זיהוי של חיידקים פתוגנים נדירים לפי 16S rRNA ג'ין סידור MALDI-TOF MS
Summary
Matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) and molecular techniques (16S rRNA gene sequencing) permit the identification of rare bacterial pathogens in routine diagnostics. The goal of this protocol lies in the combination of both techniques which leads to more accurate and reliable data.
Abstract
ישנם מספר ונדיר, ולכן, מספיק תיאר חיידקים פתוגנים אשר דיווחו לגרום זיהומים קשים במיוחד בחולים מדוכאי חיסון. ברוב המקרים רק כמה נתונים, בעיקר כפי שפורסם דיווחי מקרים, זמינים אשר לחקור את תפקיד פתוגנים כגון סוכן זיהומיות. לכן, על מנת להבהיר את אופי פתוגניים של מיקרואורגניזמים כאלה, יש צורך לערוך מחקרים אפידמיולוגיים הכוללים מספר רב של חיידקים אלה. השיטות ששימשו במחקר מעקב כזה צריך לעמוד בקריטריונים הבאים: זיהוי של זנים יש לדייק על פי המינוח תקף, הם צריכים להיות קל לטפל (חוסנו), חסכוני אבחון שגרתי והם צריכים ליצור השוואה תוצאות בין מעבדות שונות. באופן כללי, ישנם שלוש אסטרטגיות לזיהוי זני חיידקים בסביבה שיגרתית: 1) זיהוי פנוטיפי המאפיין את biochemical ומטבוליות המאפיינים של חיידקים, 2) בטכניקות מולקולריות כגון רצף הגן 16S rRNA ו -3) ספקטרומטריית מסה כגישה מבוססת proteome הרומן. מאז ספקטרומטריית מסה גישות מולקולריות הם הכלים המבטיחים ביותר לזיהוי מגוון גדול של מינים של חיידקים, שתי השיטות המתוארות. מקדמות, מגבלות ובעיות פוטנציאליות בעת שימוש בטכניקות אלה נדונים.
Introduction
זיהוי מאובטח של פתוגנים נדירים אבחון שיגרתי הקשה על ידי העובדה כי שיטות תרבותיות ביוכימיים קלסית הם מסורבלות לפעמים בספק. יתר על כן, מעבדה למיקרוביולוגיה אבחון יש לעבד מספר רב של פתוגנים, הנעים בין כמה מאות לכמה אלפי, יומי, אשר מחייב שימוש במערכות אוטומטיות. בנוסף לניהול של תפוקה יומית גבוהה, זיהוי המדויק של מינים של חיידקים הוא זקוק. זה הוא מוצדק שכן הם נבדלים דפוס הרגישות מיקרוביאלית שלהם ולכן זיהוי נכון מספק למטפל עם מידע חיוני לבחור אנטיביוטיקה מתאימה (למשל, אנטרוקוקוס spp., Acinetobacter spp.) 12,43.
מערכות זיהוי חיידקים אוטומטיים (Amis) להחיל ערכות סטנדרטיות של תגובות אנזימטיות לאפיין את התכונות מטבוליות של בידודים חיידקי <sup> 13,15,16,26,27. למרות המחסניות בשימוש במערכות האלה לנצל מספר רב של תגובות ביוכימיות שונות, למשל, 47 בכרטיס GN של איימיס השתמש במחקר זה 52, זיהוי מאובטח היתרי אסטרטגיה זו רק עבור מספר מוגבל של חיידקים. יתר על כן, מאגר המידע, מערכת מומחה מתקדמת, מתמקד בבירור על זיהוי של חיידקים רלוונטיים מאוד רלוונטיים של חשיבות רפואית 13,15,16,36. שתי מערכות נוספות, בשימוש נרחב במעבדות, גם ליישם גישה ביוכימית זו לזיהוי חיידקים. מחקרים שנעשו לאחרונה מדגימים דיוק זיהוי להשוות בין איימיס השתמשו במחקר זה ואחד המתחרים (93.7% ו 93.0% בהתאמה), בעוד ש -3 rd איימיס יש דיוק הזיהוי של 82.4% בלבד על מינים לרמה 35. פערים אלה עשויים להיות מוסברים על ידי איכות אזכור נתוני זיהוי הבסיסי, הגירסות של ערכות ותוכנה, הבדלי METABOlism ומיומנות של כוח אדם טכני 35,36.
