Summary

قياس المعدلات المحتملة للحد من نترات الدسيميلي إلى الأمونيوم على أساس 14NH4+/15NH4+ تحليلات عن طريق التحويل المتسلسل إلى N2O

Published: October 07, 2020
doi:

Summary

وتقدم بالتفصيل سلسلة من الطرق لتحديد معدل DNRA المحتملة على أساس 14NH4+/15NH4+ التحليلات. NH4+ يتم تحويلها إلى N2O عبر عدة خطوات وتحليلها باستخدام الكروماتوغرافيا الغاز رباعية الروبول- قياس الطيف الشامل.

Abstract

11 – وقد أخذت أهمية فهم مصير النترات (NO3)،وهي الأنواع N المهيمنة التي يتم نقلها من النظم الإيكولوجية الأرضية إلى النظم الإيكولوجية المائية، في التزايد لأن الأحمال العالمية من النيتروجين قد زادت بشكل كبير بعد التصنيع. إن الحد من النترات الدسيميلية إلى الأمونيوم (DNRA) و التخريب هما عمليتان ميكروبيتان تستخدمان NO3 للتنفس. ومقارنة بالحرمان من التسهّم، لم يتم تحديد كمي لنشاط الـ DNRA إلا بقدر محدود. وقد أدى ذلك إلى عدم كفاية فهم أهمية DNRA في التحولات رقم3والعوامل المنظمة لهذه العملية. والهدف من هذه الورقة هو توفير إجراء مفصل لقياس معدل DNRA المحتمل في العينات البيئية. وباختصار، يمكن حساب معدل DNRA المحتملة من 15N المسمى الأمونيوم(15NH4+) معدل تراكم في 15NO3 إضافة حضانة. 2 – يتألف تحديد التركيزات 14NH4+ و15NH4+ التركيزات الموصوفة في هذه الورقة من الخطوات التالية. أولاً، يتم استخراج NH4+ في العينة ومحاصرة على مرشح زجاجي حموضة كملح الأمونيوم. ثانياً، يتم اجساق الأمونيوم المحاصر ويتأكسد إلى NO3 عبر أكسدة persulfate. ثالثاً، يتم تحويل NO3 إلى N2O عبر denitrifier N2O. وأخيرا، يتم تحليل N2O المحولة باستخدام نظام كروماتوغرافيا الطيفي -الكتلة الغازية التي تم تطويرها سابقا. وقد طبقنا هذه الطريقة على رواسب الأهوار المالحة وحسبنا معدلاتها المحتملة للـ DNRA، مما يدل على أن الإجراءات المقترحة تسمح بتحديد بسيط وأكثر سرعة مقارنة بالطرق الموصوفة من قبل.

Introduction

وقد أدى التركيب الاصطناعي للأسمدة النيتروجينية وتطبيقه على نطاق واسع إلى إزعاج دورة النيتروجين العالمية إلى حد كبير. ويقدر أن نقل النيتروجين التفاعلي من النظم الأرضية إلى النظم الساحلية قد تضاعف منذ زمن ما قبل الثورة الصناعية1. ويُجرَّف جزء كبير من الأسمدة التي تُطبق على حقل معين من التربة إلى الأنهار أو المياه الجوفية، في المقام الأول باعتبارها لا3 2. وهذا قد يسبب مشاكل بيئية مثل تلوث مياه الشرب، ومغذيات، وتشكيل نقص الأكسجة. NO3 في بيئات المياه يتم إزالتها من أو الاحتفاظ بها في النظام الإيكولوجي عن طريق الاستيعاب البيولوجي ومختلف العمليات الجرثومية. ومن المعروف أن الحرمان من التخريب و anammox هي عمليات إزالة الميكروبات الرئيسية ل NO3−. التكريب هو التخفيض الميكروبي لـ NO3 إلى المنتجات الغازية N (NO و N2O و N2) إلى جانب أكسدة مانح إلكترون، مثل المواد العضوية، مما يقلل من خطر المشاكل المذكورة أعلاه. Anammox تنتج أيضا N2 من NO2 وNH4+; لذلك، فإنه يزيل N غير العضوية من النظام الإيكولوجي. وعلى العكس من ذلك، تعمل الهيئة على الاحتفاظ بـ N في نظام إيكولوجي؛ ومن المسلم به عموما أن يتم تنفيذ DNRA في المقام الأول عن طريق البكتيريا التخمير أو البكتيريا chemolithoautotrophic وأنها تقلل من dissimilatory NO3 إلى التوافر الحيوي وأقل متنقلة NH4+.

