الببتيدات المناعية: عزل الفأر والببتيدات البشرية المرتبطة بالفئران MHC من الفئتين الأولى والثانية لتحليل الطيف الكتلي
Summary
هنا ، نقدم بروتوكولا لتنقية مجمعات الببتيد من الفئة الأولى والثانية من MHC من خطوط الفئران والخلايا البشرية التي توفر بيانات عالية الجودة عن الببتيدوميكا المناعية. ويركز البروتوكول على تحضير العينات باستخدام الأجسام المضادة المتاحة تجاريا.
Abstract
Immunopeptidomics هو مجال ناشئ يغذي ويوجه تطوير اللقاحات والعلاجات المناعية. وبشكل أكثر تحديدا ، يشير إلى علم التحقيق في تكوين الببتيدات التي تقدمها جزيئات مجمع التوافق النسيجي الرئيسي (MHC) من الفئة الأولى والفئة الثانية باستخدام منصات تكنولوجيا قياس الطيف الكتلي (MS). من بين جميع الخطوات في سير عمل علم المناعة المناعي القائم على مرض التصلب العصبي المتعدد، يعد إعداد العينات أمرا بالغ الأهمية لالتقاط بيانات عالية الجودة ذات صلة علاجية. هنا ، يتم وصف التعليمات خطوة بخطوة لعزل الببتيدات المرتبطة بالفئة الأولى والثانية من MHC عن طريق تنقية الالتقاء المناعي من عينات مراقبة الجودة ، من الماوس (EL4 و A20) ، وخطوط الخلايا البشرية (JY) بشكل أكثر تحديدا. يتم وصف الكواشف المختلفة والأجسام المضادة المحددة بدقة لعزل الببتيدات المرتبطة ب MHC من خطوط الخلايا هذه ، بما في ذلك خطوات التحقق من كفاءة ربط الخرز للجسم المضاد وكفاءة إزالة مجمعات الببتيد MHC من الخرز. ويمكن استخدام البروتوكول لإنشاء سير عمل في مجال الببتيدوميكا المناعية وتوحيده، فضلا عن قياس البروتوكولات الجديدة. وعلاوة على ذلك، يمثل البروتوكول نقطة انطلاق كبيرة لأي شخص من غير الخبراء بالإضافة إلى تعزيز قابلية الاستنساخ داخل المختبرات وفيما بينها لإجراء تحضير العينات في علم المناعة.
Introduction
على مدى العقد الماضي ، تجاوز الاهتمام بالتحقيق في ذخيرة الببتيدات المرتبطة ب MHC القطاع الأكاديمي ووصل إلى التكنولوجيا الحيوية والصناعات الصيدلانية. في الواقع ، في السرطان ، يمثل اكتشاف المستضدات الجديدة القابلة للتنفيذ الخاصة بالورم تركيزا بحثيا رئيسيا في القطاع الصناعي لتطوير علاجات مناعية سريرية تؤدي إلى علم الأورام الشخصي 1،2،3. في الأساس ، يتم تقديم الببتيدات المرتبطة ب MHC في جميع أنحاء الجسم بأكمله ، وتعكس المرحلة داخل الخلايا من الخلية ، وهي مهمة في مختلف الحالات المرضية مثل المناعة الذاتية ، والزرع ، والأمراض المعدية ، والالتهابات ، والسرطان ، والحساسية1,4. وبالتالي ، فإن الببتيدات المرتبطة ب MHC ، أو روابط مستضد الكريات البيض البشرية (HLA) في البشر ، ذات أهمية طبية كبيرة ويشار إليها مجتمعة باسم immunopeptidome5.