שתי מערכות MALDI-TOF MS אוטומטית (MALDI-TOF חיידקי מערכת זיהוי, mMIS) משמשות בעיקר. מערכות אלו מאפשרות זיהוי של מספר רב של מינים של חיידקים מבוססים על ספקטרה המונית טביעת אצבע החלבון שלהם. לדוגמה, מסד הנתונים של mMIS המשמש מכיל 6,000 ספקטרה התייחסות. מערכות זיהוי המבוססות על ספקטרומטריית מסה להציע זיהוי מהיר ואמין של מגוון גדול של מיקרואורגניזמים כולל 11,48,51 פתוגנים נדירים. עד כה רק כמה השוואות ישירות זמינות בין mMIS השתמש במחקר זה והמתחרה שלה 19,33. לדברי Daek et al. שתי המערכות לספק שיעור גבוה דומה של דיוק זיהוי, אבל mMIS השתמשו במחקר זה נראה אמין יותר להציג תעודה מזהה עם מינים 19.
באופן דומה, בטכניקות מולקולריות פונות נשמרות היטב, אלא גם גנים נפרדים ( <em> למשל, 16S rDNA או rpoB) להתיר זיהוי מינים ברור 3,22,61. בין אלה, rDNA 16S הוא גן המשק הנפוץ ביותר בגלל נוכחותה כל החיידקים 34. תפקידה נשאר ללא שינוי ולבסוף, עם בערך 1,500 נ"ב, זה מספיק זמן כדי להיות מתאים-אינפורמטיקה ביו 14,34. חוקרים רבים רואים בניתוח גנטי 16S rRNA בתור "תקן הזהב" לזיהוי חיידקים 21. זאת בשל העובדה כי כמה מעבדות להשתמש בטכניקות כלת DNA-DNA עד כה לזיהוי החיידקים נדירים או חדשים 14,34. בנוסף, יותר ויותר מסדי נתונים זמינים אשר ניתן להשתמש בהם לצורך ניתוח גנטי 16S rRNA 50. עם זאת, יש לקחת בחשבון כי 16S rDNA מבוסס מערכות גילוי יש רגישות מוגבלת לעומת פרוטוקולי PCR סטנדרטיים. יתר על כן, הגישה המולקולרית היא מתוחכמת, זמן רב ודורשת צוות מקצועי מהשורה הראשונה, כמו גםמתקני מעבדה ייעודיים, אם כן, לא מיושמים בקלות לתוך אבחון שגרתי 55. יתר על כן, הוכיח כי השילוב של לפחות שתי שיטות שונות של זיהוי חיידקי מוביל זיהוי זן מאוד מדויק. השילוב של MALDI-TOF MS ו 16S rDNA רצף מאפשר זיהוי של מספרים גדולים של מיני חיידקים שונים ברמת דיוק גבוהה. לאחרונה השילוב של MALDI-TOF MS ו 16S rRNA בניתוח גנטי הוצג לזיהוי חיידקים לומדים שאלות אפידמיולוגיים ופתוגנים נדירים 56.
Protocol
Representative Results
Discussion
שניהם MALDI-TOF MS וסדר הגן 16S rRNA להציע את האפשרות לזהות מספר רב של חיידקים שונים. MALDI-TOF MS היא שיטה מהירה וזולה, אשר קל להתמודד ומסדי נתונים גדולים של ספקטרה ההמונית חיידקים זמינים. מסיבה זו, MALDI-TOF MS היא שיטה מהירה, עלות אפקטיבית אמינה לערוך מחקרי הקרנה התמקדו חיידקים פתוגנים…
Disclosures
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
The authors would like to thank Prof. Enno Jacobs for his continuing support.
