אנו מתארים שיטה לאפיון של מובילי הממברנה המונעת על ידי פרוטון בתכשירים ושלפוחית ממברנה המיוצרים על ידי ביטוי הטרוולוגי ב -E. coli והליזה של תאים באמצעות עיתונות צרפתית.
מספר שיטות פותחו כדי לאפיין פונקציונלית שנאים ממברנה הרומן. Polyamines נמצאים בכל מקום בכל האורגניזמים, אבל מחליפי פוליאמין בצמחים לא זוהו. כאן, אנו לתאר שיטה לאפיון האנטיאמין נוגדי סבלים באמצעות ממברנה שלפוחית שנוצר מן הליזה של התאים קולי של es, הטרוסקסואלים המביעים באופן מצער צמח antiporters. ראשית, אנו הAtBAT1 באופן מאוד הביע מאמץ של E. coli לקוי של המרת פוליאמין ו ארגינין מובילים. שלפוחיות הופקו באמצעות מכבש צרפתי, מטוהרים על ידי משתמשים בשיטת סינון ממברנה ומנוצל באמצעות מדבקות של מצעים המסומנים כדי להדגים את ספציפיות המצע של המוביל. מאמר זה הוכיח כי AtBAT1 הוא מוביל פרוטונים בתיווך של ארגינין, חומצה γ-עמינח בוטירית, בריקבון ובספרצין. זן מוטציה שפותחה עבור הטיפול של AtBAT1 עשוי להיות שימושי עבור ניתוח פונקציונלי של משפחות אחרות של צמח ובעלי חיים מחליפי פוליאמין. כמו כן ההשערה שניתן להשתמש בגישה זו כדי לאפיין סוגים רבים אחרים של סבלים, כל עוד חלבונים אלה יכולים להתבטא בקרום התא החיידקי. E. coli היא מערכת טובה לאפיון של מובילי הרומן, שכן ישנן שיטות מרובות שיכולות להיות מועסקים לטרנספורטי מוטייז.
חלבונים המעורבים בסחר של מטבוליטים מהווים רמה חיונית של רגולציה פיזיולוגית, אבל הרוב המכריע של מובילי הצמח ממברנה עדיין לא התאפיין מבחינה פונקציונלית. מספר אסטרטגיות יושמו על מנת לאפיין את החלבונים בתחבורה הרומן. הטרוולוגי ביטוי אורגניזמים כגון E. coli ו איקריוטית תאים כגון שמרים, xenopus oocytes, תאים מהיונקים, תאים חרקים ותאי הצמח כל שימשו כדי לקבוע את פעילות התחבורה שלהם1. תאים איקריוטית הם המועדף על הביטוי של חלבונים איקריוטית, כי הרכב הסלולר הבסיסי, העברת אותות מסלולים, תמלול ותרגום machineries תואמים את התנאים המקומיים.
שמרים כבר אורגניזם מודל חשוב לאפיון של חלבונים התחבורה הרומן בצמחים. הצמח הראשון של התחבורה חלבון אשר התבטא בהצלחה ב שמרים (סכמיקו פומבה) היה המוביל ההקז HUP1 מ כלורלה2. מאז, הרבה העברת צמחים חלבונים האופיינים פונקציונלית באמצעות מערכת ביטוי שמרים. אלה כוללים, הצמח מובילי סוכר (SUC1 ו SUC23, VfSUT1 ו VfSTP14) ואת מובילי האוקאין (AUX1 ו-PIN5). החסרונות של ניצול שמרים כדי לבטא חלבונים צמחיים יכולים לכלול פעילות לקויה של חלבונים מקומי פלסטיות מכיוון שמרים חסר זה אורגנל, mistargeting6, והיווצרות של אגרגטים מקופלים והפעלה של תגובות המתח שמרים בשל הבעות יתר של חלבונים ממברנה7,8,9.
ביטוי הטרוולוגי של חלבונים בתחבורה בקסנפוס אוציטים שימשו רבות לאפיון האלקטרולוגי של מובילי10. המפעל הראשון של הרכב חלבונים המאופיינת באמצעות ביטוי הטרוולוגי ב Xenopus oocytes היו ערוץ האשלגן KAT110 ו-arabidopsis טרנספורטר הקסז STP111. מאז, xenopus oocytes המועסקים כדי לאפיין רבים הובלה צמחים חלבונים כגון מובילי קרום פלזמה12, וולאר סוכרוז SUT413 ו המשלח מאלער ארמיטה ALMT914. מגבלה חשובה של Xenopus oocytes עבור התחבורה אומר הוא כי הריכוז של מטבוליטים תאיים לא יכול להיות מניפולציות1. יתר על כן, הידע המקצועי נדרש כדי להכין Xenopus oocytes והשונות של אצוות oocyte קשה לשלוט.
