암에 성적표를 매핑할 CDNA의 급속 한 확대 끝 적응 3'

3′ 끝의 형성은 사전-mRNA의 하류 ~ 250 untemplated adenines 많은 꼬리^1,2를 구성 하는 추가 다음 파의 분열을 구성 하는 mRNA 성숙에 중요 한 단계입니다. 많은 의무적인 단백질 (PABP) 많은 꼬리를 한다이 저하에서 mRNA 사본 보호 하 고 번역¹을 용이 하 게 한다.

현재 견적 인간 유전자의 70% 여러 패스, 따라서 여러 3′ 끝³인 양자 택일 polyadenylation 받아야 좋습니다. 따라서, 많은 꼬리의 3′ UTR, 나머지 연결 식별 어떤 주어진된 대 본에서 사용 하는 파를 식별 하는 것이 중요 하다. 차세대 시퀀싱의 출현 Utr 및 유전자의 수천의 패스의 3′ 동시 식별에 결과 있다. 시퀀싱 기능에 있는이 증가 bioinformatic 3′ 끝의 양자 택일 polyadenylation 관련 데이터를 분석 하는 알고리즘의 개발을 요구 했다. 드 노 보 탐지 또는 유효성 검사는 파의 및 그러므로 대규모 시퀀싱 데이터에서 개별 유전자의 3′ 끝의 매핑, 3′ 경주 남아 선택^4,5의 방법. 3′ 경주의 cDNA 제품에 일반적으로 포함 하는 시퀀스의 3′ UTR 많은 꼬리, 분열 사이트, 우선권, 및 상류는 파의 순서에 있는 부분에만 포함 됩니다. 디자인 및 유전자 특정 앞으로 역 뇌관의 사용 필요, PCR와 달리 3′ 레이스만 요구 한다 2 개의 유전자 특정 중첩된 앞으로 뇌관을. 따라서, PCR 증폭된^4,6되 고 유전자의 큰 영역의 뉴클레오티드 순서의 더 상세한 지식이 필요 합니다. 3′ 레이스 사용 같은 뇌관 그 목표는 많은 모든 polyadenylated RNA 사본에 대 한 꼬리, 앞으로 뇌관 될 필요가 유전자 특정, 따라서,만 요구 하는 mRNA의 크게 작은 영역의 지식 역. 그 시퀀스는 완전히 특징이^4,7영역의 확대 수 있습니다. 이 수 있다 3′ 경주 뿐만 아니라, 유전자의 3′ 끝을 결정 하지만 또한 결정 하 고 큰 지역 상류의 3′ UTR 상당 부분을 형성 하는 파의 특성 사용. 5’는 수정 3′ 3′ UTR의 큰 부분 및 측면에 서 지구를 포함 하는 레이스와 레이스를 결합 함으로써 완전히 순서 또는 그것의 3′ 끝⁸5′ 끝에서 한 전체 mRNA 사본 복제 가능 하다.

이 응용 프로그램의 수정 3′ 레이스의 예는 소설 CCND1 MRCK 융합 유전자 사본 맨 틀 세포 림프 종 세포 선 암 환자에서의 최근 id입니다. 3′ UTR CCND1 및 MRCK 유전자에서 시퀀스의 구성 그리고 미르 규정⁹완강히 저항 했다. 두 개의 중첩 된 CCND1 특정 앞으로 뇌관 즉시 인접 하 고 CCND1 정지 codon의 하류 지역에 보완 했다. 금융 자원 또는 수 있도록 bioinformatic 전문 많은 연구소 있습니다 부족 특정 bioinformatic 도구 함께 전체 transcriptome 시퀀싱 3′ UTR¹⁰유전자 융해를 감지 사용할 수 있습니다, 있지만이 기술의 사용. 따라서, 3′ 레이스 드 노 보 식별 및 소설 퓨전 유전자 포함 3′ UTR의 유효성 검사에 대 한 대안 이다. 고려는 과감 한 보고 융합 유전자의 수에 있는 증가 뿐 아니라 성적 증명서를 통해 읽기, 3′ 경주 되고있다 유전자 시퀀스^11,12특성화에 강력한 도구. 또한, 최근 연구의 3′ UTR 길이 뿐 아니라 3′ UTR에서 서로 다른 시퀀스를 영향을 미칠 수 mRNA 사본 안정성, 현지화, translatability, 및 기능¹³나타났습니다. 때문에 부분 관심 증가 transcriptome 매핑, 실험실에서 사용 하기 위해 개발 되 고 다른 DNA polymerases의 증가 되었습니다. 그것은 어떤 유형의 수정 할 수 있다 3 ‘ 경주 프로토콜에서 DNA polymerases 사용할 수 있는 레 퍼 토리를 활용 하기 위해서는 결정 해야 합니다.

이 작품 보고 적응 3′ 경주에 매핑하는 전체 3′ UTR, 우선권, 및 3′ 끝 분열의 사이트를 사용 하 여 ANKHD1 사본 중첩 사본 및 두 개의 서로 다른 DNA polymerases의 ANKHD1 섹션에서 뇌관.