеров обеспечивает возможность легко переключаться между изображениями с высоким временным разрешением с исключительной скоростью, которая сводит к минимуму закалку флуорофоров, и изображениями с высоким пространственным разрешением, которые используют более медленные скорости сканирования для получения изображений с более высоким соотношением сигнал/шум. В то время как используемая система позволяла вышеупомянутой гибкости, напоминать более широко доступные конфигурации конфокального микроскопа, в представленных экспериментах использовался только гальваносканер (как для микроизлучения, так и для последующей визуализации).
Преимущества и ограничения микроизлучения
Хотя микроизлучение обеспечивает непревзойденное пространственное и временное разрешение, оно не лишено ограничений. Повреждение ДНК лазерным микролучением сильно кластеризовано на определенные части ядра по сравнению с естественными повреждающими агентами. Таким образом, реакция хроматина на микролучение может отличаться по сравнению с гомогенно распределенным повреждением. Кроме того, микроизлучение занимает много времени и может проводиться только на нескольких десятках клеток, в то время как крупные популяционные биохимические методы (фракционирование хроматина, иммунопреципитация, ChIP) могут обеспечить повышенную надежность путем изучения тысяч клеток одновременно. Проверка наблюдений, сделанных путем микролучения, с помощью традиционных биохимических методов является эффективной стратегией для надежных выводов. Хотя одновременное микролучение многих клеток в определенном FOV возможно, системе визуализации потребуется больше времени для выполнения задачи. Поэтому измерение динамики белков, которые очень быстро рекрутируется к поражениям ДНК, ограничивает количество возможных ROI для микрооблучения, используемых одновременно. В системе визуализации, используемой для этого протокола, микроизлучение одной рентабельности инвестиций длиной 1024 пикселя занимает 1032 мс при длительности 1000 мкс и 3088 мс при использовании времени ожидания 3000 мкс. Использование нескольких линий ROI значительно увеличит время, необходимое для завершения микроизлучения (например, roi длиной 7 x 1024 пикселей занимает 14402 мс при длительности 1000 мкс и 21598 мс при времени ожидания 3000 мкс). Это время теряется при получении изображения и должно быть принято во внимание. При визуализации событий быстрого набора используйте кратчайший возможный ROI и облучайте только одну клетку за раз.
Преимущества и ограничения по сравнению с методами синхронизации
Для исследований, специфичных для клеточного цикла, существующие методы включают либо синхронизацию клеток в определенные фазы клеточного цикла, либо использование флуоресцентных репортеров для идентификации конкретной фазы клеточного цикла клетки. Однако каждый из этих методов предоставляет свои собственные проблемы и ограничения.
СистемаFUCCI 3 (основанная на флуоресцентных белках, помеченных усеченными формами CDT1 и Geminin) является особенно полезным инструментом для исследований клеточного цикла, но имеет ограничения, когда дело доходит до дифференциации между фазами S и G2 клеточного цикла. Уровни геминина уже высоки с середины S-фазы и остаются высокими до фазы M, что затрудняет разделение этих фаз. Использование системы FUCCI также означает, что два оптических канала микроскопа не могут быть использованы для визуализации POI.
Нераковые клеточные линии могут быть синхронизированы в G0 путем удаления факторов роста, обнаруженных в сыворотке (сывороточное голодание), вызывая небольшое повреждение или отсутствие повреждения ДНК клеток. Тем не менее, большинство линий раковых клеток будут частично продолжать прогрессировать через клеточный цикл даже без достаточного количества сыворотки в их средах. Кроме того, клетки частично начинают терять синхронизацию к концу G1, ранней S-фазе. В дополнение к сывороточному голоданию, существует множество химических методов для достижения синхронизации клеточного цикла. Блоки гидроксимочевины, афидиколина и тимидина являются методами остановки репликации ДНК для синхронизации клеток в раннюю S-фазу. Хотя эти методы дешевы и просты, они вводят стресс репликации, который приводит к повреждению ДНК. Было показано, что эти ингибиторы репликации ДНК индуцируют фосфорилирование H2A. X, известный маркер DSB2,29. Метод использования метки PCNA в качестве маркера для S-фазовых клеток снижает потенциал артефактов, вызванных химической синхронизацией, и может быть применен к широкому спектру клеточных линий по сравнению с сывороточным голоданием.
Заключение
Повреждение ДНК является движущей силой генетических заболеваний, где мутагенные поражения могут привести к злокачественной трансформации клеток. Нацеливание на механизм синтеза ДНК является фундаментальной терапевтической стратегией в лечении гиперпролиферативных заболеваний, таких как рак. Чтобы лечить эти заболевания более целенаправленно, нам нужно лучше понять белки, которые восстанавливают повреждения ДНК. Протокол, описанный здесь, помогает исследованиям на основе микролучения в S-фазе, сводя к минимуму проблемы, связанные с традиционными методами синхронизации, для уменьшения возможных артефактов и повышения воспроизводимости экспериментов.
The authors have nothing to disclose.
Авторы благодарят М. Пагано за постоянную поддержку, а также Д. Симонески, А. Марцио и Г. Танга за критический обзор рукописи. Б. Миватани-Минтер благодарит Р. Миватани и Б. Минтера за их постоянную поддержку. Г. Рона благодарит К. Ронане Юраша и Г. Рону за их постоянную поддержку.