التصلب المتعدد هو نهج تحليلي قوي لتوصيف الببتيدوم المناعي6,7، بما في ذلك اكتشاف المستضدات الجديدة الخاصة بالورم8,9,10,11. يتضمن سير العمل النموذجي لإجراء تجربة الببتيدوميك المناعي ثلاث خطوات رئيسية: 1) إعداد عينة لعزل الببتيدات المرتبطة ب MHC ، 2) الحصول على البيانات بواسطة MS ، و 3) تحليل البيانات باستخدام أدوات برمجية حسابية مختلفة12. يعد توليد عينات عالية الجودة موصوفة في هذا البروتوكول المرئي أمرا بالغ الأهمية لنجاح أي مشروع في علم المناعة المناعي القائم على التصلب المتعدد. يركز البروتوكول الموصوف أدناه على عزل الببتيدات المرتبطة بالفئة الأولى والثانية من MHC عن خطوط الخلايا الراسخة المناسبة لتوليد بيانات مناعية عالية الجودة. تظهر النتائج التمثيلية من خطوط الخلايا هذه في البروتوكول الحالي.
Protocol
Representative Results
Discussion
تم اختبار خطين من خلايا الفئران (EL4 و A20) ، وخط خلية بشرية واحد (JY) ، وخمسة أجسام مضادة متاحة تجاريا [M1 (anti-H2Db / Kb) ، و Y3 (anti-H2Kb) ، و M5 (anti-H2-IAd / IEd) ، و W6/32 (anti-HLA-ABC) ، و L243 (anti-HLA-DR)] والتحقق من صحتها في سياق هذا البروتوكول وتوفر بيانات عالية الجودة عن الببتيدوميتات المناعية. تتوفر أجسام مضادة أخرى مضادة ل HLA (على سبيل المثال ، مضاد HLA-A2 BB7.2) ولكن لم يتم اختبارها هنا. لاحظ أن الجسم المضاد W6/32 يستخدم على نطاق واسع والجسم المضاد الأكثر رسوخا في هذا المجال. وهو يتيح عزل الببتيدات التي تقدمها جميع جزيئات HLA-ABC في البشر ، وقد أبلغت عنها سابقا مختبرات الخبراء للعمل من مصادر بيولوجية مختلفة مثل الأنسجة الطازجة أو المجمدة8,39 ، وخلايا الدم المحيطية أحادية النواة والخلية أحادية النواة لنخاع العظم40 ، والخزعات 41 ، و xenografts41,42 ، وتشريح الجثث43 وعينات البلازما44,45.
يعد إعداد حلول جديدة يتم استخدامها في جميع أنحاء البروتوكول أمرا بالغ الأهمية. وعلى وجه الخصوص، يعد استخدام المحاليل الحمضية الطازجة في الزجاجات أمرا بالغ الأهمية لتجنب التلوث اللاحق للعينات التي تم تحليلها بواسطة التصلب المتعدد. بالإضافة إلى ذلك ، عندما يتم البروتوكول لأول مرة و / أو مع جسم مضاد جديد ، من المهم تقييم أن الجسم المضاد مقترن بالفعل بخرز CNBr Sepharose باستخدام هلام Coomassie الأزرق. خطوات غسل حبات الجسم المضاد المقترنة بعد الالتقاط المناعي لمجمعات الببتيد MHC أمر بالغ الأهمية أيضا لتجنب تلوث الببتيدات غير MHC. وأخيرا ، هناك حاجة إلى عناية خاصة لعدم التخلص من الإلتيز بعد إزالة مجمعات الببتيد MHC مع 1٪ TFA وإزالة الببتيدات من العمود C18 مع ACN28٪ / 0.1٪ FA.
تصف البروتوكولات الحالية المتاحة في الأدبيات خطوات إضافية لزيادة تنقية الببتيدات في نهاية إجراء العزل ، على سبيل المثال ، تجزئة الببتيد بطرق مختلفة14,46 أو الترشيح الفائق باستخدام مرشحات 10-30 kDa13,47. ولا يقدم البروتوكول الحالي تفاصيل عن تلك الخطوات الإضافية وهو كاف لتوفير بيانات عالية الجودة عن الببتيدوميكا المناعية. ومع ذلك ، يمكن لغير الخبراء النظر في مثل هذه الخطوات لتعديل واستكشاف الأخطاء وإصلاحها لزيادة تحسين إجراء عزل الببتيد.
