Histon posttranslationele modificaties zijn rechtstreeks betrokken bij diverse chromatine-afhankelijke processen, met inbegrip van transcriptie, replicatie en DNA repair^1,2,3. Bovendien verschillende histone modificaties positieve Toon (b.v., H3K4me3 en H3K27ac) of negatief (bijvoorbeeld H3K9me3 en H3K27me3) correlaties met genexpressie en in grote lijnen gedefinieerd kunnen worden als activerende of repressieve Histon markeert, respectievelijk^2,3. Bijgevolg, global Histon wijziging kaarten, ook wel aangeduid als epigenomic kaarten, opgedoken als krachtige en universele instrumenten functioneel aantekeningen gewervelde genoom^4,5. Bijvoorbeeld, distale regulerende sequenties, zoals versterkers kunnen worden geïdentificeerd op basis van de aanwezigheid van specifieke chromatine handtekeningen (bijvoorbeeld actieve smaakversterkers: H3K4me1 en H3K27ac), die hen onderscheiden van proximale promotor regio’s (b.v., actieve promotoren: H3K4me3)^6,7,8. Aan de andere kant, worden genen met grote cel identiteit regelgevende taken meestal gevonden met brede chromatine domeinen gemarkeerd met H3K4me3 of H3K27me3, afhankelijk van de transcriptionally actieve of inactieve status van de onderliggende genen, respectievelijk^{9 ,10}. Ook lijkt de expressie van genen die grote cel identiteit te worden regelmatig gecontroleerd door meerdere en ruimtelijk geclusterd versterkers (dat wil zeggen, de Super-versterkers), die kunnen worden geïdentificeerd als brede H3K27ac-gemarkeerd domeinen¹¹.

Momenteel, worden histone wijziging kaarten gegenereerd met behulp van de ChIP-seq-technologie, die in vergelijking met de vorige benaderingen zoals ChIP-chip (ChIP gekoppeld aan microarrays) hogere resolutie, minder artefacten, minder lawaai, meer dekking en lagere biedt kost¹². Niettemin, de generatie van epigenomic kaarten met behulp van de ChIP-seq technologie heeft haar inherente beperkingen, meestal gekoppeld aan het vermogen om met succes uitvoeren ChIP in de monsters van belang. Traditionele ChIP protocollen vereist meestal miljoenen cellen, welk grensbedrag de toepasselijkheid van deze methode naar de cel in vitro lijnen of cellen die gemakkelijk geïsoleerd in vivo (bijvoorbeeld bloedcellen worden kan). In de afgelopen jaren zijn een aantal gemodificeerde ChIP protocollen compatibel met lage cel nummers beschreven^13,14,15,16. Echter, deze protocollen zijn speciaal ontworpen om te worden gekoppeld met de volgende-generatie sequencing (dat wil zeggen, ChIP-seq), en zij gebruiken meestal ad hoc bibliotheek voorbereiding methoden^{13,14, 15 , 16}.

Hier, we een ChIP protocol dat kan worden gebruikt voor het onderzoeken van Histon wijziging profielen met behulp van lage tot tussentijdse cel nummers (5 x 10⁴ – 5 x 10,⁵ cellen) beschreven op beide geselecteerde loci (dat wil zeggen, ChIP-qPCR) of wereldwijd (dat wil zeggen, ChIP-seq) (Figuur 1). Wanneer gekoppeld aan ChIP-seq technologie, kan onze ChIP-protocol worden gebruikt samen met de standaard bibliotheek bereidingswijzen, waardoor het voor veel laboratoria¹⁰breed toegankelijk. Dit protocol is gebruikt voor het onderzoeken van verschillende Histon merken (bijvoorbeeld, H3K4me3, H3K27me3 en H3K27ac) in verschillende kip embryonale weefsels (bijvoorbeeld spinale neuraalbuis (SNT) uitsteeksels van de frontonasal en epiblast). Wij verwachten echter dat het breed toepasbare naar andere organismen in die biologisch en/of klinisch relevante monsters kunnen slechts worden verkregen in lage bedragen moet zijn.