Ammonium chloride | Sigma-Aldrich | A9434-500G | For quenching formaldehyde |
Anti-EXO1 Rabbit Polyclonal Antibody | Proteintech | 16253-1-AP | primary antibody |
Anti-phospho-Histone H2A.X (Ser139) Antibody, clone JBW301 | Millipore | 05-636 | primary antibody |
Bovine Serum Albumin | Sigma-Aldrich | 3117332001 | BSA for blocking |
BrdU (5-Bromo-2'-deoxyuridine) | Merck | 19-160 | pre-sensitizing agent |
Citifluor™ Mountant Solution AFR3 | Electron Microscopy Sciences | 17973-10 | antifade containing PBS solution for imaging |
DAPI | Sigma-Aldrich | D9542-1MG | nucleic acid stain |
DMEM Medium | Thermo Fisher Scientific | 10569010 | Cell culture medium for HEK293T cells |
DMSO | Sigma-Aldrich | D2650-100ML | Vehichle control and dissolution solvent |
EGFP-FBXL10 | Addgene | #126542 | viral expression vector for EGFP-FBXL10 |
EXO1b-AcGFP (in pRetroQ) | custom cloning | na | EXO1b cDNA was cloned in the NheI, BamHI sites of pRetroQ-AcGFP1-N1 vector. |
Fetal Bovine Serum | Gibco | 16140071 | Media supplement |
FluoroBrite DMEM | Thermo Fisher Scientific | A1896701 | Phenol red free medium for microscopy |
Goat anti-Mouse IgG (H+L) Highly Cross-Adsorbed Secondary Antibody, Alexa Fluor Plus 488 | Thermo Fisher Scientific | A32723 | secondary antibody |
HEK293T cells | ATCC | ATCC CRL-3216 | Cell line for viral packaging |
HEPES | Sigma-Aldrich | H0887-100ML | Buffering agent to supplement live cell imaging medium |
Hoechst 33342 | Thermo Fisher Scientific | H3570 | pre-sensitizing agent |
Lipofectamine 3000 | Thermo Fisher Scientific | L3000015 | Transfection reagent |
McCoy’s 5A (Modified) Medium | Life Technologies | 16600-108 | Cell culture medium for U-2 OS cells |
mCherry-PCNA | Addgene | #55117 | non-viral PCNA construct suitable for cell cycle marker |
mPlum-PCNA | Addgene | #55994 | non-viral PCNA construct suitable for cell cycle marker |
mPlum-PCNA (in pBABE) | custom cloning | na | mPlum-PCNA cDNA was cloned from Addgene #55994 in the BamHI, SalI sites of pBABE (puro) |
Nikon A1R-HD25 Confocal Scanhead and Controller | Nikon | na | confocal imaging system |
Nikon LUN4 laser unit | Nikon | na | excitation system |
Nikon LUN-F 50 mW 405 nm FRAP laser unit | Nikon | na | FRAP laser unit |
Nikon NIS Elements Confocal Controller Software | Nikon | na | Confocal controlling software |
Nikon Ti2-E Inverted Microscope | Nikon | na | inverted epifluorescent microscope base |
Nikon Ti2-LAPP Modular Illumination System | Nikon | na | illumination system |
NTHL1-mCherry (in pRetroQ) | custom cloning | na | NTHL1 cDNA was cloned in the NheI, SalI sites of pRetroQ-mCherry-N1 vector. |
Nunc Lab-Tek II Chambered Coverglass (4 well) | Thermo Fisher Scientific | 155382PK | Live cell microscopy cell culture chamber |
Olaparib | Selleck Chemicals | S1060 | PARP inhibitor |
Opti-MEM reduced serum media | Thermo Fisher Scientific | 31985062 | Dilution medium for transient transfection |
Paraformaldehyde aqueous solution (32%) | Thermo Fisher Scientific | 50-980-494 | Fixative |
pBABE (hygro) | Addgene | #1765 | retroviral expression vector (for low expression levels) |
pBABE (neo) | Addgene | #1767 | retroviral expression vector (for low expression levels) |
pBABE (puro) | Addgene | #1764 | retroviral expression vector (for low expression levels) |
pBABE (zeo) | Addgene | #1766 | retroviral expression vector (for low expression levels) |
PCNA Antibody (PC10) | Santa Cruz | sc-56 | primary antibody |
Penicillin-Streptomycin-Glutamine (100x) | Gibco | 10378016 | Media supplement |
polybrene | Sigma-Aldrich | TR-1003 | Increase viral infection efficiency |
pRetroQ-AcGFP-C1 | Takara | 632506 | retroviral expression vector |
pRetroQ-AcGFP-N1 | Takara | 632505 | retroviral expression vector |
pRetroQ-mCherry-C1 | Takara | 632567 | retroviral expression vector |
pRetroQ-mCherry-N1 | Takara | 632568 | retroviral expression vector |
pUMVC | Addgene | #8449 | Viral packaging vector |
Sodium-pyruvate | Thermo Fisher Scientific | 11360070 | Supplement for live cell imaging medium |
Triton X-100 aqueous solution (10%) | Sigma-Aldrich | 11332481001 | Dilute in PBS for cell permeabilization buffer |
Trypsin-EDTA Solution 10X | Sigma-Aldrich | 59418C-100ML | Dilute in PBS to split cells |
U-2 OS Cells | ATCC | HTB-96 | Optimal cell line for microscopy experiments |
Universal Mycoplasma Detection Kit | ATCC | 30-1012K | PCR based Mycoplasma detection kit |
VSV-G | Addgene | #8454 | Viral protein envelope vector |