Materials
| CHROMASOLV, HPLC grade water, 1 L | Sigma-Aldrich Chemie, München, Germany | 270733 | |
| Tissue Lyser LT | Qiagen, Hilden, Germany | 85600 | Oscillating Homogenizer |
| Glass-beads 1,0mm | VWR International, Darmstadt, Germany | 412-2917 | |
| Thermomixer 5436 | Eppendorf, Hamburg, Germany | 2050-100-05 | |
| QIAamp DNA Mini Kit (250) | Qiagen, Hilden, Germany | 51306 | |
| Taq PCR Core Kit (1000 U) | Qiagen, Hilden, Germany | 201225 | |
| Forward Primer TPU1 (5´-AGA GTT TGA TCM TGG CTC AG-3’) | biomers.net GmbH, Ulm, Germany | – | |
| Reverse Primer RTU4 (5´-TAC CAG GGT ATC TAA TCC TGT T-3´) | biomers.net GmbH, Ulm, Germany | – | |
| Mastercycler | Eppendorf, Hamburg, Germany | - | Thermocylcer |
| Reaction tube 1.5 mL | SARSTEDT, Nümbrecht, Germany | 72,692 | |
| Reaction tube 2 mL | SARSTEDT, Nümbrecht, Germany | 72,693,005 | |
| PCR 8er-CapStrips | Biozym Scientific, Hessisch Oldendorf, Germany | 711040X | |
| PCR 8er-SoftStrips | Biozym Scientific, Hessisch Oldendorf, Germany | 711030X | |
| Sharp R-ZV11 | Sharp Electronics, Hamburg, Germany | – | Microwave |
| Titriplex III (EDTA Na2-salt dehydrate; 1 kg) | Merck, Darmstadt, Germany | 1084211000 | |
| SeaKem LE Agarose | Biozym Scientific, Hessisch Oldendorf, Germany | 849006 | |
| (2 x 500 g) | |||
| SmartLadder SF – 100 to 1000 bp | Eurogentec, Lüttich, Belgium | MW-1800-04 | |
| Bromphenol blue (25 g) | Sigma-Aldrich Chemie, München, Germany | B0126 | |
| Xylene cyanol FF (10 g) | Sigma-Aldrich Chemie, München, Germany | X4126 | |
| ComPhor L Maxi | Biozym, Hessisch Oldendorf, Germany | – | |
| Ethidium bromide solution 1 %(10 mL) | Carl Roth, Karlsruhe, Germany | 2218.1 | |
| Gel Doc 2000 | Bio-Rad Laboratories, München, Germany | – | Gel-documentation system |
| ExoSAP-IT (500 reactions) | Affymetrix UK, Wooburn Green, High Wycombe, United Kingdom | 78201 | |
| Buffer (10 x) with EDTA | Life Technologies, Darmstadt, Germany | 402824 | |
| BigDye Terminator Kit v1.1 | Life Technologies, Darmstadt, Germany | 4337450 | |
| Hi-Di formamide (25 mL) | Life Technologies, Darmstadt, Germany | 4311320 | |
| DyeEx 2.0 Spin Kit (250) | Qiagen, Hilden, Germany | 63206 | |
| 3130 Genetic Analyzer | Life Technologies, Darmstadt, Germany | – | Sequenzer |
| MicroAmp optical 96-well reaction plate with barcode | Life Technologies, Darmstadt, Germany | 4306737 | |
| 3130 Genetic Analyzer, plate base 96-well | Life Technologies, Darmstadt, Germany | 4317237 | |
| 3130 Genetic Analyzer, plate retainer 96-well | Life Technologies, Darmstadt, Germany | 4317241 | |
| 3130 Genetic Analyzer, well plate septa | Life Technologies, Darmstadt, Germany | 4315933 | |
| 3130 Genetic Analyzer, POP-7 Polymer, 7 mL | Life Technologies, Darmstadt, Germany | 4352759 | |
| 3130 Genetic Analyzer, 4-Capillary Array, 50 cm | Life Technologies, Darmstadt, Germany | 4333466 | |
| Sequencing Analysis Software 5.4 | Life Technologies, Darmstadt, Germany | – | |
| microflex (the MALDI TOF MS maschine) | Bruker Daltonik, Bremen, Germany | – | |
| MALDI Biotyper (the MALDI TOF MS system) | Bruker Daltonik, Bremen, Germany | – | our mMIS |
| VITEK MS | bioMérieux, Nürtingen, Germany | 2nd mMis | |
| flexControl 3.4 (control software) | Bruker Daltonik, Bremen, Germany | – | |
| Biotyper Realtime Classification 3.1 (RTC), (analysis software) | Bruker Daltonik, Bremen, Germany | – | |
| α-cyano-4-hydroxycinnamic acid, HCCA, 1 g | Bruker Daltonik, Bremen, Germany | 201344 | |
| Peptide Calibration Standard II | Bruker Daltonik, Bremen, Germany | 222570 | |
| MSP 96 target polished steel | Bruker Daltonik, Bremen, Germany | 8224989 | |
| peqgreen | peqlab | 37-5010 | |
| MALDI Biotyper Galaxy | Bruker Daltonik, Bremen, Germany | Part No. 1836007 | |
| Vitek 2 | bioMérieux, Nürtingen, Germany | our aMis | |
| MicroScan | Beckman Coulter | 2nd aMis | |
| BD Phoenix™ Automated Microbiology System | BD | 3rd aMis | |
| Staphylococcus aureus subsp. aureus Rosenbach (ATCC® 25923™) | ATCC | postive control for PCR |
References
- . . Applied Biosystems 3130/3130xl Genetic Analyzers – Getting Started Guide. , (2010).
