Сальмонелла вторгается и реплицируется внутри эпителиальных клеток кишечника как в вакуолях, специфичных для сальмонеллы, так и свободно в цитозоле (гиперрепликация). Здесь описан высокопроизводительный протокол на основе флуоресцентной микроскопии для количественной оценки внутриклеточных фенотипов сальмонеллы с помощью двух дополнительных анализов изображений через ImageJ, достигая одноклеточного разрешения и оценки.