適応 3' CDNA の急速な拡大は、がんの成績証明書をマップする終了します。

3′ 末端の形成は、ポリ a テール^1,2を作る ~ 250 untemplated アデニンの添加に続いて PAS のプレ mRNA の下流の胸の谷間を含む mRNA 成熟の重要なステップです。ポリ a 結合蛋白質 (PABP) ポリ a の尾に、これは、劣化から mRNA の転写を保護し、容易に翻訳¹。

現在の推定では、ひと遺伝子の 70% を複数のパスを持ってしたがって代替起こる、結果は複数の 3′ 端³を受けるとを示唆しています。したがって、任意の特定のコピーで使用される PAS を識別し同様、ポリ a の尾が 3′ UTR の残りの部分に接続する位置を特定することが重要です。次世代シーケンシングの出現は UTRs とたくさんの遺伝子の 3′ の同時同定になりました。シーケンス機能のこの増加は、3′ 末端の代替起こるに関連するデータを分析するバイオインフォマティクス アルゴリズムの開発を求められています。De novo検出や PAS の検証、それゆえ大規模な配列データから個々 の遺伝子の 3′ 末端のマッピング、3′ レース選択^4、5の方法のままです。通常 3′ 競争の cDNA 製品に含まれるシーケンスには 3′ UTR ポリ a の尾、胸の谷間サイト、PAS および PAS の上流のシーケンスが含まれている部分だけが含まれます。3′ レースはデザインと遺伝子特定の前方および逆のプライマーの使用必要とする PCR とは異なり、2 つの遺伝子特定入れ子になった前方プライマーのみ必要があります。したがって、PCR 増幅^4,6をされている遺伝子の大きな領域の塩基配列の詳細な知識が必要です。3′ レースを使用するので同じ逆、ポリ a テールすべて polyadenylated RNA 転写産物のターゲット、前方プライマーのみする必要がある遺伝子を特定、したがって、だけ mRNA の非常に小さい領域の知識を必要とする入門書です。これにより、そのシーケンスがあります完全に特徴づけられる^4,7の領域の増幅。これは、3′ だけでなく遺伝子の 3′ 終わりを決定するが、また判断して上流 3′ UTR の重要な部分を形成する PAS の大きい地域を特徴づけるのための競争を許可しています。5′ 変更された 3′ 3′ UTR のより大きい部分と並ぶ地域を含むレースとレースを組み合わせて、完全にシーケンスまたは 3′ 端⁸に 5′ 端から全体 mRNA のコピーのクローンを作成することが可能です。

この変更された 3′ 競争の適用の例は、小説CCND1 MRCK融合遺伝子転写マントル細胞リンパ腫細胞株およびがん患者からの最近の id です。3′ UTR CCND1とMRCKの両方の遺伝子配列から成り、miRNA 規制⁹に反抗しました。2 つ入れ子になったCCND1特定前方プライマーがすぐに隣接してCCND1の終止コドンの下流領域に補足。財源やバイオ情報を作る専門知識に多くの研究所がない場合があります特定 bioinformatic ツールと共に全体のトランスクリプトーム シーケンスを使用して、3′ UTR¹⁰内遺伝子融合を検出できますが、この技術を使って。したがって、3′ レースは 3′ UTR を含む新規融合遺伝子のde novoの識別と確認のための代替。考えると、抜本的な報告された融合遺伝子の数の増加し同様に議事録を読んで、3′ レース ツールとなっている強力な遺伝子シーケンス^11,12を特徴付けること。また、最近の研究は、3′ UTR の長さと同様、そのさまざまなシーケンス内で 3′ UTR mRNA 転写安定性、ローカリゼーション、訳し、および関数¹³に影響することができますを示しています。関心の高まりの一部によるトランスクリプトームをマッピングの研究室で使用するため開発されている種類の DNA ポリメラーゼの数が増加しています。どのような種類の変更させることができます 3′ DNA ポリメラーゼの使用可能なレパートリーを活用するための競争のプロトコルを決定することが重要です。

この作業を適応 3′ マップ全体 3′ UTR にレース レポート、PAS とを使用してANKHD1の転写産物の 3′ 終わり胸の谷間サイト ネスト トラン スクリプトの 2 つの種類の DNA ポリメラーゼANKHD1セクション内のプライマー。