Histone post-translational modifikasjoner er direkte involvert i ulike chromatin avhengig av prosesser, inkludert transkripsjon, replikering og DNA reparasjon^1,2,3. Videre ulike histone modifikasjoner Vis positiv (f.eks H3K4me3 og H3K27ac) eller negative (f.eks H3K9me3 og H3K27me3) korrelasjoner med genuttrykk og kan bredt defineres som aktivering eller undertrykkende histone merker, henholdsvis^2,3. Følgelig globale histone endring kart, også referert til som epigenomic kart, har dukket opp som kraftige og universell verktøy funksjonelt kommentere virveldyr genomer^4,5. For eksempel distale regulatoriske sekvenser som enhancers kan bli identifisert basert på tilstedeværelsen av bestemte chromatin signaturer (f.eks aktive enhancers: H3K4me1 og H3K27ac), som skilles fra proksimale promoter regioner (f.eks aktive arrangører: H3K4me3)^6,7,8. På den annen side, finnes gener med store celle identitet regulatoriske funksjoner vanligvis med bred chromatin domener merket med H3K4me3 eller H3K27me3, avhengig av transcriptionally aktiv eller inaktiv status for underliggende genene, henholdsvis^{9 ,10}. Tilsvarende synes uttrykket av store celle identitet gener å styres ofte av flere og romlig gruppert enhancers (dvs. super enhancers), som kan identifiseres som bred H3K27ac-merket domener¹¹.

Foreløpig genereres histone endringen kartene ved hjelp av ChIP-seq-teknologi, som i forhold til forrige metoder som ChIP-chip (ChIP koblet til microarrays) gir høyere oppløsning, færre gjenstander, mindre støy, større dekning og lavere koster¹². Likevel, generering av epigenomic kart ved hjelp av ChIP-seq teknologi har iboende begrensninger mostly assosiert med kapasitet til å utføre ChIP i utvalgene av interesse. Tradisjonelle ChIP protokoller vanligvis kreves millioner av celler, som limit anvendelse av denne metoden til i vitro cellen linjer eller celler som kan lett bli isolert i vivo (f.eks blodceller). I de siste årene, har en rekke endret ChIP protokoller kompatibel med lav cellen tallene vært beskrevet^13,14,15,16. Men disse protokollene er utviklet for å være sammen med neste generasjons sekvensering (dvs. ChIP-seq), og de bruker adhoc biblioteket forberedelse metoder^{13,14, 15 , 16}.

Her vi beskrev en ChIP-protokoll som kan brukes til å undersøke histone endring profiler med lav til middels celle tall (5 x 10⁴ – 5 x 10⁵ celler) på enten valgte loci (dvs. ChIP-qPCR) eller globalt (dvs. ChIP-seq) (figur 1). Kombinert ChIP-seq teknologi, kan våre ChIP-protokollen brukes sammen med standard bibliotek forberedelse metoder, således gjør den bredt tilgjengelig for mange laboratorier¹⁰. Denne protokollen er brukt til å undersøke flere histone merker (f.eks H3K4me3, H3K27me3 og H3K27ac) i annen kylling embryonale vev (f.eks spinal medfødte (SNT), frontonasal prominences og epiblast). Men forventer vi at det skal være bredt aktuelt for andre organismer der biologisk og/eller klinisk relevante eksempler bare finnes i små mengder.