يمكن أيضا تعديل نوع الخرز ونوع المخزن المؤقت الحمضي الذي يستخدم لاستخلاص مجمعات MHC من الخرز لاستكشاف الأخطاء وإصلاحها13,14,15,16,17,18,19. في هذا الصدد ، تعد حبات sepharose المنشطة CNBr بشكل عام نقطة انطلاق جيدة لأنها غير مكلفة نسبيا بالإضافة إلى إظهار المرونة من حيث الارتباط بأنواع مختلفة من الأجسام المضادة. في البروتوكول الحالي ، تبين أن الخرز المنشط ب sepharose CNBr يعمل بشكل جيد نسبيا باستخدام خمسة أجسام مضادة مختلفة متاحة تجاريا (أي M1 و Y3 و W6/32 و L243 و M5). إلى جانب الخرز المنشط ب sepharose CNBr ، من السهل أيضا التعامل مع حبات البروتين A أو G أو A / G sepharose 4 Fast Flow ، وعلى الرغم من أنها أكثر تكلفة نسبيا ، إلا أنها يمكن أن تولد نتائج مماثلة. عامل آخر يجب مراعاته هو تقارب الجسم المضاد للبروتين A أو G. علاوة على ذلك ، فإن الخرز المغناطيسي sepharose سهل الاستخدام ولكنه مكلف نسبيا. بغض النظر عن نوع الخرز الذي يختاره غير الخبراء ، يتم تشجيعه على جمع الاقتباسات في الخطوات الحاسمة من البروتوكول وإجراء المواد الهلامية SDS-PAGE الزرقاء الملطخة بالكوماسي لتتبع كفاءة ربط الجسم المضاد بالخرز ، كما هو موضح في الشكل 2.
يشير عامل مهم آخر يؤثر على نجاح عزل الببتيدات MHC إلى نوع المخزن المؤقت للاستخلاص الحمضي المستخدم لعزل مجمعات الببتيد MHC من الخرز. تم الإبلاغ عن مخازن مؤقتة مختلفة بما في ذلك 0.1٪ أو 1٪ أو 10٪ TFA و 0.2٪ FA و 10٪ حمض الخليك. 1٪ TFA كان المخزن المؤقت للإزالة يعمل لجميع الأجسام المضادة التي تم اختبارها. يمكن أيضا تتبع هذه الخطوة عن طريق النشاف الغربي ضد جزيئات MHC المستخدمة لالتقاط ببتيدات MHC ، كما هو موضح في الشكل 3.
جميع المخازن المؤقتة التي تحتوي على الأسيتونيتريل (ACN) و / أو حمض ثلاثي فلورو أسيتيك (TFA) عدوانية ويمكن أن تؤدي إلى تلوث العينة بمواد جزيئية وبوليمرية صغيرة مثل الملدنات إذا كانت على اتصال بالبلاستيك. لتجنب مثل هذه المشكلات ، يتم إعداد جميع المحاليل التي تحتوي على مذيب عضوي و / أو TFA طازجة يوميا وتخزينها في زجاجة زجاجية حتى الاستخدام. يتم تنفيذ غالبية الخطوات في أنبوب بلاستيكي Protein LoBind. تم تصميم هذه الأنابيب خصيصا للبروتينات وهي مصنوعة من أعلى مستويات الجودة ، والبولي بروبيلين البكر الخالي من المبيدات الحيوية والملدنات واللاتكس. كما يتم إنتاجها باستخدام قوالب محسنة ومصقولة للغاية دون استخدام عوامل الانزلاق. من المهم مراعاة هذه الاحتياطات لتمكين توليد بيانات عالية الجودة عن الببتيدوميكا المناعية.
