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면역학 및 감염병학
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Inferenza genotipica del virus HIV-1 Tropismo utilizzo basati sulla popolazione sequenziamento del V3
JoVE 신문
면역학 및 감염병학
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JoVE 신문 면역학 및 감염병학
Genotypic Inference of HIV-1 Tropism Using Population-based Sequencing of V3
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Inferenza genotipica del virus HIV-1 Tropismo utilizzo basati sulla popolazione sequenziamento del V3

DOI:
10.3791/2531-v

•

11:10 min

•

December 27, 2010

•

, ,
1Laboratory Program,BC Centre for Excellence in HIV/AIDS

Chapters

  • 00:05Title
  • 01:25Amplification of HIV cDNA from Blood Plasma
  • 03:37Gel Electrophoresis
  • 04:29Sequencing
  • 07:18Data Analysis with Base Calling Software
  • 08:18The Geno2pheno Co-receptor Algorithm
  • 09:37Interpreting the Geno2pheno FPR
  • 10:37Conclusion

Summary

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Tropismo dell'HIV può essere dedotta dalla regione V3 della busta virale. V3 è amplificato mediante PCR in triplice copia tramite nested RT-PCR, in sequenza, e interpretato utilizzando il software bioinformatico. I campioni con con sequenza di 1 o più (s) con punteggi bassi G2P sono classificati come non-R5 virus.

Tags

HIV-1 TropismGenotypic InferencePopulation-based SequencingV3 RegionCCR5-antagonistViral PopulationCoreceptorTropism TestingViral RNAReverse Transcriptase-PCRSoftware AnalysisRE CallBioinformatic AlgorithmGeno2phenoFalse Positive Rate

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