- . Ch. 5. Applied Biosystems 3130/3130xl Genetic Analyzers – Getting Started Guide. , 81-104 (2010).
- Adekambi, T., Drancourt, M., Raoult, D. The rpoB gene as a tool for clinical microbiologists. Trends Microbiol. 17 (1), 37-45 (2009).
- Almuzara, M. N., et al. First case of fulminant sepsis due to Wohlfahrtiimonas chitiniclastica. J.Clin.Microbiol. 49 (6), 2333-2335 (2011).
- Areekul, S., Vongsthongsri, U., Mookto, T., Chettanadee, S., Wilairatana, P. Sphingobacterium multivorum septicemia: a case report. J.Med.Assoc.Thai. 79 (6), 395-398 (1996).
- Aydin, T. T., et al. Chryseobacterium indologenes Septicemia in an Infant. Case Rep.Infect.Dis. 2014, 270521 (2014).
- Baillie, S., Ireland, K., Warwick, S., Wareham, D., Wilks, M. Matrix-assisted laser desorption/ionisation-time of flight mass spectrometry: rapid identification of bacteria isolated from patients with cystic fibrosis. Br.J.Biomed.Sci. 70 (4), 144-148 (2013).
- Benedetti, P., Rassu, M., Pavan, G., Sefton, A., Pellizzer, G. Septic shock, pneumonia, and soft tissue infection due to Myroides odoratimimus: report of a case and review of Myroides infections. Infection. 39 (2), 161-165 (2011).
- Bertelli, C., Greub, G. Rapid bacterial genome sequencing: methods and applications in clinical microbiology. Clin.Microbiol.Infect. 19 (9), 803-813 (2013).
- Bhuyar, G., Jain, S., Shah, H., Mehta, V. K. Urinary tract infection by Chryseobacterium indologenes. Indian J.Med.Microbiol. 30 (3), 370-372 (2012).
- Buchan, B. W., Ledeboer, N. A. Emerging technologies for the clinical microbiology laboratory. Clin.Microbiol.Rev. 27 (4), 783-822 (2014).
- Castillo-Rojas, G., et al. Comparison of Enterococcus faecium and Enterococcus faecalis Strains isolated from water and clinical samples: antimicrobial susceptibility and genetic relationships. PLoS ONE. 8 (4), e59491 (2013).
- Chatzigeorgiou, K. S., Sergentanis, T. N., Tsiodras, S., Hamodrakas, S. J., Bagos, P. G. Phoenix 100 versus Vitek 2 in the identification of gram-positive and gram-negative bacteria: a comprehensive meta-analysis. J.Clin.Microbiol. 49 (9), 3284-3291 (2011).
- Clarridge, J. E. Impact of 16S rRNA gene sequence analysis for identification of bacteria on clinical microbiology and infectious diseases. Clin.Microbiol.Rev. 17 (4), 840-862 (2004).
- Crowley, E., et al. Evaluation of the VITEK 2 Gram-negative (GN) microbial identification test card: collaborative study. J.AOAC Int. 95 (3), 778-785 (2012).
