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利用染色质配置的计算分析，将阿尔茨海默氏病变异体映射到其目标基因

JoVE Journal
Genética

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Mapping Alzheimer’s Disease Variants to Their Target Genes Using Computational Analysis of Chromatin Configuration

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利用染色质配置的计算分析，将阿尔茨海默氏病变异体映射到其目标基因

DOI:

10.3791/60428-v

•

04:41 min

•

January 09, 2020

•

Nana Matoba², Ivana Y. Quiroga, Douglas H. Phanstiel*^3,4, Hyejung Won*^1,2

¹Department of Genetics,University of North Carolina, ²Neuroscience Center,University of North Carolina, ³Thurston Arthritis Research Center,University of North Carolina, ⁴Department of Cell Biology and Physiology,University of North Carolina

Capítulos

00:05Título
01:00Generation of a Granges Object for Credible SNPs and Positional Mapping
01:53Developmental Expression Trajectories
02:18Cell-type Expression Profiles and Gene Annotation Enrichment Analysis
02:46Results: Determination and Characterization of Putative Target Genes of AD GWS Loci
03:52Conclusion

Summary

Tadução automática

我们提出了一个协议，用于识别使用三维染色质相互作用的全基因组关联研究（GWAS）识别的非编码变异的功能影响。

Tags

Keywords: Alzheimer’s Disease GWAS Chromatin Configuration Computational Analysis Target Genes SNPs Hi-C Gene Expression Cell-type Expression Gene Annotation Enrichment

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