Summary

E. coli'de Heterolog Ekspresyon ile Membran Taşıyıcılarının Karakterizasyonu ve Membran Veziküllerinin Üretimi

Published: December 31, 2019
doi:

Summary

E. coli’de heterolog ekspresyon ve fransız presi kullanılarak hücrelerin lysis’inde üretilen membran vezikül preparatlarında proton-tahrikli membran taşıyıcılarının karakterizasyonu için bir yöntem tanımladık.

Abstract

Yeni membran taşıyıcıları işlevsel olarak karakterize etmek için çeşitli yöntemler geliştirilmiştir. Poliaminler tüm organizmalarda her yerde bulunur, ancak bitkilerdeki poliamin eşanjörleri tanımlanmamıştır. Burada, escherichia coli hücrelerinin lysis’inden üretilen membran vezikülleri kullanarak poliamin antiporterlarını karakterize eden bir yöntem inanışı bir bitki antiporterını heterologolarak ifade eder. İlk olarak, atbat1’i poliamin ve arginin değişim taşıyıcılarında eksik olan Bir E. coli süzmesinde heterolog olarak ifade ettik. Veziküller bir Fransız presi kullanılarak üretildi, ultrasantrifüj ile saflaştırılmış ve taşıyıcının substrat özgüllüğünü göstermek için etiketli substratların membran filtrasyon telinde kullanıldı. Bu tahliller AtBAT1 arginin bir proton aracılı taşıyıcı olduğunu gösterdi, γ-aminobutirik asit (GABA), putrescine ve spermidin. AtBAT1 tahlil için geliştirilen mutant suşu bitki ve hayvan poliamin eşanjörlerin diğer ailelerin fonksiyonel analizi için yararlı olabilir. Ayrıca bu proteinler bakteri hücre zarında ifade edilebildiği sürece, bu yaklaşımın diğer birçok antiporter türünü karakterize etmek için kullanılabileceğini de varsayız. E. coli, yerli taşıyıcıları susturmak için kullanılan birden fazla yöntem olduğundan, yeni taşıyıcıların karakterizasyonu için iyi bir sistemdir.

Introduction

Metabolitlerin ticaretinde rol oynayan proteinler fizyolojik düzenlemenin temel bir düzeyini oluşturmaktadır, ancak bitki zarı taşıyıcılarının büyük çoğunluğu henüz işlevsel olarak karakterize edilmemiştir. Yeni taşıma proteinlerini karakterize etmek için çeşitli stratejiler uygulanmıştır. E. coli gibi model organizmalarda heterolog ekspresyon ve maya, Kenopus oositleri, memeli hücreleri, böcek hücreleri ve bitki hücreleri gibi ökaryotik hücreler taşıma aktivitelerini belirlemek için kullanılmıştır1. Ökaryotik hücreler ökaryotik proteinlerin ekspresyonu için tercih edilir, çünkü temel hücresel bileşim, sinyal transducing yolları, transkripsiyon ve çeviri makineleri yerli koşullarla uyumludur.

Maya bitkilerde yeni taşıma proteinleri karakterizasyonu için önemli bir model organizma olmuştur. Başarıyla maya ifade edildi ilk bitki taşıma proteini(Saccharomyces pombe) Chlorella2heksoz taşıyıcı HUP1 oldu. O zamandan beri, birçok bitki taşıma proteinleri fonksiyonel bir maya ifade sistemi kullanılarak karakterize edilmiştir. Bunlar, bitki şekeri taşıyıcıları (SUC1 ve SUC23, VfSUT1 ve VfSTP14)ve auxin taşıyıcılar (AUX1 ve PIN5)içerir. Bitki proteinlerini ifade etmek için maya kullanmanın dezavantajları, mayanın bu organelden yoksun olması, yanlış hedeflenme6, yanlış katlanmış agregaların oluşumu ve membran proteinlerinin aşırı ekspresyonuna bağlı olarak mayadaki stres tepkilerinin aktivasyonu7,8,9.