- Crowley, E., et al. Evaluation of the VITEK 2 gram positive (GP) microbial identification test card: collaborative study. J.AOAC Int. 95 (5), 1425-1432 (2012).
- Croxatto, A., Prod’hom, G., Greub, G. Applications of MALDI-TOF mass spectrometry in clinical diagnostic microbiology. FEMS Microbiol.Rev. 36 (2), 380-407 (2012).
- Crum-Cianflone, N. F., Matson, R. W., Ballon-Landa, G. Fatal case of necrotizing fasciitis due to Myroides odoratus. Infection. 42 (5), 931-935 (2014).
- Deak, E., et al. Comparison of the Vitek MS and Bruker Microflex LT MALDI-TOF MS platforms for routine identification of commonly isolated bacteria and yeast in the clinical microbiology laboratory. Diagn.Microbiol.Infect.Dis. 81 (1), 27-33 (2015).
- DeMarco, M. L., Ford, B. A. Beyond identification: emerging and future uses for MALDI-TOF mass spectrometry in the clinical microbiology laboratory. Clin.Lab.Med. 33 (3), 611-628 (2013).
- Deng, J., et al. Comparison of MALDI-TOF MS, gene sequencing and the Vitek 2 for identification of seventy-three clinical isolates of enteropathogens. J.Thorac.Dis. 6 (5), 539-544 (2014).
- Drancourt, M., Berger, P., Raoult, D. Systematic 16S rRNA gene sequencing of atypical clinical isolates identified 27 new bacterial species associated with humans. J.Clin.Microbiol. 42 (5), 2197-2202 (2004).
- Fenselau, C., Demirev, P. A. Characterization of intact microorganisms by MALDI mass spectrometry. Mass Spectrom.Rev. 20 (4), 157-171 (2001).
- Freney, J., et al. Septicemia caused by Sphingobacterium multivorum. J.Clin.Microbiol. 25 (6), 1126-1128 (1987).
- Funke, G., Frodl, R., Sommer, H. First comprehensively documented case of Paracoccus yeei infection in a human. J.Clin.Microbiol. 42 (7), 3366-3368 (2004).
- Funke, G., Funke-Kissling, P. Evaluation of the new VITEK 2 card for identification of clinically relevant gram-negative rods. J.Clin.Microbiol. 42 (9), 4067-4071 (2004).
- Funke, G., Funke-Kissling, P. Performance of the new VITEK 2 GP card for identification of medically relevant gram-positive cocci in a routine clinical laboratory. J.Clin.Microbiol. 43 (1), 84-88 (2005).
- Gaillot, O., et al. Cost-effectiveness of switch to matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry for routine bacterial identification. J.Clin.Microbiol. 49 (12), 4412 (2011).
- Gilchrist, C. A., Turner, S. D., Riley, M. F., Petri, W. A., Hewlett, E. L. Whole-genome sequencing in outbreak analysis. Clin.Microbiol.Rev. 28 (3), 541-563 (2015).
- Holland, R. D., et al. Rapid identification of intact whole bacteria based on spectral patterns using matrix-assisted laser desorption/ionization with time-of-flight mass spectrometry. Rapid Commun.Mass Spectrom. 10 (10), 1227-1232 (1996).
- Holmes, B., Owen, R. J., Hollis, D. G. Flavobacterium spiritivorum, a new species isolated from human clinical specimens. Int.J.Syst.Bacteriol. 32 (2), 157-165 (1982).
- Holmes, B., Owen, R. J., Weaver, R. E. Flavobacterium multivorum, a new species isolated from human clinical specimens and previously known as group IIk, biotype 2. Int.J.Syst.Bacteriol. 31 (1), 21-34 (1981).
- Jamal, W., Albert, M., Rotimi, V. O. Real-time comparative evaluation of bioMerieux VITEK MS versus Bruker Microflex MS, two matrix-assisted laser desorption-ionization time-of-flight mass spectrometry systems, for identification of clinically significant bacteria. BMC Microbiol. 14 (1), 289 (2014).
- Janda, J. M., Abbott, S. L. 16S rRNA gene sequencing for bacterial identification in the diagnostic laboratory: pluses, perils, and pitfalls. J.Clin.Microbiol. 45 (9), 2761-2764 (2007).