وقد أجريت دراسات عن الأراضي المُصابة بالانساب في المقام الأول في النظم الإيكولوجية البحرية أو النظم الإيكولوجية لمصبات الأنهار، مثل رواسب المحيطات أو مصبات الأنهار والمياه، والملح أو تربة الأهوار الملوحة، وتربة المنغروف. النظم الإيكولوجية الساحلية أو البحرية مهمة كخزانات لإزالة NO3 من النظم الإيكولوجية الأرضية، وفي الدراسات السابقة فقد تبين أن DNRA تساهم على مدى مجموعة واسعة جدا من NO3 إزالة (0-99)3،4،5،6،7،8،10،,11،1210،,13،14،15،,16،18.18 وعلاوة على ذلك، وقد ثبت وجود DNRA في مجموعة واسعة من البيئات بما في ذلك بيئات المياه العذبة19، الأرز التربة20، والتربة الغابات21. في حين أظهرت هذه الدراسات أن DNRA يمكن أن تكون قابلة للمقارنة ل denitrification NO3 إزالة، والدراسات التي تقيس نشاط DNRA لا تزال محدودة جدا بالمقارنة مع تلك التي قياس الحرمان.

وقد تم تقييم معدل DNRA باستخدام 15تقنية وضع العلامات النية بالاقتران مع تحليل البيانات عن طريق النماذج التحليلية أو الرقمية. ويستند أحد الحلول التحليلية لحساب معدل DNRA على الزيادة في التخصيب 15N من N4+ تجمع بعد إضافة 15NO3 كمتتبع. 15 N-المسمى NO3 يضاف إلى عينة ومحتضنة، ويمكن بعد ذلك حساب معدل DNRA من التغيرات في نسبة التركيز والنظائر في NH4+ قبل وبعد فترة معينة من الزمن. وفي هذه الورقة، يرد وصف تفصيلي لطريقة لقياس درجة التركيز من NH4+ ونسبة النظائر، المطلوبة لحساب معدل DNRA. أساسا، الأسلوب المبلغ عنه هنا هو مزيج من عدة تقنيات ذكرت سابقا22،23،24،25،26 مع التعديلات المضافة إلى بعض الإجراءات. وتتألف هذه الطريقة من سلسلة من خمسة إجراءات المكون: (1) حضانة عينة بيئية مع تعديل جهاز تتبع النظائر المستقرة، 15NO3(2) استخراج واسترداد NH4+ باستخدام “إجراء نشر” مع تعديلات، (3) أكسدة persulfate من NH4+ في العينة، تتكون من السكان الأصليين NH4+ و 15NH4+ مشتقة من 15NO3 عن طريق نشاط DNRA ، إلى NO3 و 15NO3، (4) التحول الميكروبي اللاحق NO3 و 15NO3 إلى N2O isotopomers عن طريق طريقة denitrifier المعدلة، و (5) القياس الكمي للISOTOPOMers N2O باستخدام الكروماتوغرافيا الغازية -قياس الطيف الشامل (GC/MS). في القسم التالي، أولاً، يتم وصف الإعداد للإجراءات (2) و (4) ثم، بعد ذلك، يتم وصف جميع الإجراءات المكونة الخمسة بالتفصيل.

Protocol

1- إعداد مظروف PTFE لالتقاط الغازية الغازية NH3 ضع قطعة 60 مم من شريط البوليتيترافلورو (PTFE) (25 مم في العرض) على ورقة صغيرة من رقائق الألومنيوم (حوالي 300 مم × 450 ملم في الحجم، مسحت بالإيثانول). الرماد مرشح الألياف الزجاجية (10 ملم في القطر مع حجم المسام من 2.7 μm) في 450 درجة مئوية لمدة 4 سا?…

Representative Results

وقد استمدت النتائج التمثيلية المعروضة في هذه الورقة من 15تجربة تتبع ن لرواسب الأهوار المالحة. تم إنشاء المستنقعات المالحة التي تم أخذ عينات منها حديثًا في أعقاب زلزال شرق اليابان الكبير عام 2011 في منطقة مون بمدينة كيسن نوما في محافظة مياجي، اليابان. وفي أيلول/سبتمبر …

Discussion

وقد تم تحديد نسبة تركيز ونظائر NH4+ لتحليل DNRA كمياً باستخدام عدة طرق. وتقاس عموماً بشكل منفصل تركيزات ونسب النظائر من NH4++ بشكل منفصل. يتم عادة قياسالتركيز NH+ 4باستخدام أساليب قياس الألوان بما في ذلك autoanalyzer4،10،<sup class="xref"…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

نشكر ناوتو تاناكا على المساعدة في جمع البيانات وتطوير البروتوكول. تم دعم جمع العينات من قبل JSPS KAKENHI رقم المنحة 17K15286.