Xenopus oositlerinde taşıma proteinlerinin heterolog ekspresyonu10taşıyıcıların elektrofizyolojik karakterizasyonu nda yaygın olarak kullanılmaktadır. Xenopus oositlerinde heterolog ekspresyon kullanılarak karakterize edilen ilk bitki taşıma proteinleri Arabidopsis potasyum kanalı KAT110 ve Arabidopsis heksoz taşıyıcısı STP111idi. O zamandan beri, Xenopus oositler plazma membran taşıyıcıları 12 gibi birçok bitki taşıma proteinleri karakterize etmek için istihdam edilmiştir12,vacuolar sakaroz taşıyıcı SUT413 ve vacuolar malate taşıyıcı ALMT914. Xenopus oositlerinin taşıma tahlilleri için önemli bir sınırlama hücre içi metabolitlerin konsantrasyonunun manipüle edilemeyeceğidir1. Ayrıca, profesyonel bilgi Xenopus oositler hazırlamak için gereklidir ve oosit toplu değişkenlik kontrol etmek zordur.

E. coli modelinde heterolog ifade, yeni bitki taşıma proteinlerinin karakterizasyonu açısından ideal bir sistemdir. Tam sekanslı genom15ile E. coli’nin moleküler ve fizyolojik özellikleri iyi bilinmektedir. Moleküler araçlar ve teknikler iyi16kurulmuştur. Buna ek olarak, farklı ekspresyon vektörleri, patojenik olmayan suşlar ve mutantlar mevcuttur17,18,19. Ayrıca, E. coli yüksek bir büyüme hızına sahiptir ve laboratuvar koşullarında kolayca yetiştirilebilir. Birçok protein kolayca ifade edilebilir ve E. coliyüksek miktarlarda saflaştırılmış9. Proteinler hücresel sistemlerde doğrudan titreşemediğinde, proteinlerin lipozomlara dönüştürülmesi de başarılı olmuştur, ancak saflaştırılmış membran proteinlerinin karakterizasyonu için zorlu bir yenilik olmuştur. Soya fasulyesi, mısır, pirinç ve Arabidopsis, Arabidosil-trikarboksilit taşıyıcı gibi soya, mısır, pirinç ve Arabidopsis, dikarboksilat-trikarboksilat taşıyıcı gibi solute taşıyıcılar da dahil olmak üzere bitki mitokondriyal taşıma proteinleri fonksiyonel karakterizasyonu bu model sistemi kullanılarak gerçekleştirilmiştir20,21. Ancak, domates proteini SICAT9 rekombinant proteinlerreconstitution deneylerde fonksiyonel olmayan bulundu, ve CAT taşıyıcı ailesinin diğer üyeleri Xenopus oosit tahlilleri fonksiyonel olmayan bulundu22. Bu nedenle membran taşıyıcılarının karakterizasyonu için ek moleküler araçlara ihtiyaç vardır.

E. coli23’tebeş poliamin taşıma sistemi bulunur. Bunlar spermidin ve putrescine alımı aracılık iki ABC taşıyıcılar, bir putrescine / ornitin eşanjör, bir kadavra / lizin değiştirici, bir spermidin ihracatçısı ve putrescine ithalatçısı içerir. Putrescine değiştirici PotE başlangıçta bir vezikül titreği kullanılarak karakterize edildi, iç dış veziküller bir Fransız basın ıskarta hücreleri lysing tarafından hazırlanan ve ornithine karşılığında veziküller içine radiolabeled putrescine alımını ölçme24. Vezikül tahlilleri de bir proton gradyan25yanıt olarak kalsiyum taşıma aracılık bir kalsiyum taşıyıcı karakterize etmek için kullanılmıştır. Bu deneyler bizi diğer poliamin eşanjörleri karakterizasyonu için bir strateji geliştirmek için istenir. Biz ilk PotE ve CadB değiştiriciler E. coli eksik bir gerginlik oluşturdu. Burada, modifiye E. coli suşunda heterlogous ifade ile bir bitki poliamin antiporter fonksiyonel karakterizasyonu göstermek, bir Fransız basın kullanarak membran vezikülüretimi, ve radiolabeled tahliller.