الجسم المضاد هو قيد مهم لعزل الببتيدات المرتبطة ب MHC. يتيح الجسم المضاد W6/32 عزل الببتيدات التي تقدمها جميع جزيئات الفئة الأولى من HLA-ABC في البشر وهو الجسم المضاد الأكثر استخداما وراسخا في هذا المجال. إن كتابة HLA عالية الدقة لخطوط الخلايا البشرية غير المميزة أو العينات الحيوية ليست ضرورة عند تطبيق الجسم المضاد W6/32 ولكنها مع ذلك موصى بها لبعض التطبيقات لتسهيل تفسير البيانات48. يمكن أيضا العثور على معلومات كتابة HLA /MHC في الموارد العامة لخطوط الخلايا المتعددة ونماذج الماوس49. إلى جانب الجسم المضاد W6/32 ، فإن الأجسام المضادة الأربعة الأخرى (M1 و M5 و Y3 و L243) التي تم اختبارها والتحقق من صحتها في سياق هذا البروتوكول كلها متاحة تجاريا. من ناحية أخرى ، فإن العديد من الأجسام المضادة الأخرى التي تم الإبلاغ عنها في دراسات سابقة ل immunopeptidomics لم يتم تبنيها إلى حد كبير من قبل المجتمع وهي غير متوفرة تجاريا أو متوفرة من خلال زراعة خطوط الخلايا الهجينة ، وهي مكلفة نسبيا.
هناك قيد مهم آخر لعزل الببتيدات المرتبطة ب MHC وهو كمية المواد الأولية المطلوبة. تتناسب الكمية المطلوبة عكسيا مع مستوى التعبير عن جزيئات MHC على سطح الخلية ، والتي يمكن قياسها كميا عن طريق قياس التدفق الخلوي (الشكل 4A). الخلايا التي تظهر مستويات تعبير عالية من جزيئات MHC (على سبيل المثال ، الخلايا المتغصنة والخلايا المكونة للدم بشكل عام) تنتج عموما بيانات مناعية عالية الجودة. تستخدم مختبرات الخبراء من 50 مليون خلية 50 ، ولكن يوصى باستخدام 100 مليون إلى مليار خلية لغير الخبراء. كما تم الإبلاغ عن استخدام خزعة الأنسجة (<13 ملغ)41 و xenograft42,43 و تشريح الجثة44 و البلازما 45,46 عينة ولكنها لا تزال تشكل تحديا للمختبرات غير الخبيرة. أيضا ، فإن العدد الإجمالي للببتيدات المرتبطة ب MHC المتوقع موثق جيدا لخطوط الخلايا الراسخة (هنا ، بين ~ 2000 و ~ 10000 ببتيد اعتمادا على خط الخلية والأجسام المضادة المستخدمة) ، ولكن الكميات المطلقة من الببتيدات المقدمة بشكل طبيعي والتي يتم سحبها بكفاءة بواسطة هذه التقنية لا تزال موضع نقاش. في الواقع ، قدرت الدراسات السابقة أن كفاءة إجراء العزل تعتمد على الببتيد ويمكن أن تكون من 0.5٪ -2٪ 51. القيود الأخرى في علم المناعة هي قابلية تكرار الطرق وعدم قدرة أدوات مجموعة NetMHCpan على التعليق التوضيحي الصحيح على الببتيدات إلى أليلات MHC الأقل تميزا. وفي هذا الصدد، مواصلة تطوير وتطبيق أساليب اكتساب MS جديدة نسبيا ومستقلة عن البيانات7,32,52، فضلا عن تجميع الببتيد الجديد وخوارزميات التنبؤ بربط الببتيد MHC31,34,53,54 من المتوقع أن تحسن قابلية الاستنساخ ودقة التعليق التوضيحي للببتيد في الببتيدات المناعية. تواجه Immunopeptidomics قيودا أخرى فيما يتعلق باكتساب مرض التصلب العصبي المتعدد والتحليل الحسابي للببتيدات المرتبطة ب MHC ويتم تغطيتها في أماكن أخرى1,6,55.