Materials

15N-KNO3 SHOKO SCIENCE N15-0197
15N-NH4Cl SHOKO SCIENCE N15-0034
20 mL PP bottle SANPLATEC 61-3210-18 Wide-mouth
Aluminum cap Maruemu 1307-13 No. 20, with hole
Boric acid Wako 021-02195
Centrifuge HITACHI Himac CR21G II
Deoxygenized Gas Pressure & Replace Injector SANSIN INDUSTRIAL IP-12
Disposable cellulose acetate membrane filter ADVANTEC 25CS020AS Pore size 0.22 µm, 25 mm in diameter
Disposable syringe Termo SS-10SZ 10 mL
Disposable syringe Termo SS-01T 1 mL
Dulbecco’s Phosphate Buffered Saline (-) NISSUI PHARMACEUTICAL 5913
Gastight syringe VICI Valco Instruments 4075-15010 Series A-2, 100 µL
GC/MS shimadzu GCMS-QP2010ultra
GF/D Whatman 1823-010 10 mm in diameter
Glass vial Maruemu 0501-06 20 mL
Gray butyl rubber stopper Maruemu 1306-03 No.20-S
H2SO4 Wako 192-04696 Guaranteed Reagent
K2S2O8 Wako 169-11891 Nitrogen and Phosphorus analysis grade
KCl Wako 163-03545 Guaranteed Reagent
KNO3 Wako 160-04035 Guaranteed Reagent
NaOH Wako 191-08625 Nitrogen compounds analysis grade
NH4Cl Wako 017-02995 Guaranteed Reagent
Plastic centrifuge tube ASONE 1-3500-22 50 mL, VIO-50BN
Pseudomonas chlororaphis subsp. aureofaciens American Type Culture Collection (ATCC) ATCC 13985 Freeze-dried, the type strain of Pseudomonas aureofaciens
PTFE sealing tape Sigma-Aldrich Z221880 25 mm in width
Reciprocating shaker TAITEC 0000207-000 NR-10
Screw-cap test tube IWAKI 84-0252 11 mL
PTFE-lined cap for test tube IWAKI 84-0262
Tryptic Soy Broth Difco Laboratories 211825