ביטוי הטרוולוגי באורגניזם מודל E. coli היא מערכת אידיאלית במונחים של אפיון של הרכב הרומן הייצור חלבונים. עם הגנום הרציף15, המאפיינים המולקולריים והפיזיולוגיים של E. coli ידועים היטב. כלים מולקולריים וטכניקות מבוססים היטב16. בנוסף, וקטורים ביטויים שונים, זנים שאינם פתוגניים ומוטציות זמינים17,18,19. יתר על כן, E. coli יש שיעור צמיחה גבוהה והוא יכול להיות בקלות גדל בתנאי מעבדה. חלבונים רבים ניתן להתבטא בקלות ומטוהרים בכמויות גבוהות E. coli9. כאשר חלבונים לא יכולים להיות ישירות במערכות הסלולר, החוקה של חלבונים לתוך ליפוזומים גם היה מוצלח, אם כי מאתגר חדשנות לאפיון של חלבונים קרום מטוהרים. אפיון פונקציונלי של הובלה מיטוכונדריאלי של הצמח חלבונים כולל מובילי מסיסות כגון מובילי פוספט סויה, תירס, אורז, arabidopsis, dicarboxylate אוחר-tricarboxylate המוביל ב arabidopsis הושגה באמצעות מערכת זו מודל20,21. עם זאת, רקומביננטי חלבונים של חלבון העגבניות SICAT9 נמצאו לא פונקציונלי בניסויים מחדש, וחברים אחרים של משפחת טרנספורטר החתול נמצאו לא פונקציונלי ב xenopus oocyte בחני22. לכן, יש צורך בכלים מולקולריים נוספים לאפיון מובילי הקרום.
חמש מערכות תחבורה פוליאמין. נמצאו ב -אי קולי23 הם כוללים שני מובילי ABC מדיה ספיגה של spermidine וריקבון, מחליף ריקבון/הצפרים, מחליף cadaverine/ליזין, היצואן spermidine ומייבא ריקבון. הריקבון מחליף PotE היה מאופיין באמצעות שלפוחית הזרע, שם הפנים החוצה הוכנו על ידי לישיתאים עם העיתונות הצרפתית ומדידת ספיגה של הריקבון לתוך השלפוחיות בתמורה הצפרים24. ושלפוחית מספרת שימשו גם כדי לאפיין מוביל סידן, אשר מתווך את ההובלה של סידן בתגובה למעבר פרוטון25. ניסויים אלה התבקשו מאיתנו לפתח אסטרטגיה לאפיון של מחליפי פוליאמין אחרים. בתחילה יצרנו זן של אי קולי חסר. בחומר מחליפי החומר כאן, אנו מדגימים את האפיון התפקודי של צמח פוליאמין antiporter על ידי הביטוי הטרוולוגי במתח שהשתנה E. coli , הדור של שלפוחיות קרום באמצעות העיתונות הצרפתית, וקרינה assays.
במחקר הנוכחי, אנו מתווה שיטה לאפיון של האנטיפורטר על ידי הבעת הראשונה של החלבון ב -E. coli ולאחר מכן יצירת ממברנה ושלפוחיות, כך חלבון ביטא הטרוסקסואלים ניתן לקבל במערכת ללא תא. בנוסף לציוד שנמצא ברוב מעבדות הביולוגיה המולקולרית, אסטרטגיה זו דורשת שימוש בעיתונות הצרפתית, בultracentrifuge, ובגישה…
The authors have nothing to disclose.
התמיכה בפרויקט זה הגיעה ממכללת מוסמכים BGSU, ומשרד BGSU של תוכניות ומחקר ממומנים.
2-mercaptoethanol | Sigma-Aldrich | M6250 | |
3H-putrescine | PerkinElmer | NET185001MC | |
3H-spermidine | PerkinElmer | NET522001MC | |
4-chloro-1-naphthol | Sigma-Aldrich | C8890 | |
14C arginine | Moravek Inc. | MC137 | |
Arginine | Sigma-Aldrich | A-5006 | |
Anti-His (C-term)-HRP antibody | ThermoFisher | R931-25 | Detects the C-terminal polyhistidine (6xHis) tag, requires the free carboxyl group for detection |
Arabinose | Sigma-Aldrich | A3256 | |
BCA protein assay kit | ThermoFisher | 23227 | Pierce BCA protein asay kit. |
Bromophenol blue | Bio-Rad | 161-0404 | |
Carboxypeptidase B | Sigma-Aldrich | C9584-1mg | |
Centrifuge | Sorvall | SS-34 fixed angle rotor and GA-6 fixed angle rotor | |
Dounce tissue grinder | LabGenome | 7777-7 | Corning 7777-7 pyrex homogenizer with pour spout. |
Ecoscint-H | National Diagnostics | LS275 | scintillation cocktail |
EDTA | Sigma-Aldrich | ||
Filtration manifold | Hoefer | FH225V | |
French Pressure Cell | Glen Mills | FA-080A120 | |
GABA | Sigma-Aldrich | A2129 | |
Glutamate | Sigma-Aldrich | G6904 | |
Glycerol | |||
GraphPad Prism software | http://www.graphpad.com/prism/Prism.htm | ||
Hydrogen peroxide | KROGER | ||
Potassium Chloride | J.T. Baker | 3040-01 | |
Liquid scintillation counter | Beckman | LS-6500 | |
Maleate | Sigma-Aldrich | M0375 | |
Nanodrop | ThermoFisher | ||
Nitrocellulose membrane filters | Merck Millipore | hawp02500 | 0.45 µM |
PCR clean up kit | Genscript | QuickClean II | |
Potassium Phosphate dibasic | ThermoFisher | P290-500 | |
putrescine | fluka | 32810 | |
Potassium Phosphate monobasic | J.T.Baker | 4008 | |
Spermidine | Sigma-aldrich | S2501 | |
Strains :E. coli ΔpotE740(del)::kan, ΔcadB2231::Tn10 | This manuscript | Available upon request. | Strain is deficient in the PotE and CadB polyamine exchangers. |
Tris-base | Research Products | T60040-1000 | |
Ultracentrifuge | Sorvall MTX 150 | 46960 | Thermo Fisher S150-AT fixed angle rotor |
Ultracentrifuge tubes | ThermoFisher | 45237 | Centrifuge tubes for S150-AT rotor |
Vector: pBAD-DEST49 | ThermoFisher | Gateway expression vector for E. coli |