Protocol

1. P1 Transdüksiyonlu E. coli Double Knock Out Mutant Üretimi E. coli Genetik Stok Merkezi’nden ΔPotE ve ΔCadB (http://cgsc.biology.yale.edu) e. coli tek nakavt mutant suşları edinin.NOT: ΔPotE suşu kanamisin edayanıklı26 ve ΔCadB suşu tetrasikline dayanıklıdır 27. P1 transdüksiyon protokolü<sup c…

Representative Results

Bu protokoldeki önemli adımlar Şekil 1’deresimsel olarak özetlenmiştir. Kısaca, Tüm poliamin eşanjörleri eksik ve AtBAT1 ifade E. coli hücreleri kültürlü, santrifüj, bir tampon ile yıkanmış ve bir Fransız basın ıslatır tabi. Lysis çoğunlukla iç-dış veziküller üretmek ve hücrelerin dışında tampon tuzak eğilimindedir. Hücre enkazı santrifüj ile kaldırılır ve ikinci bir ultracentifugation adım bir membran…

Discussion

Bu çalışmada, önce E. coli’deki proteini ifade ederek ve daha sonra membran vezikülleri üreterek bir antiporterın karakterizasyonu için bir yöntem özetleyilmiştir, böylece heterolog olarak ifade edilen protein hücresiz bir sistemde doğrulanabilir. Çoğu moleküler biyoloji laboratuvarında bulunan ekipmana ek olarak, bu strateji bir Fransız basını, ultracentrifuge ve radyoizotop tahlilleri yapmak için bir tesise erişim gerektirir.

Bu tekniğin temel gereksinimlerin…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Bu proje için destek BGSU Graduate College ve BGSU Ofis Sponsorprogramları ve Araştırma geldi.

Materials

2-mercaptoethanol Sigma-Aldrich M6250
3H-putrescine PerkinElmer NET185001MC
3H-spermidine PerkinElmer NET522001MC
4-chloro-1-naphthol Sigma-Aldrich C8890
14C arginine Moravek Inc. MC137
Arginine Sigma-Aldrich A-5006
Anti-His (C-term)-HRP antibody ThermoFisher R931-25 Detects the C-terminal polyhistidine (6xHis) tag, requires the free carboxyl
group for detection
Arabinose Sigma-Aldrich A3256
BCA protein assay kit ThermoFisher 23227 Pierce BCA protein asay kit.
Bromophenol blue Bio-Rad 161-0404
Carboxypeptidase B Sigma-Aldrich C9584-1mg
Centrifuge Sorvall SS-34 fixed angle rotor and GA-6 fixed angle rotor
Dounce tissue grinder LabGenome 7777-7 Corning 7777-7 pyrex homogenizer with pour spout.
Ecoscint-H National Diagnostics LS275 scintillation cocktail
EDTA Sigma-Aldrich
Filtration manifold Hoefer FH225V
French Pressure Cell Glen Mills FA-080A120
GABA Sigma-Aldrich A2129
Glutamate Sigma-Aldrich G6904
Glycerol
GraphPad Prism software http://www.graphpad.com/prism/Prism.htm
Hydrogen peroxide KROGER
Potassium Chloride J.T. Baker 3040-01
Liquid scintillation counter Beckman LS-6500
Maleate Sigma-Aldrich M0375
Nanodrop ThermoFisher
Nitrocellulose membrane filters Merck Millipore hawp02500 0.45 µM
PCR clean up kit Genscript QuickClean II
Potassium Phosphate dibasic ThermoFisher P290-500
putrescine fluka 32810
Potassium Phosphate monobasic J.T.Baker 4008
Spermidine Sigma-aldrich S2501
Strains :E. coli ΔpotE740(del)::kan, ΔcadB2231::Tn10 This manuscript Available upon request. Strain is deficient in the PotE and CadB polyamine exchangers.
Tris-base Research Products T60040-1000
Ultracentrifuge Sorvall MTX 150 46960 Thermo Fisher S150-AT fixed angle rotor
Ultracentrifuge tubes ThermoFisher 45237 Centrifuge tubes for S150-AT rotor
Vector: pBAD-DEST49 ThermoFisher Gateway expression vector for E. coli

