Summary

Combinando analisi SDS-PAGE non riducenti e reticolazione chimica per rilevare complessi multimerici stabilizzati dai legami disolfuro nelle cellule di mammiferi nella cultura

Published: May 02, 2019
doi:

Summary

I legami disolfuro sono stati a lungo conosciuti per stabilizzare la struttura di molte proteine. Un metodo semplice per analizzare complessi multimerici stabilizzati da questi legami è attraverso l’analisi di SDS-PAGE non-riduzione. Qui, questo metodo è illustrato analizzando l’isoforma nucleare di dUTPase dalla linea cellulare osteosarcoma dell’osso umano U-2 OS.

Abstract

Le strutture di molte proteine sono stabilizzate attraverso legami di disolfuro covalenti. Nel recente lavoro, questo legame è stato anche classificato come una modifica post-traduzionale. Così, è importante essere in grado di studiare questa modifica nelle cellule viventi. Un metodo semplice per analizzare questi complessi multimerici stabilizzati con cisteina è attraverso un metodo a due fasi di analisi SDS-PAGE non-riduzione e cross-linking di formaldeide. Questo metodo a due fasi è vantaggioso come il primo passo per scoprire complessi multimerici stabilizzati da legami disolfuro a causa della sua facilità tecnica e basso costo di funzionamento. Qui, la linea cellulare di osteosarcoma osseo umano U-2 OS viene utilizzata per illustrare questo metodo analizzando specificamente l’isoforma nucleare di dUTPase.

Introduction

I legami disolfuro sono stati a lungo conosciuti per stabilizzare la struttura di molte proteine. Nel recente lavoro, questo legame è stato anche classificato come una modifica post-traslazionale reversibile, agendo come un “interruttore redox” a base di cisteina che consente la modulazione della funzione proteica, la posizione e l’interazione1,2, 3,4. Pertanto, è importante essere in grado di studiare questa modifica. Un metodo semplice per analizzare questi complessi multimerici stabilizzati con cisteina è attraverso l’analisi non-riduzione SDS-PAGE5. L’analisi SDS-PAGE è una tecnica utilizzata in molti laboratori, dove i risultati possono essere ottenuti e interpretati in modo rapido, semplice e con costi minimi, ed è vantaggioso rispetto ad altre tecniche utilizzate per identificare i legami disolfuro come la spettrometria di massa6 ,7 e dicroismo circolare8.

Un passo importante nel determinare se questo metodo è una tecnica appropriata per aiutare in uno studio è quello di esaminare accuratamente la sequenza primaria della proteina di interesse per assicurare che ci sono residui di cisteina (s) presenti. Un altro passo utile è quello di ricercare le precedenti strutture cristalline pubblicate o utilizzare un’applicazione bioinformatica per esplorare la struttura tridimensionale della proteina di interesse per visualizzare dove possono essere localizzati i residui di cisteina. Se il residuo (s) è presente sulla superficie esterna può essere un candidato migliore per formare un legame disolfuro piuttosto che un residuo di cisteina sepolto all’interno della struttura. Tuttavia, è importante notare che le proteine possono subire cambiamenti strutturali sulle interazioni del substrato o sulle interazioni proteina-proteina permettendo che questi residui diventino poi esposti anche all’ambiente.

I complessi multimerici identificati possono quindi essere verificati con il cross-linking chimico usando la formaldeide. La formaldeide è un cross-linker ideale per questa tecnica di verifica a causa dell’elevata permeabilità alle cellule e della breve estensione di ~ 2-3 Å, assicurando il rilevamento di interazioni proteina-proteina specifiche9,10. Qui, questo metodo è illustrato analizzando l’isoforma nucleare di dUTPase dalla linea cellulare osteosarcoma ossea umana U-2 OS11. Tuttavia, questo protocollo può essere adattato per altre linee cellulari, tessuti e organismi.

