Наиболее распространенный способ восстановления поврежденной ДНК отрезать поврежденную чсть, перекопировать неповрежденную комплементарную цепочку, и перевязать или заклеить срез. Эта общая схема вырезки, копирования и вставки присутствует во всех типах иссечения. Репарация оснований путём иссечения, или BER, устраняет небольшие повреждения основания вызванные дезаминированием, окислением или алкилированием, которые происходят спонтанно или являются следствием влияния токсинов окружающей среды.В BER, группа, состоящая из примерно 11 различных ферментов называемых ДНК гликозилазы распознают различные измененные основания и катализировать их устранение. Модифицированные основания составляют пары слабых оснований, которые обнаруживаются гликозилазами. После встречи с такой парой слабых оснований, ДНК-гликозилаза раздвигает соседние пары оснований и переворачивает измененное основание.Этот переворот позволяет ферменту взаимодействовать со всеми гранями основания, чтобы точно его идентифицировать. После распознавания, ДНК-гликозилаза разрывает связь между модифицированным ДНК основание и дезоксирибозой, высвобождая свободное основания и оставляя зазор в геликсе ДНК. Этот зазор распознаётся энзимом, который называется АП-эндонуклеазой, или АПЭ, который, вместе с другим энзимом фосфодиэстеразой, разрезает основу фосфодиэфира внутри полинуклеотидной цепи.Отсутствующее основание в геликсе ДНК заполняется бета-полимеразой ДНК, которая копирует нужное основание из комплементарной цепочки в этой позиции. Далее, фермент под названием ДНК-лигаза запечатывает оставшийся разрез, чтобы держать в целости и сохранности отремонтированную молекулу ДНК.