References

  1. Haferkamp, I., Linka, N. Functional expression and characterisation of membrane transport proteins. Plant Biology (Stuttgart). 14 (5), 675-690 (2012).
  2. Sauer, N., Caspari, T., Klebl, F., Tanner, W. Functional expression of the Chlorella hexose transporter in Schizosaccharomyces pombe. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 87 (20), 7949-7952 (1990).
  3. Sauer, N., Stolz, J. SUC1 and SUC2: two sucrose transporters from Arabidopsis thaliana; expression and characterization in baker’s yeast and identification of the histidine-tagged protein. The Plant Journal. 6 (1), 67-77 (1994).
  4. Weber, H., Borisjuk, L., Heim, U., Sauer, N., Wobus, U. A role for sugar transporters during seed development: molecular characterization of a hexose and a sucrose carrier in fava bean seeds. Plant Cell. 9 (6), 895-908 (1997).
  5. Huang, J. G., et al. GhDREB1 enhances abiotic stress tolerance, delays GA-mediated development and represses cytokinin signalling in transgenic Arabidopsis. Plant, Cell & Environment. 32 (8), 1132-1145 (2009).
  6. Bassham, D. C., Raikhel, N. V. Plant cells are not just green yeast. Plant Physiology. 122 (4), 999-1001 (2000).
  7. Garcia-Mata, R., Bebok, Z., Sorscher, E. J., Sztul, E. S. Characterization and dynamics of aggresome formation by a cytosolic GFP-chimera. Journal of Cell Biology. 146 (6), 1239-1254 (1999).
  8. Liu, J., Sitaram, A., Burd, C. G. Regulation of copper-dependent endocytosis and vacuolar degradation of the yeast copper transporter, Ctr1p, by the Rsp5 ubiquitin ligase. Traffic. 8 (10), 1375-1384 (2007).
  9. Drew, D., et al. GFP-based optimization scheme for the overexpression and purification of eukaryotic membrane proteins in Saccharomyces cerevisiae. Nature Protocols. 3 (5), 784-798 (2008).
  10. Schachtman, D. P., Schroeder, J. I., Lucas, W. J., Anderson, J. A., Gaber, R. F. Expression of an inward-rectifying potassium channel by the Arabidopsis KAT1 cDNA. Science. 258 (5088), 1654-1658 (1992).
  11. Boorer, K. J., Forde, B. G., Leigh, R. A., Miller, A. J. Functional expression of a plant plasma membrane transporter in Xenopus oocytes. FEBS Letters. 302 (2), 166-168 (1992).
  12. Miller, A. J., Zhou, J. J. Xenopus oocytes as an expression system for plant transporters. Biochimica et Biophysica Acta. 1465 (1-2), 343-358 (2000).
  13. Reinders, A., Sivitz, A. B., Starker, C. G., Gantt, J. S., Ward, J. M. Functional analysis of LjSUT4, a vacuolar sucrose transporter from Lotus japonicus. Plant Molecular Biology. 68 (3), 289-299 (2008).
  14. Kovermann, P., et al. The Arabidopsis vacuolar malate channel is a member of the ALMT family. The Plant Journal. 52 (6), 1169-1180 (2007).
  15. Blattner, F. R., et al. The complete genome sequence of Escherichia coli K-12. Science. 277 (5331), 1453-1462 (1997).
  16. Terpe, K. Overview of bacterial expression systems for heterologous protein production: from molecular and biochemical fundamentals to commercial systems. Applied Microbiology and Biotechnology. 72 (2), 211-222 (2006).
  17. Miroux, B., Walker, J. E. Over-production of proteins in Escherichia coli: mutant hosts that allow synthesis of some membrane proteins and globular proteins at high levels. Journal of Molecular Biology. 260 (3), 289-298 (1996).
  18. Wagner, S., et al. Consequences of membrane protein overexpression in Escherichia coli. Molecular & Cellular Proteomics. 6 (9), 1527-1550 (2007).
  19. Bernaudat, F., et al. Heterologous expression of membrane proteins: choosing the appropriate host. PLoS One. 6 (12), e29191 (2011).
  20. Takabatake, R., et al. Isolation and characterization of cDNAs encoding mitochondrial phosphate transporters in soybean, maize, rice, and Arabidopis. Plant Molecular Biology. 40 (3), 479-486 (1999).
  21. Picault, N., Palmieri, L., Pisano, I., Hodges, M., Palmieri, F. Identification of a novel transporter for dicarboxylates and tricarboxylates in plant mitochondria. Bacterial expression, reconstitution, functional characterization, and tissue distribution. Journal of Biological Chemistry. 277 (27), 24204-24211 (2002).