Protocol

1. blocco dei residui di cisteina liberi utilizzando iodoacetamide Crescere le cellule U-2 OS in un 6 cm2 piatto al 50%-60% confluenza in mezzo essenziale minimo con alto glucosio contenente 10% siero bovino fetale e 1% piruvato di sodio a 37 ° c in 5% Co2. Fare un nuovo stock di 10 mM iodoacetamide appena prima dell’uso, quindi scartare il reagente non utilizzato. Aggiungere 0,1 mM di concentrazione finale iodoacetamide direttamente al supporto di coltura cellulare. D…

Representative Results

L’Dutpasi nucleare forma un legame disolfuro intermolecolare formando una configurazione di dimero stabile attraverso l’interazione di due residui di cisteina posizionati al terzo aminoacido di ogni proteina monomerica11. Ciò è dimostrato in Figura 1a, B. Per garantire che questo legame disolfuro non fosse un’interazione non specifica a causa di anomalie migratorie nell’ambiente non ridotto, l’inclusione di un contro…

Discussion

Il metodo qui delineato fornisce un protocollo diretto per l’analisi di complessi multimerici stabilizzati attraverso legami disolfuro. Questo protocollo può essere facilmente adattato ad altre linee di coltura cellulare, tessuti e organismi che consentono una vasta gamma di applicazioni.

Un passo importante in questa procedura è quello di garantire che i legami disolfuro non sono una conseguenza della procedura di estrazione. Eventuali residui di cisteina liberi possono essere bloccati util…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Apprezziamo con gratitudine gli sforzi compiuti dalla Dott. ssa Jennifer Fischer per la purificazione dell’anticorpo policlonale dUTPase e Kerri Ciccaglione per tutti i suoi sforzi per aiutare a modificare questo manoscritto. Questa ricerca è stata parzialmente sostenuta da una sovvenzione della New Jersey Health Foundation (Grant #PC 11-18).

Materials

16% precast TGX gels ThermoFisher Xp00160
175 cm2 Flask Cell star 658175
18CO ATCC CRL-1459
6 cm2 dish VWR 10861-588
A549 ATCC CCL-185
Amersham ECL detection kit GE 16817200
Blot transfer apparatus Biorad 153BR76789
BME Sigma Aldrich M3148
Bradford protein reagent Biorad 5000006
Bromophenol Blue
BSA Cell signaling 99985
Cell lysis buffer Cell signaling 9803
Centrifuge Eppendor 5415D
DMEM Gibco 11330-032
Drill
EDTA Sigma Aldrich M101
Electrophoresis apparatus Invitrogen A25977
Extra thick western blotting paper ThermoFisher 88610
Fetal bovine serum Gibco 1932693
Formaldehyde ThermoFisher 28908
Glass-teflon homogenizer
Glycerol Sigma Aldrich 65516
Glycine RPI 636050
Heat block Denville 10285-D
Hepes Sigma Aldrich H0527
Hydrochloric acid VWR 2018010431
Iodoacetamide ThermoFisher 90034
Kimwipe Kimtech 34155
Methanol Pharmco 339000000
Non-fat dry milk Cell signaling 99995
PBS Sigma Aldrich P3813
PMSF Sigma Aldrich 329-98-6
Posi-click tube Denville C2170
Power supply Biorad 200120
Prestained marker ThermoFisher 26619
PVDF membrane Biorad 162-0177
Rocker Reliable Scientific 55
Saos2 ATCC HTB-85
SDS Biorad 161-0302
Secondary antibody Cell signaling 70748
Small cell scraper Tygon S-50HL class VI
Sodium chloride RPI S23020
Sodium pyruvate Gibco
Sonicator Branson 450
Sponge pad for blotting Invitrogen E19051
Stir plate Corning PC353
Sucrose Sigma Aldrich S-1888
Tris Base RPI T60040
Tris Buffered Saline, with Tween 20, pH 7.5 Sigma Aldrich SRE0031
Tris-Glycine running buffer VWR J61006
Triton X-100 Sigma Aldrich T8787
Tween 20 Sigma Aldrich P9416
U-2 OS ATCC HTB-96
X-ray film ThermoFisher 34090

References

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Cite This Article
Rotoli, S. M., Caradonna, S. J. Combining Non-reducing SDS-PAGE Analysis and Chemical Crosslinking to Detect Multimeric Complexes Stabilized by Disulfide Linkages in Mammalian Cells in Culture. J. Vis. Exp. (147), e59483, doi:10.3791/59483 (2019).

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