إن عزل الببتيدات المرتبطة ب HLA-ABC من العينات البشرية باستخدام الجسم المضاد W6/32 راسخ ويطبق على نطاق واسع من قبل العديد من مجموعات البحث ، فإن عزل الببتيدات المرتبطة بالفئران MHC من الفئة الأولى والثانية أقل رسوخا نسبيا. وبالتالي ، هناك حاجة إلى بروتوكولات قوية لعزل روابط MHC الماوس. هنا ، نقدم بروتوكولا محسنا لعزل الببتيدات من الفئة الأولى من MHC والببتيدات من الفئة الثانية MHC من خطين من خلايا الماوس من أصل C57BL / 6 و BALB / c ، على التوالي. وعلى وجه التحديد، يتيح البروتوكول عزل الببتيدات المرتبطة بالفئة الأولى H2Kb وH2Db باستخدام الجسم المضاد M1، وكذلك الببتيدات المرتبطة بالفئة الثانية H2-IAD وH2-IEd باستخدام الجسم المضاد M5. وبالتالي، فإن نشر البروتوكول الحالي وتطبيقه ينبغي أن ييسر البحوث الأساسية والانتقالية في مجال الببتيدوميكا المناعية في مختلف نماذج الفئران.
ويمكن استخدام البروتوكول لإنشاء سير عمل في مجال الببتيدوميكا المناعية وتوحيده، فضلا عن قياس البروتوكولات الجديدة. على سبيل المثال ، يمكن تكييفه وتحسينه بشكل أكبر لإجراء فحص الببتيدوم المناعي في مصفوفات بيولوجية مختلفة تتراوح من الدم / البلازما إلى الأنسجة الطازجة أو المجمدة إلى FFPE (الفورمالين الثابت البارافين المدمج). وعلاوة على ذلك، سيعزز البروتوكول إمكانية تكرار إجراء إعداد العينات داخل المختبرات وفيما بينها في مجال الببتيدوميكا المناعية، ومن المتوقع بالتالي أن يجد تطبيقا واسعا في البحوث الأساسية والسريرية.
Disclosures
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
ونشكر بيير ثيبولت، وإريك بونيل، وجويل لانوا، وكارولين كوتيه (معهد البحوث في علم المناعة والسرطان، جامعة مونتريال) وأنتوني بورسيل (جامعة موناش) على تعليقاتهم الثاقبة. تم دعم هذا العمل بتمويل من مؤسسة أبحاث كيبيك – سانتيه (FRQS) ، ومؤسسة كول ، و CHU Sainte-Justine ، ومؤسسات تشارلز برونو ، والمؤسسة الكندية للابتكار ، والمجلس الوطني لبحوث العلوم والهندسة (NSERC) (#RGPIN-2020-05232) والمعاهد الكندية للبحوث الصحية (CIHR) (#174924).
Materials
| A20 cell line | ATCC | TIB-208 | mouse B lymphoblast |
| Acetonitrile, LC/MS Grade | FisherScientific | A955-4 | |
| anti-Human HLA A, B, C (W6/32) – MHC class I | BioXcell | BE0079 | |
| anti-Human/Monkey HLA-DR (L243) – MHC class II | BioXcell | BE0308 | |
| anti-Mouse H2 (M1/42.3.9.8) – MHC class I | BioXcell | BE0077 | |
| anti-Mouse H2-IAd/IEd (M5/114) – MHC class II | BioXcell | BE00108 | |
| anti-Mouse H2Kb (Y3) – MHC class I | BioXcell | BE0172 | |
| BupH Phosphate Buffered Saline Packs (PBS) | ThermoFisher | 28372 | Pouch contents dissolved in a final volume of 500 mL deionized water (FisherScientific, W64) |
| CHAPS (3-[(3-cholamidopropyl)dimethylammonio]-1-propanesulfonate) | EMDMilipore | 220201-10MG | |
| CNBr-activated Sepharose | Cytivia | # 17-0430-01 | |
| EL4 cell line | ATCC | TIB-39 | mouse T lymphoblast |
| epTIPS LoRetention Tips, 1000 µL/Eppendorf | FisherScientific | 02-717-352 | Better results with low retention material |
| epTIPS LoRetention Tips, 200 µL/Eppendorf | FisherScientific | 02-717-351 | Better results with low retention material |
| Formic Acid, LC/MS Grade | FisherScientific | A117-50 | |
| Glycine | FisherScientific | RDCG0250500 | |
| Hydrochloric acid solution | FisherScientific | 60-007-11 | |
| JY cell line | Sigma Aldrich | 94022533-1VL | EBV-immortalised B cell lymphoblastoid line |
| Methanol, LC/MS Grade | FisherScientific | A456-4 | |