- Jin, W. Y., et al. Evaluation of VITEK 2, MicroScan, and Phoenix for identification of clinical isolates and reference strains. Diagn.Microbiol.Infect.Dis. 70 (4), 442-447 (2011).
- Jossart, M. F., Courcol, R. J. Evaluation of an automated system for identification of Enterobacteriaceae and nonfermenting bacilli. Eur.J.Clin.Microbiol.Infect.Dis. 18 (12), 902-907 (1999).
- Karas, M., Hillenkamp, F. Laser desorption ionization of proteins with molecular masses exceeding 10,000 daltons. Anal.Chem. 60 (20), 2299-2301 (1988).
- Koh, Y. R., et al. The first Korean case of Sphingobacterium spiritivorum bacteremia in a patient with acute myeloid leukemia. Ann.Lab.Med. 33 (4), 283-287 (2013).
- Kok, J., Chen, S. C., Dwyer, D. E., Iredell, J. R. Current status of matrix-assisted laser desorption ionisation-time of flight mass spectrometry in the clinical microbiology laboratory. Pathology. 45 (1), 4-17 (2013).
- Koljalg, S., et al. First report of Wohlfahrtiimonas chitiniclastica from soft tissue and bone infection at an unusually high northern latitude. Folia Microbiol.(Praha). , (2014).
- Krishnamurthy, T., Ross, P. L. Rapid identification of bacteria by direct matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometric analysis of whole cells. Rapid Commun.Mass Spectrom. 10 (15), 1992-1996 (1996).
- Ktari, S., et al. Nosocomial outbreak of Myroides odoratimimus urinary tract infection in a Tunisian hospital. J.Hosp.Infect. 80 (1), 77-81 (2012).
- Lim, Y. M., Shin, K. S., Kim, J. Distinct antimicrobial resistance patterns and antimicrobial resistance-harboring genes according to genomic species of Acinetobacter isolates. J.Clin.Microbiol. 45 (3), 902-905 (2007).
- Marinella, M. A. Cellulitis and sepsis due to sphingobacterium. JAMA. 288 (16), 1985 (2002).
- McElvania, T. E., Shuey, S., Winkler, D. W., Butler, M. A., Burnham, C. A. Optimizing identification of clinically relevant Gram-positive organisms by use of the Bruker Biotyper matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry system. J Clin.Microbiol. 51 (5), 1421-1427 (2013).
- Mellmann, A., et al. Evaluation of matrix-assisted laser desorption ionization-time-of-flight mass spectrometry in comparison to 16S rRNA gene sequencing for species identification of nonfermenting bacteria. J.Clin.Microbiol. 46 (6), 1946-1954 (2008).
- Mignard, S., Flandrois, J. P. 16S rRNA sequencing in routine bacterial identification: a 30-month experiment. J.Microbiol.Methods. 67 (3), 574-581 (2006).
- Nomura, F. Proteome-based bacterial identification using matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS): A revolutionary shift in clinical diagnostic microbiology. Biochim.Biophys.Acta. , (2014).
- Opota, O., Croxatto, A., Prod’hom, G., Greub, G. Blood culture-based diagnosis of bacteraemia: state of the art. Clin.Microbiol.Infect. 21 (4), 313-322 (2015).
- Patel, J. B. 16S rRNA gene sequencing for bacterial pathogen identification in the clinical laboratory. Mol.Diagn. 6 (4), 313-321 (2001).
- Patel, R. MALDI-TOF MS for the Diagnosis of Infectious Diseases. Clin.Chem. , (2014).
- Pincus, D. H., Miller, M. J. Ch. 1. Encyclopedia of Rapid Microbiological Methods. , 1-32 (2005).
- Potvliege, C., et al. Flavobacterium multivorum septicemia in a hemodialyzed patient. J.Clin.Microbiol. 19 (4), 568-569 (1984).
- Rebaudet, S., Genot, S., Renvoise, A., Fournier, P. E., Stein, A. Wohlfahrtiimonas chitiniclastica bacteremia in homeless woman. Emerg.Infect.Dis. 15 (6), 985-987 (2009).
- Risch, M., et al. Comparison of MALDI TOF with conventional identification of clinically relevant bacteria. Swiss Med.Wkly. 140, 13095 (2010).
