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Modélisation d’un site actif enzymatique à l’aide d’un logiciel gratuit de visualisation moléculaire
JoVE 신문
생화학
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JoVE 신문 생화학
Modeling an Enzyme Active Site using Molecular Visualization Freeware
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Modélisation d’un site actif enzymatique à l’aide d’un logiciel gratuit de visualisation moléculaire

DOI:
10.3791/63170-v

•

14:37 min

•

December 25, 2021

•

, , , , ,
1The University of Texas at Austin, 2Mount Mary University, 3College of St. Benedict/St. John’s University, 4Wabash College

Chapters

  • 00:05Introduction
  • 01:42Protocol: UCSF ChimeraX
  • 03:14Results: UCSF ChimeraX
  • 03:33iCN3D Protocol
  • 06:38Results: iCN3D
  • 07:02Protocol: Jmol
  • 09:47Results: Jmol
  • 10:08Protocol: PyMOL
  • 12:56Results: PyMOL
  • 14:01Conclusion

Summary

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Une compétence clé dans la modélisation biomoléculaire est l’affichage et l’annotation des sites actifs dans les protéines. Cette technique est démontrée à l’aide de quatre programmes gratuits populaires pour la visualisation macromoléculaire: iCn3D, Jmol, PyMOL et UCSF ChimeraX.

Tags

Molecular VisualizationEnzyme Active SiteGlucokinasePDBID 3FGULigandsSubstrate AnalogCatalytic ComplexBinding InteractionsUCSF ChimeraXMolecular ModelingBiological MacromoleculesVisualization Software

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