  22. Snowden, C. J., Thomas, B., Baxter, C. J., Smith, J. A., Sweetlove, L. J. A tonoplast Glu/Asp/GABA exchanger that affects tomato fruit amino acid composition. The Plant Journal. 81 (5), (2015).
  23. Kashiwagi, K., Igarashi, K. Identification and assays of polyamine transport systems in Escherichia coli and Saccharomyces cerevisiae. Methods in Molecular Biology. 720, 295-308 (2011).
  24. Kashiwagi, K., Miyamoto, S., Suzuki, F., Kobayashi, H., Igarashi, K. Excretion of putrescine by the putrescine-ornithine antiporter encoded by the potE gene of Escherichia coli. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 89 (10), 4529-4533 (1992).
  25. Tsuchiya, T., Rosen, B. P. Calcium transport driven by a proton gradient and inverted membrane vesicles of Escherichia coli. Journal of Biological Chemistry. 251 (4), 962-967 (1976).
  26. Baba, T., et al. Construction of Escherichia coli K-12 in-frame, single-gene knockout mutants: the Keio collection. Molecular Systems Biology. 2, (2006).
  27. Nichols, B. P., Shafiq, O., Meiners, V. Sequence analysis of Tn10 insertion sites in a collection of Escherichia coli strains used for genetic mapping and strain construction. Journal of Bacteriology. 180 (23), 6408-6411 (1998).
  28. . P1vir phage transduction Available from: https://openwetware.org/wiki/Sauer:P1vir_phage_transduction (2011)
  29. . pBAD-DEST49 Gateway Destination Vector Available from: https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/12283016 (2010)
  30. Green, M. R., Sambrook, J. . Molecular Cloning: a laboratory Manual. , (2012).
  31. Smith, P. K., et al. Measurement of protein using biochinic acid. Analytical Biochemistry. 150, 76-85 (1985).
  32. Wright, J. K., Overath, P. Purification of the lactose: H+ carrier of Escherichia coli and characterization of galactoside binding and transport. European Journal of Biochemistry. 138 (3), 497-508 (1984).
  33. . GaphPad Software Available from: https://www.graphpad.com/data-analysis-resource-center/ (2019)
  34. Kirchberger, S., et al. Molecular and biochemical analysis of the plastidic ADP-glucose transporter (ZmBT1) from Zea mays. Journal of Biological Chemistry. 282 (31), 22481-22491 (2007).
  35. Deniaud, A., et al. Expression of a chloroplast ATP/ADP transporter in E. coli membranes: behind the Mistic strategy. Biochimica et Biophysica Acta. 1808 (8), 2059-2066 (2011).
  36. Sze, H. H+-Translocating ATPases: Advances Using Membrane Vesicles. Annual Review of Plant Physiology. 36, 175-208 (1985).
  37. Bush, D. R. Proton-coupled sugar and amino acid transporters in plants. Annual Review of Plant Physiology Plant Molecular Biology. 44, 513-542 (1993).
  38. Futai, M. Orientation of membrane vesicle from Escherichea coli prepared by different procedures. Journal of Membrane Biology. 115, 15-28 (1974).
  39. Seckler, R., Wright, J. K. Sideness of native membrane vesicles of Escherichea coli and orientation of the reconstituted lactose: H+ carrier. European Journal of Biochemistry. 142 (2), 269-279 (1984).
  40. LaVallie, E. R., Lu, Z., Diblasio-Smith, E. A., Collins-Racie, L. A., McCoy, J. M. Thioredoxin as a fusion partner for production of soluble recombinant proteins in Escherichia coli. Methods in Enzymology. 326, 322-340 (2000).
  41. Goodman, D. B., Church, G. M., Kosuri, S. Causes and effects of N-terminal codon bias in bacterial genes. Science. 342 (6157), 475-479 (2013).
  42. Wacker, M., et al. N-linked glycosylation in Campylobacter jejuni and its functional transfer into E. coli. Science. 298 (5599), 1790-1793 (2002).

Play Video

Cite This Article
Ariyaratne, M., Ge, L., Morris, P. F. Characterization of Membrane Transporters by Heterologous Expression in E. coli and Production of Membrane Vesicles. J. Vis. Exp. (154), e60009, doi:10.3791/60009 (2019).

View Video