| Poly prep chromatography columns (polypropylene column) | Bio-Rad | 731-1550 | referred as polypropylene column in the protocol |
| Proteases inhibitor | ThermoFisher | A32963 | 1 pellet per 10 mL of cell lysis buffer |
| Qifikit | Dako | K007811-8 | |
| Sodium Bicarbonate | Amresco | # 0865-1kg | |
| Sodium Chloride | FisherScientific | MSX04201 | |
| Solid phase extraction disk, ultramicrospin column C18 | The nest group | SEMSS18V | capacity of 6–60 µg, max volume of 200 µL |
| Trifluoroacetic Acid (TFA), LC-MS Grade | FisherScientific | PI85183 | |
| Tris | FisherScientific | T395-500 | |
| Tris-HCl | FisherScientific | #10812846001 | |
| Tube LoBind 1.5 mL/Eppendorf | FisherScientific | E925000090 | Better results with low retention material |
| Tube LoBind 2 mL/Eppendorf | FisherScientific | 13-698-795 | Better results with low retention material |
| Water, LC/MS Grade | FisherScientific | W64 |
References
- Vizcaíno, J. A., et al. The human immunopeptidome project: A roadmap to predict and treat immune diseases. Molecular & Cellular Proteomics. 19 (1), 31-49 (2019).
- Caron, E., Aebersold, R., Banaei-Esfahani, A., Chong, C., Bassani-Sternberg, M. A case for a human immuno-peptidome project consortium. Immunity. 47 (2), 203-208 (2017).
- Arnaud, M., Duchamp, M., Bobisse, S., Renaud, P., Coukos, G., Harari, A. Biotechnologies to tackle the challenge of neoantigen identification. Current Opinion in Biotechnology. 65, 52-59 (2020).
- Caron, E., et al. The MHC I immunopeptidome conveys to the cell surface an integrative view of cellular regulation. Molecular Systems Biology. 7 (1), 533 (2011).
- Istrail, S., et al. Comparative immunopeptidomics of humans and their pathogens. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 101 (36), 13268-13272 (2004).
- Caron, E., Kowalewski, D. J., Koh, C. C., Sturm, T., Schuster, H., Aebersold, R. Analysis of major histocompatibility complex (MHC) immunopeptidomes using mass spectrometry. Molecular & Cellular Proteomics. 14 (12), 3105-3117 (2015).
- Caron, E., et al. An open-source computational and data resource to analyze digital maps of immunopeptidomes. eLife. 4, 07661 (2015).
- Bassani-Sternberg, M., et al. Direct identification of clinically relevant neoepitopes presented on native human melanoma tissue by mass spectrometry. Nature Communications. 7 (1), 13404 (2016).
- Gubin, M. M., et al. Checkpoint blockade cancer immunotherapy targets tumour-specific mutant antigens. Nature. 515 (7528), 577 (2014).
- Yadav, M., et al. Predicting immunogenic tumour mutations by combining mass spectrometry and exome sequencing. Nature. 515 (7528), 572-576 (2015).
- Laumont, C. M., et al. Noncoding regions are the main source of targetable tumor-specific antigens. Science Translational Medicine. 10 (470), 5516 (2018).
- Lill, J. R., et al. Minimal information about an immuno-peptidomics experiment (MIAIPE). Proteomics. 18 (12), 1800110 (2018).
- Nelde, A., Kowalewski, D. J., Stevanović, S. Antigen processing, methods and protocols. Methods in molecular biology. 1988, 123-136 (2019).
- Purcell, A. W., Ramarathinam, S. H., Ternette, N. Mass spectrometry-based identification of MHC-bound peptides for immunopeptidomics. Nature Protocols. 14 (6), 1687-1707 (2019).