References

  1. Gruber, N., Galloway, J. N. An Earth-system perspective of the global nitrogen cycle. Nature. 451 (7176), 293-296 (2008).
  2. Galloway, J. N., et al. The Nitrogen Cascade. Bioscience. 53 (4), 341-356 (2003).
  3. Rysgaard, S., Risgaard-Petersen, N., Sloth, N. P., Caumette, P., Castel, J., Herbert, R. Nitrification, denitrification, and nitrate ammonification in sediments of two coastal lagoons in Southern France. Coastal Lagoon Eutrophication and Anaerobic Processes (C.L.E.AN.). Developments in Hydrobiology. 117, 133-141 (1996).
  4. Christensen, P. B., Rysgaard, S., Sloth, N. P., Dalsgaard, T., Schwærter, S. Sediment mineralization, nutrient fluxes, denitrification and dissimilatory nitrate reduction to ammonium in an estuarine fjord with sea cage trout farms. Aquatic Microbial Ecology. 21, 73-84 (2000).
  5. Tobias, C. R., Anderson, I. C., Canuel, E. A., Macko, S. A. Nitrogen cycling through a fringing marsh-aquifer ecotone. Marine Ecology Progress Series. 210, 25-39 (2001).
  6. An, S. M., Gardner, W. S. Dissimilatory nitrate reduction to ammonium (DNRA) as a nitrogen link, versus denitrification as a sink in a shallow estuary (Laguna Madre/Baffin Bay, Texas). Marine Ecology Progress Series. 237, 41-50 (2002).
  7. Gardner, W. S., et al. Nitrogen fixation and dissimilatory nitrate reduction to ammonium (DNRA) support nitrogen dynamics in Texas estuaries. Limnology & Oceanography. 51 (1), 558-568 (2006).
  8. Preisler, A., et al. Biological and chemical sulfide oxidation in a Beggiatoa inhabited marine sediment. The ISME Journal. 1 (4), 341-353 (2007).
  9. Gardner, W. S., McCarthy, M. J. Nitrogen dynamics at the sediment-water interface in shallow, sub-tropical Florida Bay: why denitrification efficiency may decrease with increased eutrophication. Biogeochemistry. 95 (2-3), 185-198 (2009).
  10. Dong, L. F., et al. Changes in benthic denitrification, nitrate ammonification, and anammox process rates and nitrate and nitrite reductase gene abundances along an estuarine nutrient gradient (the Colne estuary, United Kingdom). Applied and Environmental Microbiology. 75 (10), 3171-3179 (2009).
  11. Koop-Jakobsen, K., Giblin, A. E. The effect of increased nitrate loading on nitrate reduction via denitrification and DNRA in salt marsh sediments. Limnology & Oceanography. 55 (2), 789-802 (2010).
  12. Dong, L. F., et al. Dissimilatory reduction of nitrate to ammonium, not denitrification or anammox, dominates benthic nitrate reduction in tropical estuaries. Limnology & Oceanography. 56 (1), 279-291 (2011).
  13. Fernandes, S. O., Bonin, P. C., Michotey, V. D., Garcia, N., LokaBharathi, P. A. Nitrogen-limited mangrove ecosystems conserve N through dissimilatory nitrate reduction to ammonium. Scientific Reports. 2, 419 (2012).
  14. Behrendt, A., de Beer, D., Stief, P. Vertical activity distribution of dissimilatory nitrate reduction in coastal marine sediments. Biogeosciences. 10 (11), 7509-7523 (2013).
  15. Song, G. D., Liu, S. M., Marchant, H., Kuypers, M. M. M., Lavik, G. Anammox denitrification and dissimilatory nitrate reduction to ammonium in the East China Sea sediment. Biogeosciences. 10 (11), 6851-6864 (2013).
  16. Yin, G., Hou, L., Liu, M., Liu, Z., Gardner, W. S. A novel membrane inlet mass spectrometer method to measure 15NH4+15+ for isotope-enrichment experiments in aquatic ecosystems. Environmental Science & Technology. 48 (16), 9555-9562 (2014).
  17. Zheng, Y., et al. Tidal pumping facilitates dissimilatory nitrate reduction in intertidal marshes. Scientific Reports. 6, 21338 (2016).
  18. Bu, C., et al. Dissimilatory Nitrate Reduction to Ammonium in the Yellow River Estuary: Rates, Abundance, and Community Diversity. Scientific Reports. 7, 6830 (2017).
  19. Scott, J. T., McCarthy, M. J., Gardner, W. S., Doyle, R. D. Denitrification, dissimilatory nitrate reduction to ammonium, and nitrogen fixation along a nitrate concentration gradient in a created freshwater wetland. Biogeochemistry. 87 (1), 99-111 (2008).
  20. Shan, J., et al. Dissimilatory Nitrate Reduction Processes in Typical Chinese Paddy Soils: Rates, Relative Contributions, and Influencing Factors. Environmental Science & Technology. 50 (18), 9972-9980 (2016).
  21. Silver, W. L., Herman, D. J., Firestone, M. K. Dissimilatory nitrate reduction to ammonium in upland tropical forest soils. Ecology. 82 (9), 2410-2416 (2001).
