Nous décrivons ici une méthode pour visualiser directement l'hypoxie tissulaire microrégionale dans le cortex de la souris<em> In vivo</em>. Il est basé sur simultanée de deux photons d'imagerie du nicotinamide adénine dinucléotide (NADH) et de la microcirculation corticale. Cette méthode est utile pour l'analyse haute résolution de l'approvisionnement des tissus en oxygène.