Summary

Rastreamento em tempo real da separação de fragmentos de DNA por smartphone

Published: June 01, 2017
doi:

Summary

As experiências tradicionais de eletroforese em gel de laje (SGE) requerem um aparelho complicado e alto consumo químico. Este trabalho apresenta um protocolo que descreve um método de baixo custo para separar fragmentos de DNA dentro de um prazo curto.

Abstract

A eletroforese em gel de laje (SGE) é o método mais comum para a separação de fragmentos de DNA; Portanto, é amplamente aplicado ao campo da biologia e outros. No entanto, o protocolo SGE tradicional é bastante tedioso, e o experimento leva muito tempo. Além disso, o consumo químico em experimentos SGE é muito alto. Este trabalho propõe um método simples para a separação de fragmentos de DNA com base em um chip SGE. O chip é feito por uma máquina de gravura. São utilizadas duas folhas de plástico para os comprimentos de onda de excitação e emissão do sinal óptico. O sinal de fluorescência das bandas de DNA é coletado por smartphone. Para validar este método, as escadas de DNA de 50, 100 e 1000 pb foram separadas. Os resultados demonstram que uma escala de DNA menor que 5.000 pb pode ser resolvida dentro de 12 min e com alta resolução ao usar este método, indicando que é um substituto ideal para o método SGE tradicional.

Introduction

A eletroforese em gel de laje (SGE) é o método mais eficaz para a separação dos fragmentos de DNA 1 , 2 , 3 , 4 , 5 e, portanto, é considerada uma ferramenta versátil nas análises bioquímicas e biológicas 6 , 7 , 8 . No entanto, muitas experiências indicam que o SGE é restrito pelos seguintes quatro problemas: (1) as separações demoram muitas horas e até dias; (2) o consumo químico é muito alto; (3) requer um aparelho complicado ( por exemplo, célula de eletroforese 2D, fonte de energia de eletroforese e sistema de imagem em gel); (4) o sistema de imagem em gel só pode observar os fragmentos de DNA separados quando a experiência terminar. Além disso, o brometo de etídio (EtBr), que é comumente usado no SGE 9 ,Ass = "xref"> 10, é mutagênico e cancerígeno 11 , 12 . Assim, sempre devem ser usadas luvas ao entregar géis contendo EtBr.

A eletroforese capilar (CE) tem inúmeras vantagens 13 , 14 , 15 , 16 , 17 em comparação com SGE, como operação automática, tempo de separação curto e menor consumo. No entanto, o instrumento CE é bastante caro. Portanto, para superar essas limitações, um sistema foi desenvolvido ( Figura 1 ) para a separação do DNA. Tal sistema não só pode reduzir muito o consumo de produtos químicos e economizar no tempo de experiência de SGE (<8 min), mas também pode realizar rastreamento em tempo real do processo de separação de DNA no gel de agarose pelo smartphone. Seguindo os procedimentos descritos neste protocolo, os estudantes shouPoderia projetar e fabricar o chip SGE, preparar o gel de agarose no chip, configurar um sistema SGE simples com um smartphone e registrar o processo de migração do DNA no gel de agarose.

Protocol

1. Projeto básico do chip SGE Use qualquer plástico transparente, como polimetilmetacrilato (PMMA) ou policarbonato. Nota: O chip SGE está demonstrado na Figura 1B . O chip SGE consiste em furos cilíndricos para o tampão TBE, canais para separação de DNA e duas pistas incorporadas ao longo dos orifícios para o eletrodo. Fabricação de matrizes de canais SGE no bloco PMMA usando uma máquina de gravura a laser. Nota: Os parâmetros geométricos do …

Representative Results

A Figura 4 , Figura 5 , e a Figura 6 representam um resultado típico após a eletroforese em gel de 50, 100 e 1.000 pb de escadas de DNA. Após o experimento, os fragmentos de DNA estavam bem separados. Além disso, as mesmas amostras foram separadas nos 4 canais do chip SGE, mostrando que fragmentos de DNA do mesmo tamanho movem a mesma distância em cada experimento. O desempenho de separação…

Discussion

A eletroforese em gel de agarose é amplamente empregada para a separação de DNA, ARN e proteína. Este trabalho propõe um novo método para substituir o protocolo tradicional de eletroforese em gel. Os resultados demonstram que as escadas de DNA de 50, 100 e 1000 pb podem ser separadas bem em um dispositivo tão pequeno montado. A grande vantagem deste método é que não só pode separar os ácidos nucleicos com pouco consumo químico, mas também pode registrar o processo de separação. Embora os fragmentos de DN…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Agradecemos o apoio da Fundação Nacional de Ciências Naturais da China (nº 21205078) e do Fundo de Pesquisa para o Programa de Doutorado em Educação Superior da China (No.20123120110002). Este trabalho foi parcialmente apoiado pelo Programa Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Chave da China (2016YFB1102303), o Programa Nacional de Pesquisa Básica da China (973Program, 2015CB352001) e a Fundação Nacional de Ciências Naturais da China (61378060).

Materials

10×TBE Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd. T1051
50bp DNA ladder Takara Bio Inc. 3421A
100bp DNA ladder Takara Bio Inc. 3422A
1kbp DNA ladder Takara Bio Inc. 3426A
SYBR GREEN Takara Bio Inc. 5760A
Agarose Sigma-Aldrich Corporate V900510

References

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Cite This Article
Tao, C., Yang, B., Li, Z., Zhang, D., Yamaguchi, Y. Real-time Tracking of DNA Fragment Separation by Smartphone. J. Vis. Exp. (124), e55926, doi:10.3791/55926 (2017).

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