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면역학 및 감염병학
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Inferencia genotípica del VIH-1 tropismo utilizando la población basada en la secuencia de V3
JoVE 신문
면역학 및 감염병학
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JoVE 신문 면역학 및 감염병학
Genotypic Inference of HIV-1 Tropism Using Population-based Sequencing of V3
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Inferencia genotípica del VIH-1 tropismo utilizando la población basada en la secuencia de V3

DOI:
10.3791/2531-v

•

11:10 min

•

December 27, 2010

•

, ,
1Laboratory Program,BC Centre for Excellence in HIV/AIDS

Chapters

  • 00:05Title
  • 01:25Amplification of HIV cDNA from Blood Plasma
  • 03:37Gel Electrophoresis
  • 04:29Sequencing
  • 07:18Data Analysis with Base Calling Software
  • 08:18The Geno2pheno Co-receptor Algorithm
  • 09:37Interpreting the Geno2pheno FPR
  • 10:37Conclusion

Summary

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Tropismo del VIH se puede deducir de la región V3 de la envoltura viral. V3 es amplificada por PCR en triplicado, utilizando RT-PCR, secuencia, e interpretados mediante el software bioinformático. Las muestras con con la secuencia de 1 o más (s) con calificaciones bajas G2P son clasificados como no-R5 virus.

Tags

HIV-1 TropismGenotypic InferencePopulation-based SequencingV3 RegionCCR5-antagonistViral PopulationCoreceptorTropism TestingViral RNAReverse Transcriptase-PCRSoftware AnalysisRE CallBioinformatic AlgorithmGeno2phenoFalse Positive Rate

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