- Ebrahimi-Nik, H., et al. Mass spectrometry driven exploration reveals nuances of neoepitope-driven tumor rejection. JCI Insight. 5 (14), 129152 (2019).
- Schuster, H., et al. A tissue-based draft map of the murine MHC class I immunopeptidome. Scientific Data. 5, 180157 (2018).
- Ritz, D., Gloger, A., Weide, B., Garbe, C., Neri, D., Fugmann, T. High-sensitivity HLA class I peptidome analysis enables a precise definition of peptide motifs and the identification of peptides from cell lines and patients sera. PROTEOMICS. 16 (10), 1570-1580 (2016).
- Bassani-Sternberg, M. Mass spectrometry based immunopeptidomics for the discovery of cancer neoantigens. Methods Mol Biol. 1719, 209-221 (2018).
- Lanoix, J., et al. Comparison of the MHC I Immunopeptidome Repertoire of B-Cell Lymphoblasts Using Two Isolation Methods. Proteomics. 18 (12), 1700251 (2018).
- Kuznetsov, A., Voronina, A., Govorun, V., Arapidi, G. Critical review of existing MHC I immunopeptidome isolation methods. Molecules. 25 (22), 5409 (2020).
- Urlaub, D., Watzl, C. Coated latex beads as artificial cells for quantitative investigations of receptor/ligand interactions. Current Protocols in Immunology. 131 (1), 111 (2020).
- Ghosh, M., et al. Guidance document: Validation of a high-performance liquid chromatography-tandem mass spectrometry immunopeptidomics assay for the identification of HLA class I ligands suitable for pharmaceutical therapies*. Molecular & Cellular Proteomics. 19 (3), 432-443 (2020).
- Fritsche, J., et al. Pitfalls in HLA ligandomics – How to catch a li(e)gand. Molecular & Cellular Proteomics. 20, 100110 (2021).
- Caron Lab. GitHub Available from: https://github.com/CaronLab/MhcVizPipe (2021)
- Jurtz, V., Paul, S., Andreatta, M., Marcatili, P., Peters, B., Nielsen, M. NetMHCpan-4.0: Improved peptide-MHC Class I interaction predictions integrating eluted ligand and peptide binding affinity data. The Journal of Immunology. 199 (9), 3360-3368 (2017).
- Reynisson, B., Alvarez, B., Paul, S., Peters, B., Nielsen, M. NetMHCpan-4.1 and NetMHCIIpan-4.0: improved predictions of MHC antigen presentation by concurrent motif deconvolution and integration of MS MHC eluted ligand data. Nucleic Acids Research. 48, 449-454 (2020).
- Andreatta, M., Alvarez, B., Nielsen, M. GibbsCluster: unsupervised clustering and alignment of peptide sequences. Nucleic Acids Research. 45 (1), 458-463 (2017).
- Nielsen, M., et al. NetMHCpan, a method for quantitative predictions of peptide binding to any HLA-A and -B Locus protein of known sequence. PLoS ONE. 2 (8), 796 (2007).
- Fortier, M. -. H., et al. The MHC class I peptide repertoire is molded by the transcriptome. The Journal of Experimental Medicine. 205 (3), 595-610 (2008).
- Marco, M. D., Schuster, H., Backert, L., Ghosh, M., Rammensee, H. -. G., Stevanovic, S. Unveiling the peptide motifs of HLA-C and HLA-G from naturally presented peptides and generation of binding prediction matrices. The Journal of Immunology. 199 (8), 2639-2651 (2017).
- Sarkizova, S., et al. A large peptidome dataset improves HLA class I epitope prediction across most of the human population. Nature Biotechnology. 38 (2), 199-209 (2019).
- Pak, H., et al. . Sensitive immunopeptidomics by leveraging available large-scale multi-HLA spectral libraries, data-independent acquisition and MS/MS prediction. 20, 100080 (2021).
- Racle, J., et al. Robust prediction of HLA class II epitopes by deep motif deconvolution of immunopeptidomes. Nature Biotechnology. 37 (11), 1283-1286 (2019).