- Schröttner, P., Rudolph, W. W., Eing, B. R., Bertram, S., Gunzer, F. Comparison of VITEK2, MALDI-TOF MS, and 16S rDNA sequencing for identification of Myroides odoratus and Myroides odoratimimus. Diagn.Microbiol.Infect.Dis. 79 (2), 155-159 (2014).
- Schröttner, P., Rudolph, W. W., Taube, F., Gunzer, F. First report on the isolation of Aureimonas altamirensis from a patient with peritonitis. Int.J.Infect.Dis. 29, 71-73 (2014).
- Schröttner, P., et al. Actinobacillus equuli ssp. haemolyticus in a semi-occlusively treated horse bite wound in a 2-year-old girl. Ger.Med.Sci. 11, (2013).
- Seng, P., et al. Ongoing revolution in bacteriology: routine identification of bacteria by matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry. Clin.Infect.Dis. 49 (4), 543-551 (2009).
- Shahul, H. A., Manu, M. K., Mohapatra, A. K., Chawla, K. Chryseobacterium indologenes pneumonia in a patient with non-Hodgkin’s lymphoma. BMJ Case.Rep. 2014, (2014).
- Stackebrandt, E., Göbel, B. M. Taxonomic note: a place for DNA-DNA reassociation and 16S rRNA sequence analysis in the present species definition in bacteriology. Int.J.Syst.Bacteriol. 44, 846-849 (1994).
- Tan, K. E., et al. Prospective evaluation of a matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry system in a hospital clinical microbiology laboratory for identification of bacteria and yeasts: a bench-by-bench study for assessing the impact on time to identification and cost-effectiveness. J.Clin.Microbiol. 50 (10), 3301-3308 (2012).
- Tanaka, K. The origin of macromolecule ionization by laser irradiation (Nobel lecture). Angew.Chem.Int.Ed.Engl. 42 (33), 3860-3870 (2003).
- Thaiwong, T., Kettler, N. M., Lim, A., Dirkse, H., Kiupel, M. First report of emerging zoonotic pathogen Wohlfahrtiimonas chitiniclastica in the United States. J.Clin.Microbiol. 52 (6), 2245-2247 (2014).
- Török, M. E., Peacock, S. J. Rapid whole-genome sequencing of bacterial pathogens in the clinical microbiology laboratory–pipe dream or reality. J.Antimicrob.Chemother. 67 (10), 2307-2308 (2012).
- Toth, E. M., et al. Wohlfahrtiimonas chitiniclastica gen. nov., sp. nov., a new gammaproteobacterium isolated from Wohlfahrtia magnifica (Diptera: Sarcophagidae). Int.J.Syst.Evol.Microbiol. 58, 976-981 (2008).
- Tristezza, M., Gerardi, C., Logrieco, A., Grieco, F. An optimized protocol for the production of interdelta markers in Saccharomyces cerevisiae by using capillary electrophoresis. J.Microbiol.Methods. 78 (3), 286-291 (2009).
- Valentine, N. B., Wahl, J. H., Kingsley, M. T., Wahl, K. L. Direct surface analysis of fungal species by matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry. Rapid Commun.Mass Spectrom. 16 (14), 1352-1357 (2002).
- van Veen, S. Q., Claas, E. C., Kuijper, E. J. High-throughput identification of bacteria and yeast by matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry in conventional medical microbiology laboratories. J.Clin.Microbiol. 48 (3), 900-907 (2010).
- Verma, R. K., Rawat, R., Singh, A., Singh, D. P., Verma, V. Sphingobacterium multivorum causing fatal meningoencephalitis: a rare case report. Int.J.Res.Med.Sci. 2 (4), 1710-1712 (2014).
- Yabuuchi, E., Kaneko, T., Yano, I., Moss, C. W., Miyoshi, N. Sphingobacterium gen. nov., Sphingobacterium spiritivorum comb. nov., Sphingobacterium multivorum comb. nov., Sphingobacterium mizutae sp. nov., and Flavobacterium indologenes sp. nov.: Glucose-nonfermenting Gram-negative rods in CDC groups IIK-2 and IIb. Int.J.Syst.Bacteriol. 33 (3), 580-598 (1983).