  22. Holmes, R. M., McClelland, J. W., Sigman, D. M., Fry, B., Peterson, B. J. Measuring 15N–NH4+ in marine, estuarine and fresh waters: An adaption of the ammonia diffusion method for samples with low ammonium concentrations. Marine Chemistry. 60 (3-4), 235-243 (1998).
  23. Sigman, D. M., et al. A bacterial method for the nitrogen isotopic analysis of nitrate in seawater and freshwater. Analytical Chemistry. 73 (17), 4145-4153 (2001).
  24. Weigand, M. A., Foriel, J., Barnett, B., Oleynik, S., Sigman, D. M. Updates to instrumentation and protocols for isotopic analysis of nitrate by the denitrifier method. Rapid Communications in Mass Spectrometry. 30 (12), 1365-1383 (2016).
  25. Isobe, K., et al. Analytical techniques for quantifying 15N/14N of nitrate, nitrite, total dissolved nitrogen and ammonium in environmental samples using a gas chromatograph equipped with a quadrupole mass spectrometer. Microbes and Environments. 26 (1), 46-53 (2011).
  26. Miyajima, T., Tanaka, Y., Koile, Y. Determining 15N enrichment of dissolved organic nitrogen in environmental waters by gas chromatography/negative-ion chemical ionization mass spectrometry. Limnology and Oceanography. 3 (3), 164-173 (2005).
  27. Stevens, R. J., Laughlin, R. J., Burns, L. C., Arah, J. R. M., Hood, R. C. Measuring the contributions of nitrification and denitrification to the flux of nitrous oxide from soil. Soil Biology and Biochemistry. 29 (2), 139-151 (1997).
  28. Porubsky, W. P., Velasquez, L. E., Joye, S. B. Nutrient-replete benthic microalgae as a source of dissolved organic carbon to coastal waters. Estuaries and Coasts. 31 (5), 860-876 (2008).
  29. Huygens, D., et al. Mechanisms for retention of bioavailable nitrogen in volcanic rainforest soils. Nature Geoscience. 1 (8), 543-548 (2008).
  30. Rutting, T., Boeckx, P., Muller, C., Klemedtsson, L. Assessment of the importance of dissimilatory nitrate reduction to ammonium for the terrestrial nitrogen cycle. Biogeosciences. 8 (7), 1779-1791 (2011).
  31. Song, B., Lisa, J. A., Tobias, C. R. Linking DNRA community structure and activity in a shallow lagoonal estuarine system. Frontiers in Microbiology. 5, 460 (2014).
  32. Cheng, L., et al. Dissimilatory nitrate reduction processes in sediments of urban river networks: Spatiotemporal variations and environmental implications. Environmental Pollution. 219, 545-554 (2016).
  33. Lisa, J. A., Song, B., Tobias, C. R., Hines, D. E. Genetic and biogeochemical investigation of sedimentary nitrogen cycling communities responding to tidal and seasonal dynamics in Cape Fear River Estuary. Estuarine, Coastal and Shelf Science. 167, A313-A323 (2015).
  34. Deng, F. Y., et al. Dissimilatory nitrate reduction processes and associated contribution to nitrogen removal in sediments of the Yangtze Estuary. Journal of Geophysical Research: Biogeosciences. 120 (8), 1521-1531 (2015).
  35. Tiedje, J. M., Zehnder, A. J. B. . Biology of Anaerobic Microorganisms. , 179-244 (1988).
  36. Tiedje, J. M., Sexstone, A. J., Myrold, D. D., Robinson, J. A. Denitrification: ecological niches, competition and survival. Antonie van Leeuwenhoek. 48, 569-583 (1982).
  37. Hardison, A. K., Algar, C. K., Giblin, A. E., Rich, J. J. Influence of organic carbon and nitrate loading on partitioning between dissimilatory nitrate reduction to ammonium (DNRA) and N2 production. Geochimica et Cosmochimica Acta. , 164 (2015).
  38. Sigman, D. M., et al. Natural abundance-level measurement of the nitrogen isotopic composition of oceanic nitrate: an adaptation of the ammonia diffusion method. Marine Chemistry. 57 (3-4), 227-242 (1997).
  39. Risgaard-Petersen, N., Rysgaard, S., Revsbech, N. P. Combined microdiffusion-hypobromite oxidation method for determining nitrogen-15 isotope in ammonium. Soil Science Society of America Journal. 59 (4), (1995).
  40. Gardner, W. S., Bootsma, H. A., Evans, C., John, P. A. S. Improved chromatographic analysis of 15N:14N ratios in ammonium or nitrate for isotope addition experiments. Marine Chemistry. 48 (3-4), 271-282 (1995).

Play Video

Cite This Article
Kuroiwa, M., Fukushima, K., Hashimoto, K., Senga, Y., Sato, T., Katsuyama, C., Suwa, Y. Measurement of the Potential Rates of Dissimilatory Nitrate Reduction to Ammonium Based on 14NH4+/15NH4+ Analyses via Sequential Conversion to N2O. J. Vis. Exp. (164), e59562, doi:10.3791/59562 (2020).

View Video