- Abelin, J. G., et al. Defining HLA-II ligand processing and binding rules with mass spectrometry enhances cancer epitope prediction. Immunity. 51 (4), 766-779 (2019).
- Sofron, A., Ritz, D., Neri, D., Fugmann, T. High-resolution analysis of the murine MHC class II immunopeptidome. European Journal of Immunology. 46 (2), 319-328 (2015).
- Kovalchik, K. A., et al. Immunopeptidomics for Dummies: Detailed Experimental Protocols and Rapid, User-Friendly Visualization of MHC I and II Ligand Datasets with MhcVizPipe. bioRxiv. , (2020).
- Schuster, H., et al. The immunopeptidomic landscape of ovarian carcinomas. Proceedings of the National Academy of Sciences. 114 (46), 9942-9951 (2017).
- Berlin, C., et al. Mapping the HLA ligandome landscape of acute myeloid leukemia: a targeted approach toward peptide-based immunotherapy. Leukemia. 29 (3), 1-13 (2014).
- Rijensky, N. M., et al. Identification of tumor antigens in the HLA peptidome of patient-derived xenograft tumors in mouse. Molecular & Cellular Proteomics. 19 (8), 1360-1374 (2020).
- Heather, J. M., et al. Murine xenograft bioreactors for human immunopeptidome discovery. Scientific Reports. 9 (1), 18558 (2019).
- Marcu, A., et al. HLA ligand atlas: A benign reference of HLA-presented peptides to improve T-cell-based cancer immunotherapy. Journal for Immunotherapy of Cancer. 9 (4), 002071 (2021).
- Shraibman, B., et al. Identification of tumor antigens among the HLA peptidomes of glioblastoma tumors and plasma. Molecular & Cellular Proteomics. 18 (6), 1255-1268 (2019).
- Bassani-Sternberg, M., Barnea, E., Beer, I., Avivi, I., Katz, T., Admon, A. Soluble plasma HLA peptidome as a potential source for cancer biomarkers. Proceedings of the National Academy of Sciences. 107 (44), 18769-18776 (2010).
- Demmers, L. C., Heck, A. J. R., Wu, W. Pre-fractionation extends, but also creates a bias in the detectable HLA class Ι ligandome. Journal of Proteome Research. 18 (4), 1634-1643 (2019).
- Kowalewski, D. J., Stevanović, S. Antigen processing,. Methods and Protocols. 960, 145-157 (2013).
- Bentley, G., et al. High-resolution, high-throughput HLA genotyping by next-generation sequencing. Tissue Antigens. 74 (5), 393-403 (2009).
- Boegel, S., Löwer, M., Bukur, T., Sahin, U., Castle, J. C. A catalog of HLA type, HLA expression, and neo-epitope candidates in human cancer cell lines. OncoImmunology. 3 (8), 954893 (2014).
- Klaeger, S., et al. Optimized liquid and gas phase fractionation increases HLA-peptidome coverage for primary cell and tissue samples. Molecular & Cellular Proteomics. 20, 100133 (2021).
- Hassan, C., et al. Accurate quantitation of MHC-bound peptides by application of isotopically labeled peptide MHC complexes. Journal of Proteomics. 109, 240-244 (2014).
- Ritz, D., Kinzi, J., Neri, D., Fugmann, T. Data-independent acquisition of HLA Class I peptidomes on the Q exactive mass spectrometer platform. Proteomics. 17 (19), (2017).
- O’Donnell, T. J., Rubinsteyn, A., Laserson, U. MHCflurry 2.0: Improved pan-allele prediction of MHC Class I-presented peptides by incorporating antigen processing. Cell Systems. 11 (1), 42-48 (2020).
- O’Donnell, T. J., Rubinsteyn, A., Bonsack, M., Riemer, A. B., Laserson, U., Hammerbacher, J. MHCflurry: Open-source Class I MHC binding affinity prediction. Cell Systems. 7 (1), 129-132 (2018).
- Faridi, P., Purcell, A. W., Croft, N. P. In immunopeptidomics we need a sniper instead of a shotgun. Proteomics. 18 (12), 1700464 (2018).
